genome.fa.s9639.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117048_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15077257

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2755328--2755374	20	2.3	20	100	0	94	25	10	14	48	1.76
2755419--2755487	19	3.6	19	74	5	68	69	0	7	23	1.13
2756113--2756171	25	2.4	24	83	5	73	61	13	0	25	1.33
2758942--2758985	21	2.1	21	86	0	61	29	20	20	29	1.98
2759465--2759505	14	2.9	14	96	0	73	46	14	0	39	1.45
2759681--2759746	31	2.1	31	88	0	96	31	22	19	25	1.98
2759922--2759982	31	2.0	31	96	0	113	37	21	19	21	1.94
2764560--2764604	18	2.4	19	85	3	65	42	13	13	31	1.82
2765400--2765500	31	3.3	31	88	0	148	33	21	17	26	1.96
2765486--2765519	16	2.1	17	88	5	52	47	17	8	26	1.77
2765681--2765768	31	2.8	31	91	0	131	39	22	18	19	1.92
2768268--2768305	20	1.9	20	84	10	51	52	5	5	36	1.47
2769081--2769198	40	3.0	40	96	0	209	34	12	7	44	1.71
2769960--2769984	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2777968--2778053	42	2.1	41	84	6	111	27	19	19	32	1.97
2778221--2778300	42	1.9	42	82	5	99	26	18	20	35	1.95
2777848--2778466	256	2.4	256	85	4	816	32	15	16	34	1.91
2778653--2779314	38	16.7	38	75	13	543	25	19	16	38	1.92
2778704--2778767	30	2.1	31	85	2	85	26	18	17	37	1.93
2778743--2779288	80	6.7	80	78	10	511	25	19	16	38	1.92
2778743--2779307	205	2.8	205	88	2	795	24	19	16	38	1.92
2778734--2779306	125	4.7	119	78	9	531	24	20	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786159--2786665	45	11.3	45	82	2	536	21	16	18	43	1.88
2787578--2787655	41	1.9	41	91	0	129	32	20	19	28	1.97
2787451--2788040	134	4.4	134	86	2	774	28	18	20	32	1.97
2788253--2788291	3	12.7	3	83	5	51	30	5	0	64	1.15
2790612--2790649	16	2.2	18	86	9	53	47	2	0	50	1.15
2791252--2791311	25	2.4	25	94	0	102	51	3	10	35	1.52
2791587--2791661	25	3.0	25	100	0	150	52	4	8	36	1.50
2794910--2794979	21	3.2	21	74	11	70	20	0	8	71	1.11
2794906--2794995	44	2.0	41	83	12	108	18	0	10	71	1.14
2801040--2801200	76	2.2	73	83	9	202	34	14	13	37	1.85
2801534--2801866	39	8.5	39	89	1	488	32	16	15	36	1.89
2801534--2801866	79	4.2	78	92	1	488	32	16	15	36	1.89
2804176--2804247	26	2.6	28	77	16	80	18	2	4	75	1.09
2804182--2804259	23	3.3	23	76	15	70	19	2	3	74	1.09
2805678--2805831	25	5.7	25	75	14	128	39	2	14	43	1.59
2805761--2805831	27	2.7	26	82	6	99	39	2	15	42	1.62
2808644--2808848	112	1.8	112	85	8	292	54	11	2	31	1.51
2808289--2808846	289	1.9	286	88	6	831	53	11	2	31	1.51
2809030--2809082	25	2.1	25	85	0	70	32	22	13	32	1.92
2809749--2809788	20	2.0	20	95	0	71	37	15	12	35	1.85
2815064--2815125	32	2.0	31	87	9	92	64	6	6	22	1.40
2817955--2818058	44	2.4	45	78	10	108	39	17	18	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2818408--2818775	59	6.3	60	73	12	225	36	12	21	29	1.90
2818417--2818678	117	2.2	117	83	5	307	38	11	19	30	1.87
2818440--2818718	117	2.4	117	78	8	273	36	11	20	31	1.88
2819192--2819233	21	2.0	21	86	9	59	23	16	26	33	1.96
2825107--2825178	19	3.8	19	100	0	144	26	20	30	22	1.98
2825046--2825241	101	1.9	102	81	9	240	32	18	23	24	1.97
2825585--2825861	59	4.7	58	74	7	170	37	9	20	31	1.85
2825778--2825890	59	1.9	59	87	3	165	35	11	19	33	1.88
2825778--2825916	59	2.4	59	81	7	140	36	10	20	31	1.87
2826341--2826380	21	1.9	21	85	10	55	25	17	25	32	1.97
2826456--2826499	23	2.0	22	86	4	61	22	20	15	40	1.90
2827424--2827489	28	2.5	26	76	9	71	71	3	3	22	1.14
2834090--2834115	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
2835242--2835284	20	2.1	20	79	16	52	39	0	0	60	0.97
2842619--2842670	27	1.9	27	84	7	70	65	3	3	26	1.27
2843712--2843769	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
2843712--2843771	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
2845047--2845094	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
2846466--2846542	21	3.7	21	92	0	136	24	18	35	22	1.96
2846622--2846681	29	2.0	30	90	6	95	45	15	6	33	1.72
2846622--2846681	31	2.0	29	90	6	93	45	15	6	33	1.72
2850272--2850308	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2850341--2850419	21	3.9	19	77	11	68	27	18	21	31	1.97
2850393--2850439	19	2.4	20	96	3	87	42	17	17	23	1.88
2850861--2850909	20	2.5	20	86	0	62	20	18	24	36	1.94
2850877--2850930	19	2.8	20	88	2	74	12	16	22	48	1.80
2851374--2851690	157	2.0	158	96	3	595	26	20	20	31	1.98
2853126--2853194	20	3.5	20	91	0	93	21	17	24	36	1.95
2853162--2853224	20	3.2	20	88	0	81	15	11	22	50	1.75
2853702--2853807	41	2.6	40	84	4	131	20	36	18	23	1.95
2853698--2853803	21	5.1	21	73	8	92	19	35	19	24	1.95
2855339--2855613	20	14.9	20	70	15	137	23	17	20	38	1.93
2855305--2855438	34	3.9	34	73	15	103	22	19	20	38	1.94
2855339--2855537	91	2.2	93	80	6	226	23	17	21	38	1.93
2855472--2855605	53	2.5	53	86	2	178	21	17	20	39	1.92
2858931--2859066	20	6.7	20	74	13	82	24	22	23	30	1.99
2858918--2859017	41	2.4	41	90	3	148	24	22	24	30	1.99
2858918--2859045	20	6.3	20	74	13	109	25	21	24	29	1.99
2859092--2859136	21	2.1	21	84	8	56	42	15	20	22	1.89
2859561--2859596	3	12.3	3	94	5	65	36	0	0	63	0.94
2861127--2861180	19	2.7	21	83	13	62	14	5	3	75	1.12
2872585--2872714	62	2.1	63	97	1	244	15	25	20	39	1.91
2879114--2879156	21	2.0	21	100	0	86	18	4	27	48	1.68
2883918--2883971	22	2.4	23	81	3	65	66	0	1	31	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2890471--2890518	13	3.8	13	78	13	55	54	0	2	43	1.12
2890744--2890818	38	2.0	37	87	5	107	18	17	17	46	1.84
2903508--2903588	13	5.9	14	68	15	53	49	0	2	48	1.14
2903515--2903553	19	2.1	18	95	4	69	56	0	0	43	0.99
2903883--2904321	69	6.4	69	91	1	702	40	18	14	26	1.90
2905067--2905102	15	2.4	15	85	0	54	52	0	41	5	1.24
2913426--2913452	12	2.2	12	100	0	54	33	33	25	7	1.84
2916258--2916306	3	17.3	3	85	12	68	38	0	0	61	0.96
2919905--2919992	32	2.8	32	76	11	92	68	3	1	27	1.13
2921907--2922356	85	5.3	85	82	5	523	26	18	20	34	1.96
2921957--2922356	171	2.3	171	89	0	602	26	18	20	34	1.96
2922426--2922771	124	2.8	124	89	0	532	25	14	24	35	1.93
2922840--2923024	64	2.8	64	86	4	255	31	14	18	34	1.92
2923878--2924138	95	2.7	95	86	3	326	31	17	18	33	1.94
2928506--2928587	3	27.7	3	72	18	57	74	1	1	23	0.96
2928432--2928602	16	10.4	16	70	19	88	71	2	2	22	1.10
2928499--2928622	33	3.8	32	73	18	94	72	1	1	24	1.02
2928525--2928602	41	1.9	41	89	7	124	75	2	1	20	0.99
2931339--2931378	21	1.9	21	89	0	62	60	5	2	32	1.32
2938613--2938714	31	3.3	31	95	0	186	39	21	18	20	1.93
2942923--2943005	3	27.7	3	95	4	150	67	0	32	0	0.91
2943690--2944234	196	2.8	194	78	7	494	33	10	20	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2945772--2946006	80	2.9	80	85	2	312	41	8	10	38	1.71
2946220--2946305	35	2.4	36	79	11	97	33	8	31	26	1.86
2951085--2951159	35	2.1	35	85	4	98	45	18	0	36	1.50
2952522--2952553	10	3.4	10	83	16	50	40	0	0	59	0.97
2955723--2955791	18	3.6	18	70	14	57	46	23	0	30	1.53
2956017--2956069	25	2.1	26	89	3	81	54	3	7	33	1.46
2956058--2956101	20	2.2	21	88	8	65	65	2	2	29	1.16
2956335--2956367	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
2956433--2956475	16	2.7	16	88	0	68	60	20	9	9	1.55
2956429--2956481	22	2.5	20	77	16	54	60	18	9	11	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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