genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

This is table  4  of  25  ( 2909 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
541666--542816	28	40.1	28	86	4	1417	27	32	18	21	1.97
543366--543508	51	2.8	51	88	0	214	28	20	11	39	1.87
545534--545605	27	2.7	27	95	0	126	23	38	19	18	1.93
546606--546660	16	3.4	16	76	0	65	25	7	12	54	1.63
548168--548198	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
548108--548349	76	3.2	76	68	22	247	33	17	15	33	1.91
548317--548347	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
548106--548419	149	2.1	149	99	0	621	34	16	15	33	1.91
553544--553587	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
554437--554495	24	2.4	24	80	2	64	77	13	5	3	1.05
554813--554886	35	2.1	35	94	0	130	48	5	0	45	1.25
554941--555008	29	2.3	29	97	2	127	55	2	0	41	1.15
555031--555095	26	2.4	28	82	10	80	49	9	3	38	1.51
555050--555098	14	3.6	14	74	17	50	44	6	2	46	1.39
555891--555949	29	2.0	31	87	12	88	47	6	0	45	1.29
556963--557010	19	2.3	22	86	13	75	66	0	2	31	1.03
557027--557079	21	2.5	22	79	8	58	58	0	1	39	1.09
556977--557127	73	2.1	70	82	13	177	54	0	1	43	1.11
557424--557473	23	2.2	22	79	10	57	30	0	10	60	1.30
557481--557698	76	3.0	73	79	11	225	32	0	11	56	1.38
557768--557822	11	4.8	12	77	6	53	72	0	27	0	0.85
557775--557828	19	2.9	18	77	20	58	72	0	27	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
558098--558540	157	2.8	157	80	8	533	32	5	12	49	1.64
559971--560024	19	2.7	21	82	5	76	40	12	14	31	1.84
560012--560036	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
559991--560068	32	2.4	32	91	0	120	35	15	14	34	1.87
559971--560056	19	4.8	18	69	25	56	38	13	13	33	1.85
560087--560113	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
566848--566976	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	31	1.93
573136--573250	30	3.7	30	83	8	142	26	27	18	26	1.98
573136--573255	62	2.0	61	86	5	170	25	26	18	29	1.98
573136--573267	30	4.3	30	80	8	131	26	27	17	28	1.98
573256--573538	33	8.7	33	71	19	150	22	32	13	32	1.92
573355--573878	27	17.2	27	71	20	301	20	34	14	30	1.92
573322--573851	62	8.5	61	81	12	475	20	35	13	30	1.91
573294--573905	158	4.0	157	84	8	729	21	34	14	30	1.93
573482--573655	60	2.9	62	85	9	204	21	31	14	31	1.94
573388--573851	96	4.9	90	79	11	431	20	35	13	30	1.91
573295--574137	247	3.4	243	76	11	636	22	33	14	29	1.94
573886--574029	29	4.9	30	80	7	134	27	31	17	24	1.97
573697--574029	34	10.9	30	74	14	146	22	33	15	28	1.95
573917--574029	59	1.9	57	83	3	145	26	33	17	22	1.96
574009--574075	35	1.9	34	87	3	98	20	25	10	43	1.84
574158--574667	49	10.7	49	82	8	608	25	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
574158--574618	92	5.0	92	90	6	673	25	25	18	29	1.98
574577--574698	52	2.3	55	82	4	160	25	24	13	36	1.93
574577--574714	52	2.6	52	81	3	159	24	24	15	34	1.95
574680--574806	67	1.9	68	88	1	193	23	24	12	39	1.89
586152--586226	10	7.0	11	77	16	70	82	14	1	1	0.80
586152--586231	21	3.8	21	76	14	76	82	15	1	1	0.80
586154--586231	9	8.2	9	77	14	68	83	14	1	1	0.78
586154--586240	15	6.4	14	77	10	83	82	14	1	1	0.78
586153--586240	12	7.5	12	75	10	74	82	14	1	1	0.78
586153--586240	22	3.9	21	77	15	86	82	14	1	1	0.78
587671--587934	28	9.5	28	91	1	379	31	29	17	22	1.96
587867--587969	27	3.7	27	83	6	91	35	27	19	17	1.94
587981--588368	49	7.8	49	84	2	398	23	28	18	30	1.97
587976--588413	98	4.4	98	81	6	436	23	27	17	31	1.97
589136--589252	19	6.7	19	68	23	78	37	14	13	34	1.86
589156--589260	32	3.3	32	97	0	192	36	14	14	35	1.86
589304--589331	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
589284--589349	33	2.0	33	88	5	98	33	15	12	39	1.84
591794--591845	21	2.5	21	75	9	54	40	17	15	26	1.89
594169--594384	119	1.8	117	79	11	253	40	14	24	20	1.90
594522--594609	26	3.3	26	68	20	81	19	18	35	27	1.95
594364--595197	55	14.3	60	88	6	998	24	20	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
596188--596219	12	2.8	12	95	4	57	0	0	15	84	0.63
596188--596219	17	1.9	16	93	6	55	0	0	15	84	0.63
608742--608813	28	2.6	28	86	4	92	26	19	31	22	1.97
608802--609190	51	7.4	51	70	14	202	31	12	25	30	1.93
609006--609080	27	2.7	27	85	2	96	20	21	34	24	1.96
608802--609187	52	7.3	53	71	12	174	31	12	25	30	1.93
610990--611019	10	3.1	10	95	4	53	0	0	23	76	0.78
611553--611578	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
611532--611598	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
611618--611672	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
612201--612365	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
613890--613956	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
614407--614447	20	2.1	20	86	4	57	31	9	19	39	1.84
616993--617486	158	3.1	159	79	7	502	34	13	24	27	1.93
617017--617487	79	5.9	79	76	7	355	34	13	24	27	1.93
619890--619927	20	1.9	20	84	10	51	55	13	5	26	1.59
620527--620780	41	6.3	39	74	14	198	37	12	26	23	1.91
620556--620796	41	5.8	41	76	9	213	39	12	26	22	1.89
620561--620826	41	6.3	43	73	10	185	38	12	25	22	1.90
620558--620826	85	3.2	81	80	9	272	38	13	25	23	1.90
620810--621260	61	7.4	59	80	5	422	27	17	27	27	1.98
620810--621261	181	2.5	181	84	5	552	27	17	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
623275--623305	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
623350--623422	20	3.7	19	83	7	76	39	16	15	28	1.89
623921--623947	14	1.9	14	100	0	54	44	7	7	40	1.60
623989--624046	31	1.9	31	89	3	91	32	22	10	34	1.88
630212--630750	48	11.9	47	74	15	431	29	19	25	25	1.98
630311--630648	39	7.9	39	72	17	244	27	20	24	27	1.99
630261--630691	87	4.9	87	90	1	693	28	20	25	26	1.99
630610--630750	51	2.9	48	82	8	167	32	19	24	23	1.97
630753--631032	34	8.7	34	74	12	252	33	13	33	18	1.91
630941--631107	27	5.9	27	74	12	147	26	13	35	23	1.92
630753--631031	127	2.2	127	83	3	355	34	13	32	18	1.91
630779--631107	61	5.4	61	80	6	314	31	14	33	20	1.92
631139--631530	33	12.2	33	85	5	493	35	16	26	21	1.94
631147--631531	129	3.0	129	89	4	555	35	16	27	21	1.94
633672--633697	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
636049--636095	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
636218--636256	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
636242--636320	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
638337--638366	15	2.0	15	93	0	51	13	23	13	50	1.77
640170--640214	22	2.1	21	84	8	56	22	17	4	55	1.60
644053--644077	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
644066--644114	19	2.5	20	83	3	64	32	20	10	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648958--649010	20	2.7	19	79	2	61	32	16	16	33	1.92
657784--657833	20	2.5	20	87	3	66	32	20	16	32	1.94
657780--657833	19	2.8	19	85	2	72	29	18	16	35	1.93
661712--661764	20	2.7	20	79	5	54	32	15	18	33	1.92
669761--669809	24	2.0	24	100	0	98	71	12	0	16	1.14
670983--671143	29	5.5	29	76	12	125	27	26	13	32	1.93
670981--671118	29	4.7	30	82	7	158	26	24	13	35	1.93
670981--671143	59	2.8	59	78	9	172	27	26	12	33	1.93
671158--671279	33	3.8	33	79	6	115	31	28	13	25	1.94
671459--671661	52	3.9	51	78	8	196	29	20	12	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25