genome.fa.s9639.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117048_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15077257

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8835650--8835954	79	3.9	79	85	0	396	29	21	11	37	1.89
8840795--8840845	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
8840843--8840901	3	19.3	3	81	10	66	61	0	1	37	1.07
8841029--8841836	76	10.6	76	98	0	1544	36	21	19	22	1.95
8841873--8842202	171	2.0	167	89	5	513	37	12	13	36	1.82
8842719--8842770	22	2.4	22	93	0	95	40	13	11	34	1.81
8843126--8843277	54	2.8	54	88	2	225	25	20	15	38	1.92
8845291--8845632	115	3.0	115	93	0	560	31	20	14	33	1.93
8849680--8849720	7	5.9	7	83	11	57	56	9	19	14	1.66
8854145--8854174	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8855404--8855964	54	10.4	54	83	2	644	35	19	17	28	1.94
8859570--8859707	63	2.2	63	94	0	240	34	18	17	29	1.94
8868983--8869021	21	1.9	20	89	5	60	28	12	20	38	1.89
8874510--8874549	21	2.0	21	90	5	64	22	2	15	60	1.47
8874510--8874544	10	3.4	10	88	4	52	25	0	14	60	1.35
8878772--8878809	13	2.8	14	84	8	51	26	0	5	68	1.11
8878759--8878870	45	2.6	43	76	15	115	27	0	5	66	1.19
8885518--8886000	41	11.6	41	77	5	346	28	19	17	34	1.95
8885517--8885996	166	2.9	166	85	3	574	29	18	17	34	1.94
8885517--8886000	84	5.8	81	73	7	301	29	19	17	34	1.95
8885554--8885910	125	2.9	125	86	1	504	29	17	17	35	1.93
8889030--8889306	43	6.5	43	80	5	258	23	21	20	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8889030--8889306	85	3.2	85	82	5	310	23	21	20	34	1.97
8889069--8889306	128	1.9	128	83	3	309	23	21	19	35	1.96
8894577--8894654	29	2.7	30	78	11	90	51	5	5	38	1.46
8896940--8896972	16	2.1	16	88	5	50	57	0	0	42	0.98
8903284--8903396	59	1.9	59	92	0	190	36	22	15	25	1.94
8911964--8912020	28	2.0	28	86	6	80	17	21	31	29	1.96
8916297--8916369	33	2.2	33	87	4	112	42	17	21	17	1.89
8921029--8921079	16	3.2	16	94	5	86	39	23	5	31	1.79
8925545--8925579	18	1.9	18	88	0	52	20	0	11	68	1.20
8929909--8929964	20	2.8	19	84	12	69	32	28	16	23	1.96
8931428--8931490	29	2.2	29	94	0	108	42	11	23	22	1.85
8933012--8933069	21	3.1	18	77	18	64	29	10	6	53	1.61
8933282--8933333	21	2.5	21	96	3	97	25	21	21	32	1.98
8935582--8935760	93	2.0	89	91	4	286	26	16	12	44	1.83
8936349--8936408	29	2.0	31	83	6	79	23	15	11	50	1.76
8936811--8936868	29	2.0	30	86	3	82	46	20	18	13	1.83
8937216--8937395	90	2.0	90	97	0	342	31	10	21	37	1.87
8937358--8937417	26	2.3	26	97	2	111	38	13	18	30	1.89
8938308--8938341	15	2.2	16	89	5	52	61	0	0	38	0.96
8938482--8938540	31	1.9	31	86	6	84	49	3	22	25	1.65
8938490--8938554	30	2.2	30	86	5	87	47	4	18	29	1.68
8938594--8938656	30	2.1	30	90	0	99	57	6	11	25	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8938600--8938657	15	3.9	15	75	8	64	56	6	8	27	1.55
8938728--8938776	22	2.2	22	85	0	62	42	4	18	34	1.69
8939937--8940064	35	3.6	35	78	4	141	36	19	14	28	1.92
8939935--8940074	71	2.0	71	85	2	192	35	21	15	27	1.94
8956701--8956735	17	2.1	17	94	0	61	42	2	5	48	1.41
8958422--8958479	25	2.3	25	100	0	116	25	8	37	27	1.85
8960603--8961010	138	3.0	137	84	2	505	25	28	17	28	1.97
8963469--8963522	5	10.2	5	84	7	63	29	0	0	70	0.88
8966037--8966105	36	2.0	33	86	8	93	46	2	4	46	1.37
8977854--8977920	35	1.9	35	93	0	116	34	0	22	43	1.54
8979920--8979991	30	2.4	31	85	2	92	51	11	8	29	1.66
8980474--8980540	21	3.2	21	91	0	98	17	26	16	38	1.91
8981450--8981517	24	2.8	24	86	0	91	26	17	17	38	1.92
8981708--8981742	14	2.5	14	90	0	52	57	22	14	5	1.59
8983979--8984149	19	9.7	19	68	23	97	43	19	22	14	1.86
8983944--8984147	106	1.9	105	86	3	284	42	20	22	14	1.88
8983946--8984145	33	5.8	33	78	9	195	43	20	22	14	1.87
8984155--8984267	33	3.4	33	96	0	199	11	22	20	46	1.82
8984176--8984267	19	5.4	19	71	24	96	13	22	18	45	1.84
8984195--8984249	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
8984184--8984267	17	5.1	17	68	25	72	13	23	17	45	1.84
8984370--8984405	14	2.6	14	86	4	56	44	22	0	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8985798--8985877	42	1.9	42	84	0	106	22	17	37	22	1.94
8986216--8986595	94	4.1	94	95	1	647	47	18	12	21	1.81
8988301--8988356	20	2.8	20	84	10	87	39	21	25	14	1.91
8988341--8988396	14	3.6	14	74	21	58	42	23	25	8	1.82
8988292--8988451	19	9.1	19	68	21	98	43	20	23	12	1.85
8988292--8988446	33	4.5	33	88	5	211	44	20	23	12	1.84
8988458--8988535	20	3.8	19	85	6	93	11	17	17	52	1.74
8989103--8989261	40	4.0	40	84	2	194	20	15	24	39	1.91
8989103--8989263	20	8.0	20	79	6	155	19	16	24	39	1.92
8989260--8989312	21	2.5	21	87	0	70	35	15	26	22	1.93
8992114--8992170	22	2.6	22	88	0	78	22	24	24	28	2.00
8996783--8996807	9	2.8	9	100	0	50	92	8	0	0	0.40
8996801--8996836	18	1.9	19	88	5	56	77	8	11	2	1.08
8996783--8996836	19	2.8	20	73	15	51	81	9	7	1	0.94
9009735--9009794	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
9009885--9009965	22	4.0	22	74	21	86	23	38	25	12	1.90
9009891--9009964	37	2.0	37	91	0	121	24	36	25	13	1.92
9009913--9009942	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
9009999--9010042	22	2.0	22	100	0	88	13	45	27	13	1.81
9010078--9010120	21	2.0	21	95	0	77	23	20	27	27	1.99
9010148--9010187	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
9012647--9012706	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9012802--9012873	36	2.0	36	94	0	126	23	34	27	13	1.93
9012823--9012852	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
9012796--9012874	21	4.0	21	78	18	98	22	36	27	12	1.91
9012965--9013007	21	2.0	21	95	0	77	23	20	27	27	1.99
9013035--9013074	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
9016553--9017018	49	9.5	48	87	3	601	31	21	13	33	1.92
9016553--9017018	146	3.2	146	87	2	666	31	21	13	33	1.92
9016553--9017018	97	4.8	97	87	2	603	31	21	13	33	1.92
9018262--9018377	47	2.5	46	76	5	126	34	24	22	18	1.96
9018254--9018377	23	5.3	23	81	5	126	33	24	23	18	1.97
9018866--9019051	2	93.0	2	100	0	372	50	50	0	0	1.00
9019051--9019082	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
9019467--9019516	20	2.5	20	77	6	57	22	32	16	30	1.95
9026469--9026743	49	5.6	49	86	2	356	32	22	12	33	1.91
9028441--9028485	24	1.9	24	90	4	74	57	26	2	13	1.48
9029703--9029742	21	1.9	21	89	0	62	27	0	35	37	1.57
9030430--9030491	20	2.9	21	85	7	72	17	25	33	22	1.96
9034301--9034340	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
9045800--9046143	172	2.0	172	100	0	688	44	15	9	30	1.78
9055082--9055386	55	5.7	55	81	8	301	28	23	17	29	1.97
9055120--9055392	51	5.2	51	83	7	262	29	24	16	29	1.97
9055082--9055392	111	2.9	105	80	7	290	28	24	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9056762--9056792	14	2.3	14	94	5	55	6	16	3	74	1.16
9056711--9056831	37	3.4	36	73	15	117	10	19	0	68	1.24
9056812--9056853	14	2.8	15	80	20	52	4	21	0	73	1.01
9056776--9056852	38	2.1	37	85	11	104	7	19	0	72	1.08
9060152--9060189	2	19.0	2	88	0	58	50	5	0	44	1.24
9066329--9066499	45	3.8	45	94	2	288	36	22	13	28	1.92
9066329--9066499	91	1.9	92	93	1	299	36	22	13	28	1.92
9066321--9066515	91	2.1	90	86	6	284	36	21	12	29	1.90
9069752--9069786	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
9073829--9073855	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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