genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1786--1850	33	2.0	33	87	0	94	35	12	12	40	1.80
1891--1915	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1904--2052	52	2.9	51	91	4	244	32	19	17	30	1.95
15878--15933	1	56.0	1	78	0	58	89	10	0	0	0.49
15881--15933	9	5.8	9	87	12	81	88	11	0	0	0.51
15878--15933	14	4.1	14	88	2	78	89	10	0	0	0.49
17373--17646	30	9.4	30	84	5	298	32	29	17	20	1.95
17370--17646	59	4.8	57	85	6	319	32	29	16	21	1.96
17368--17672	116	2.6	118	84	7	378	32	29	16	21	1.95
17404--17672	28	9.3	28	82	7	265	33	28	16	21	1.95
17694--17883	52	3.9	50	80	12	232	22	27	20	30	1.98
17695--17882	95	2.0	95	92	4	317	22	27	20	29	1.98
18741--18767	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
18808--18832	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18821--18969	52	2.9	51	91	4	244	32	19	17	30	1.95
22032--22332	31	9.5	32	82	4	317	23	16	29	30	1.96
22371--22422	27	1.9	27	88	7	79	28	13	30	26	1.94
22392--22552	34	5.0	34	71	11	122	42	10	26	19	1.84
22360--22552	94	2.1	94	85	3	255	41	11	26	20	1.86
22519--22573	27	2.0	28	85	3	76	43	14	20	21	1.87
22547--22629	31	2.7	31	81	5	105	38	13	26	21	1.90
22547--22768	30	7.4	31	75	10	133	36	15	27	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22609--22692	27	3.0	27	84	6	87	29	16	32	21	1.95
22634--22909	60	4.7	58	80	7	281	34	15	26	23	1.95
22554--22886	147	2.2	147	82	7	372	34	15	26	23	1.95
22634--22900	87	3.0	88	79	5	290	33	16	26	23	1.95
22651--22907	30	8.6	30	78	10	224	34	15	26	23	1.95
31003--31029	14	1.9	14	100	0	54	44	14	7	33	1.73
31532--31605	20	3.6	20	79	3	76	31	18	10	39	1.86
32353--32408	14	4.1	14	74	17	55	62	0	5	32	1.18
32374--32410	14	2.6	15	91	8	60	62	0	2	35	1.10
32659--33294	166	3.8	166	85	5	698	47	8	12	30	1.71
32664--33374	166	4.3	167	82	6	680	48	8	12	31	1.70
36330--36383	17	3.1	19	74	20	62	62	22	9	5	1.45
36374--36434	19	3.0	20	73	26	58	54	26	18	1	1.53
36362--36434	38	2.0	36	86	5	101	56	24	16	2	1.54
36520--36569	24	2.0	25	92	3	84	52	24	20	4	1.63
37486--37625	20	6.9	20	70	13	90	33	17	17	32	1.93
37567--37623	19	2.9	19	92	5	96	35	17	14	33	1.90
37608--37634	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
37589--37653	32	2.0	33	87	3	96	40	13	15	30	1.86
43649--43708	20	3.2	18	83	6	75	36	18	8	36	1.81
45322--46099	155	5.0	155	81	5	781	20	17	23	37	1.94
45283--46127	310	2.7	306	79	6	893	21	17	22	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49721--49792	20	3.5	20	76	10	72	26	19	12	41	1.87
51107--51315	43	4.8	43	80	2	195	19	29	16	34	1.94
51393--53149	43	41.2	43	74	8	901	21	28	18	31	1.97
51393--53138	171	10.2	172	74	8	821	21	28	18	31	1.97
52061--53032	214	4.6	214	76	6	549	21	28	19	30	1.97
51393--53442	86	24.1	86	74	5	1046	20	28	18	32	1.97
53203--53449	42	5.9	42	71	1	138	19	30	18	31	1.96
53243--53449	85	2.5	84	81	5	238	18	29	18	32	1.95
53588--53893	84	3.6	85	76	6	241	20	30	13	35	1.91
53865--54301	168	2.6	168	83	6	530	17	25	13	43	1.85
53865--54359	167	3.0	166	79	6	498	18	24	13	44	1.85
58417--60937	155	16.3	155	78	4	2085	22	18	22	37	1.94
58386--60883	776	3.2	776	90	0	3794	22	18	22	36	1.95
62974--65557	645	4.0	646	97	0	4703	36	15	16	31	1.90
66038--66064	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
66018--66082	32	2.0	33	93	3	114	32	12	16	38	1.86
72006--72052	23	2.0	23	88	8	69	0	19	0	80	0.70
72016--72054	19	2.1	19	90	0	60	0	20	0	79	0.73
72553--72980	166	2.6	168	82	7	489	49	8	11	30	1.69
72678--72980	167	1.8	166	88	6	470	53	9	9	28	1.64
74009--74174	86	1.9	85	81	1	197	36	13	28	20	1.91
74215--74559	85	4.1	86	79	8	350	34	13	30	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80286--80315	5	5.8	5	96	4	51	76	0	20	3	0.92
84683--85921	156	7.9	156	80	4	1128	38	21	17	22	1.94
86444--86796	129	2.8	129	84	5	425	42	14	12	30	1.82
86443--86806	130	2.9	125	81	8	382	42	13	12	31	1.82
88273--88856	167	3.5	162	79	9	527	52	7	12	27	1.67
89934--89992	11	5.3	11	82	11	66	3	20	0	76	0.93
95915--95952	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
96073--96113	21	1.9	22	90	5	66	26	17	4	51	1.65
96073--96118	21	2.2	20	81	11	58	32	17	4	45	1.68
96387--96427	20	2.0	20	90	0	64	19	43	26	9	1.82
97572--97614	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
97927--97976	21	2.4	21	93	0	82	34	10	18	38	1.84
98035--98102	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
98056--98080	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
98037--98099	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
98122--98185	33	1.9	33	87	0	92	23	17	17	42	1.89
98208--98259	20	2.6	20	96	0	95	36	15	7	40	1.76
100690--100911	52	4.3	51	80	5	221	28	25	12	32	1.93
100608--100758	82	1.9	81	86	4	216	29	27	14	29	1.95
100899--100968	28	2.5	28	86	4	88	22	32	18	25	1.97
113535--113566	13	2.5	13	94	0	55	87	3	6	3	0.73
114743--114828	27	3.1	27	62	15	68	24	25	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114600--115273	171	4.0	171	88	4	947	26	27	20	24	1.99
114562--115274	226	3.1	224	83	9	870	26	27	20	25	1.99
115140--115227	26	3.3	26	65	14	70	26	30	19	23	1.98
114600--115273	55	11.9	55	83	8	732	26	27	20	24	1.99
116071--116125	21	2.7	21	80	5	69	34	12	14	38	1.84
116177--116202	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116157--116223	34	2.0	33	91	2	107	26	16	11	44	1.82
116241--116289	20	2.5	20	100	0	98	34	14	12	38	1.83
121140--121758	55	10.9	54	84	9	675	26	27	21	25	1.99
121283--121368	27	3.1	27	62	15	68	24	25	22	27	1.99
121113--121758	116	5.6	116	85	6	754	26	26	21	25	1.99
121140--121758	171	3.6	165	87	6	778	26	27	21	25	1.99
121625--121712	26	3.3	26	67	14	79	26	31	19	22	1.98
122554--122608	21	2.7	21	75	5	60	34	10	14	40	1.81
122660--122685	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
122640--122706	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
122724--122772	20	2.5	20	100	0	98	34	14	12	38	1.83
125067--125189	51	2.4	52	83	8	153	31	23	11	33	1.90
125067--125189	53	2.4	51	83	8	151	31	23	11	33	1.90
125200--125376	79	2.2	78	89	5	259	25	27	15	31	1.96
125333--125496	51	3.2	51	75	6	152	31	19	10	38	1.85
125355--125530	52	3.4	51	80	3	183	32	22	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125513--125594	28	2.9	29	84	8	107	25	30	15	28	1.96
129895--129944	19	2.6	19	87	9	66	42	12	16	30	1.84
130928--130980	19	2.7	20	88	2	72	39	11	16	32	1.85
135511--135545	3	11.7	3	93	0	61	28	34	0	37	1.58
135509--135547	9	4.3	9	93	0	60	25	33	0	41	1.56
138065--138364	164	1.8	165	81	6	376	48	8	13	30	1.70
142767--142799	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
143100--143134	18	1.9	18	94	0	61	40	0	0	60	0.97
143650--143690	6	6.8	6	83	10	57	51	2	0	46	1.14
143640--143690	24	2.1	24	96	0	93	49	5	0	45	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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