genome.fa.s9639.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117048_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15077257

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14630569--14630593	8	3.1	8	100	0	50	12	12	36	40	1.79
14632519--14632549	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
14634065--14634134	32	2.2	32	100	0	140	35	25	18	20	1.95
14635045--14635219	87	2.0	88	87	1	253	35	18	18	27	1.94
14646966--14647009	22	2.0	22	95	0	79	18	38	0	43	1.50
14655381--14655820	54	8.1	55	84	3	500	34	17	17	30	1.94
14658772--14658816	23	2.0	23	100	0	90	31	22	11	35	1.89
14660817--14660848	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14661451--14661892	55	8.1	55	85	2	532	35	17	16	29	1.92
14661386--14661892	110	4.6	110	80	4	535	35	17	16	29	1.93
14679282--14679627	44	7.9	44	88	0	485	26	20	11	41	1.86
14679428--14679501	25	3.2	25	60	21	61	25	24	12	37	1.90
14680014--14680048	18	1.9	18	88	0	52	28	25	8	37	1.85
14680160--14680204	21	2.3	19	88	7	63	37	22	4	35	1.74
14686329--14686593	44	6.0	44	89	0	395	26	21	12	38	1.89
14701113--14701152	20	2.0	20	90	0	62	45	0	32	22	1.53
14701133--14701247	29	4.0	29	93	3	178	40	6	23	28	1.80
14701475--14701574	24	4.2	24	84	0	101	20	22	20	38	1.94
14701448--14701562	48	2.4	48	83	2	133	20	20	20	39	1.93
14701475--14701574	48	2.1	48	82	0	119	20	22	20	38	1.94
14701467--14701622	72	2.2	72	81	4	172	18	21	19	39	1.92
14701492--14701670	24	7.5	24	75	2	81	21	20	17	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14701997--14702026	14	2.1	14	93	0	51	33	10	10	46	1.71
14705142--14705185	13	3.4	13	83	0	61	31	22	13	31	1.93
14723782--14723806	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14728005--14728049	19	2.4	19	92	0	72	37	31	0	31	1.58
14728058--14728094	19	2.0	20	89	10	60	27	35	0	37	1.57
14736677--14736729	27	2.0	27	100	0	106	37	11	16	33	1.85
14736911--14736948	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
14737152--14737189	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
14741913--14742611	4	178.8	4	93	4	1205	26	0	23	50	1.50
14745404--14746150	112	6.5	112	81	8	568	27	22	13	37	1.91
14745984--14746066	27	3.1	27	66	13	73	24	24	12	39	1.89
14751049--14751580	59	9.1	58	84	4	549	26	21	12	39	1.90
14751410--14751511	52	1.9	53	84	9	138	23	23	13	39	1.91
14754982--14755032	20	2.5	20	84	6	59	37	27	3	31	1.75
14760539--14760605	31	2.2	30	86	5	91	32	25	5	35	1.80
14766223--14766277	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
14770236--14770282	18	2.6	18	93	0	85	25	25	29	19	1.98
14770894--14770949	10	5.6	10	93	0	67	50	0	50	0	1.00
14770894--14770949	15	3.7	15	90	0	67	50	0	50	0	1.00
14770897--14770945	5	9.8	5	97	0	71	46	0	53	0	1.00
14771525--14771566	20	2.1	20	100	0	84	52	14	14	19	1.75
14773821--14773937	43	2.7	43	90	2	182	25	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14773814--14773970	43	3.7	43	84	5	165	27	15	24	33	1.95
14774800--14774842	23	2.0	22	86	9	61	58	6	13	20	1.59
14783657--14784118	188	2.5	188	83	4	574	31	17	16	35	1.91
14783938--14784227	109	2.7	108	82	3	345	33	16	15	33	1.91
14788871--14788908	17	2.0	20	85	14	55	39	5	10	44	1.61
14791067--14791115	17	2.9	16	85	8	55	65	4	0	30	1.11
14791161--14791193	17	1.9	17	93	0	57	45	6	3	45	1.43
14791230--14791508	36	7.4	36	76	15	171	44	8	3	43	1.53
14791190--14791506	75	4.2	73	76	15	222	44	8	3	43	1.51
14791231--14791506	38	7.3	38	75	15	218	43	9	3	43	1.53
14792094--14792259	73	2.3	74	84	6	223	24	14	24	37	1.92
14803617--14803650	15	2.3	15	89	0	50	58	0	5	35	1.22
14805204--14805290	5	17.4	5	73	21	76	62	1	1	35	1.11
14805204--14805296	3	32.0	3	69	25	58	62	1	1	35	1.10
14805204--14805296	14	6.6	14	75	20	72	62	1	1	35	1.10
14805187--14805315	37	3.6	37	75	21	125	62	1	1	34	1.14
14805315--14805347	17	1.9	17	93	0	57	45	6	3	45	1.43
14805314--14805424	56	2.0	55	84	10	145	45	8	3	43	1.51
14805371--14805422	23	2.4	22	87	9	72	44	7	3	44	1.51
14805345--14805455	56	1.9	56	83	3	141	42	9	4	43	1.58
14807544--14807599	2	30.0	2	79	13	66	46	3	0	50	1.19
14807552--14807598	13	3.7	13	80	13	62	46	2	0	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14809479--14809533	21	2.6	21	94	0	92	32	12	20	34	1.90
14811266--14811313	18	2.7	18	100	0	96	22	25	8	43	1.81
14815009--14815102	48	2.0	47	83	6	118	41	13	19	25	1.88
14815198--14815248	17	2.9	17	82	2	66	37	5	11	45	1.65
14815199--14815260	18	3.5	18	76	8	65	40	8	9	41	1.67
14817023--14817068	23	2.0	24	86	4	67	21	0	26	52	1.47
14817613--14817649	13	2.9	13	84	15	51	51	2	16	29	1.58
14818924--14818962	17	2.5	15	80	15	51	58	7	2	30	1.39
14823944--14823979	15	2.4	15	100	0	72	25	5	13	55	1.60
14828692--14828725	11	3.1	11	82	0	50	26	26	8	38	1.85
14833007--14833108	42	2.5	42	80	4	118	24	20	25	29	1.99
14832939--14833826	233	3.9	232	83	6	1094	32	15	19	32	1.93
14833295--14833731	218	2.0	218	84	4	578	33	16	18	32	1.93
14832915--14833861	451	2.1	456	82	5	1149	33	15	18	32	1.92
14834106--14834539	133	3.3	132	82	6	513	32	20	17	30	1.95
14835553--14835591	20	2.0	20	94	0	69	79	0	20	0	0.73
14837654--14837748	47	2.0	48	89	2	147	43	15	15	25	1.87
14837842--14837916	17	4.3	17	76	5	78	38	12	12	37	1.79
14845166--14845318	78	2.0	75	83	6	191	39	9	16	33	1.81
14847709--14847777	33	2.1	33	83	5	86	52	2	0	44	1.16
14847709--14847754	17	2.8	17	70	16	51	52	2	0	45	1.13
14847883--14847931	20	2.5	20	80	9	57	69	2	2	26	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14849039--14849164	61	2.0	62	98	1	245	14	12	34	38	1.84
14849193--14849253	3	20.0	3	86	3	86	62	0	0	37	0.96
14849186--14849249	12	5.4	12	80	14	71	59	0	0	40	0.97
14857005--14857058	25	2.3	23	84	9	65	24	24	24	27	2.00
14857012--14857066	25	2.2	25	90	0	83	25	23	23	27	2.00
14857149--14857173	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
14857247--14857283	14	2.4	16	86	8	51	59	16	0	24	1.37
14859781--14859857	18	3.8	19	77	17	77	25	35	22	16	1.95
14859784--14859857	22	3.7	20	78	18	82	25	36	21	16	1.94
14860074--14860113	14	3.2	12	83	16	55	57	7	27	7	1.53
14860081--14860121	14	2.9	14	100	0	82	58	7	26	7	1.51
14861757--14861796	21	2.0	21	85	5	55	52	2	7	37	1.43
14864634--14864707	39	1.9	39	94	2	132	16	27	16	40	1.89
14864647--14864847	91	2.2	92	90	4	311	23	23	16	36	1.94
14864776--14864899	52	2.4	52	95	0	221	29	20	15	34	1.94
14864828--14865044	88	2.4	89	90	3	337	23	22	17	37	1.94
14865437--14865614	66	2.7	66	82	6	193	38	14	21	25	1.92
14865566--14865914	36	9.4	36	82	6	315	36	16	19	27	1.93
14865566--14866005	77	5.9	75	81	6	320	37	16	18	27	1.92
14865601--14866005	108	3.6	113	78	10	345	37	16	18	27	1.92
14865711--14865991	40	7.5	35	74	15	165	35	17	17	29	1.93
14867551--14867837	142	2.0	143	95	4	526	39	13	15	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14870107--14870243	69	2.0	67	97	2	256	29	24	21	23	1.99
14876226--14876327	23	4.7	22	77	14	97	28	24	17	29	1.97
14880229--14880446	32	6.9	32	85	3	273	27	17	20	34	1.95
14888418--14888451	18	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
14889902--14889965	29	2.2	29	80	0	74	32	17	3	46	1.63
14895428--14895483	25	2.2	25	93	0	94	23	28	25	23	1.99
14897432--14897501	29	2.4	30	76	9	81	38	15	2	42	1.62
14898474--14898528	21	2.6	21	94	0	92	27	23	21	27	1.99
14899349--14899407	20	3.0	20	92	0	82	22	20	23	33	1.97
14899607--14899851	130	1.9	127	84	4	330	52	8	18	20	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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