genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3842500

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1966241--1966292	27	2.0	27	84	3	70	7	25	1	65	1.30
1967829--1967862	8	4.4	8	88	7	52	52	0	0	47	1.00
1967833--1967862	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
1968904--1968949	2	23.0	2	86	0	65	43	0	6	50	1.28
1970026--1970058	14	2.4	14	94	0	57	33	6	9	51	1.58
1971928--1971981	16	3.4	16	78	0	63	38	1	5	53	1.35
1972012--1972078	5	13.0	5	74	12	55	46	2	0	50	1.16
1971998--1972086	37	2.4	37	85	7	110	46	4	0	49	1.22
1972013--1972096	22	4.2	21	70	22	65	45	5	0	48	1.27
1972795--1972858	30	2.1	30	94	0	110	42	18	1	37	1.60
1981889--1981929	2	20.5	2	94	0	73	53	0	46	0	1.00
1982252--1982281	15	2.0	15	100	0	60	40	0	0	60	0.97
1983258--1983303	22	2.1	22	84	8	58	43	2	2	52	1.25
1983811--1983871	26	2.4	25	83	5	77	45	1	0	52	1.10
1983826--1983888	21	2.9	21	77	20	67	41	1	0	57	1.08
1983974--1984002	6	5.0	6	91	8	51	48	0	0	51	1.00
1986007--1986039	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1989905--1989934	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1991978--1992025	20	2.4	21	83	13	66	6	25	0	68	1.12
1995319--1995363	19	2.4	18	85	7	63	73	0	0	26	0.84
1996875--1996912	18	2.2	17	90	4	58	50	0	2	47	1.15
1996865--1996957	27	3.4	26	73	10	78	39	0	3	56	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1996888--1996962	34	2.1	38	85	12	104	40	0	0	60	0.97
1996913--1996990	27	2.9	27	79	9	79	37	1	0	61	1.04
1996912--1996984	34	2.1	34	82	5	85	35	1	0	63	1.04
1999413--1999461	24	2.0	25	81	18	59	44	0	2	53	1.12
1999446--1999487	17	2.5	17	88	3	59	52	4	0	42	1.22
1999435--1999500	16	4.0	16	78	9	62	53	3	0	43	1.16
2001889--2001930	15	2.8	15	82	7	50	52	0	0	47	1.00
2001889--2001926	16	2.4	16	82	8	51	52	0	0	47	1.00
2003358--2003396	17	2.4	16	86	4	51	53	0	0	46	1.00
2003358--2003404	16	2.8	17	87	3	60	51	0	0	48	1.00
2003662--2003702	2	21.5	2	90	9	68	48	0	0	51	1.00
2005122--2005151	14	2.1	14	93	0	51	36	0	0	63	0.95
2005240--2005280	3	13.3	3	94	5	73	31	2	0	65	1.05
2012359--2012405	14	3.1	15	82	14	53	68	0	0	31	0.90
2012359--2012407	13	3.4	14	83	13	55	67	0	0	32	0.91
2014156--2014224	17	4.0	17	72	14	61	44	0	0	55	0.99
2014238--2014298	17	3.5	17	73	22	56	57	0	0	42	0.98
2014242--2014295	15	3.2	16	78	21	58	57	0	0	42	0.98
2014991--2015018	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
2020865--2020899	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2026713--2026742	5	6.2	5	92	7	53	0	40	0	60	0.97
2026713--2026748	15	2.5	14	86	8	54	0	38	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026879--2026912	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2029015--2029039	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
2032202--2032238	17	2.3	15	90	9	56	24	0	2	72	0.97
2036328--2036379	27	1.9	27	88	0	77	44	0	1	53	1.11
2036517--2036592	32	2.3	32	77	8	82	47	2	0	50	1.15
2036983--2037022	2	20.5	2	87	5	55	45	0	5	50	1.23
2037676--2037721	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
2037688--2037736	18	2.6	19	87	3	64	32	2	4	61	1.26
2038589--2038628	16	2.6	15	84	4	53	65	0	0	35	0.93
2039756--2039798	15	2.6	17	89	7	63	48	0	0	51	1.00
2040440--2040481	17	2.4	18	76	11	52	47	0	0	52	1.00
2040969--2040998	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2041231--2041318	20	4.7	19	69	16	51	51	1	2	45	1.21
2041687--2041747	11	5.7	11	74	20	58	55	0	0	44	0.99
2041693--2041755	10	6.1	10	80	10	56	55	0	0	44	0.99
2041723--2041778	2	28.5	2	76	3	51	46	1	3	48	1.30
2042238--2042310	7	10.9	7	73	24	52	53	0	0	46	1.00
2042220--2042309	47	1.9	46	82	6	110	56	0	0	43	0.99
2042287--2042324	6	6.5	6	81	6	51	55	0	0	44	0.99
2042414--2042445	16	1.9	17	93	6	57	65	9	0	25	1.22
2042615--2042647	15	2.1	16	88	5	50	45	3	0	51	1.16
2042823--2042853	3	10.3	3	92	0	53	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2046832--2046856	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2046889--2046918	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
2049534--2049565	16	1.9	17	93	6	57	37	0	0	62	0.95
2054357--2054389	6	5.8	6	96	3	52	0	9	0	90	0.44
2057494--2057523	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2064310--2064337	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2070788--2070845	29	2.0	30	96	3	109	27	13	8	50	1.71
2072542--2072603	2	30.0	2	83	6	79	46	6	0	46	1.28
2073205--2073243	2	20.0	2	85	15	55	46	0	2	51	1.14
2076006--2076035	15	2.1	14	93	6	51	56	6	3	33	1.42
2077097--2077130	3	11.3	3	93	0	59	35	0	0	64	0.94
2078732--2078759	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2082551--2082584	17	2.0	17	100	0	68	41	0	11	47	1.40
2087154--2087191	2	19.0	2	94	0	67	47	2	0	50	1.15
2090630--2090730	29	3.4	29	74	20	86	54	0	0	45	0.99
2090629--2090710	29	2.6	30	81	14	87	54	0	0	45	0.99
2090630--2090742	30	3.8	30	74	20	103	53	0	0	46	1.00
2090729--2090759	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2091034--2091093	29	2.1	29	81	6	68	53	0	0	46	1.00
2091978--2092068	20	4.5	20	79	6	85	51	6	20	20	1.69
2094352--2094384	17	1.9	17	93	0	57	27	18	15	39	1.90
2095984--2096041	30	1.9	30	86	10	82	39	10	15	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2098820--2098887	2	34.0	2	85	5	84	42	1	2	52	1.25
2104655--2104691	18	2.1	18	94	0	65	62	5	8	24	1.44
2104653--2104696	23	1.9	23	90	9	72	61	6	9	22	1.50
2108838--2108867	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
2109452--2109504	17	3.2	17	71	23	51	54	1	1	41	1.22
2109994--2110038	20	2.2	20	84	0	54	31	2	6	60	1.35
2110004--2110046	21	2.1	20	91	4	68	30	2	4	62	1.28
2110211--2110264	3	18.3	3	92	3	92	33	1	0	64	1.04
2110352--2110399	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2110555--2110594	19	2.1	20	86	9	57	27	0	15	57	1.38
2111080--2111177	16	6.2	16	69	13	60	54	0	0	45	1.00
2111118--2111186	22	3.2	22	75	6	61	57	1	0	40	1.07
2111118--2111175	26	2.2	27	78	3	64	58	0	0	41	0.98
2112464--2112515	25	2.0	27	82	14	65	50	0	0	50	1.00
2112684--2112900	34	6.4	34	82	4	242	26	7	24	41	1.82
2112684--2112900	102	2.1	101	86	3	301	26	7	24	41	1.82
2117282--2117500	34	6.5	34	85	2	271	25	6	26	42	1.80
2117282--2117500	102	2.2	101	90	1	348	25	6	26	42	1.80
2118206--2118244	12	3.3	12	85	7	62	38	0	0	61	0.96
2118213--2118331	17	6.9	17	70	22	72	36	1	0	62	1.06
2119484--2119515	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2119705--2119801	6	14.6	7	68	23	59	53	2	0	44	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404309--2404372	18	3.6	18	74	19	53	48	0	0	51	1.00
2404719--2404799	32	2.5	33	82	8	85	53	2	4	39	1.36
2404965--2404998	17	1.9	17	88	5	50	23	2	2	70	1.15
2408142--2408190	18	2.6	17	81	15	53	53	0	0	46	1.00
2408214--2408258	19	2.3	20	81	11	58	53	0	0	46	1.00
2408202--2408278	23	3.3	23	71	8	66	50	0	0	49	1.00
2408239--2408322	44	1.9	44	81	18	104	51	0	1	47	1.08
2408366--2408445	35	2.2	38	80	19	98	48	0	2	48	1.14
2409177--2409309	67	2.1	65	83	12	168	55	4	3	36	1.38
2418941--2419021	40	2.0	40	100	0	162	37	12	9	40	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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