genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3842500

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786248--786443	28	7.1	28	71	9	141	47	3	11	37	1.56
786248--786444	56	3.6	56	75	10	199	47	3	12	37	1.57
787060--787109	22	2.2	22	85	3	64	58	2	6	34	1.34
787071--787123	22	2.3	23	80	9	63	52	3	5	37	1.43
787536--787647	50	2.4	44	74	18	109	37	0	4	57	1.25
787531--788258	52	14.1	52	79	9	769	38	1	5	54	1.36
787541--788258	257	2.8	252	83	8	841	38	1	5	53	1.36
787479--788260	206	3.8	207	80	10	845	37	2	5	54	1.37
788297--788392	42	2.3	41	90	1	147	41	31	12	14	1.83
788413--788448	16	2.3	16	90	4	56	38	30	19	11	1.86
790807--790909	29	3.6	29	81	3	118	27	3	4	64	1.32
791571--791660	23	4.2	23	70	21	68	73	6	2	17	1.15
791577--791621	18	2.4	18	79	13	56	77	6	0	15	0.96
791587--791651	18	3.9	17	71	22	57	72	6	1	20	1.14
791609--791665	23	2.5	22	83	10	71	77	5	3	14	1.08
791577--791663	40	2.2	37	80	11	93	74	6	2	16	1.13
797546--797580	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
799864--799924	17	3.6	17	68	16	54	63	0	4	31	1.15
799869--799921	15	3.3	15	73	19	52	62	0	5	32	1.19
800825--800868	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
801184--801254	27	2.7	26	78	12	72	54	0	0	45	0.99
801214--801284	16	4.5	16	71	16	58	53	1	0	45	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801213--801255	21	2.0	21	86	8	61	55	0	0	44	0.99
801212--801281	20	3.6	19	75	17	56	52	1	0	45	1.09
801511--801564	21	2.6	21	74	11	56	44	1	1	51	1.22
801596--801647	16	3.2	17	83	10	72	38	0	1	59	1.08
804693--804718	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
804673--804739	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
807071--807203	52	2.6	51	80	3	149	31	24	10	33	1.89
807187--807263	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
807796--807862	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
807816--807840	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
807906--807930	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
807939--808059	52	2.3	52	95	0	215	33	19	18	28	1.95
815281--815314	15	2.3	15	89	0	50	85	5	8	0	0.75
816348--816497	31	4.9	30	79	8	149	24	29	17	29	1.97
816348--816564	32	6.8	32	83	5	192	22	30	15	30	1.95
816351--816524	93	1.9	93	82	2	224	22	31	17	28	1.97
816472--816584	35	3.3	35	86	7	153	22	38	11	28	1.89
816569--816638	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
816638--816799	49	3.4	49	82	10	228	25	26	18	29	1.98
816684--816772	43	2.1	43	93	0	151	24	25	19	30	1.98
828190--828233	15	2.9	16	87	12	67	86	13	0	0	0.57
828190--828251	26	2.2	29	86	8	85	85	14	0	0	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828190--828251	28	2.3	27	86	8	81	85	14	0	0	0.60
828190--828257	13	5.2	13	79	10	75	85	13	1	0	0.67
829244--829333	26	3.3	26	68	14	74	28	33	17	20	1.95
829197--830050	55	15.3	55	86	7	1091	27	28	20	22	1.99
829197--830031	165	5.0	165	93	2	1248	27	28	20	22	1.99
830856--830923	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
830858--830920	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
830877--830901	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
830963--830988	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
830943--831009	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
833403--833479	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
839081--839204	61	2.0	61	93	0	212	25	17	16	39	1.91
840156--840242	3	29.0	3	95	0	156	65	1	1	32	1.07
846358--846390	16	2.1	16	100	0	66	63	0	0	36	0.95
849978--850145	83	2.0	83	94	0	291	45	14	16	23	1.84
855913--856119	91	2.3	91	86	3	283	37	14	5	42	1.70
856828--857042	112	1.9	111	82	12	271	55	2	3	39	1.29
856784--857043	112	2.3	114	77	16	270	56	1	4	37	1.30
857519--857596	33	2.4	34	82	8	90	50	1	3	44	1.28
857617--857668	23	2.4	23	75	9	56	48	0	0	51	1.00
857828--857868	21	2.0	21	85	9	57	41	0	2	56	1.13
858407--858452	17	2.5	19	82	17	69	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858412--858446	17	2.1	17	100	0	70	45	0	0	54	0.99
858390--858466	19	4.2	18	76	16	70	40	0	0	59	0.97
858402--858465	17	3.7	17	75	17	60	42	0	0	57	0.98
858587--858628	20	2.1	20	95	0	75	33	4	4	57	1.41
862641--862700	27	2.3	27	82	8	70	40	1	5	53	1.33
862210--862834	309	2.0	307	86	3	882	38	11	8	40	1.72
863285--863325	20	2.0	22	90	9	68	53	2	4	39	1.35
863333--863393	30	2.2	28	81	16	74	21	1	14	62	1.41
864403--864476	13	5.1	15	73	25	61	59	0	0	40	0.97
864390--864467	29	2.7	28	86	11	97	53	1	1	43	1.16
864390--864477	29	3.0	29	78	17	94	55	1	1	42	1.14
864896--864941	15	3.1	15	80	0	56	50	2	8	39	1.46
866250--866299	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
871848--872113	130	2.0	130	87	3	383	34	13	18	33	1.89
875812--875893	29	2.9	29	82	8	105	18	13	9	58	1.62
876249--876279	16	1.9	16	93	0	53	0	3	6	90	0.55
879687--879766	28	2.8	29	84	3	99	15	12	13	58	1.63
884190--884271	15	5.1	16	78	12	87	59	2	0	37	1.11
884176--884248	33	2.2	33	85	7	96	56	0	1	42	1.08
884176--884264	16	5.6	16	80	5	90	57	1	1	40	1.13
884190--884271	32	2.5	32	82	7	103	59	2	0	37	1.11
884190--884271	17	5.1	16	84	10	87	59	2	0	37	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884476--884517	23	1.9	22	85	9	59	42	0	0	57	0.99
884524--884639	40	2.9	37	76	17	99	48	1	0	50	1.11
898233--898548	156	2.0	156	99	0	623	32	19	16	31	1.94
899086--899121	17	2.2	16	90	5	54	61	0	0	38	0.96
907747--907795	22	2.4	19	78	21	55	55	4	6	34	1.44
910701--910758	23	2.6	22	89	7	91	65	8	8	17	1.45
910701--910758	22	2.7	23	92	7	95	65	8	8	17	1.45
911667--911741	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
911664--911741	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
912419--912493	27	2.9	24	70	16	60	46	0	2	50	1.15
912708--912787	22	3.6	21	78	15	72	57	1	3	37	1.25
913297--913340	21	2.1	21	82	0	52	36	4	22	36	1.75
913447--913475	15	2.0	15	93	6	51	27	20	0	51	1.47
914453--914488	5	7.2	5	87	0	54	41	0	2	55	1.14
914522--914551	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
915995--916031	19	1.9	19	94	0	65	37	13	2	45	1.58
916668--916706	20	1.9	21	85	15	55	53	0	2	43	1.14
916796--916849	17	3.2	17	84	2	56	59	3	1	35	1.26
916862--916896	15	2.3	15	90	5	52	68	0	0	31	0.90
923315--923383	17	4.0	16	72	20	50	44	0	0	55	0.99
923319--923370	22	2.6	20	82	11	63	42	0	0	57	0.98
923315--923378	23	2.6	24	78	14	69	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923340--923385	22	2.1	22	84	8	58	50	0	0	50	1.00
923572--923624	25	2.1	25	82	10	63	56	0	1	41	1.10
924504--924544	22	1.9	21	85	5	55	41	0	0	58	0.98
924549--924588	18	2.1	20	86	9	57	50	2	2	45	1.28
924734--924767	7	4.7	7	88	3	50	58	0	0	41	0.98
925901--925944	23	1.9	23	81	9	54	65	4	2	27	1.23
926566--926646	15	5.6	15	69	15	55	35	1	1	61	1.12
926581--926644	28	2.3	27	77	15	67	34	1	1	62	1.14
928510--928584	10	7.8	10	74	16	61	52	0	2	45	1.15
928896--928938	22	2.0	22	85	0	59	44	0	2	53	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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