genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3842500

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123104--123128	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
123187--123214	13	2.2	13	100	0	56	32	17	14	35	1.90
123170--123235	33	2.0	33	88	5	98	28	18	13	39	1.89
137100--137165	26	2.5	27	80	9	82	83	9	7	0	0.82
137123--137164	12	3.3	12	78	21	50	83	14	2	0	0.75
137102--137139	20	1.9	20	88	0	58	86	5	7	0	0.69
138555--138899	29	11.6	29	76	8	198	30	28	15	25	1.95
138643--138698	27	2.1	27	86	6	78	32	30	16	21	1.95
138559--138753	87	2.2	87	82	7	218	31	27	15	25	1.95
138827--138925	28	3.5	28	86	6	130	38	31	14	16	1.88
138948--139163	93	2.4	88	81	5	218	26	24	20	28	1.99
145009--145061	19	2.7	20	85	8	72	39	18	13	28	1.88
151218--151254	12	2.9	13	96	4	67	32	18	16	32	1.93
151151--151254	45	2.3	45	81	0	118	30	16	15	37	1.90
155666--155691	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
157909--157953	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
159757--159787	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
161866--161904	13	3.0	13	92	0	69	30	17	15	35	1.91
170843--170890	24	2.0	24	100	0	96	8	29	8	54	1.60
172076--172108	15	2.2	15	94	0	57	30	27	0	42	1.56
173716--173745	13	2.3	13	94	0	51	36	10	20	33	1.86
173693--173762	33	2.1	33	86	5	97	37	15	15	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173792--173864	20	3.7	19	83	7	85	34	15	17	32	1.91
181374--181412	20	1.9	21	89	5	62	23	10	10	56	1.63
183810--183920	31	3.7	31	76	13	90	26	24	13	36	1.92
184044--184168	66	2.0	64	84	9	168	20	31	12	35	1.91
184059--184215	33	4.8	32	80	7	165	21	29	10	38	1.87
184053--184210	65	2.4	65	82	4	192	21	29	10	37	1.87
184241--184835	33	18.5	33	82	5	571	29	33	16	20	1.94
184241--184835	65	9.2	65	81	3	562	29	33	16	20	1.94
184241--184835	194	3.1	192	82	6	643	29	33	16	20	1.94
184948--185087	69	2.0	71	94	2	248	22	20	18	37	1.94
185047--185138	48	1.9	48	86	2	132	23	23	15	36	1.93
185122--185322	52	3.5	57	75	15	195	25	24	12	36	1.92
189073--189098	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
189051--189118	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
189200--189263	20	3.5	20	72	27	79	31	18	15	34	1.93
189199--189264	33	2.0	33	100	0	132	33	18	15	33	1.92
189928--189984	21	2.8	21	86	2	80	40	12	15	31	1.85
189928--189981	20	2.7	20	88	2	72	38	12	16	31	1.87
190011--190063	19	2.7	20	85	8	72	39	18	13	28	1.88
190502--190568	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
193717--193741	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
196074--196140	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198462--198499	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
203023--203053	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
204539--204590	20	2.7	20	90	3	79	28	11	21	38	1.88
207434--207458	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
207415--207479	32	2.0	32	84	3	85	38	16	15	29	1.90
214616--214652	3	12.7	3	88	5	58	27	35	0	37	1.57
214616--214649	17	2.0	17	94	0	59	26	35	0	38	1.57
214616--214653	20	1.9	20	94	0	67	26	34	0	39	1.57
214816--215241	210	2.0	209	93	1	719	23	18	19	38	1.93
217799--217824	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
217781--217844	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
221899--221935	15	2.4	16	86	9	58	48	18	16	16	1.81
224013--224048	13	2.8	13	91	0	54	33	16	13	36	1.89
224162--224207	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
225899--225979	39	2.0	40	81	6	94	34	6	24	34	1.81
226540--226596	21	2.7	21	100	0	114	43	10	19	26	1.83
226645--226670	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
226627--226690	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
230888--231028	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
231017--231041	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
231106--231130	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
231084--231150	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231188--231229	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
231949--232333	171	2.3	168	90	5	611	36	14	24	24	1.93
232020--232178	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
232229--232361	43	3.1	42	81	9	126	33	17	25	24	1.96
232258--232453	43	4.5	42	83	11	157	31	18	25	25	1.98
232291--233497	49	24.8	49	87	3	1658	30	17	26	24	1.97
232291--233497	98	12.4	98	90	3	1838	30	17	26	24	1.97
232291--233497	295	4.1	295	94	1	2030	30	17	26	24	1.97
233502--233566	33	1.9	34	93	3	114	16	18	35	29	1.93
233571--234103	34	16.6	33	79	12	341	31	14	32	21	1.93
233571--233953	96	4.0	96	82	11	432	30	12	34	21	1.91
233603--233953	160	2.2	156	85	10	442	30	12	35	21	1.91
233571--233968	194	2.0	188	84	11	502	31	12	34	20	1.91
233933--234139	62	3.3	62	92	2	319	29	17	28	24	1.97
235167--235200	15	2.3	15	89	0	50	0	8	5	85	0.75
242392--242532	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
242521--242545	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
242610--242634	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
242588--242654	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
242692--242733	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
247423--247480	20	2.9	20	84	0	71	36	15	13	34	1.87
251128--251167	20	2.0	20	95	0	71	52	5	15	27	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251326--251607	157	1.8	156	88	0	438	40	9	14	36	1.78
251530--251615	36	2.3	36	84	7	111	47	10	11	30	1.73
251530--251628	37	2.7	35	78	12	101	45	11	12	31	1.76
252885--252947	19	3.6	19	76	24	84	36	19	15	28	1.92
252903--252960	13	4.0	13	76	23	62	37	17	15	29	1.90
252885--252964	32	2.5	32	100	0	160	37	20	15	27	1.92
259128--259153	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
261729--261754	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
266022--266132	8	14.6	8	72	20	78	46	0	0	52	1.06
266040--266123	18	4.8	18	72	16	77	46	0	1	52	1.08
266045--266121	20	4.2	20	66	24	62	48	0	1	50	1.09
266021--266152	8	15.3	9	70	21	70	43	0	0	55	1.05
266011--266121	52	2.2	51	91	1	177	46	0	1	51	1.11
268146--268231	41	2.1	41	91	0	136	39	18	15	26	1.90
273041--273112	18	4.0	17	77	15	74	33	1	4	61	1.24
273839--273911	22	3.4	21	76	16	60	43	0	1	54	1.08
274056--274135	33	2.4	32	82	12	90	45	0	0	55	0.99
274052--274177	50	2.9	41	73	24	123	46	0	0	53	1.00
274078--274161	24	3.5	24	72	12	75	51	0	0	48	1.00
274516--274549	13	2.5	14	90	4	52	44	0	0	55	0.99
274563--274597	18	1.9	18	94	0	61	54	0	0	45	0.99
274572--274637	24	2.9	22	78	14	62	62	1	0	36	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274584--274629	24	2.0	23	86	4	65	60	2	0	36	1.09
275071--275155	16	4.9	16	70	12	53	40	0	3	56	1.16
275093--275167	21	3.8	21	75	15	61	37	0	1	61	1.05
275759--275862	32	3.2	32	71	15	86	38	4	6	50	1.50
275751--275874	66	1.9	66	86	3	178	39	4	7	48	1.52
276031--276063	14	2.2	16	89	10	52	39	0	0	60	0.97
276015--276099	38	2.1	39	85	10	109	45	0	2	51	1.13
276106--276161	26	2.2	25	78	9	60	41	5	0	53	1.24
280921--280955	10	3.5	10	92	0	52	22	28	20	28	1.98
280977--281002	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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