genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3842500

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299--575	53	5.3	51	65	17	147	31	15	24	28	1.95
350--417	28	2.4	27	88	9	93	26	19	30	23	1.98
405--575	51	3.3	52	76	8	152	31	14	24	29	1.94
562--630	26	2.6	26	86	9	86	21	23	30	24	1.99
3046--3071	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
3025--3091	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
3111--3178	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
3133--3157	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
3114--3176	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
3234--3290	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
3295--3346	1	52.0	1	94	0	77	3	1	0	94	0.37
3295--3349	20	2.9	20	92	7	89	7	3	0	89	0.60
3944--4445	55	8.9	55	83	9	561	26	20	25	27	1.99
3999--4464	116	4.1	116	88	5	727	26	20	24	27	1.99
4249--4389	27	5.1	27	58	3	66	28	21	23	26	1.99
3944--4445	110	4.5	110	87	5	652	26	20	25	27	1.99
7975--8053	1	79.0	1	84	0	104	92	3	3	0	0.46
9018--9973	55	17.3	55	91	3	1385	28	30	20	20	1.97
9175--9261	26	3.2	26	65	23	70	28	35	18	17	1.93
9567--9707	26	5.2	26	61	16	70	29	27	19	24	1.98
9018--9973	165	5.8	166	93	2	1534	28	30	20	20	1.97
9754--9901	29	5.3	29	59	18	71	28	31	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10570--10619	1	50.0	1	93	0	73	94	0	2	4	0.38
10567--10619	19	2.9	19	91	8	85	88	0	3	7	0.61
10624--10680	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
10736--10803	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
10757--10781	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
10738--10800	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
10843--10868	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
10823--10889	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
13337--13718	52	7.3	52	71	15	261	28	25	13	32	1.93
13337--13717	104	3.6	103	75	15	402	28	25	13	33	1.93
13490--13562	28	2.6	30	87	8	100	24	30	19	26	1.98
13222--13785	212	2.6	212	96	1	1004	27	26	14	31	1.94
13702--13778	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
14905--15083	30	6.0	30	81	3	175	33	13	27	24	1.94
14899--15088	59	3.2	57	77	9	177	33	13	28	24	1.94
19710--19771	29	2.1	29	96	0	115	29	32	14	24	1.94
22297--22382	21	4.0	22	79	11	106	36	11	23	29	1.90
22297--22382	43	2.0	43	84	8	113	36	11	23	29	1.90
22370--22400	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
22423--22459	19	1.9	19	94	0	65	35	10	10	43	1.75
22424--22560	53	2.6	53	90	3	213	29	16	16	38	1.90
22548--22601	20	2.7	20	80	8	65	29	14	16	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22640--22680	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
25349--25473	51	2.4	52	83	1	153	45	9	15	29	1.77
29110--29386	139	2.0	140	89	4	427	30	17	11	40	1.85
30308--30349	22	1.9	22	95	0	75	40	23	9	26	1.85
40876--40929	20	2.7	20	88	5	74	38	18	11	31	1.86
40958--41031	20	3.8	19	73	12	62	31	16	18	33	1.93
40958--41010	19	2.7	20	82	2	63	33	15	16	33	1.90
46001--46051	20	2.5	20	75	12	59	60	0	1	37	1.08
46604--46646	15	2.6	16	82	14	52	67	0	0	32	0.91
46664--46706	23	2.0	21	86	9	59	60	0	0	39	0.97
48986--49033	2	24.0	2	95	0	87	50	0	2	47	1.12
51173--51198	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
51153--51216	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
51332--51372	20	2.0	20	90	0	64	26	12	21	39	1.89
53781--53805	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
54505--54530	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
58272--58296	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
59139--59190	21	2.5	21	100	0	104	40	3	21	34	1.71
60127--60152	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
66753--66816	33	2.0	32	87	3	92	26	12	20	40	1.88
66773--66798	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
66858--66910	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68770--68877	57	1.9	57	84	7	148	34	13	21	30	1.92
76091--76151	4	15.2	4	96	0	113	72	1	26	0	0.94
76258--76291	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
77701--77729	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
79012--79056	12	3.4	13	82	14	56	68	2	2	26	1.12
81059--81099	14	3.0	14	82	7	57	56	0	0	43	0.99
81098--81128	16	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
81017--81147	24	5.6	24	72	10	103	51	0	0	47	1.06
81339--81402	7	9.1	7	72	13	51	43	4	0	51	1.22
85797--85825	14	2.1	14	100	0	58	44	20	0	34	1.52
88448--88508	32	1.9	32	89	0	95	27	22	18	31	1.97
90072--90101	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
90896--90920	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
92109--92180	28	2.6	28	93	2	119	66	4	1	27	1.18
92109--92198	27	3.2	28	87	4	119	64	5	3	26	1.31
92109--92195	28	3.1	28	88	3	113	64	5	3	26	1.32
92544--92589	22	2.1	22	95	0	83	50	4	15	30	1.63
93392--93444	25	2.0	28	85	10	76	64	5	3	26	1.33
94455--94558	53	2.0	53	96	0	190	38	9	16	35	1.81
96023--96055	12	2.8	12	86	13	50	57	0	0	42	0.98
97186--97224	2	19.5	2	89	0	60	46	5	0	48	1.24
97769--97810	22	2.0	22	85	4	59	42	4	14	38	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98622--98662	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
98903--99004	49	2.1	49	94	0	177	37	18	14	29	1.91
99642--99713	35	2.0	36	81	7	85	54	1	4	40	1.28
99653--99733	36	2.3	34	85	6	99	54	1	6	38	1.33
99951--99975	12	2.1	12	100	0	50	68	16	8	8	1.38
101620--101648	14	2.1	14	100	0	58	58	13	6	20	1.58
102723--102799	20	3.8	20	77	6	75	42	18	12	25	1.86
102841--102902	33	1.9	32	86	3	88	40	16	14	29	1.88
104218--104758	49	11.3	49	72	12	265	43	10	12	33	1.78
104633--104735	50	2.1	50	88	3	154	44	9	13	32	1.76
106166--106192	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
106149--106213	32	2.0	34	90	6	107	41	18	13	26	1.88
107797--107823	14	1.9	14	100	0	54	14	3	7	74	1.18
108275--108324	7	7.1	7	82	13	59	86	0	14	0	0.58
108265--108324	17	3.3	18	86	6	86	85	0	15	0	0.61
108270--108307	15	2.5	15	95	4	67	86	0	13	0	0.56
108265--108324	26	2.2	28	85	14	90	85	0	15	0	0.61
108268--108324	27	2.1	27	90	9	91	85	0	14	0	0.59
108663--108966	168	1.8	168	91	1	502	29	13	18	38	1.89
109079--109187	54	2.0	54	100	0	218	34	9	11	44	1.72
109399--109433	8	4.4	8	89	10	54	88	0	0	11	0.51
109408--109432	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113619--113930	58	5.4	58	79	7	271	50	16	8	24	1.72
113638--113854	29	7.5	28	66	14	95	51	15	8	24	1.71
113781--113870	28	3.2	28	65	26	64	50	18	7	23	1.73
113707--113920	115	1.9	114	81	12	260	50	16	8	23	1.73
117415--117565	78	1.9	78	90	0	239	37	12	21	29	1.90
117407--117711	79	3.9	77	76	9	240	34	13	24	27	1.93
117698--117903	79	2.6	76	84	9	261	34	10	24	30	1.89
117584--117841	130	2.0	130	81	4	306	33	11	25	29	1.91
117992--118087	50	1.9	50	89	0	147	25	13	40	20	1.89
120302--120375	29	2.5	30	91	2	123	36	18	20	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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