genome.fa.s9639.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117048_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15077257

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7596038--7596211	65	2.6	65	84	5	224	34	21	8	35	1.84
7596038--7596210	67	2.6	67	86	3	208	34	21	8	35	1.84
7596920--7597271	105	3.3	106	82	4	438	34	25	17	23	1.96
7598641--7598695	21	2.6	20	83	16	67	25	7	0	67	1.16
7598631--7598695	24	2.7	24	77	11	60	24	6	0	69	1.11
7598768--7598828	17	3.3	17	69	20	50	26	6	1	65	1.26
7598824--7598958	43	3.1	42	75	15	130	22	4	2	69	1.20
7599074--7599118	10	4.5	10	86	8	65	17	2	2	77	0.97
7602302--7602348	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
7602817--7603333	83	6.2	83	80	2	407	26	19	23	31	1.98
7602833--7603228	167	2.4	168	81	3	453	25	18	23	32	1.97
7603136--7603292	81	1.9	81	96	0	287	27	21	21	29	1.98
7603623--7603707	43	2.0	44	90	2	136	22	20	28	29	1.98
7603941--7604036	43	2.2	43	86	0	129	22	17	29	30	1.97
7604325--7604399	32	2.3	32	84	4	89	36	22	9	32	1.86
7605641--7605684	2	22.0	2	85	0	61	50	6	0	43	1.29
7605843--7605888	20	2.3	20	96	0	83	13	36	19	30	1.90
7609157--7609192	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
7612409--7612465	28	2.0	28	96	0	105	43	24	8	22	1.81
7612568--7612643	32	2.3	32	95	4	134	48	0	7	43	1.32
7613948--7614134	76	2.5	77	80	4	200	42	10	14	32	1.80
7614286--7614319	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7614544--7614757	102	2.1	101	79	4	225	37	8	13	40	1.75
7618127--7618186	31	1.9	31	89	0	93	26	10	23	40	1.86
7621179--7621226	20	2.3	22	78	7	55	35	12	27	25	1.92
7621775--7621854	23	3.5	23	88	6	119	26	20	26	27	1.99
7621780--7621847	23	2.9	24	95	4	129	23	23	26	26	2.00
7629831--7629895	23	2.8	23	76	2	67	20	20	24	35	1.96
7629831--7629906	23	3.4	22	75	10	64	22	17	25	35	1.95
7633853--7633906	21	2.5	22	82	11	67	33	16	24	25	1.96
7635857--7635990	65	2.1	64	83	6	164	33	20	16	29	1.95
7643786--7643824	16	2.4	16	91	8	62	15	0	20	64	1.30
7644534--7644634	46	2.2	44	80	13	107	25	19	19	34	1.96
7644695--7644745	21	2.4	21	100	0	102	19	31	23	25	1.98
7647899--7647946	20	2.5	19	78	18	55	39	14	18	27	1.90
7648959--7649012	21	2.5	22	79	11	67	33	16	24	25	1.96
7653169--7653222	21	2.5	21	82	8	65	33	14	25	25	1.95
7653244--7653283	15	2.7	15	100	0	80	30	7	35	27	1.84
7655412--7655452	19	2.1	20	86	4	57	24	7	0	68	1.15
7660884--7660908	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
7662357--7662431	2	38.0	2	95	2	134	50	1	0	48	1.09
7662739--7662772	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
7664542--7664602	29	2.1	30	93	3	106	21	22	18	37	1.94
7664622--7664692	27	2.5	28	76	19	76	66	0	1	32	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7664621--7664692	26	2.8	25	83	12	85	66	0	1	31	1.00
7664632--7664692	15	4.1	15	81	10	81	65	0	0	34	0.93
7664614--7664692	18	4.2	19	81	15	85	67	1	1	30	1.07
7664729--7664778	20	2.4	21	83	10	66	44	6	2	48	1.39
7664779--7664853	30	2.3	33	86	8	102	45	8	2	44	1.47
7664774--7664938	38	4.6	37	80	16	170	44	9	3	43	1.51
7664905--7665018	23	5.0	23	69	17	69	44	7	1	46	1.40
7664910--7664969	25	2.6	23	77	17	61	48	11	1	38	1.50
7664965--7665018	7	7.9	7	73	19	51	42	1	1	53	1.22
7664905--7665006	23	4.1	26	75	11	81	44	7	1	46	1.44
7664963--7665017	9	6.0	9	74	18	51	41	1	1	54	1.21
7668515--7668567	24	2.2	24	96	0	97	35	22	11	30	1.89
7670273--7670297	13	1.9	13	100	0	50	68	0	16	16	1.22
7676375--7676425	22	2.3	22	89	0	84	45	11	11	31	1.77
7685785--7685819	18	1.9	18	88	11	54	2	5	25	65	1.28
7686446--7686505	9	6.1	11	77	22	55	65	1	0	33	1.03
7686446--7686505	19	3.1	19	79	13	68	65	1	0	33	1.03
7686601--7686662	31	2.0	32	87	9	94	46	9	3	40	1.53
7686642--7686714	38	1.9	38	88	5	112	47	9	1	41	1.44
7686565--7686697	71	1.9	70	86	9	191	46	9	3	40	1.53
7686679--7686757	23	3.2	26	78	10	87	45	6	0	48	1.28
7686952--7687074	61	2.0	61	83	6	153	28	14	4	52	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7688170--7688224	18	3.1	18	97	0	101	27	7	16	49	1.72
7688662--7689016	36	9.4	38	86	9	428	46	3	5	43	1.46
7688958--7689065	54	2.1	51	87	5	153	49	3	2	44	1.34
7688915--7689023	38	2.7	42	86	8	129	48	4	3	43	1.41
7689014--7689102	39	2.3	38	86	5	117	47	3	4	44	1.40
7689014--7689156	36	3.9	38	80	10	138	43	4	5	46	1.46
7689014--7689157	37	3.9	36	76	13	116	43	4	5	47	1.46
7690938--7690980	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
7696746--7696770	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
7704191--7704252	12	4.1	15	76	21	58	77	0	11	11	1.00
7704195--7704252	27	2.1	27	81	12	66	77	0	12	10	0.99
7705300--7705356	18	3.0	20	71	10	64	45	12	22	19	1.83
7705190--7705456	90	2.9	90	83	5	331	38	14	22	23	1.92
7705301--7705363	20	3.3	19	74	17	67	41	12	22	23	1.88
7705865--7705889	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
7706312--7706387	19	3.9	19	96	3	134	31	21	27	19	1.97
7707939--7707976	16	2.5	16	87	8	53	36	7	5	50	1.54
7711157--7711352	95	2.1	94	85	3	268	33	16	17	32	1.92
7712511--7713430	165	5.6	164	84	2	967	30	24	19	25	1.98
7712551--7713449	329	2.7	325	81	6	1014	31	24	20	24	1.98
7712552--7713451	80	11.0	80	77	6	766	30	24	20	24	1.98
7713983--7714023	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7714010--7714524	36	13.9	36	82	10	433	44	3	5	46	1.44
7714006--7714517	70	6.9	72	82	12	515	44	3	5	46	1.44
7714421--7714518	35	2.8	35	80	10	94	45	4	5	44	1.44
7714522--7714578	19	3.0	19	80	10	71	26	1	0	71	0.95
7716292--7716521	98	2.3	99	93	0	390	42	10	4	42	1.60
7717389--7717696	44	7.0	44	74	11	204	25	16	4	52	1.63
7717389--7717696	132	2.3	130	80	7	320	25	16	4	52	1.63
7717471--7717659	44	4.4	42	82	5	209	24	17	5	51	1.67
7720517--7720585	3	23.0	3	100	0	138	33	0	0	66	0.92
7726431--7726531	21	4.8	21	85	4	141	19	15	29	34	1.93
7726432--7726551	63	1.9	62	86	5	170	20	15	29	34	1.94
7726697--7726721	11	2.3	11	100	0	50	36	8	8	48	1.62
7731087--7731148	28	2.3	27	72	10	65	40	0	0	59	0.97
7732513--7732573	22	2.9	19	76	21	52	72	1	9	16	1.19
7733667--7733693	11	2.5	11	100	0	54	85	0	0	14	0.61
7733658--7733698	13	3.3	13	83	13	59	80	0	2	17	0.82
7733815--7733855	18	2.3	18	95	0	73	51	7	2	39	1.43
7734137--7734263	44	2.9	44	84	2	157	25	13	24	36	1.92
7745867--7745895	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
7747812--7747868	28	2.1	27	87	6	80	45	12	1	40	1.52
7749144--7749199	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
7753198--7753270	37	2.0	37	94	0	128	31	5	12	50	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7760613--7760664	24	2.2	24	89	0	77	38	5	9	46	1.61
7764776--7764826	26	2.0	26	100	0	102	39	17	7	35	1.79
7767455--7767494	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
7767494--7767525	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
7769940--7769992	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
7770201--7770288	44	2.0	45	93	2	151	42	17	13	27	1.86
7783184--7783874	342	2.0	342	90	1	1071	38	18	13	29	1.89
7789008--7789039	15	2.1	15	94	0	55	25	6	21	46	1.74
7789093--7789407	54	5.8	54	83	4	368	35	14	17	32	1.90
7789095--7789397	162	1.9	162	87	1	446	36	15	16	31	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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