genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3842500

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
638431--638528	42	2.3	43	82	5	119	38	10	25	25	1.87
638520--638895	59	6.2	60	83	6	434	28	18	26	26	1.98
638745--638900	60	2.6	60	85	6	201	30	18	26	25	1.98
641181--641351	88	1.9	88	86	2	245	35	15	20	28	1.93
644187--644369	79	2.4	78	83	2	226	34	14	22	27	1.94
644224--644385	76	2.1	77	81	6	193	40	13	19	27	1.89
644340--644457	51	2.3	51	88	2	175	31	13	25	29	1.94
644437--644512	29	2.7	27	82	10	82	23	17	32	26	1.96
644497--644931	51	8.4	51	68	7	230	30	13	26	28	1.94
644615--644674	27	2.3	27	80	8	70	31	21	23	23	1.98
644319--644942	158	4.0	159	88	3	847	31	14	25	28	1.94
644756--644829	28	2.6	28	79	10	80	25	22	28	22	1.99
644789--645034	130	1.9	129	79	8	275	33	13	24	29	1.93
647306--647375	33	2.1	33	84	5	88	38	14	18	28	1.90
647306--647426	53	2.3	53	92	0	188	41	14	16	27	1.88
647358--647426	33	2.1	33	94	5	122	43	15	14	26	1.85
647337--647426	20	4.8	20	74	22	106	43	15	15	25	1.86
647326--647408	13	7.3	13	70	29	82	40	14	16	27	1.88
648159--648279	45	2.8	41	75	20	129	42	12	25	19	1.87
648270--648748	55	8.1	60	83	8	569	30	19	24	25	1.98
648797--649077	61	4.8	61	77	8	246	28	18	26	26	1.98
648845--649100	55	4.5	56	74	9	182	28	19	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648844--649100	112	2.2	113	85	8	326	28	19	25	26	1.98
648459--649205	328	2.3	325	83	6	920	29	18	25	26	1.98
651651--651717	20	3.7	19	74	25	74	28	16	14	40	1.88
651651--651713	33	1.9	33	96	0	117	28	14	15	41	1.87
654067--654234	51	3.3	51	81	5	182	29	27	11	30	1.91
654173--654443	79	3.4	78	81	1	308	26	26	13	32	1.94
657952--658001	19	2.6	19	93	0	82	34	12	16	38	1.85
670295--670338	1	44.0	1	81	0	52	90	6	2	0	0.51
670295--670338	16	2.9	15	90	10	63	90	6	2	0	0.51
671406--671663	61	4.5	56	81	10	265	26	28	20	24	1.99
671434--671662	61	3.9	57	84	7	275	26	27	20	25	1.99
671668--671701	13	2.6	13	95	0	59	2	44	2	50	1.32
671489--671874	209	1.9	207	85	7	539	23	28	19	28	1.98
671698--671867	61	2.8	61	83	9	240	24	25	20	28	1.99
671306--671867	270	2.1	268	82	7	667	24	28	18	27	1.98
671541--671810	148	1.8	148	94	1	479	22	28	18	29	1.98
672843--672868	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
675238--675402	51	3.2	50	86	5	215	29	26	11	32	1.91
675338--675641	79	3.8	79	81	1	297	26	24	14	34	1.94
675338--675641	158	1.9	158	81	2	360	26	24	14	34	1.94
685721--685747	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
687664--687783	51	2.4	51	88	0	177	30	15	25	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
687766--687839	28	2.6	29	85	12	109	27	20	29	22	1.98
687826--688097	51	5.3	51	71	14	218	29	12	27	30	1.93
687658--688128	157	3.0	156	87	1	618	31	13	26	28	1.94
687923--687993	28	2.5	28	79	0	79	29	18	29	22	1.97
690469--690538	20	3.5	19	86	7	95	41	12	17	28	1.86
694415--694439	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
694395--694464	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
694504--694528	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
702851--702935	30	2.8	31	87	3	118	24	27	17	30	1.97
702912--703064	33	4.4	34	79	8	157	21	33	11	32	1.90
702889--703044	34	4.6	33	81	7	154	19	32	13	34	1.91
702912--703064	70	2.2	71	85	4	204	21	33	11	32	1.90
703085--703715	49	12.7	49	85	4	774	25	26	17	30	1.97
703080--703744	198	3.3	198	87	6	900	25	26	16	30	1.97
703573--703778	107	2.0	104	83	2	259	25	24	16	33	1.95
703728--703854	67	1.9	68	83	1	166	24	25	12	37	1.90
704665--704689	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
704645--704714	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
704754--704779	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
704767--704891	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
708877--708910	17	2.0	17	100	0	68	23	17	11	47	1.81
709999--710028	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710044--710150	20	5.7	20	73	18	88	28	14	14	42	1.86
710081--710111	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
710044--710150	53	2.0	53	83	7	137	28	14	14	42	1.86
710061--710126	33	2.0	33	96	0	123	27	16	15	40	1.88
712451--712616	51	3.3	51	80	5	149	30	27	11	31	1.91
712571--712849	79	3.6	77	82	6	303	27	24	13	34	1.93
712804--712899	51	1.9	50	89	2	147	32	22	9	35	1.86
712945--713060	51	2.3	51	83	0	133	31	24	12	32	1.91
723389--723567	51	3.5	51	81	3	193	28	25	11	35	1.90
723503--723801	79	3.8	79	86	5	428	28	26	13	31	1.94
723738--723856	51	2.3	51	88	2	186	29	26	12	31	1.93
723836--723912	28	2.8	28	86	7	104	24	32	18	24	1.97
723894--724013	51	2.4	50	87	1	177	32	25	11	30	1.91
723706--724036	157	2.1	158	82	3	391	29	26	12	31	1.93
723871--724198	130	2.5	129	79	6	358	29	25	10	34	1.89
733553--733606	9	6.0	9	72	23	51	44	0	3	51	1.19
733542--733607	15	3.9	15	77	22	69	43	0	3	53	1.16
733548--733597	21	2.4	21	74	12	66	44	0	4	52	1.20
734124--734187	16	4.0	16	78	8	67	43	1	1	53	1.19
734974--735011	19	2.0	19	85	10	51	44	0	2	52	1.14
734997--735036	20	2.0	20	85	0	53	62	0	0	37	0.95
739084--739122	20	2.0	20	89	0	60	35	10	10	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739190--739253	32	2.0	32	96	0	119	40	17	9	32	1.81
740709--740749	16	2.6	16	88	7	57	75	0	0	24	0.80
740828--741226	9	43.6	9	68	19	109	66	3	2	27	1.22
740932--741160	107	2.1	108	80	13	258	65	2	3	28	1.19
740820--741160	9	36.2	9	67	17	133	65	3	2	28	1.21
741238--741338	43	2.3	44	74	14	102	27	0	4	66	1.19
741339--741470	52	2.5	53	77	8	135	22	4	6	65	1.35
741515--741633	61	2.0	60	83	8	152	29	4	1	64	1.22
741541--741633	8	11.0	8	72	11	60	31	2	1	65	1.11
741536--741633	16	5.6	16	73	12	70	31	3	1	64	1.16
742364--742402	20	2.0	20	94	0	69	28	15	17	38	1.91
749089--749130	20	2.1	20	95	0	75	19	35	26	19	1.95
751106--751137	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
751122--751177	19	2.8	20	89	2	87	28	14	16	41	1.87
751223--751249	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
751206--751269	33	1.9	33	84	6	85	35	7	15	40	1.76
757381--757446	35	1.9	35	87	3	98	36	7	22	33	1.83
759731--759767	2	18.0	2	88	5	56	48	5	0	45	1.25
759856--760010	74	2.1	74	81	0	184	40	5	8	45	1.58
763933--763968	18	1.9	19	88	5	56	38	0	0	61	0.96
769902--769945	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
770122--770151	15	1.9	16	93	6	53	0	13	6	80	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770578--770623	22	2.1	22	88	4	67	54	0	4	41	1.20
771858--771917	24	2.5	24	83	10	77	61	0	0	38	0.96
773053--773109	29	2.0	29	82	6	71	38	0	5	56	1.22
780347--780400	20	2.7	20	83	11	67	35	18	12	33	1.89
780429--780486	19	3.0	20	82	7	84	37	15	13	32	1.87
780470--780494	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
783591--783635	17	2.6	17	85	0	63	68	11	8	11	1.39
783762--783801	6	6.7	6	100	0	80	82	0	0	17	0.67
784064--784090	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
786100--786347	40	6.0	40	69	18	132	45	2	11	40	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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