genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2624027--2624075	14	3.4	14	77	5	53	44	10	10	34	1.72
2624066--2624114	23	2.1	24	92	3	82	40	10	12	36	1.77
2624334--2624371	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
2627101--2627161	29	2.1	29	96	0	113	24	13	26	36	1.92
2628408--2628527	57	2.1	57	92	3	197	28	16	19	35	1.93
2632700--2632973	80	3.4	77	75	11	212	38	9	22	30	1.85
2635247--2635322	39	1.9	40	91	2	127	44	17	13	25	1.84
2635381--2635432	20	2.5	21	84	9	63	32	17	11	38	1.85
2636471--2636509	20	2.0	20	89	0	60	51	7	12	28	1.67
2636707--2636755	20	2.4	20	82	3	62	40	8	16	34	1.78
2646103--2646149	13	3.5	13	75	13	51	36	2	4	57	1.30
2648366--2648436	20	3.5	20	98	0	133	30	21	11	36	1.88
2648530--2648556	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2648512--2648575	33	2.0	33	90	3	103	40	17	15	26	1.89
2650828--2650966	51	2.7	52	82	6	167	41	12	15	30	1.84
2651115--2651167	20	2.6	21	93	3	90	47	13	7	32	1.70
2651562--2651619	26	2.2	25	76	8	62	58	8	6	25	1.53
2652325--2652372	21	2.2	22	88	3	71	58	0	2	39	1.10
2655108--2655141	16	2.1	17	88	5	52	29	0	0	70	0.87
2655272--2655329	23	2.6	22	79	15	66	41	0	1	56	1.09
2655282--2655324	15	2.8	16	86	6	54	46	0	0	53	1.00
2656130--2656164	16	2.2	16	89	0	52	51	2	8	37	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2658968--2658997	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
2659273--2659299	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2667547--2667583	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2667770--2668365	298	2.0	298	90	0	933	43	11	10	35	1.74
2669258--2669328	31	2.3	32	76	16	78	42	1	4	52	1.29
2670006--2670037	17	1.9	16	93	6	55	56	3	0	40	1.15
2670508--2670576	18	3.6	19	80	3	77	59	1	1	37	1.15
2671278--2671358	40	2.0	40	97	0	153	9	33	7	49	1.64
2674528--2674570	15	2.8	15	85	3	50	55	0	0	44	0.99
2675476--2675519	15	2.8	16	82	6	63	63	0	6	29	1.20
2679008--2679061	26	2.1	26	92	0	90	25	11	20	42	1.85
2680080--2680127	13	4.1	13	72	25	52	35	16	12	35	1.87
2680178--2680234	19	2.9	19	76	7	60	33	14	17	35	1.90
2680219--2680245	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2687878--2687919	16	2.4	17	84	11	50	42	2	2	52	1.27
2694154--2694210	11	5.4	10	78	14	53	84	10	0	5	0.77
2694167--2694205	14	2.8	14	84	0	51	84	10	0	5	0.76
2694156--2694210	8	6.4	9	81	12	55	83	10	0	5	0.79
2694156--2694210	25	2.2	26	87	9	78	83	10	0	5	0.79
2694152--2694210	20	2.8	20	78	12	66	83	10	0	6	0.82
2695288--2695386	31	3.1	30	71	13	81	17	19	13	50	1.78
2695287--2695839	65	8.5	65	76	7	383	18	21	14	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2695485--2695589	31	3.3	31	70	13	95	20	24	14	40	1.89
2695530--2695628	31	3.0	34	71	19	84	22	21	14	42	1.88
2695499--2695600	31	3.2	31	71	17	91	20	22	14	42	1.89
2695364--2695837	130	3.6	128	79	7	451	18	21	14	44	1.86
2699185--2699306	52	2.3	52	92	0	208	26	18	18	36	1.94
2699185--2699327	52	2.8	52	88	4	182	29	18	16	35	1.93
2699358--2699454	19	5.8	18	67	27	70	38	16	10	35	1.83
2699350--2699452	32	3.2	32	91	0	170	36	17	10	34	1.85
2701089--2701113	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2701113--2701200	10	8.4	10	71	9	68	37	6	26	29	1.82
2701102--2701199	32	3.1	32	92	0	169	35	8	25	30	1.85
2702074--2702405	181	1.8	182	95	0	603	39	9	7	43	1.66
2703888--2703959	20	3.7	20	75	12	69	34	13	12	38	1.83
2704007--2704061	14	4.2	14	77	17	64	27	21	7	43	1.79
2706184--2706235	21	2.4	21	77	3	59	57	3	21	17	1.55
2709551--2709601	20	2.6	20	87	9	70	31	15	13	39	1.87
2713675--2713720	22	2.1	21	84	4	56	45	0	4	50	1.21
2717172--2717204	10	3.0	11	86	13	50	45	0	0	54	0.99
2723271--2723324	27	1.9	29	85	7	76	50	3	1	44	1.30
2726048--2726097	26	1.9	26	91	0	82	34	4	4	58	1.36
2727004--2727188	34	5.5	34	87	3	257	40	26	7	25	1.82
2731254--2731316	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2731623--2731718	34	2.8	34	82	6	122	39	28	8	23	1.84
2734701--2734739	20	2.0	20	85	10	53	30	5	2	61	1.31
2735436--2735483	15	3.2	15	88	5	71	56	0	0	43	0.99
2735824--2735875	16	3.4	16	76	15	56	36	9	0	53	1.34
2739986--2740045	31	1.9	31	82	3	75	36	3	5	55	1.38
2741657--2741689	14	2.4	14	90	10	50	45	3	0	51	1.16
2741731--2741779	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
2743968--2743992	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2745699--2745736	12	3.2	12	88	0	58	34	0	34	31	1.58
2749883--2749924	21	2.0	21	90	0	66	42	9	19	28	1.82
2749911--2749936	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2752289--2752415	52	2.4	52	88	2	193	30	28	11	29	1.91
2752347--2752521	79	2.2	79	85	6	237	27	29	13	29	1.94
2754393--2754459	31	2.2	31	84	10	84	32	16	0	50	1.45
2756290--2756344	21	2.5	23	85	11	71	38	5	27	29	1.79
2756923--2756963	20	2.0	22	90	9	68	43	24	14	17	1.86
2756972--2756996	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2759205--2759262	28	2.0	28	86	10	80	32	15	25	25	1.95
2759185--2759340	79	2.0	79	84	2	206	35	12	23	28	1.92
2759206--2759368	79	2.1	79	80	5	177	36	11	23	28	1.89
2759325--2759442	50	2.3	51	85	4	150	30	12	27	28	1.93
2759427--2759501	28	2.7	28	85	8	100	26	18	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2759485--2759581	51	1.9	51	91	6	162	35	9	22	32	1.86
2759484--2759599	51	2.3	49	85	8	153	33	11	23	31	1.90
2759333--2759630	157	1.9	157	79	2	339	32	14	25	27	1.94
2762017--2762084	20	3.8	20	74	25	87	33	14	22	29	1.94
2762037--2762061	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2762070--2762099	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
2762015--2762177	33	5.1	33	77	10	158	38	15	17	28	1.90
2762130--2762159	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82
2765698--2765729	6	5.3	6	100	0	64	31	34	0	34	1.58
2768749--2768778	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
2771338--2771374	15	2.5	15	91	8	58	45	0	0	54	1.00
2772100--2772179	32	2.5	31	85	4	106	46	6	2	45	1.42
2776487--2776511	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2776466--2776528	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
2776600--2776625	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2776580--2776647	33	2.1	33	89	8	104	33	16	17	32	1.92
2785288--2785312	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2785267--2785329	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
2785381--2785448	32	2.1	33	86	13	97	38	14	14	32	1.87
2786178--2786208	15	2.1	15	100	0	62	41	6	32	19	1.77
2788468--2788521	19	2.8	20	85	2	74	33	16	12	37	1.87
2792570--2792611	20	2.1	20	100	0	84	40	28	19	11	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2794948--2794986	20	2.0	20	85	5	53	41	20	0	38	1.53
2801465--2801529	32	2.0	32	100	0	130	27	12	6	53	1.61
2806089--2806117	14	2.1	14	93	6	51	68	6	0	24	1.13
2807271--2807315	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2809198--2809223	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2809223--2809260	2	19.0	2	100	0	76	0	0	50	50	1.00
2814564--2814589	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2818036--2818125	41	2.2	42	86	7	123	17	3	27	51	1.61
2818056--2818187	62	2.1	62	81	2	167	18	6	28	47	1.72
2818268--2818332	32	2.0	32	96	0	121	38	9	16	35	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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