genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3842500

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2419905--2419938	13	2.6	13	95	0	59	32	0	0	67	0.91
2422084--2422130	14	3.1	15	82	17	62	59	0	0	40	0.97
2422148--2422199	21	2.5	21	90	6	79	55	5	3	34	1.42
2437225--2437263	20	1.9	21	89	5	62	41	0	0	58	0.98
2437970--2438008	18	2.2	18	86	4	53	53	0	0	46	1.00
2439356--2439414	29	2.1	27	87	6	82	54	0	0	45	0.99
2441034--2441069	18	2.1	17	90	10	56	38	2	0	58	1.13
2444020--2444053	14	2.5	14	85	4	52	47	0	0	52	1.00
2445708--2445742	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2448248--2448292	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2448810--2448847	17	2.2	18	90	4	60	68	0	0	31	0.90
2449783--2449807	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
2449853--2449877	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2450412--2450444	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2450754--2450817	14	4.5	15	69	23	50	54	0	0	45	0.99
2450801--2450834	17	2.1	16	88	5	50	55	2	0	41	1.15
2454804--2454845	21	2.0	21	85	0	57	52	2	0	45	1.13
2455432--2455465	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2456357--2456414	7	8.1	7	94	5	91	44	0	0	55	0.99
2456528--2456570	21	2.0	21	95	0	77	46	13	16	23	1.83
2457774--2457850	36	2.1	36	81	9	86	58	3	1	36	1.25
2457797--2457859	23	2.7	23	83	9	74	58	1	0	39	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2457793--2457859	34	2.0	33	82	11	82	56	1	0	41	1.08
2458138--2458197	16	3.7	16	72	12	50	61	0	0	38	0.96
2458138--2458286	14	10.1	14	67	25	51	59	1	0	38	1.11
2458153--2458243	32	2.8	32	88	5	128	54	2	0	42	1.12
2458178--2458243	16	4.1	18	73	24	58	54	3	0	42	1.15
2458497--2458542	17	2.6	18	80	12	60	54	0	0	45	0.99
2458704--2458746	21	2.0	21	95	0	77	46	4	2	46	1.36
2460351--2460376	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2461579--2461611	16	2.0	17	94	5	59	63	0	6	30	1.18
2461580--2461617	17	2.2	17	86	9	51	68	0	5	26	1.11
2465094--2465157	16	3.8	16	71	22	51	56	1	0	42	1.09
2465174--2465212	19	2.0	19	85	5	51	53	10	2	33	1.48
2469630--2469676	21	2.2	22	84	3	60	34	0	8	57	1.29
2470452--2470477	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2470435--2470542	46	2.4	45	76	13	114	47	0	0	50	1.13
2471115--2471161	22	2.2	22	84	3	60	63	0	0	36	0.94
2471116--2471169	20	2.8	20	77	11	58	61	0	0	38	0.96
2471127--2471166	11	3.6	11	82	0	53	57	0	0	42	0.98
2471116--2471172	19	2.9	18	76	21	53	59	0	0	40	0.97
2471346--2471396	14	3.6	14	84	5	75	64	0	0	35	0.94
2471346--2471397	7	7.1	8	74	25	53	63	0	0	36	0.95
2471340--2471397	29	2.0	30	93	3	100	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471466--2471491	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2471735--2471768	17	1.9	18	88	5	52	47	2	0	50	1.16
2474645--2474696	19	2.9	18	72	8	52	61	3	0	34	1.14
2474695--2474754	22	2.7	24	80	14	76	41	6	3	48	1.46
2475024--2475193	10	18.4	10	67	22	63	58	1	0	40	1.09
2475077--2475143	30	2.4	29	83	16	81	53	0	0	46	1.00
2475139--2475205	29	2.3	28	89	5	98	58	1	0	40	1.07
2475606--2475655	24	2.1	24	85	7	66	48	0	4	48	1.20
2475678--2475742	14	4.8	14	72	14	55	38	0	3	58	1.14
2478928--2478968	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2480507--2480565	14	4.3	14	73	16	52	38	0	0	61	0.96
2485980--2486038	29	2.0	29	81	12	68	52	0	1	45	1.10
2491752--2491806	16	3.4	17	76	16	62	36	0	0	63	0.95
2500297--2500344	20	2.3	20	82	3	60	62	0	0	37	0.95
2500637--2500677	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2505193--2505230	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
2509100--2509172	33	2.2	33	88	7	105	53	5	4	36	1.43
2509710--2509766	29	1.9	30	86	10	82	61	1	0	36	1.07
2510189--2510224	16	2.3	15	90	4	54	75	2	0	22	0.94
2510600--2510640	21	1.9	22	90	5	66	34	0	0	65	0.93
2512134--2512171	15	2.5	15	83	8	51	42	5	0	52	1.24
2512185--2512216	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2512664--2512701	20	1.9	20	88	0	58	47	2	2	47	1.30
2513916--2513952	7	5.3	7	90	0	56	48	0	0	51	1.00
2515497--2515566	24	3.0	24	66	14	58	44	0	4	51	1.21
2515588--2515632	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2516169--2516249	25	3.4	23	77	12	76	35	4	0	59	1.19
2516169--2516250	36	2.3	34	79	6	101	36	4	0	58	1.20
2516360--2516408	23	2.1	23	84	0	62	44	4	0	51	1.20
2517974--2518031	28	2.0	29	83	9	75	58	1	3	36	1.25
2518956--2518988	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
2519947--2520000	20	2.5	20	77	19	56	29	3	0	66	1.09
2520476--2520513	19	2.0	20	84	5	51	42	10	0	47	1.38
2524460--2524624	82	2.0	83	98	1	323	54	6	12	26	1.61
2524582--2524613	15	2.2	15	94	5	57	68	0	15	15	1.21
2529125--2529161	19	2.0	19	89	5	58	64	2	2	29	1.21
2530870--2530903	18	1.9	17	88	5	50	70	2	0	26	1.01
2531650--2531689	21	1.9	21	94	0	71	47	10	20	22	1.79
2531826--2531894	34	2.0	34	97	0	129	37	11	11	39	1.78
2534139--2534177	13	2.9	13	88	3	51	41	5	0	53	1.23
2540501--2540532	15	2.1	15	100	0	64	43	18	0	37	1.51
2541110--2541226	45	2.6	45	81	0	135	19	29	16	34	1.94
2541328--2541358	15	2.1	15	93	0	53	22	32	16	29	1.95
2541403--2541479	30	2.6	30	79	2	84	20	24	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2541548--2541700	45	3.4	45	74	7	139	19	23	17	39	1.92
2541559--2541713	30	5.2	30	66	16	88	21	23	17	38	1.93
2541550--2541729	90	2.0	90	92	0	297	20	22	16	40	1.91
2542144--2542197	27	2.0	27	81	0	63	33	27	7	31	1.84
2542162--2542269	45	2.4	45	85	0	144	27	30	9	32	1.88
2542162--2542310	45	3.3	45	80	0	120	27	30	11	30	1.91
2543956--2544005	26	1.9	26	100	0	100	48	0	6	46	1.27
2554543--2554617	24	3.0	24	79	11	80	50	0	0	49	1.00
2554557--2554646	26	3.4	26	76	17	80	48	1	0	50	1.08
2554673--2554721	20	2.4	21	86	10	75	65	0	0	34	0.93
2555438--2555480	21	2.0	21	86	8	61	60	4	0	34	1.17
2557055--2557092	20	1.9	19	89	5	58	63	0	2	34	1.09
2557675--2557707	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2558117--2558169	6	8.5	6	79	8	52	37	0	0	62	0.96
2558115--2558173	13	4.5	13	72	6	57	37	0	0	62	0.95
2558102--2558181	40	2.0	40	83	9	101	41	0	0	58	0.98
2558892--2558916	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2559067--2559092	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2559982--2560018	15	2.5	15	95	4	67	59	5	0	35	1.20
2560275--2560349	36	2.1	36	82	9	91	45	8	2	44	1.47
2560798--2560834	6	6.0	6	93	6	65	64	0	0	35	0.94
2562631--2562665	5	7.0	5	96	0	61	60	2	0	37	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2563282--2563318	13	2.8	13	95	4	65	54	0	0	45	1.00
2563389--2563431	10	3.8	11	81	12	52	34	0	0	65	0.93
2563393--2563456	21	3.0	20	78	15	65	39	0	0	60	0.97
2563393--2563454	23	2.8	22	83	9	65	38	0	0	61	0.96
2565088--2565240	9	16.0	9	67	17	51	39	1	0	58	1.06
2565069--2565143	38	2.0	36	87	10	107	40	0	0	60	0.97
2565203--2565247	16	2.8	16	84	15	58	33	0	0	66	0.92
2565787--2565970	34	5.4	34	88	0	262	25	7	26	40	1.82
2566275--2566337	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
2570403--2570587	34	5.5	34	88	0	264	25	7	26	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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