genome.fa.s9639.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117048_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15077257

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   

This is table  4  of  62  ( 7398 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741003--741053	26	2.0	26	100	0	102	49	15	11	23	1.78
742112--742220	35	3.1	36	80	10	134	29	20	17	33	1.95
742117--742243	35	3.6	34	77	10	121	29	19	17	33	1.95
749791--749831	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
751888--751922	18	1.9	18	88	0	52	40	25	25	8	1.84
761702--761758	20	2.9	19	85	10	80	22	22	8	45	1.80
762361--762414	27	2.0	27	92	0	90	24	24	31	20	1.98
764956--765008	25	2.1	25	82	0	61	67	3	3	24	1.23
766043--766095	18	2.8	18	79	17	63	64	0	1	33	1.05
766043--766107	21	3.3	19	81	10	69	63	0	3	33	1.10
766400--766460	32	1.9	31	83	9	79	67	0	6	26	1.15
771238--772761	762	2.0	762	99	0	3030	37	15	19	28	1.92
772778--772842	18	3.6	18	79	6	69	78	1	18	1	0.91
772776--772842	28	2.4	27	82	9	82	77	1	19	1	0.92
772776--772842	27	2.4	28	82	9	84	77	1	19	1	0.92
772777--772861	8	10.0	8	69	20	57	78	1	17	2	0.91
773312--773378	32	2.1	32	94	0	116	46	20	14	17	1.84
774909--774943	3	11.7	3	87	0	52	62	0	0	37	0.95
775200--775572	45	8.3	45	90	0	521	35	19	21	23	1.96
775506--775648	76	1.9	74	88	2	214	33	20	20	25	1.97
775590--775714	45	2.8	45	92	0	196	33	20	20	25	1.97
775469--775693	121	1.9	121	89	0	351	34	19	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775416--775714	166	1.8	164	89	1	472	34	20	21	24	1.97
776323--776401	22	3.6	22	87	0	113	37	12	16	32	1.86
777733--777966	75	3.2	72	77	12	212	28	20	17	32	1.96
779537--779565	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
780570--780632	22	2.9	22	76	9	67	22	42	12	22	1.87
781309--781349	3	13.7	3	89	0	64	63	0	0	36	0.95
782201--782267	3	22.3	3	100	0	134	65	0	34	0	0.93
782674--782774	50	2.0	50	92	0	166	44	6	10	37	1.67
783851--783903	24	2.2	24	100	0	106	33	16	13	35	1.88
786324--786576	131	1.9	131	87	1	373	40	17	10	31	1.84
787031--787080	24	2.1	24	85	7	66	68	12	6	14	1.39
788539--788620	3	27.3	3	79	4	58	57	2	2	37	1.25
788539--788614	18	4.4	17	74	12	66	57	2	1	38	1.21
788545--788621	27	2.9	27	78	18	88	54	2	2	40	1.28
788552--788609	30	1.9	30	92	0	98	55	3	1	39	1.27
789669--789921	131	1.9	131	85	1	346	39	16	11	32	1.84
790380--790429	24	2.1	24	81	7	57	70	12	4	14	1.31
792626--792667	20	2.1	20	86	0	57	52	2	0	45	1.13
797975--798013	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
803032--803090	22	2.7	21	78	17	66	66	1	0	32	1.02
803482--803643	68	2.4	68	90	4	251	47	4	1	46	1.32
805712--805745	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806012--806062	23	2.2	23	78	0	57	27	9	19	43	1.82
812475--812538	28	2.2	29	81	10	69	50	6	6	37	1.53
812743--813157	55	7.6	54	83	4	351	25	25	19	30	1.98
813553--813666	37	3.1	37	89	2	176	26	15	23	34	1.95
814919--814959	16	2.6	16	92	0	64	34	24	19	21	1.97
818588--818718	55	2.4	55	88	0	181	20	20	14	44	1.86
820624--820663	20	2.0	20	85	9	55	50	15	0	35	1.44
822461--822524	28	2.2	29	83	10	78	51	6	4	37	1.48
826185--826224	19	2.2	19	86	4	55	20	32	32	15	1.93
827990--828021	15	2.1	15	94	0	55	37	0	34	28	1.57
838445--838697	40	6.3	40	75	13	191	38	24	16	20	1.92
838522--838697	20	8.8	20	81	10	139	39	23	16	20	1.92
838489--838656	80	2.1	81	87	5	252	39	23	17	20	1.92
838489--838776	60	4.8	61	77	7	224	38	22	14	23	1.92
838524--838812	60	4.9	57	75	12	180	38	21	13	25	1.91
838680--838812	19	6.9	19	90	3	180	36	19	10	33	1.86
838680--838831	19	7.9	19	88	3	116	35	19	11	33	1.88
838972--839009	16	2.5	15	84	12	51	26	5	2	65	1.27
839604--839637	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
842057--842092	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
842456--842522	34	1.9	35	90	6	109	23	23	19	32	1.97
842521--842575	20	2.7	21	86	11	78	18	21	18	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842623--842767	66	2.2	66	88	3	213	51	15	0	31	1.49
844160--844240	21	3.9	21	74	20	71	22	18	35	23	1.95
844197--844249	21	2.5	21	82	11	72	24	16	35	22	1.95
844602--844699	21	4.7	21	71	12	85	33	34	13	18	1.89
846949--847126	20	8.9	20	85	1	221	20	16	22	39	1.92
846955--847108	81	1.9	81	89	0	236	22	15	22	39	1.91
846956--847167	60	3.5	59	78	10	153	22	15	24	37	1.92
848552--848576	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
848789--848828	14	2.9	14	88	7	55	40	27	7	25	1.82
858709--858737	11	2.5	12	94	5	51	48	0	0	51	1.00
858709--858737	6	5.0	6	91	8	51	48	0	0	51	1.00
867423--867462	10	4.0	10	93	0	62	12	10	20	57	1.63
868204--868260	16	3.7	16	86	4	73	12	10	17	59	1.60
871656--871696	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
873143--873182	20	2.0	21	85	5	55	15	5	2	77	1.04
875238--875269	12	2.6	13	85	14	50	0	40	28	31	1.57
879814--879881	29	2.3	29	84	0	91	33	11	32	22	1.90
882364--882405	6	7.0	6	94	0	66	35	0	61	2	1.09
884520--884851	138	2.4	139	82	1	407	42	19	15	22	1.88
886278--886313	12	2.9	12	91	4	54	61	2	0	36	1.11
892569--892654	34	2.5	34	94	1	145	39	0	0	60	0.97
892569--892651	9	9.6	9	71	17	50	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893791--893815	12	2.1	12	100	0	50	28	16	16	40	1.89
894599--894630	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
898915--898961	23	2.1	21	88	7	67	72	4	10	12	1.25
898915--898961	11	4.2	11	83	2	58	72	4	10	12	1.25
901451--901506	15	3.5	15	71	21	51	19	35	25	19	1.95
901424--901507	33	2.5	34	94	3	143	20	34	27	17	1.95
901431--901491	18	3.4	18	70	25	58	18	36	26	19	1.94
901620--901661	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
901690--901729	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
901944--902013	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
904979--905060	20	4.3	20	70	22	70	21	32	30	14	1.94
905004--905087	34	2.4	35	92	2	134	20	32	27	20	1.97
905024--905087	15	4.0	15	72	21	58	18	32	26	21	1.97
905200--905241	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
905270--905309	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
905524--905593	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
907885--907921	11	3.4	11	100	0	74	0	0	8	91	0.41
937189--937252	18	3.3	20	77	18	57	62	0	1	35	1.05
937250--937333	20	4.1	20	67	21	57	54	1	0	44	1.07
937261--937334	24	3.0	24	84	13	89	52	1	0	45	1.09
937297--937344	24	2.0	24	84	4	62	47	0	6	45	1.27
938033--938237	74	2.7	75	84	4	263	20	23	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938833--938876	17	2.6	17	85	7	63	56	29	0	13	1.38
938828--938878	9	6.2	8	78	17	52	58	27	0	13	1.36
940818--940857	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
946668--946874	75	2.7	76	81	4	249	20	22	31	24	1.98
952922--953036	24	4.8	24	92	1	167	26	28	4	40	1.75
954913--954966	21	2.5	22	76	8	58	24	53	0	22	1.46
967434--967536	30	3.4	30	97	0	188	31	24	20	24	1.98
967510--967603	31	3.1	30	73	10	82	30	21	18	29	1.97
967434--967561	60	2.1	61	88	4	188	32	24	19	23	1.97
968685--968825	64	2.2	63	83	3	176	25	23	17	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62