genome.fa.s9639.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117048_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15077257

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8017708--8017737	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
8017642--8017722	33	2.4	33	79	2	90	48	2	8	40	1.47
8017720--8017812	38	2.4	38	85	10	127	43	1	7	48	1.38
8017866--8017904	14	2.7	14	88	4	60	20	2	0	76	0.90
8017869--8017910	20	2.2	19	91	4	66	19	2	0	78	0.86
8025179--8025219	11	3.7	11	90	0	64	31	19	24	24	1.98
8026206--8026261	21	2.5	22	85	11	78	37	7	0	55	1.27
8026607--8026661	28	2.0	28	85	7	76	25	10	23	40	1.87
8028251--8028297	17	2.8	17	75	21	53	31	10	12	44	1.77
8028237--8028306	34	2.0	34	83	2	86	37	10	12	40	1.77
8030332--8030372	2	20.5	2	94	0	73	51	2	0	46	1.14
8032225--8032442	102	2.1	101	93	0	364	27	26	11	35	1.90
8032399--8032500	51	2.0	51	96	0	186	29	23	15	31	1.95
8032737--8032848	58	1.9	58	98	0	215	35	17	11	34	1.86
8046193--8046285	32	2.9	33	82	9	122	37	20	15	26	1.92
8053783--8053821	20	2.0	20	100	0	78	25	28	10	35	1.89
8054655--8054825	95	1.8	95	85	1	245	34	16	22	26	1.95
8054654--8054868	95	2.3	95	80	2	234	33	15	24	26	1.95
8055502--8055596	31	3.2	31	65	14	81	41	12	17	28	1.86
8055213--8055664	59	7.7	59	89	0	679	39	11	18	30	1.86
8056840--8056998	85	1.9	86	90	4	259	32	21	16	29	1.95
8056989--8057018	13	2.3	13	94	0	51	33	16	3	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8057077--8057103	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8057580--8057622	22	2.0	22	86	9	61	32	4	23	39	1.75
8061633--8061699	29	2.3	29	78	0	80	37	2	25	34	1.71
8063748--8063824	31	2.5	31	97	0	145	20	29	12	36	1.90
8064035--8064538	207	2.4	205	83	5	622	22	11	19	46	1.82
8068870--8068894	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8069058--8069118	13	4.7	13	85	0	68	34	14	24	26	1.94
8074555--8074777	95	2.3	95	89	1	331	30	18	26	25	1.98
8074723--8074777	22	2.7	20	78	10	65	30	14	29	25	1.95
8075103--8075248	59	2.5	59	87	2	222	39	10	21	28	1.87
8075212--8075285	37	2.0	37	94	0	130	40	9	27	22	1.85
8081489--8081527	2	20.0	2	89	5	62	48	0	0	51	1.00
8082663--8082721	21	2.6	22	84	10	75	30	23	20	25	1.98
8088935--8088982	12	4.0	12	83	0	60	31	52	0	16	1.45
8088935--8088981	24	2.0	24	86	0	67	31	51	0	17	1.46
8088945--8088992	24	2.0	24	84	8	62	33	47	0	18	1.49
8090930--8090989	21	2.7	23	82	12	79	30	33	16	20	1.94
8099377--8099447	24	3.1	24	69	22	80	25	2	16	54	1.56
8107677--8107701	11	2.3	11	100	0	50	16	16	16	52	1.76
8114160--8114203	20	2.3	19	84	7	54	43	11	25	20	1.85
8114319--8114366	18	2.7	18	80	9	62	41	0	4	54	1.20
8114342--8114414	36	2.0	37	89	5	114	42	2	2	52	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8114352--8114424	36	2.1	36	87	7	105	45	2	1	50	1.24
8115734--8115782	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
8123631--8124520	197	4.6	197	88	4	1212	40	11	14	32	1.83
8124004--8124042	20	2.0	20	100	0	78	43	15	10	30	1.80
8123631--8124520	391	2.3	393	88	2	1294	40	11	14	32	1.83
8126903--8126941	18	2.2	17	90	4	60	69	0	10	20	1.17
8127698--8128223	143	3.6	145	86	5	710	35	15	12	36	1.85
8127697--8128223	289	1.8	288	87	4	794	35	15	12	36	1.85
8128095--8128490	198	2.0	200	85	3	530	39	13	13	34	1.83
8129042--8129085	15	2.6	18	75	20	58	25	31	6	36	1.82
8131810--8132233	199	2.1	201	85	3	568	39	12	12	35	1.81
8132148--8132336	104	1.8	104	91	2	317	41	13	15	29	1.86
8132220--8132504	131	2.2	127	85	7	375	42	12	11	33	1.80
8135858--8135941	43	2.0	43	97	0	159	28	26	11	33	1.92
8137337--8137387	15	3.4	15	91	0	84	7	15	66	9	1.43
8141147--8141189	19	2.3	19	87	0	59	51	9	0	39	1.34
8142327--8142526	67	3.0	67	81	5	226	37	12	17	32	1.87
8142572--8142813	99	2.4	102	82	6	289	38	13	19	28	1.89
8143102--8143259	36	4.3	36	80	2	145	39	9	15	34	1.80
8143127--8143345	72	3.0	72	78	8	203	41	11	15	31	1.83
8145381--8145446	24	2.7	24	81	6	80	56	1	6	36	1.34
8146606--8146663	3	19.3	3	85	0	80	34	29	1	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8146614--8146684	6	11.3	6	77	8	52	33	25	1	39	1.65
8146801--8146898	23	4.2	24	73	7	87	36	23	21	18	1.95
8147077--8147194	45	2.6	46	75	14	111	38	22	9	30	1.85
8148920--8148971	26	2.0	26	82	14	63	1	15	5	76	1.05
8148954--8148994	17	2.4	16	84	11	55	0	21	4	73	1.02
8152069--8152119	19	2.7	19	93	3	86	50	3	9	35	1.54
8153131--8153161	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
8153308--8153352	14	3.2	14	90	6	65	77	0	0	22	0.76
8153308--8153353	5	9.6	5	81	9	60	78	0	0	21	0.76
8153308--8153353	19	2.4	19	89	7	67	78	0	0	21	0.76
8159529--8159631	31	3.5	31	84	6	124	16	11	15	56	1.67
8159546--8159631	27	3.0	27	86	6	100	17	10	13	58	1.63
8160710--8160904	31	6.4	31	89	2	272	56	13	12	17	1.67
8162669--8163291	310	2.0	310	96	0	1149	29	13	22	35	1.92
8166151--8166179	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8167042--8167078	15	2.5	15	90	0	56	8	67	16	8	1.40
8168064--8168184	60	2.0	59	85	4	163	37	9	13	40	1.76
8168083--8168198	60	1.9	60	84	3	153	39	9	10	40	1.72
8168853--8168899	24	2.1	24	84	11	64	78	0	8	12	0.95
8168869--8168913	23	2.0	24	82	8	58	71	0	11	17	1.14
8170132--8170229	4	23.5	4	73	20	69	66	0	2	31	1.03
8170152--8170336	2	100.5	2	65	21	84	55	1	2	40	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8170132--8170278	45	3.5	41	78	12	124	61	0	2	35	1.12
8170138--8170233	25	4.1	21	73	20	52	64	0	2	33	1.05
8170132--8170303	27	6.2	27	74	16	113	60	1	1	36	1.15
8170201--8170298	52	1.9	51	83	10	128	56	2	1	40	1.18
8170141--8170320	7	26.1	7	71	21	107	58	1	1	38	1.18
8170137--8170339	73	2.7	73	77	18	191	57	1	2	38	1.21
8170145--8170246	3	31.3	3	72	21	57	62	0	1	35	1.06
8170134--8170338	15	12.6	17	76	16	111	57	1	2	38	1.21
8170138--8170338	11	19.5	10	67	19	60	57	1	2	38	1.21
8170133--8170321	52	4.0	50	72	18	122	58	1	1	38	1.17
8170204--8170326	27	4.4	29	75	14	109	54	2	1	41	1.23
8179735--8179795	31	2.0	31	90	3	97	29	6	27	36	1.82
8180330--8180377	24	2.0	24	100	0	96	33	12	12	41	1.80
8181300--8181582	154	1.9	149	92	6	484	35	6	17	40	1.75
8185199--8185306	44	2.5	44	84	3	155	61	3	6	28	1.38
8186115--8186172	11	5.5	11	73	8	57	8	12	17	62	1.54
8186157--8186524	184	2.0	184	100	0	736	16	22	20	39	1.92
8186652--8186693	4	10.5	4	85	10	59	71	0	0	28	0.86
8186653--8186741	8	11.5	8	73	18	57	61	0	2	35	1.08
8186661--8186733	15	5.1	15	76	11	73	61	0	2	35	1.10
8186679--8186745	15	4.5	14	72	18	55	56	0	2	40	1.14
8187707--8187753	8	5.9	8	92	0	76	65	2	31	0	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8187709--8187762	24	2.2	25	90	3	83	66	1	29	1	1.12
8188629--8188678	2	25.5	2	79	4	57	40	0	0	60	0.97
8192755--8192960	99	2.1	97	82	8	256	33	15	17	33	1.91
8194322--8194473	57	2.7	57	94	0	259	43	22	10	23	1.84
8194502--8194546	23	2.0	23	90	0	72	40	20	20	20	1.92
8194525--8194924	124	3.2	124	89	0	604	34	25	15	24	1.94
8194987--8195196	85	2.5	85	81	0	251	38	20	17	23	1.93
8197250--8197284	8	3.9	9	88	11	54	20	0	0	80	0.72
8197248--8197284	10	4.0	10	86	13	53	21	0	0	78	0.75
8200821--8200852	16	1.9	17	93	6	57	18	28	9	43	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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