genome.fa.s9639.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117048_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15077257

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2532479--2532544	26	2.6	25	95	4	116	25	16	18	39	1.91
2533589--2533627	21	1.9	20	94	0	60	28	15	15	41	1.87
2534271--2534307	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2539162--2539248	45	1.9	45	92	0	147	34	3	29	32	1.74
2539916--2539981	34	1.9	34	96	0	123	30	9	10	50	1.68
2542515--2542632	62	1.9	62	91	3	195	34	12	8	44	1.73
2542764--2542841	33	2.3	33	84	2	93	37	20	2	39	1.66
2543499--2543736	122	1.9	123	87	5	347	34	14	18	32	1.91
2544324--2544390	30	2.2	31	84	10	93	29	19	25	25	1.98
2550042--2550413	199	1.9	197	90	3	595	40	8	12	38	1.74
2553693--2554012	158	2.0	158	99	0	633	35	17	9	38	1.82
2554842--2554876	7	5.0	7	96	0	52	65	0	34	0	0.93
2558820--2558856	6	6.2	6	93	0	65	32	13	0	54	1.40
2558822--2558863	12	3.4	12	90	3	66	35	9	0	54	1.33
2559936--2560030	35	2.7	35	78	4	93	30	17	26	25	1.98
2560918--2560954	10	3.7	10	88	0	56	54	37	0	8	1.30
2571242--2571278	5	7.6	5	85	14	51	16	2	0	81	0.81
2576301--2576352	26	2.0	26	96	0	95	40	19	17	23	1.91
2577726--2577790	25	2.4	27	85	12	82	78	0	15	6	0.94
2577728--2577858	7	18.7	7	70	17	78	79	0	14	6	0.91
2577728--2577858	8	15.6	8	71	21	83	79	0	14	6	0.91
2577769--2577851	19	4.3	18	76	14	69	79	0	14	6	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2577729--2577850	25	4.7	27	75	13	80	78	0	14	6	0.94
2577728--2577850	13	8.9	13	73	19	83	78	0	14	6	0.93
2577728--2577858	15	9.3	14	73	15	92	79	0	14	6	0.91
2579012--2579110	50	2.0	50	93	0	171	46	11	12	30	1.76
2579840--2580293	38	11.6	38	80	6	462	25	18	16	39	1.91
2579840--2580293	113	3.9	114	83	4	437	25	18	16	39	1.91
2580241--2580437	45	4.4	45	84	6	244	27	16	15	40	1.89
2580259--2580437	90	2.0	90	90	4	281	27	16	15	40	1.89
2580416--2580456	21	2.0	21	90	0	64	31	17	12	39	1.86
2580372--2580503	66	2.0	65	85	5	176	25	17	15	40	1.89
2580439--2580636	45	4.4	45	79	5	222	21	17	18	41	1.90
2580342--2580543	111	1.8	110	86	8	293	24	17	16	41	1.90
2580282--2580593	156	2.0	156	83	6	400	25	16	16	41	1.90
2580463--2580632	90	1.9	90	92	2	288	20	17	20	41	1.91
2580259--2580632	201	1.9	200	83	6	488	24	17	17	40	1.90
2580627--2581133	134	3.8	132	79	6	490	30	19	18	32	1.95
2580627--2581133	267	1.9	266	81	6	616	30	19	18	32	1.95
2581288--2581339	3	18.0	3	84	15	74	30	0	0	69	0.89
2581288--2581339	19	2.8	18	94	5	86	30	0	0	69	0.89
2581287--2581337	16	2.9	18	81	18	72	29	0	0	70	0.87
2582534--2582703	85	2.0	85	91	2	263	18	21	11	48	1.80
2586625--2586686	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2588503--2588540	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2591260--2591287	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2593989--2594128	57	2.4	57	77	5	147	40	12	10	37	1.76
2600143--2600191	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2600573--2600612	15	2.6	16	84	11	57	57	0	2	40	1.12
2601981--2602039	20	3.0	20	69	11	59	18	23	8	49	1.75
2602239--2602891	235	2.8	234	83	5	755	27	18	15	38	1.91
2602479--2602888	122	3.4	121	77	10	484	27	18	14	39	1.90
2602927--2603124	36	5.5	35	68	8	139	39	12	17	30	1.86
2602903--2603079	37	4.8	36	72	2	147	36	12	17	32	1.88
2602910--2603124	73	3.0	72	89	4	308	38	12	18	31	1.87
2604171--2604308	54	2.6	54	85	0	186	23	23	15	36	1.94
2609950--2610005	27	2.1	26	86	3	76	64	8	8	17	1.48
2610167--2610253	43	2.0	44	84	2	113	34	22	12	29	1.92
2611186--2611231	23	2.0	23	83	12	58	71	2	0	26	0.97
2611761--2611785	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2612224--2612257	11	3.0	11	87	8	50	67	0	2	29	1.05
2612224--2612258	12	3.0	12	91	4	54	65	0	2	31	1.07
2612315--2612372	15	3.9	15	74	17	57	65	0	5	29	1.14
2612745--2612830	30	2.9	30	81	5	84	36	22	26	15	1.93
2613605--2613658	21	2.6	21	96	0	99	27	31	22	18	1.97
2613605--2613657	10	5.1	10	80	8	61	26	32	22	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2613612--2613658	10	4.5	11	81	10	62	31	29	21	17	1.96
2614614--2614652	12	3.2	12	96	0	69	56	0	0	43	0.99
2617080--2617125	23	2.0	23	100	0	92	26	8	13	52	1.69
2618116--2618182	25	2.7	24	81	9	64	56	4	1	37	1.29
2618156--2618219	31	2.1	31	84	0	83	59	4	0	35	1.18
2618192--2618268	15	5.2	14	70	21	50	71	2	0	25	0.99
2618880--2618927	16	3.2	15	81	16	55	37	0	0	62	0.95
2619490--2619534	21	2.1	21	100	0	90	42	24	11	22	1.86
2619999--2620094	48	2.0	48	100	0	192	31	16	18	33	1.94
2624466--2624506	20	2.2	20	83	16	52	39	0	0	60	0.96
2624454--2624513	29	2.0	31	84	12	81	40	0	0	60	0.97
2624500--2624558	29	2.1	28	79	17	70	44	6	0	49	1.29
2624862--2624927	31	2.1	31	88	0	96	16	13	12	57	1.65
2627655--2627718	32	2.0	32	96	0	119	21	10	31	35	1.88
2628943--2629020	23	3.4	23	96	0	138	58	12	5	23	1.54
2629382--2629454	20	3.7	20	100	0	146	34	19	15	31	1.92
2632297--2632355	20	2.9	19	87	7	73	28	18	22	30	1.97
2664422--2664475	19	2.8	19	94	2	90	20	7	7	64	1.43
2666709--2666792	13	6.1	13	69	28	50	73	0	3	22	0.98
2666865--2666907	18	2.3	19	84	4	52	74	2	0	23	0.93
2673801--2673869	29	2.3	30	95	2	122	44	11	21	21	1.84
2674936--2674977	20	2.1	20	90	0	66	45	11	21	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2677890--2677945	20	2.6	22	78	21	66	30	19	23	26	1.98
2681813--2681870	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
2684010--2684040	16	1.9	16	100	0	62	45	6	25	22	1.76
2685902--2685927	11	2.4	11	100	0	52	0	7	7	84	0.77
2699110--2699157	12	4.2	11	84	12	53	31	2	0	66	1.03
2699110--2699157	24	2.1	22	84	7	60	31	2	0	66	1.03
2699311--2699385	15	4.9	14	72	24	53	37	2	2	57	1.27
2706432--2706470	20	2.1	18	85	9	51	51	2	33	12	1.54
2711356--2711857	123	4.1	123	91	1	778	39	16	19	25	1.92
2711984--2712026	16	2.6	16	82	17	61	25	0	0	74	0.82
2713328--2713361	12	2.7	13	86	9	52	35	0	0	64	0.94
2713515--2713552	15	2.5	15	84	12	51	36	2	0	60	1.11
2715626--2715658	17	2.0	17	88	5	50	33	0	3	63	1.10
2717607--2717660	19	2.9	19	78	13	58	46	1	1	50	1.23
2717765--2717827	17	3.4	17	71	23	54	44	0	1	53	1.10
2717742--2717856	39	3.0	39	81	7	121	46	1	1	50	1.22
2717743--2717856	20	5.8	20	68	20	71	46	1	1	50	1.22
2717969--2718017	23	2.1	23	85	11	64	40	2	4	53	1.32
2720711--2720763	21	2.5	21	85	14	65	26	15	28	30	1.96
2723485--2723520	3	12.0	3	93	0	63	0	69	0	30	0.89
2723519--2723585	3	22.3	3	100	0	134	32	32	0	34	1.58
2725302--2725362	31	2.0	31	100	0	122	16	13	14	55	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2730613--2730646	12	2.8	12	90	4	50	26	2	5	64	1.30
2733968--2734045	35	2.2	35	80	15	90	55	8	8	26	1.61
2734642--2734677	18	2.0	18	88	0	54	25	19	27	27	1.99
2736361--2736401	18	2.3	18	87	4	57	60	2	7	29	1.36
2744530--2744555	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2744529--2744560	16	1.9	16	93	6	55	75	0	0	25	0.81
2744952--2745002	23	2.2	23	96	0	93	33	11	21	33	1.90
2745212--2745341	43	3.0	42	71	18	104	56	13	0	29	1.44
2752041--2752081	14	2.9	14	85	0	55	24	2	0	73	0.96
2752245--2752274	15	2.0	15	100	0	60	60	13	20	6	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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