genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2150412--2150493	27	3.0	28	82	10	98	26	21	29	21	1.99
2152921--2152946	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2152900--2152966	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2152986--2153053	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2153008--2153032	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2152989--2153051	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2153109--2153165	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2153176--2153211	18	2.0	18	100	0	72	16	5	0	77	0.94
2153803--2154590	55	14.3	54	91	4	1149	20	20	29	29	1.98
2154234--2154323	26	3.3	26	67	24	69	21	17	32	28	1.96
2154400--2154543	27	5.3	27	60	16	64	22	18	29	28	1.98
2155579--2155626	13	3.9	12	81	10	53	0	4	8	87	0.66
2168040--2168243	76	2.6	78	81	5	227	27	16	30	25	1.96
2168108--2168161	28	1.9	28	88	7	83	31	16	27	24	1.96
2168195--2168266	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2168255--2168424	52	3.3	50	79	11	182	32	12	24	29	1.93
2168398--2168479	27	3.0	28	82	10	98	26	21	29	21	1.99
2170904--2170929	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2170883--2170949	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2170969--2171040	19	4.2	18	77	22	84	37	13	11	37	1.81
2170991--2171015	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2170971--2171050	32	2.5	33	87	4	128	40	15	11	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173998--2174022	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2175015--2175055	21	2.0	20	90	4	64	19	12	17	51	1.76
2176332--2176482	69	2.2	69	90	2	232	25	23	11	39	1.88
2176401--2176709	96	3.2	96	85	0	413	25	23	12	38	1.91
2178441--2178506	35	1.9	34	93	3	114	31	13	24	30	1.94
2187398--2187422	12	2.1	12	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2188957--2188991	17	2.1	17	88	0	52	57	8	25	8	1.57
2190445--2190503	4	15.0	4	77	19	54	22	0	5	72	1.03
2191173--2191201	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2191399--2191473	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2191399--2191476	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2192387--2192441	22	2.5	22	87	0	92	20	9	7	63	1.47
2206709--2208180	28	51.4	29	88	4	2020	28	32	17	21	1.96
2206709--2208180	86	17.1	86	88	4	2000	28	32	17	21	1.96
2208793--2208867	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2208793--2208870	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2209778--2209832	22	2.5	22	87	0	92	20	9	7	63	1.47
2213175--2213212	11	3.5	11	82	3	51	47	18	5	28	1.70
2213226--2213263	20	1.9	20	100	0	76	50	10	0	39	1.37
2222148--2222188	2	21.0	2	90	5	66	2	46	0	51	1.14
2223847--2223880	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2225926--2225950	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2225940--2225987	24	2.0	24	84	8	62	62	2	0	35	1.07
2226133--2226191	13	4.5	13	75	14	50	50	1	0	47	1.11
2226095--2226184	27	3.3	28	72	13	89	50	0	2	47	1.13
2226157--2226264	13	8.9	12	69	22	57	50	4	1	42	1.33
2226225--2226258	11	3.2	11	95	4	61	50	0	0	50	1.00
2226228--2226258	10	3.0	10	95	4	53	48	0	0	51	1.00
2226262--2226294	13	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
2226250--2226294	14	3.0	15	81	18	58	40	2	0	57	1.11
2226220--2226318	51	2.0	50	80	9	112	47	3	1	48	1.24
2227645--2227688	17	2.5	18	81	3	54	50	0	2	47	1.13
2228258--2228292	16	2.1	17	89	5	54	48	0	0	51	1.00
2228296--2228364	25	2.8	25	73	8	70	36	2	1	59	1.21
2230296--2230365	29	2.4	30	76	13	74	41	1	0	57	1.08
2230684--2230744	20	2.8	21	76	21	63	49	3	1	45	1.28
2230689--2230736	25	2.0	26	84	12	66	47	4	2	45	1.33
2230769--2230809	12	3.5	12	86	3	57	65	0	0	34	0.93
2230789--2230854	22	2.9	22	86	4	87	62	3	6	28	1.34
2230789--2230872	23	3.7	23	82	3	89	61	4	7	26	1.42
2230912--2230941	11	2.7	11	89	0	51	26	0	0	73	0.84
2231421--2231481	29	2.1	29	85	8	81	50	0	4	44	1.23
2232613--2232646	18	1.9	17	88	5	50	44	0	2	52	1.16
2233224--2233259	15	2.4	15	86	13	56	55	2	5	36	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233224--2233259	14	2.4	15	90	9	56	55	2	5	36	1.38
2233457--2233515	26	2.2	26	87	6	82	69	1	1	27	1.07
2234431--2234481	17	3.1	16	83	13	59	58	0	1	39	1.09
2243996--2244025	13	2.3	13	94	0	51	60	0	6	33	1.23
2245330--2245359	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
2248195--2248254	21	2.8	22	84	5	77	26	13	20	40	1.89
2250556--2250592	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2254276--2254458	51	3.6	51	77	6	147	25	18	21	34	1.95
2254834--2254907	3	24.7	3	100	0	148	66	0	0	33	0.92
2255117--2255151	17	2.1	17	94	0	61	20	28	8	42	1.81
2255768--2255827	21	2.9	21	85	5	68	50	33	13	3	1.58
2255800--2255857	9	5.7	10	73	22	50	51	29	12	6	1.65
2255824--2255858	18	1.9	18	94	0	61	54	28	11	5	1.59
2255762--2255858	21	4.8	21	70	12	67	51	29	13	5	1.62
2255775--2255865	30	3.0	30	75	18	91	52	30	12	4	1.58
2255884--2255920	11	3.5	11	78	14	51	54	21	18	5	1.64
2255883--2255922	20	2.0	20	100	0	80	55	20	20	5	1.62
2255885--2255953	20	3.3	20	83	6	75	56	20	17	5	1.61
2255915--2255991	23	3.3	23	78	5	84	58	25	9	6	1.53
2255895--2255997	43	2.3	46	80	6	106	57	24	11	6	1.58
2259946--2260598	51	12.8	51	70	9	278	23	19	22	34	1.97
2261439--2261590	71	2.2	71	86	1	216	29	17	11	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265078--2265173	35	2.7	36	69	9	88	36	10	18	34	1.85
2265535--2265565	16	1.9	16	93	0	53	32	6	32	29	1.83
2270179--2270366	92	2.0	92	88	4	281	30	18	22	28	1.97
2272034--2272071	20	1.9	20	100	0	76	36	13	10	39	1.79
2272058--2272082	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
2272038--2272101	33	1.9	33	87	6	94	32	15	10	40	1.82
2275529--2275555	13	2.1	13	100	0	54	22	18	22	37	1.95
2277991--2278028	12	3.2	12	96	0	67	42	39	7	10	1.69
2279163--2279208	9	4.9	9	82	10	56	84	10	2	2	0.79
2279161--2279209	10	4.9	10	78	7	55	85	10	2	2	0.76
2280456--2280645	32	6.0	33	83	8	182	19	29	15	35	1.92
2280460--2280783	97	3.3	94	78	8	249	18	32	14	33	1.91
2280563--2280968	34	12.4	34	77	8	353	18	31	14	35	1.90
2280563--2280968	66	6.2	65	77	10	357	18	31	14	35	1.90
2280758--2280915	33	5.2	27	73	15	91	18	29	14	37	1.90
2280685--2280915	60	3.7	59	78	13	212	19	30	13	36	1.90
2280491--2280968	34	14.6	32	76	9	326	18	31	14	35	1.90
2280985--2281280	87	3.4	87	91	0	448	25	26	19	28	1.99
2281118--2281609	135	3.6	136	79	8	474	24	25	19	31	1.98
2281340--2281712	49	7.7	49	76	8	325	23	24	17	33	1.96
2281375--2281461	43	2.0	43	88	0	129	26	24	18	31	1.98
2281255--2281508	92	2.9	87	88	5	357	26	24	19	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2281239--2281564	92	3.6	87	81	10	275	25	23	19	31	1.98
2288843--2288898	27	2.1	27	93	0	94	21	21	10	46	1.81
2289863--2290111	52	4.8	52	74	10	179	24	20	23	31	1.98
2290139--2290850	51	13.9	51	74	8	421	25	17	20	35	1.95
2290139--2290850	154	4.6	153	75	9	486	25	17	20	35	1.95
2290117--2290842	205	3.5	204	80	7	652	25	17	21	35	1.95
2290277--2290829	103	5.4	101	74	10	376	25	16	20	36	1.94
2294884--2294940	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2294995--2295062	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2295016--2295040	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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