genome.fa.s9639.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117048_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15077257

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8680269--8680431	5	33.6	5	65	21	53	21	1	4	72	1.12
8680286--8680432	9	16.0	9	76	18	83	23	2	3	71	1.12
8680349--8680404	6	9.3	6	76	7	51	19	3	1	75	1.05
8680323--8680418	35	2.5	39	77	17	112	19	2	5	72	1.13
8680274--8680432	19	8.6	18	71	16	80	22	1	3	71	1.12
8681504--8681966	2	234.0	2	66	21	149	48	4	5	41	1.45
8682029--8682117	15	5.7	15	68	27	60	56	0	8	34	1.31
8682029--8682136	21	5.1	20	77	14	101	55	0	8	35	1.36
8682050--8682122	8	9.9	8	75	14	59	56	0	9	34	1.32
8682028--8682137	36	3.1	37	82	11	124	56	0	8	34	1.35
8682145--8682260	2	55.0	2	70	16	65	47	1	5	45	1.35
8682068--8682235	34	5.2	32	71	20	82	50	1	8	39	1.40
8682215--8682572	44	8.4	42	71	16	192	35	7	3	53	1.46
8682273--8682356	13	6.5	13	65	24	52	34	8	2	54	1.43
8682223--8682495	22	12.5	22	75	13	201	35	7	2	54	1.44
8682229--8682493	7	35.1	8	70	20	112	34	7	3	54	1.45
8682237--8682493	15	16.9	15	69	19	101	34	8	3	54	1.46
8682221--8682479	86	3.0	84	81	8	240	35	7	2	54	1.43
8682339--8682570	25	9.8	24	70	18	100	35	6	3	54	1.43
8682501--8682637	26	4.9	26	73	20	86	37	5	2	54	1.37
8682642--8682684	2	21.5	2	100	0	86	51	48	0	0	1.00
8682684--8682893	2	104.5	2	68	21	102	40	5	2	50	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8682691--8682907	31	6.9	30	70	23	130	40	5	2	51	1.41
8682724--8682830	33	3.6	29	74	20	96	36	7	2	53	1.44
8682684--8682862	17	10.8	17	72	18	96	40	5	3	50	1.42
8682842--8682966	11	11.4	11	67	19	66	46	4	0	48	1.26
8682884--8682970	45	2.0	43	84	8	113	48	4	1	45	1.30
8683033--8683070	18	2.1	18	90	0	58	34	2	5	57	1.35
8687673--8687886	45	4.8	45	94	0	358	30	19	7	42	1.78
8687747--8687820	24	3.2	24	61	24	59	31	17	4	47	1.66
8687991--8688152	40	4.1	40	92	0	270	31	26	17	24	1.97
8691806--8691840	13	2.7	13	100	0	70	42	8	8	40	1.66
8693216--8693270	17	3.3	17	74	5	58	16	0	27	56	1.40
8693442--8693478	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8694852--8694902	20	2.5	20	78	6	59	49	5	3	41	1.45
8694912--8695002	23	4.0	24	72	15	66	41	7	2	48	1.44
8694965--8695395	17	27.2	16	67	25	96	36	7	2	53	1.43
8694965--8695096	8	17.3	9	70	24	60	34	9	1	54	1.41
8694980--8695302	7	44.1	8	70	22	125	35	8	2	54	1.42
8694947--8695002	25	2.2	25	81	6	69	39	10	1	48	1.49
8694988--8695436	22	21.1	22	70	21	207	36	6	2	54	1.41
8694999--8695168	42	4.1	42	79	14	192	35	7	1	55	1.39
8695050--8695368	64	4.9	66	70	20	142	36	6	2	54	1.40
8694973--8695174	86	2.3	87	85	9	288	36	7	1	53	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8695247--8695418	10	16.5	10	64	22	52	38	4	3	53	1.39
8695265--8695348	20	5.6	14	70	25	64	39	7	1	52	1.37
8695074--8695422	189	1.8	187	85	9	485	36	6	3	53	1.42
8695323--8695419	2	49.0	2	69	20	62	41	3	4	51	1.36
8694931--8695348	13	29.0	14	67	21	72	36	7	2	53	1.41
8697103--8697442	59	5.8	59	87	2	468	31	23	11	32	1.91
8697765--8697816	22	2.5	21	81	6	70	26	23	13	36	1.92
8698785--8699005	11	20.5	11	72	13	93	45	3	4	46	1.39
8698788--8698812	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
8698795--8699044	20	13.0	20	72	18	149	46	4	3	46	1.37
8698785--8698916	53	2.5	53	83	7	151	42	3	6	47	1.46
8698890--8699051	2	81.5	2	75	15	140	48	3	1	46	1.28
8698834--8699047	116	1.8	120	83	8	287	47	2	3	46	1.33
8713679--8713722	18	2.4	18	84	0	61	40	11	22	25	1.87
8713860--8713885	11	2.4	11	100	0	52	38	15	0	46	1.46
8716784--8716812	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
8716887--8716973	31	2.8	29	77	16	77	72	2	5	19	1.16
8718366--8718751	170	2.3	169	84	2	490	28	20	19	31	1.97
8718720--8719032	85	3.7	85	85	1	412	26	17	20	35	1.95
8719226--8719333	32	3.3	32	69	14	85	24	11	28	36	1.89
8719252--8719367	34	3.5	34	72	13	123	20	10	28	40	1.85
8719085--8719305	121	1.8	121	87	1	327	25	15	23	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8719213--8719371	66	2.4	66	93	0	264	23	12	25	38	1.90
8719091--8719855	187	4.1	187	70	15	629	22	15	26	35	1.93
8719279--8720030	121	6.2	121	90	0	1135	21	15	27	35	1.93
8720006--8720232	64	3.5	64	87	0	328	29	12	21	36	1.90
8721154--8721353	102	2.0	98	86	5	276	31	18	17	33	1.94
8729581--8729933	130	2.7	130	84	3	467	31	11	16	40	1.83
8733620--8733673	29	2.0	28	85	10	76	25	7	0	66	1.17
8734813--8734843	15	2.1	15	100	0	62	51	9	19	19	1.74
8737046--8737123	22	3.5	21	77	14	68	79	0	16	3	0.87
8737053--8737121	24	3.0	22	78	17	77	79	0	15	4	0.88
8737052--8737137	29	3.0	28	80	12	95	79	1	13	5	0.98
8738322--8739160	134	6.3	134	84	1	1040	31	21	15	30	1.95
8739331--8739476	3	48.3	3	85	6	188	36	0	0	61	1.06
8739345--8739385	16	2.6	16	80	0	55	46	0	0	53	1.00
8741551--8741920	131	2.8	131	85	2	492	31	10	17	40	1.84
8753115--8753146	16	2.0	16	93	0	55	34	0	9	56	1.32
8755096--8755511	45	9.3	45	86	1	539	41	12	19	25	1.88
8758281--8758329	20	2.5	20	100	0	98	42	12	18	26	1.85
8758886--8759170	45	6.3	45	85	1	311	43	13	18	24	1.86
8758886--8759170	90	3.2	90	87	0	390	43	13	18	24	1.86
8758886--8759170	135	2.1	134	85	3	383	43	13	18	24	1.86
8762559--8762800	118	2.1	117	92	0	403	30	16	19	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8769847--8769880	6	5.3	6	86	13	50	17	0	35	47	1.48
8775886--8775985	50	2.0	51	84	2	130	18	19	26	37	1.94
8777841--8777898	22	2.6	22	97	0	107	36	15	20	27	1.93
8778313--8778922	44	13.9	44	87	0	842	40	10	23	25	1.87
8784840--8785258	44	9.5	44	85	1	561	40	11	21	26	1.87
8784840--8785258	221	1.9	220	89	1	642	40	11	21	26	1.87
8786230--8786254	7	3.6	7	100	0	50	48	36	0	16	1.46
8792423--8792452	15	1.9	16	93	6	53	90	6	3	0	0.56
8793142--8793169	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
8800188--8800247	29	2.1	29	100	0	120	43	6	6	43	1.57
8802723--8802779	21	2.6	22	77	8	62	21	26	24	28	1.99
8802994--8803042	23	2.1	23	88	0	71	32	6	26	34	1.81
8803642--8803728	31	2.9	29	81	10	93	47	9	6	36	1.62
8803649--8803728	30	2.6	29	84	9	97	43	10	7	38	1.66
8803836--8803897	31	2.0	30	87	3	88	45	3	9	41	1.53
8804567--8804647	36	2.2	38	88	6	121	25	0	4	69	1.09
8804562--8804640	20	4.0	20	76	19	76	26	1	5	67	1.19
8805031--8805089	20	3.0	20	100	0	118	25	18	35	20	1.95
8813152--8813229	29	2.7	30	80	9	90	20	3	34	41	1.71
8815392--8815429	13	3.1	13	88	11	62	71	0	0	28	0.87
8815391--8815431	7	6.4	7	78	21	54	70	0	0	29	0.87
8815484--8815557	38	1.9	37	83	8	94	40	6	6	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8815532--8815581	23	2.2	24	85	7	68	44	6	2	48	1.39
8815568--8815594	11	2.5	11	100	0	54	44	0	0	55	0.99
8815496--8815623	61	2.1	63	85	5	172	42	5	3	49	1.41
8815579--8815697	28	3.9	28	70	18	94	41	5	3	50	1.41
8815554--8815664	39	2.8	39	84	2	143	41	4	1	52	1.32
8815579--8815735	65	2.4	66	86	3	217	42	4	2	50	1.36
8817431--8817463	16	2.1	16	100	0	66	33	12	6	48	1.65
8829885--8830286	54	7.4	54	88	1	563	34	21	16	28	1.95
8835374--8835450	29	2.7	29	91	0	118	27	22	3	46	1.69
8835709--8835841	34	3.6	34	69	20	95	30	21	10	38	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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