genome.fa.s9639.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117048_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15077257

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145813--2145855	17	2.5	17	100	0	86	37	27	30	4	1.77
2151397--2151422	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
2151626--2151977	186	1.9	187	85	5	498	25	13	19	41	1.88
2153802--2153853	19	2.7	19	96	0	95	26	32	21	19	1.97
2153736--2153898	84	2.0	83	85	3	220	29	25	18	26	1.98
2154261--2154298	14	2.8	14	96	4	69	18	7	13	60	1.56
2168252--2168602	177	2.0	179	94	5	620	31	19	12	37	1.89
2169488--2169532	22	2.1	21	83	4	54	35	26	13	24	1.92
2181120--2181494	135	2.8	135	85	6	417	48	7	6	37	1.58
2181130--2181494	132	2.7	132	85	6	436	48	7	6	37	1.59
2181152--2181539	132	3.0	129	81	10	368	49	7	6	36	1.58
2182964--2183046	3	29.0	3	73	9	75	62	3	0	33	1.12
2183503--2183997	107	4.5	112	83	7	590	30	15	14	39	1.88
2185975--2186008	17	1.9	18	88	5	52	44	20	17	17	1.87
2191579--2191673	3	32.3	3	89	4	149	66	2	0	31	1.04
2192158--2192207	20	2.5	20	83	3	66	28	16	28	28	1.97
2208290--2208340	12	4.2	12	75	12	50	9	33	0	56	1.32
2214135--2214198	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
2219633--2219719	14	5.7	15	75	15	56	41	43	8	6	1.61
2219652--2219720	6	11.5	6	85	0	75	42	47	7	2	1.46
2219651--2219726	24	3.2	24	84	0	98	39	47	10	2	1.52
2219656--2219722	22	3.0	22	83	12	93	40	47	8	2	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219664--2219734	6	12.2	6	83	5	74	35	49	14	1	1.52
2219652--2219728	28	2.8	28	85	0	91	38	48	10	2	1.51
2220752--2220875	62	2.0	62	96	0	230	29	6	14	50	1.68
2221830--2221893	3	20.7	3	84	12	58	40	1	0	57	1.08
2221830--2221900	28	2.5	28	80	11	81	39	2	0	57	1.13
2221830--2221893	15	4.1	16	78	6	78	40	1	0	57	1.08
2223372--2223429	30	1.9	31	82	6	75	25	5	24	44	1.74
2224512--2224551	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2226087--2226111	13	1.9	13	100	0	50	60	0	32	8	1.26
2227417--2227459	12	3.2	14	81	18	56	20	13	13	51	1.76
2229884--2229974	36	2.5	37	80	5	94	31	19	13	35	1.90
2229914--2229998	37	2.3	37	93	2	145	28	17	14	40	1.88
2229930--2230168	102	2.3	103	82	5	315	27	17	12	41	1.86
2230051--2230440	66	5.9	66	84	3	500	27	18	13	40	1.88
2230122--2230161	21	1.9	21	84	0	53	25	20	12	42	1.86
2230069--2230435	198	1.8	198	89	4	578	26	18	13	40	1.88
2229930--2230373	102	4.4	101	68	19	300	27	17	13	41	1.87
2230442--2230801	131	2.7	131	79	5	357	26	30	17	25	1.97
2231320--2231363	21	2.1	21	83	8	54	47	15	27	9	1.76
2235418--2235463	20	2.3	20	88	0	65	34	21	19	23	1.96
2235633--2235680	22	2.2	22	88	0	69	22	43	12	20	1.86
2236009--2236059	20	2.5	20	96	0	93	50	21	13	13	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2236060--2236139	20	4.1	20	95	1	135	10	17	22	50	1.76
2237736--2237765	14	2.1	14	93	0	51	50	3	13	33	1.58
2237637--2237788	81	1.9	82	85	9	213	42	8	11	37	1.72
2238536--2238582	23	2.0	24	95	4	87	48	17	4	29	1.65
2239375--2239538	43	3.9	42	77	9	163	35	20	21	23	1.96
2239339--2239512	43	4.1	43	76	11	144	35	20	22	21	1.96
2239549--2239655	42	2.5	42	85	4	144	34	22	22	20	1.97
2239549--2239655	43	2.5	43	86	3	146	34	22	22	20	1.97
2241114--2241276	82	2.0	83	83	2	211	37	25	10	26	1.88
2242999--2243343	41	8.4	41	80	6	342	33	18	20	27	1.96
2242994--2243343	83	4.3	82	82	6	390	33	18	20	28	1.96
2242999--2243343	124	2.8	123	81	7	389	33	18	20	27	1.96
2249208--2249237	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
2249487--2249582	3	32.0	3	91	0	156	37	0	0	62	0.95
2250006--2250041	19	1.9	18	88	5	54	58	11	25	5	1.54
2250733--2250770	19	2.1	19	85	5	51	31	5	2	60	1.33
2251478--2251531	26	2.0	28	86	10	78	44	5	1	48	1.37
2263276--2263672	83	4.8	83	97	0	742	27	14	21	36	1.92
2264555--2264599	24	1.9	23	82	13	56	48	6	26	17	1.72
2264401--2264949	113	4.9	113	91	0	850	38	12	19	29	1.89
2265275--2265369	3	31.7	3	82	4	120	38	0	0	61	0.96
2265792--2265828	19	1.9	19	89	10	58	59	10	24	5	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267933--2267998	32	2.1	32	100	0	132	65	3	28	3	1.23
2270963--2271022	20	3.0	20	83	9	77	20	25	10	45	1.81
2270921--2270990	28	2.6	27	75	4	70	18	21	10	50	1.76
2272369--2272439	6	11.5	6	78	16	74	78	0	21	0	0.74
2272384--2272415	4	7.8	4	93	6	55	78	0	21	0	0.76
2272371--2272443	37	1.9	38	86	13	107	78	0	21	0	0.76
2274356--2274658	57	5.4	57	83	3	359	31	12	16	39	1.86
2274355--2274658	111	2.7	111	81	7	339	31	12	16	39	1.86
2275307--2275331	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
2275371--2275409	18	2.2	18	90	0	60	35	17	20	25	1.95
2275560--2275660	37	2.8	36	78	3	103	22	15	17	43	1.87
2276219--2276394	77	2.3	77	85	8	225	36	17	18	27	1.93
2276295--2276602	120	2.5	122	81	6	349	36	17	18	27	1.93
2276796--2276827	9	3.6	9	91	0	55	34	21	0	43	1.53
2280681--2280732	22	2.4	22	93	0	86	59	7	9	23	1.54
2283699--2283793	33	2.9	33	85	3	129	20	25	18	35	1.95
2289802--2289936	47	2.8	51	76	13	133	51	2	0	45	1.18
2290339--2290381	3	15.0	3	81	18	56	32	0	0	67	0.91
2290339--2290381	11	4.0	11	93	3	70	32	0	0	67	0.91
2292288--2292620	127	2.6	129	86	4	465	31	12	16	39	1.86
2294084--2294161	19	3.9	19	82	9	77	34	15	24	25	1.95
2294663--2294728	26	2.5	26	92	0	105	45	13	19	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2294631--2294775	71	2.0	73	91	2	240	46	11	18	23	1.82
2294689--2294819	47	2.8	45	84	5	156	45	9	21	22	1.81
2296708--2296754	20	2.3	20	100	0	94	36	14	19	29	1.92
2299412--2299951	269	2.0	268	95	3	980	38	14	19	28	1.90
2301024--2301060	20	1.9	20	88	5	58	37	13	27	21	1.91
2301664--2301729	27	2.5	27	90	4	100	39	15	21	24	1.91
2301716--2301814	20	4.7	20	77	15	101	42	11	24	22	1.85
2301639--2301906	73	3.8	71	84	10	354	44	11	21	23	1.84
2301689--2301937	46	5.4	46	76	13	253	43	11	21	23	1.85
2301645--2301932	138	2.1	137	92	1	477	42	11	22	23	1.86
2301802--2301913	26	4.5	26	77	15	130	45	10	21	22	1.82
2301632--2301840	111	1.8	112	86	10	298	42	12	21	23	1.87
2301827--2301958	46	2.9	47	82	3	169	44	9	22	22	1.82
2309787--2309820	14	2.4	14	90	0	50	76	0	14	8	1.01
2309805--2309852	20	2.5	17	78	21	51	81	0	18	0	0.70
2309803--2309851	11	4.5	11	78	14	57	81	0	18	0	0.69
2309792--2309838	7	6.4	7	82	7	58	78	0	19	2	0.85
2309803--2309854	22	2.3	23	83	6	63	78	0	21	0	0.74
2311105--2311437	133	2.5	131	87	3	447	29	22	17	30	1.97
2311641--2311701	3	21.3	3	90	9	101	31	0	0	68	0.89
2311641--2311701	28	2.1	29	96	3	115	31	0	0	68	0.89
2313126--2313263	61	2.3	61	81	11	158	18	11	10	58	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313152--2313294	61	2.4	60	81	11	159	19	9	11	58	1.60
2314778--2314896	60	2.0	60	85	3	159	45	5	17	31	1.72
2315783--2315812	6	5.2	6	92	8	53	0	16	53	30	1.44
2315844--2315919	2	41.0	2	75	19	67	42	0	1	56	1.07
2315843--2315919	32	2.4	32	89	8	120	41	0	1	57	1.07
2317984--2318088	23	4.7	23	80	9	119	25	16	25	32	1.96
2318791--2318849	25	2.5	24	80	5	66	62	1	0	35	1.05
2319237--2319285	25	2.0	25	83	0	62	36	12	8	42	1.72
2319493--2319536	18	2.5	17	85	7	61	13	0	2	84	0.73
2319493--2319543	6	8.8	6	79	14	54	13	0	1	84	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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