genome.fa.s9639.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117048_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15077257

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8429239--8429282	20	2.2	20	91	0	70	43	11	13	31	1.80
8429960--8430013	26	2.1	26	96	0	99	38	12	11	37	1.79
8430812--8430851	19	2.0	20	90	4	64	57	0	27	15	1.38
8440405--8440676	54	5.1	54	88	0	393	27	16	19	36	1.93
8440555--8440640	27	3.2	27	65	23	72	25	17	19	37	1.94
8442666--8442712	22	2.1	22	88	0	67	29	29	10	29	1.91
8447163--8447302	54	2.6	54	86	1	183	27	19	20	33	1.96
8447274--8447345	35	2.0	35	86	7	101	30	18	15	36	1.91
8447220--8447399	89	2.0	90	92	1	299	27	18	18	36	1.94
8447309--8447486	54	3.3	54	89	3	268	27	17	19	35	1.94
8447172--8447432	143	1.8	142	87	4	391	27	17	18	36	1.93
8447849--8447894	18	2.6	18	96	3	85	39	28	13	19	1.89
8451491--8451625	39	3.4	39	83	2	153	28	21	24	25	1.99
8451523--8451625	41	2.6	39	84	6	127	28	23	23	25	2.00
8460924--8461061	44	3.0	44	90	5	195	39	26	12	21	1.89
8460930--8461058	21	5.7	21	74	21	118	41	25	12	20	1.87
8460930--8461075	49	3.1	49	90	4	212	42	24	12	20	1.86
8468344--8468402	26	2.3	26	100	0	118	23	13	11	50	1.74
8468552--8468659	29	3.8	29	93	1	182	29	10	12	48	1.73
8469662--8469728	23	2.9	23	84	4	82	29	23	23	22	1.99
8470364--8470414	20	2.6	20	84	3	59	27	21	13	37	1.91
8475079--8475256	90	2.0	90	89	0	275	35	12	7	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8481970--8482136	90	1.9	90	90	0	271	34	12	6	46	1.68
8484918--8484970	23	2.3	23	87	6	81	28	32	13	26	1.93
8485641--8485680	21	2.0	19	90	9	62	40	20	5	35	1.74
8489601--8489646	24	1.9	24	100	0	92	39	15	4	41	1.67
8490401--8490429	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8495426--8495515	23	3.9	24	77	8	98	15	14	30	40	1.87
8495865--8496681	134	6.1	132	79	6	810	28	17	23	30	1.97
8495766--8496681	262	3.5	262	78	8	828	28	17	22	30	1.97
8495953--8496681	395	1.8	397	84	3	993	28	17	23	30	1.97
8504697--8504783	23	3.8	23	84	1	113	13	14	32	39	1.86
8504699--8504805	46	2.3	46	79	1	117	14	16	30	38	1.88
8504716--8504817	23	4.4	23	84	0	87	18	17	27	36	1.94
8504853--8504886	16	2.1	16	94	0	59	61	0	0	38	0.96
8508195--8508223	15	1.9	15	100	0	58	20	0	17	62	1.33
8510104--8510136	12	2.8	12	95	0	57	6	18	33	42	1.75
8510863--8510920	29	2.0	29	82	3	71	37	5	13	43	1.67
8511553--8511612	29	2.1	28	84	3	75	43	13	10	33	1.77
8512266--8512311	20	2.5	17	78	18	56	39	10	21	28	1.87
8513395--8513506	35	3.2	35	85	0	152	36	0	21	41	1.60
8517617--8517700	29	2.9	29	94	0	141	33	5	13	47	1.66
8517762--8517838	29	2.6	29	83	2	82	35	6	10	48	1.63
8517776--8517838	29	2.1	29	88	2	90	38	7	7	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8517696--8517950	138	1.8	139	83	5	334	36	9	12	42	1.74
8518015--8518040	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
8518013--8518075	29	2.1	30	85	2	83	42	6	0	50	1.27
8524002--8524092	46	2.0	46	86	0	128	26	18	16	38	1.92
8524048--8524159	57	2.0	57	92	0	188	25	14	18	41	1.88
8523960--8524150	103	1.9	99	85	4	265	25	16	17	40	1.90
8537570--8537638	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
8537853--8537884	16	1.9	17	93	6	57	68	12	0	18	1.20
8558263--8558294	13	2.5	13	94	0	55	21	0	40	37	1.54
8563061--8563180	31	3.9	31	78	9	120	30	15	16	37	1.90
8567730--8568381	56	11.6	56	88	2	941	35	10	17	36	1.85
8567730--8568381	113	5.8	112	89	1	941	35	10	17	36	1.85
8567723--8568375	169	3.9	169	89	2	965	36	10	17	35	1.84
8573389--8573665	137	2.0	137	97	0	527	35	21	16	27	1.94
8575112--8575718	56	10.8	56	88	3	846	36	9	17	36	1.83
8575124--8575718	113	5.3	112	89	3	885	35	9	17	36	1.83
8575112--8575714	169	3.6	168	89	2	904	36	9	17	36	1.83
8576861--8576916	22	2.6	22	91	2	87	28	23	19	28	1.98
8578885--8578971	2	43.5	2	100	0	174	0	0	49	50	1.00
8579507--8579679	45	3.9	45	90	5	262	39	12	21	25	1.89
8579516--8579716	45	4.4	45	87	8	180	38	11	22	27	1.88
8586030--8586245	45	4.8	45	82	8	260	36	11	24	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8586021--8586187	90	1.9	90	98	0	325	35	12	24	26	1.91
8590865--8590912	17	2.8	17	80	0	51	37	18	4	39	1.70
8592268--8592338	35	2.0	35	100	0	142	38	19	5	36	1.76
8592616--8592855	120	2.0	119	98	0	462	27	20	22	29	1.99
8593404--8593446	21	2.0	21	90	0	68	37	16	16	30	1.91
8603455--8603514	20	2.8	21	80	7	68	21	35	25	18	1.96
8604849--8604949	50	2.0	50	100	0	202	25	29	18	25	1.98
8604871--8604951	27	3.1	27	58	13	62	25	32	17	24	1.97
8607561--8607596	16	2.2	16	100	0	72	36	5	0	58	1.22
8608569--8608628	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
8608948--8608986	15	2.6	16	88	8	55	23	0	2	74	0.94
8610009--8610056	19	2.5	19	93	0	78	8	27	14	50	1.71
8611828--8611871	20	2.2	20	87	0	61	40	2	4	52	1.34
8611828--8611880	20	2.9	18	83	10	56	41	1	3	52	1.30
8611860--8611897	19	2.0	19	94	0	67	50	0	0	50	1.00
8612755--8612781	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
8614428--8614463	17	2.1	17	90	10	56	52	5	0	41	1.24
8615566--8615595	16	1.9	16	93	6	53	63	10	0	26	1.26
8615569--8615627	28	2.3	25	74	23	59	62	3	0	33	1.12
8615612--8615678	25	2.7	26	81	11	77	55	0	0	44	0.99
8618527--8618633	3	35.7	3	96	0	196	34	0	0	65	0.93
8619091--8619149	29	2.0	31	83	12	79	25	28	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8619370--8619421	9	6.1	9	76	13	56	34	0	1	63	1.06
8619369--8619418	17	3.0	17	91	2	75	36	0	4	60	1.16
8622067--8622113	16	2.9	16	93	6	78	63	8	2	25	1.34
8622530--8622604	37	2.0	37	100	0	150	32	13	21	33	1.92
8624713--8624750	18	2.1	18	85	9	51	47	5	2	44	1.39
8634434--8634887	95	4.8	95	76	11	288	48	11	14	25	1.78
8634518--8634746	92	2.5	92	85	6	266	49	10	14	24	1.76
8636045--8636101	16	3.6	16	77	11	55	24	21	14	40	1.90
8636144--8636203	31	1.9	30	83	12	77	45	1	5	48	1.34
8636213--8636250	13	2.7	15	84	16	62	36	7	0	55	1.29
8636213--8636248	14	2.6	14	86	13	56	36	8	0	55	1.30
8636794--8636853	23	2.6	23	86	7	77	40	5	1	53	1.33
8636794--8636859	30	2.2	29	86	2	87	39	4	3	53	1.37
8636935--8636980	24	1.9	24	86	8	67	50	0	13	36	1.41
8638468--8638508	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
8638653--8638729	29	2.8	29	77	13	81	19	1	3	75	1.03
8638656--8638729	5	14.6	5	72	13	53	20	1	4	74	1.06
8642691--8642772	40	2.0	40	95	0	146	25	13	26	34	1.93
8643983--8644015	16	2.1	16	100	0	66	45	18	0	36	1.49
8646269--8646351	21	3.8	22	78	12	82	16	24	37	21	1.94
8646291--8646353	24	2.9	22	88	9	85	17	25	36	20	1.94
8650986--8651096	44	2.4	47	82	5	129	42	8	18	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8650986--8651104	48	2.6	44	79	8	130	42	7	19	31	1.79
8651928--8651998	35	2.0	37	88	5	110	32	4	30	32	1.77
8655453--8655506	28	1.9	28	85	7	74	1	18	5	74	1.11
8655463--8655505	14	2.9	15	83	13	54	0	16	4	79	0.90
8668055--8668088	15	2.3	15	89	0	50	17	14	14	52	1.74
8668545--8669655	555	2.0	556	92	0	1857	26	19	22	32	1.97
8677271--8677318	10	4.5	11	84	7	55	81	2	16	0	0.79
8680070--8680125	2	29.0	2	92	7	98	50	0	0	50	1.00
8680286--8680326	19	2.2	19	100	0	82	29	0	0	70	0.87
8680282--8680373	28	3.4	27	76	12	75	22	1	4	71	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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