genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447266--2447301	16	2.2	17	90	5	56	27	2	2	66	1.19
2447509--2447548	20	2.0	20	85	9	55	35	2	0	62	1.09
2451950--2452078	52	2.5	52	96	0	231	31	17	16	34	1.92
2451950--2452098	52	2.9	51	89	4	219	32	17	16	33	1.93
2452152--2452218	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2452174--2452198	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2454071--2454097	14	1.9	14	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2458004--2458045	18	2.4	17	84	7	57	61	2	11	23	1.42
2459280--2459553	141	2.0	140	89	2	424	40	8	7	44	1.62
2459635--2459676	20	2.2	20	82	4	50	40	0	7	52	1.29
2461064--2461109	20	2.3	20	85	14	60	65	0	2	32	1.05
2465634--2465751	52	2.3	52	89	2	175	45	10	15	28	1.78
2476580--2476611	16	2.0	16	100	0	64	50	12	37	0	1.41
2479026--2479052	1	27.0	1	100	0	54	0	0	100	0	0.00
2486083--2486125	18	2.4	18	88	7	61	55	0	2	41	1.12
2486313--2486346	15	2.1	16	89	10	52	47	0	2	50	1.16
2488128--2488153	12	2.2	12	100	0	52	53	7	7	30	1.57
2488451--2488482	9	3.7	9	91	8	57	18	0	0	81	0.70
2488450--2488482	17	1.9	17	93	0	57	21	0	0	78	0.75
2488474--2488521	18	2.8	18	84	12	57	37	14	0	47	1.44
2490240--2490279	19	2.1	19	85	0	53	40	5	5	50	1.46
2490473--2490508	17	2.2	17	95	5	65	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494470--2494541	28	2.6	27	81	12	76	45	2	0	51	1.15
2494714--2494746	5	6.8	5	93	6	50	66	0	12	21	1.23
2494710--2494746	15	2.6	14	86	4	56	67	0	10	21	1.21
2495620--2495664	18	2.4	19	81	3	56	48	0	0	51	1.00
2495851--2495901	23	2.3	22	80	9	59	49	1	0	49	1.12
2497447--2497504	29	2.0	30	83	10	75	55	1	12	31	1.47
2497514--2497576	32	2.0	33	84	9	87	58	0	1	39	1.07
2497553--2497622	28	2.5	28	77	8	72	61	0	2	35	1.11
2497778--2497811	16	2.2	16	90	10	54	47	0	0	52	1.00
2497756--2497817	24	2.6	23	77	10	70	40	1	0	58	1.08
2498366--2498503	11	12.7	11	65	22	51	34	0	2	62	1.13
2498438--2498481	23	1.9	23	90	9	72	29	0	0	70	0.88
2502644--2502712	21	3.3	21	74	8	70	47	14	13	24	1.79
2502644--2502689	20	2.2	21	88	3	67	50	13	13	23	1.76
2506480--2506534	20	2.8	20	80	0	65	38	12	12	36	1.82
2507463--2507902	28	15.5	28	85	2	520	21	15	31	31	1.95
2507448--2507902	86	5.3	83	83	5	487	21	16	30	31	1.95
2509140--2509263	1	124.0	1	75	0	77	0	3	11	84	0.77
2509140--2509260	14	8.5	13	75	14	98	0	3	11	84	0.79
2509143--2509264	34	3.7	33	77	9	124	0	3	12	83	0.81
2509140--2509264	55	2.3	53	85	10	164	0	3	12	84	0.79
2509148--2509263	32	3.5	33	73	14	87	0	3	11	84	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2513654--2513678	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2513631--2513698	33	2.1	33	94	2	120	30	13	19	36	1.90
2513772--2513796	13	1.9	13	100	0	50	40	16	20	24	1.91
2513785--2513834	20	2.5	20	86	0	64	34	16	16	34	1.90
2515784--2515835	20	2.4	21	81	12	61	3	25	50	21	1.65
2516270--2516308	13	3.0	13	92	0	69	33	15	20	30	1.94
2521824--2521848	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2521801--2521868	33	2.1	33	91	2	111	30	13	17	38	1.88
2521941--2521991	20	2.5	20	83	0	57	33	13	15	37	1.87
2529935--2529979	19	2.2	21	80	15	67	20	17	26	35	1.95
2529940--2529978	19	2.1	19	95	0	69	20	17	23	38	1.93
2532648--2532703	20	2.8	20	88	0	85	39	14	12	33	1.83
2533756--2533955	111	1.8	111	91	0	328	32	16	16	34	1.91
2538240--2538278	20	2.0	20	94	0	69	35	20	5	38	1.75
2539250--2539281	17	1.9	17	93	6	57	40	6	0	53	1.26
2541119--2541172	24	2.4	21	79	11	54	31	5	3	59	1.38
2543348--2543384	13	2.8	14	84	12	51	54	0	0	45	1.00
2547448--2547506	22	2.6	22	79	12	59	42	10	0	47	1.37
2547448--2547497	22	2.3	23	83	10	61	42	12	0	46	1.41
2547675--2547719	11	4.1	11	88	5	65	71	0	28	0	0.87
2551205--2551253	16	3.3	15	80	16	57	59	2	0	38	1.09
2551205--2551260	16	3.7	15	75	18	53	58	3	1	35	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2551205--2551272	17	4.4	16	76	12	61	58	4	1	35	1.27
2553554--2553614	29	2.1	30	81	3	70	77	0	4	18	0.95
2554195--2554417	113	2.0	113	93	0	383	39	18	10	30	1.85
2559317--2559361	15	2.9	15	81	15	56	80	4	8	6	1.03
2559325--2559361	14	2.6	14	91	4	56	81	5	8	5	0.99
2559599--2559663	26	2.4	26	87	10	87	81	7	10	0	0.87
2560626--2560731	33	3.3	33	73	7	128	22	27	16	33	1.95
2560602--2560758	33	5.0	31	71	9	122	22	31	15	30	1.95
2560602--2560782	63	2.9	63	91	4	276	22	30	14	32	1.94
2560738--2561119	34	11.8	33	79	12	336	20	34	12	32	1.90
2560857--2561106	61	3.9	61	86	11	304	20	34	11	33	1.88
2560743--2561114	95	3.9	95	83	8	429	20	34	12	32	1.90
2561123--2561283	33	4.9	33	87	3	229	27	34	18	19	1.95
2561121--2561283	65	2.5	65	90	4	249	28	34	18	19	1.95
2561338--2561611	43	6.1	43	82	9	341	25	24	18	31	1.98
2561290--2561664	92	4.0	92	92	1	615	26	24	17	31	1.97
2561565--2561718	52	2.9	53	80	6	186	24	23	15	36	1.94
2562586--2562642	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
2562566--2562663	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
2562564--2562661	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
2562704--2562728	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2562737--2562861	52	2.4	52	95	0	223	36	18	18	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2576410--2576597	28	6.6	28	85	6	220	29	28	16	25	1.97
2576418--2576597	55	3.2	56	83	4	211	30	27	17	24	1.97
2576410--2576642	83	2.7	84	82	9	238	29	27	18	25	1.98
2576414--2576657	55	4.2	59	81	7	200	29	26	17	27	1.98
2576510--2576664	32	5.1	31	82	6	167	29	25	18	27	1.98
2576718--2577028	28	10.6	28	76	12	252	30	30	16	21	1.96
2576709--2577042	57	5.6	57	80	9	284	30	30	17	21	1.96
2576717--2577028	85	3.5	84	80	9	320	30	30	16	21	1.96
2577109--2577219	45	2.4	48	81	6	120	23	27	16	33	1.95
2580920--2580973	23	2.4	23	75	6	58	24	14	27	33	1.94
2585228--2585290	19	3.7	18	72	24	64	34	12	15	36	1.86
2585226--2585297	32	2.2	32	95	0	126	36	12	15	36	1.85
2585315--2585356	21	2.0	21	95	0	75	42	7	19	30	1.78
2585343--2585404	13	5.2	13	75	15	62	33	11	17	37	1.86
2585322--2585403	34	2.4	34	97	0	155	36	10	17	35	1.85
2587759--2587940	51	3.6	51	86	3	233	30	26	10	32	1.91
2587876--2588087	79	2.7	79	87	2	302	27	25	15	31	1.96
2588138--2588208	28	2.5	28	86	0	88	23	33	18	23	1.96
2587928--2588417	237	2.1	236	81	5	551	26	25	14	33	1.94
2598472--2598519	2	24.5	2	78	4	53	45	2	4	47	1.33
2600399--2600433	16	2.2	16	100	0	70	68	5	0	25	1.11
2602203--2602246	19	2.3	19	84	7	54	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2603231--2603268	20	1.9	20	94	0	67	55	0	0	44	0.99
2603203--2603304	53	1.9	52	83	13	129	55	0	3	39	1.25
2603897--2603922	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2604248--2604286	20	1.9	20	84	5	51	30	0	5	64	1.15
2615903--2615996	1	94.0	1	78	0	80	87	5	7	0	0.68
2615902--2615997	34	2.8	34	93	6	160	85	5	9	0	0.74
2619598--2619656	24	2.6	21	82	12	64	40	1	3	54	1.27
2619617--2619686	31	2.3	30	85	4	95	45	0	1	52	1.09
2619647--2619701	23	2.3	23	76	17	58	47	0	1	50	1.11
2620301--2620335	2	17.5	2	93	0	61	0	45	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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