genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3842500

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2765639--2765681	20	2.2	20	100	0	86	44	9	13	32	1.76
2768644--2768819	97	1.8	97	89	0	280	33	17	17	31	1.93
2772038--2772108	11	6.7	11	67	20	53	60	2	0	36	1.11
2772030--2772107	19	4.1	19	71	19	56	60	3	0	35	1.15
2774810--2774834	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2775087--2775123	16	2.3	16	90	0	56	54	5	5	35	1.47
2776824--2776875	27	2.0	26	96	3	95	44	11	3	40	1.59
2776827--2776876	12	3.9	13	76	19	52	44	10	6	40	1.63
2781599--2781650	27	2.0	26	96	3	95	44	11	3	40	1.59
2781602--2781651	12	3.9	13	76	19	52	44	10	6	40	1.63
2787962--2788017	22	2.5	23	81	13	64	50	1	0	48	1.11
2788277--2788429	78	2.0	77	82	6	184	37	5	7	49	1.55
2788443--2788467	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2788467--2788495	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2793215--2793597	186	2.1	185	89	1	588	38	12	8	40	1.72
2793560--2793752	97	2.0	97	84	2	253	33	20	15	31	1.94
2794169--2794220	22	2.3	23	77	9	63	48	0	0	51	1.00
2795623--2795719	46	2.1	47	96	1	178	50	2	4	43	1.33
2800392--2800427	13	2.8	14	88	12	51	75	0	25	0	0.81
2800564--2800590	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2806455--2806492	6	6.3	6	85	11	51	55	0	0	44	0.99
2806878--2807000	35	3.5	34	77	12	140	22	38	11	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806893--2807007	37	3.2	37	81	4	110	24	39	10	26	1.87
2806763--2807253	246	2.0	246	91	0	793	25	28	13	32	1.93
2807124--2807268	37	4.1	35	81	11	152	26	33	8	31	1.86
2807776--2807813	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
2808675--2808726	15	3.4	15	76	10	52	53	1	0	44	1.11
2809235--2809259	8	3.1	8	100	0	50	28	0	0	72	0.86
2810687--2810718	16	2.0	16	100	0	64	43	25	6	25	1.77
2812193--2812234	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
2812425--2812489	23	2.8	23	77	15	80	55	0	0	44	0.99
2814153--2814354	79	2.6	79	83	1	226	30	16	28	24	1.97
2814306--2814377	28	2.6	28	81	0	81	26	19	31	22	1.97
2814365--2814548	52	3.6	50	78	6	170	33	11	25	29	1.91
2814569--2814641	27	2.6	28	81	12	80	23	23	31	21	1.98
2814628--2814758	51	2.5	51	81	9	156	32	11	25	30	1.91
2814255--2814755	263	1.9	262	87	3	738	32	13	26	27	1.94
2817091--2817145	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
2817165--2817264	19	5.9	18	73	26	103	38	15	12	35	1.84
2817187--2817243	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
2817168--2817262	32	3.0	32	98	0	181	36	15	12	34	1.86
2817300--2817377	21	3.7	21	82	5	95	34	15	14	35	1.87
2818460--2818546	28	3.1	28	62	21	65	22	21	29	25	1.99
2818440--2819061	55	11.3	55	90	3	918	20	20	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2818486--2818575	26	3.3	26	69	19	76	20	18	33	27	1.96
2818512--2819043	26	19.3	29	59	22	105	20	19	31	28	1.97
2820045--2820104	11	4.8	13	80	12	63	0	6	10	83	0.81
2820029--2820104	25	3.0	25	77	12	84	0	11	7	80	0.91
2820045--2820103	13	4.5	13	79	6	57	0	6	8	84	0.77
2830534--2830731	79	2.5	79	83	1	218	30	16	28	24	1.97
2830687--2830758	28	2.6	28	84	0	81	25	18	34	22	1.96
2830746--2831131	52	7.4	50	68	13	161	32	13	24	29	1.93
2830950--2831025	27	2.8	27	88	9	102	21	21	35	22	1.96
2830647--2831136	263	1.9	262	87	2	732	32	13	25	27	1.94
2833497--2833522	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2833476--2833542	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2833562--2833629	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2833584--2833608	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2833565--2833627	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2836238--2836306	28	2.6	26	80	13	77	49	21	5	23	1.71
2836252--2836308	28	2.0	28	90	6	89	52	21	7	19	1.69
2837856--2838046	97	2.0	97	84	6	253	34	19	15	30	1.93
2838671--2838737	23	2.9	23	76	8	66	56	1	1	40	1.17
2838675--2838725	22	2.4	22	81	12	61	58	1	1	37	1.20
2839308--2839524	34	6.4	34	82	0	245	40	28	6	24	1.81
2839308--2839525	68	3.2	68	89	0	328	40	27	6	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839308--2839525	102	2.1	102	81	0	274	40	27	6	24	1.80
2843616--2843672	19	3.1	19	74	2	62	40	12	14	33	1.83
2843978--2844194	34	6.4	34	76	5	188	42	27	4	25	1.74
2843978--2844195	68	3.2	68	86	1	303	43	27	4	25	1.74
2843978--2844195	102	2.1	102	77	0	247	43	27	4	25	1.74
2845695--2845720	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2847812--2847854	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
2848135--2848175	21	1.9	22	90	5	66	53	4	14	26	1.61
2848297--2848335	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
2854520--2854577	13	4.0	13	76	23	62	29	15	17	37	1.90
2854516--2854595	32	2.5	32	100	0	160	27	15	20	37	1.92
2854533--2854595	19	3.6	19	76	24	84	28	15	19	36	1.92
2859179--2859233	13	4.1	13	80	15	58	27	0	1	70	0.97
2861400--2861446	21	2.1	23	88	7	71	55	4	0	40	1.19
2861611--2861694	20	4.3	20	69	13	50	60	0	0	39	0.97
2861600--2861649	18	2.8	20	80	14	56	62	0	0	38	0.96
2861613--2861662	15	3.5	15	74	17	52	64	0	0	36	0.94
2862516--2862581	24	2.8	24	82	11	73	48	1	0	50	1.10
2862754--2862827	35	2.1	35	82	9	89	54	0	0	45	1.00
2863422--2863479	22	2.5	23	78	15	66	62	0	0	37	0.96
2863439--2863480	22	1.9	22	90	9	68	64	0	0	35	0.94
2863424--2863494	26	2.9	27	72	23	75	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2863489--2863545	20	2.8	20	83	5	60	50	0	0	49	1.00
2863501--2863560	20	3.0	20	80	17	63	58	0	0	41	0.98
2863501--2863560	19	3.0	19	77	17	59	58	0	0	41	0.98
2864057--2864129	11	6.6	10	74	21	58	72	1	0	26	0.93
2864057--2864159	22	4.7	22	77	14	90	67	0	0	31	0.97
2864033--2864150	55	2.1	57	81	12	138	67	2	0	29	1.03
2864109--2864178	29	2.5	28	76	21	74	62	0	0	37	0.95
2864113--2864178	28	2.3	29	79	10	82	63	0	0	36	0.95
2864127--2864190	19	3.5	18	76	16	60	57	0	0	42	0.98
2864060--2864210	12	13.1	12	71	22	78	64	0	0	34	0.98
2864168--2864220	24	2.1	24	83	13	63	60	0	0	39	0.97
2864600--2864660	17	3.6	17	84	4	70	67	0	0	32	0.91
2864614--2864660	12	4.2	12	78	13	55	65	0	0	34	0.93
2864887--2864925	19	2.1	19	95	4	71	41	0	0	58	0.98
2864888--2865077	16	12.0	16	66	14	65	41	3	1	53	1.26
2865055--2865089	16	2.3	15	90	5	52	54	2	0	42	1.15
2865411--2865455	16	2.9	16	87	9	58	51	0	0	48	1.00
2865617--2865659	10	4.0	10	83	16	59	74	0	0	25	0.82
2865663--2865695	17	1.9	17	93	0	57	54	0	0	45	0.99
2865667--2865742	20	3.8	19	75	13	64	51	0	0	48	1.00
2865694--2865760	20	3.3	20	76	15	59	50	0	0	49	1.00
2865711--2865771	30	2.1	29	82	14	72	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2865755--2865785	11	2.9	11	95	4	55	74	0	0	25	0.82
2865725--2865787	27	2.3	27	76	10	65	63	0	0	36	0.95
2866130--2866599	117	4.0	117	82	3	496	40	8	8	42	1.65
2867920--2867960	17	2.5	16	84	7	55	48	0	0	51	1.00
2867940--2867999	28	2.1	29	84	3	77	51	0	0	48	1.00
2867990--2868024	18	1.9	18	88	11	54	42	0	0	57	0.99
2867984--2868042	23	2.6	23	77	20	61	38	0	1	59	1.08
2868862--2868907	22	2.1	22	84	8	58	39	0	2	58	1.10
2869249--2869295	20	2.4	18	89	10	67	29	0	0	70	0.88
2869656--2869704	15	3.3	15	74	2	55	0	20	0	79	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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