genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

This is table  5  of  25  ( 2909 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
671458--671660	104	2.0	103	83	3	255	29	21	11	37	1.89
672562--672721	52	3.2	50	81	8	164	29	14	10	45	1.78
672607--672647	20	2.0	20	85	0	55	26	14	7	51	1.69
672602--672721	52	2.3	52	88	1	170	30	16	10	43	1.81
672602--672740	51	2.7	51	82	3	154	30	16	9	43	1.80
673259--673333	30	2.5	31	89	6	109	29	14	16	40	1.88
674242--674280	21	1.9	21	89	5	62	20	12	17	48	1.80
678662--678739	25	3.2	25	60	10	63	41	12	5	41	1.65
678657--678750	47	2.0	47	97	0	179	38	13	8	39	1.76
680044--680353	166	1.9	166	81	2	381	32	19	8	39	1.81
680650--680703	20	2.7	20	91	2	90	40	11	16	31	1.84
684339--684453	39	2.9	39	75	0	122	42	14	5	37	1.69
686946--687130	57	3.2	56	77	10	178	43	17	12	27	1.84
688058--688101	12	3.8	12	80	14	56	0	15	0	84	0.63
688059--688099	17	2.5	17	85	14	52	0	17	0	82	0.66
688058--688100	16	2.5	18	81	7	54	0	16	0	83	0.64
690328--690380	22	2.4	22	93	0	88	39	11	15	33	1.83
690872--690966	45	2.1	46	94	2	165	29	26	2	42	1.67
694634--694712	41	1.9	41	97	0	149	39	16	16	27	1.90
694748--694772	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
695204--695229	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
697448--697492	22	2.1	21	84	8	56	55	4	17	22	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699296--699326	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
701342--701419	20	3.7	20	74	15	75	26	15	15	42	1.87
701408--701432	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
708191--708216	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
708277--708349	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
708255--708349	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
708956--709001	16	2.8	16	93	6	74	30	39	2	28	1.69
710807--710845	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
710831--710909	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
712925--712962	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
717024--717049	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
717110--717182	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
717088--717182	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
718845--718869	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
720728--720860	50	2.6	50	80	1	167	42	12	14	30	1.83
721545--722135	52	11.6	52	72	10	389	34	15	25	25	1.95
721715--722135	100	4.2	101	84	6	539	35	15	24	24	1.94
721759--722135	203	1.9	200	86	4	540	34	16	24	23	1.95
722250--722343	31	3.0	30	84	9	118	17	15	32	34	1.91
722521--722593	28	2.6	28	82	2	85	26	19	27	27	1.99
722610--722685	14	5.7	13	73	9	55	34	19	13	32	1.90
723938--723986	25	2.0	25	87	0	71	4	4	12	79	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737690--737815	51	2.5	50	81	3	155	42	11	14	30	1.81
743701--743742	18	2.3	19	80	19	54	38	16	9	35	1.81
746387--746592	112	1.8	111	80	10	249	45	10	11	32	1.74
747517--747591	20	3.8	20	83	0	105	32	13	13	41	1.83
747468--747641	91	1.9	89	89	2	267	29	15	12	42	1.84
749768--750011	98	2.5	98	87	2	373	27	27	14	31	1.95
756973--757030	20	2.9	20	94	0	98	29	13	18	37	1.90
759511--759561	20	2.5	20	100	0	102	35	19	15	29	1.93
759579--759635	19	2.9	19	84	2	69	33	15	14	36	1.88
760623--760647	13	1.9	13	100	0	50	28	8	16	48	1.74
761568--761602	13	2.7	13	81	0	52	28	14	17	40	1.88
763049--763075	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
763061--763220	28	5.6	28	91	6	236	48	3	17	30	1.64
766878--766906	14	2.1	14	100	0	58	27	27	13	31	1.94
767024--767070	21	2.2	21	100	0	94	23	38	4	34	1.74
767437--767499	32	2.0	32	87	0	90	22	20	28	28	1.98
767445--767573	32	4.0	31	81	6	116	20	17	28	32	1.96
767761--767814	28	1.9	28	88	0	81	27	18	27	25	1.98
769164--769229	22	2.9	21	79	20	71	3	4	9	83	0.89
775145--775206	26	2.4	25	76	12	72	43	14	19	22	1.87
777510--777534	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
781342--781381	20	2.1	19	86	9	55	52	17	12	17	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781661--781709	19	2.5	19	86	3	62	26	16	18	38	1.91
781769--781905	63	2.2	63	88	2	195	32	15	16	35	1.90
782043--782067	10	2.5	10	100	0	50	72	16	12	0	1.13
787586--787714	8	16.0	8	73	20	74	75	6	0	17	1.06
787586--787712	7	16.9	7	72	15	67	75	5	0	18	1.04
787569--787727	17	9.7	16	71	20	73	74	5	1	18	1.07
787569--787644	33	2.3	33	86	11	102	72	1	2	23	1.05
787570--787710	39	3.5	39	73	18	96	74	4	1	19	1.08
787586--787718	20	7.1	18	70	22	71	75	6	0	18	1.05
788276--788460	89	2.0	92	86	4	259	49	16	24	9	1.74
792041--792137	51	1.9	51	91	0	158	27	15	11	45	1.80
798980--799027	12	3.8	12	81	10	60	0	18	0	81	0.70
798978--799027	11	4.5	11	85	5	55	0	18	0	82	0.68
798984--799016	15	2.2	15	94	0	57	0	15	0	84	0.61
798978--799027	18	2.7	18	77	22	50	0	18	0	82	0.68
799642--800257	166	3.8	161	79	9	581	55	7	10	26	1.60
799659--800144	158	3.0	157	82	8	561	54	8	11	25	1.63
799668--800257	324	1.8	323	82	5	771	55	7	10	26	1.60
801104--801141	19	2.0	19	90	10	60	0	15	0	84	0.63
802820--802851	15	2.1	15	94	0	55	21	28	18	31	1.97
807589--807789	52	3.9	52	93	0	330	29	16	18	34	1.94
807778--807802	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807843--807909	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
807865--807889	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
809100--809311	52	4.2	52	76	12	208	33	16	25	24	1.96
809207--809296	43	2.1	43	93	0	153	31	17	24	26	1.97
809208--809276	21	3.2	21	66	18	61	30	17	24	27	1.97
809300--809822	30	18.1	30	77	11	405	24	16	29	29	1.97
809407--809452	21	2.1	23	88	8	69	17	19	32	30	1.95
809350--809597	81	3.0	81	87	9	367	20	17	29	33	1.95
809430--809824	86	4.5	86	77	10	323	24	15	29	29	1.96
811261--811409	1	149.0	1	75	0	127	1	1	10	87	0.67
811261--811409	10	14.5	10	83	12	178	1	1	10	87	0.67
811261--811409	21	7.2	21	78	15	159	1	1	10	87	0.67
811261--811409	11	13.4	11	80	15	148	1	1	10	87	0.67
821100--821126	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
825247--825447	52	3.9	52	93	0	330	29	16	18	34	1.94
825436--825460	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
825501--825567	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
825523--825547	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
825934--826280	123	2.8	123	79	5	358	44	13	20	21	1.85
825934--826269	82	4.1	82	80	4	336	44	13	20	21	1.85
825934--826269	41	8.2	41	79	3	246	44	13	20	21	1.85
826297--826649	105	3.4	103	76	6	309	47	15	20	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826719--826787	35	2.0	35	88	5	104	43	15	23	17	1.87
828167--828202	13	2.8	13	95	0	63	36	19	13	30	1.91
830616--830671	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
830741--830766	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
830723--830787	32	2.0	34	87	6	98	44	13	12	29	1.81
832092--832136	20	2.2	20	84	7	56	35	13	13	37	1.84
842987--843013	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
847144--847292	52	2.9	51	88	4	226	30	18	18	32	1.94
847281--847305	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
847346--847412	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25