genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3842500

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2571334--2571380	14	3.4	14	79	2	51	57	0	2	40	1.11
2573299--2573323	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2575598--2575649	21	2.5	21	81	9	61	38	5	9	46	1.61
2575713--2575823	21	5.5	21	70	18	74	38	2	4	54	1.35
2575612--2575795	21	9.2	19	69	20	85	39	3	4	52	1.39
2575712--2575823	39	2.8	41	74	16	110	38	2	4	54	1.35
2580375--2580426	27	2.0	26	81	11	61	28	0	0	71	0.87
2582308--2582400	27	3.8	23	68	18	62	39	4	2	53	1.32
2583111--2583147	19	1.9	19	94	0	65	32	5	24	37	1.78
2587678--2587714	19	1.9	19	88	0	56	35	2	24	37	1.70
2592943--2592983	19	2.2	19	86	0	55	63	2	0	34	1.08
2594546--2594633	39	2.3	38	84	11	108	61	0	1	37	1.04
2594634--2594704	30	2.6	27	84	10	83	52	1	0	46	1.09
2595499--2595561	23	2.7	25	81	13	73	42	0	0	57	0.99
2600909--2600957	2	24.5	2	91	0	80	44	2	2	51	1.24
2602581--2602644	22	3.0	21	80	8	76	37	0	0	62	0.95
2603459--2603506	22	2.2	21	85	14	62	50	0	0	50	1.00
2603500--2603606	27	4.0	25	73	21	76	57	0	0	42	1.05
2603478--2603561	33	2.6	33	85	9	104	52	0	0	47	1.00
2603537--2603608	23	3.2	22	72	18	60	59	1	0	38	1.06
2604322--2604363	22	1.9	22	90	9	68	57	0	0	42	0.99
2609752--2609784	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2611814--2611870	28	2.1	26	84	12	71	57	5	5	31	1.43
2613128--2613158	13	2.4	13	100	0	62	25	6	6	61	1.45
2614672--2614744	11	6.5	12	69	21	52	52	1	1	45	1.18
2618826--2618850	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2620167--2620203	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2620201--2620236	4	9.0	4	87	0	54	50	27	0	22	1.50
2621645--2621671	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2622523--2622568	21	2.2	21	88	3	67	54	0	0	45	0.99
2622801--2622834	12	2.8	12	90	0	50	47	5	0	47	1.26
2623368--2623436	6	11.3	6	70	14	52	62	2	0	34	1.10
2623388--2623436	19	2.6	19	90	0	71	63	2	0	34	1.06
2623388--2623436	25	2.0	25	84	8	64	63	2	0	34	1.06
2623405--2623454	17	2.9	18	77	17	52	58	0	0	42	0.98
2626182--2626216	15	2.4	14	86	9	52	60	2	0	37	1.12
2626189--2626217	15	1.9	15	100	0	58	62	3	0	34	1.12
2626177--2626252	32	2.4	33	74	12	77	60	3	2	32	1.29
2627233--2627275	16	2.6	16	85	7	50	41	0	4	53	1.21
2627369--2627438	32	2.3	32	83	9	85	38	5	0	55	1.24
2633361--2633513	78	2.0	78	84	3	202	38	3	7	49	1.50
2633524--2633554	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2633554--2633582	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2638312--2638697	186	2.1	186	88	0	567	38	10	7	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2638673--2638850	97	1.8	97	83	0	239	33	19	15	32	1.92
2639300--2639370	27	2.6	27	88	6	99	46	23	7	22	1.76
2641254--2641299	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
2643751--2643796	20	2.3	20	84	0	56	36	4	47	10	1.58
2643872--2643942	27	2.6	28	86	2	99	49	23	4	22	1.67
2645217--2645244	8	3.5	8	100	0	56	10	0	0	89	0.49
2645768--2645808	17	2.4	17	87	0	55	48	12	2	36	1.54
2684485--2684538	17	3.2	17	77	15	58	61	0	0	38	0.96
2684555--2684624	32	2.3	32	83	9	85	38	5	0	55	1.24
2690544--2690696	78	2.0	78	84	3	202	38	3	7	49	1.50
2690708--2690740	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2690740--2690768	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2695501--2695886	186	2.1	186	88	0	567	38	10	7	44	1.67
2695862--2696039	97	1.8	97	83	0	239	33	19	15	32	1.92
2696489--2696559	27	2.6	27	88	6	99	46	23	7	22	1.76
2698443--2698488	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
2700940--2700985	20	2.3	20	88	0	65	34	4	50	10	1.57
2701061--2701131	27	2.6	28	86	2	99	49	23	4	22	1.67
2702401--2702429	5	6.0	5	92	8	51	17	0	0	82	0.66
2702954--2702994	17	2.4	17	87	0	55	48	12	2	36	1.54
2706560--2706616	22	2.7	22	84	10	66	29	1	3	64	1.20
2706572--2706620	12	4.3	12	75	12	50	28	0	2	69	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2706942--2706984	13	3.5	12	82	14	52	20	0	2	76	0.89
2706947--2706980	18	1.9	17	88	5	50	23	0	2	73	0.97
2707069--2707110	17	2.4	18	80	15	52	57	0	0	42	0.99
2709314--2709349	18	2.0	18	100	0	72	50	11	5	33	1.61
2709481--2709537	28	1.9	31	86	10	84	43	8	12	35	1.73
2715535--2715571	19	1.9	19	89	10	58	64	0	0	35	0.94
2715591--2715646	24	2.7	19	72	25	51	55	1	0	42	1.10
2719688--2719819	63	2.1	63	94	0	228	32	21	13	32	1.92
2720595--2720659	34	1.9	34	84	6	87	29	4	21	44	1.72
2720606--2720794	34	5.6	33	83	6	227	25	7	24	42	1.80
2720606--2720794	68	2.8	67	87	3	263	25	7	24	42	1.80
2725197--2725415	34	6.5	34	84	4	257	26	7	25	41	1.81
2725197--2725415	102	2.2	101	88	1	321	26	7	25	41	1.81
2727672--2727764	1	93.0	1	76	0	78	0	6	6	87	0.68
2727672--2727758	16	5.5	15	81	9	102	0	5	6	87	0.67
2727672--2727764	24	4.1	23	80	11	86	0	6	6	87	0.68
2727672--2727764	31	3.1	30	83	13	129	0	6	6	87	0.68
2727676--2727758	32	2.6	32	90	5	125	0	6	7	86	0.70
2736195--2736265	36	2.0	36	83	2	90	67	0	29	2	1.05
2736271--2736311	21	2.0	20	85	4	55	12	0	12	75	1.05
2738911--2738939	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2740341--2740366	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2741189--2741266	20	3.9	20	71	24	58	52	0	0	47	1.00
2742219--2742264	16	2.9	16	76	0	56	47	0	0	52	1.00
2742235--2742295	21	2.8	21	82	7	59	49	0	0	50	1.00
2742260--2742297	6	6.3	6	85	11	51	55	0	0	44	0.99
2742682--2742804	35	3.5	35	77	9	133	26	36	8	29	1.85
2742682--2742803	37	3.4	36	77	10	126	26	36	8	29	1.85
2742567--2743053	246	2.0	245	91	3	784	26	27	12	33	1.93
2742928--2743067	72	2.0	71	85	7	194	25	37	7	28	1.84
2742928--2743070	37	4.0	35	82	6	180	26	37	7	28	1.84
2743579--2743607	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2744146--2744206	32	1.9	31	87	9	88	45	0	0	54	1.00
2745012--2745048	19	1.9	19	89	10	58	64	0	0	35	0.94
2745068--2745123	24	2.7	19	72	25	51	55	1	0	42	1.10
2746497--2746528	16	2.0	16	100	0	64	43	25	6	25	1.77
2748825--2748879	24	2.5	22	76	18	62	40	0	3	56	1.17
2748979--2749018	14	2.9	14	84	0	53	62	0	0	37	0.95
2749507--2749550	16	2.7	17	89	6	65	20	4	11	63	1.44
2750293--2750333	19	2.2	19	91	4	66	51	4	2	41	1.36
2752752--2752802	12	3.9	12	78	16	57	39	11	5	43	1.66
2755509--2755554	12	3.6	12	78	16	56	39	13	4	43	1.63
2755554--2755587	12	2.8	12	90	0	50	26	23	32	17	1.97
2755801--2755878	18	4.0	18	71	20	59	69	1	1	28	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2755848--2755898	8	6.4	8	86	0	66	62	0	1	35	1.06
2755809--2755887	24	3.2	23	77	15	70	68	1	1	29	1.05
2756310--2756359	17	2.7	19	78	12	59	60	0	0	40	0.97
2756310--2756364	19	3.0	19	78	10	60	56	0	0	43	0.99
2759701--2759826	52	2.4	52	94	0	234	26	19	18	35	1.94
2759835--2759859	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2759912--2759995	19	4.7	19	78	16	99	39	19	9	32	1.83
2759933--2759993	32	1.9	32	96	0	113	37	21	8	32	1.83
2760580--2760608	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2763721--2763749	6	4.8	6	100	0	58	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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