genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847368--847392	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
850398--850466	33	2.1	33	84	10	88	76	2	7	13	1.10
850407--850466	11	5.4	11	75	15	52	76	3	8	11	1.12
854478--854522	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
856404--856462	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
856743--856768	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
856722--856786	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
860553--860605	19	2.7	20	85	2	72	28	16	15	39	1.89
860519--860583	33	2.0	33	87	3	96	29	15	15	40	1.88
860650--860679	13	2.3	13	94	0	51	33	13	13	40	1.83
871909--874851	980	3.0	980	98	0	5701	32	18	21	27	1.97
875332--875356	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
875312--875378	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
875419--875443	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
875452--875580	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
879710--879736	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
889424--889517	1	94.0	1	75	0	80	87	9	1	2	0.68
889424--889517	10	9.5	10	79	11	97	87	9	1	2	0.68
889424--889517	17	5.4	17	83	6	109	87	9	1	2	0.68
889424--889517	15	6.4	14	77	15	93	87	9	1	2	0.68
889423--889517	25	3.7	26	78	12	106	86	10	1	2	0.71
890960--891242	30	9.6	29	74	9	162	29	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891140--891266	28	4.3	28	88	6	164	34	30	17	17	1.93
891364--891446	42	2.0	42	92	0	139	30	25	19	25	1.98
891406--891556	55	2.8	54	80	3	180	25	23	15	35	1.94
892369--892393	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
892349--892415	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
892456--892480	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
892489--892617	52	2.5	52	93	0	222	34	17	17	30	1.94
902192--902216	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
902172--902236	33	2.0	33	87	6	96	35	15	16	32	1.91
903816--903849	3	11.3	3	87	0	50	38	0	32	29	1.58
911015--911039	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
910995--911059	33	2.0	33	84	6	87	35	16	15	32	1.91
917281--917409	52	2.5	52	97	0	240	27	15	18	37	1.91
917418--917442	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
917485--917579	19	5.7	18	72	27	93	35	17	12	33	1.88
917504--917560	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
917483--917583	32	3.2	32	98	0	193	34	16	12	35	1.87
918122--918183	20	3.2	20	79	11	74	33	16	14	35	1.89
918097--918161	32	2.0	33	90	3	105	29	13	15	41	1.86
919870--919904	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
924207--924246	21	1.9	21	94	0	71	35	15	0	50	1.44
925985--926047	26	2.5	25	82	5	74	42	0	19	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
926582--926674	20	4.7	19	84	9	100	33	17	16	33	1.92
927365--927392	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
927345--927410	33	2.0	33	88	5	98	36	13	12	37	1.82
937763--937880	20	5.8	20	75	7	103	36	13	16	33	1.88
943348--943415	28	2.5	26	79	9	73	42	17	22	17	1.89
944033--944108	33	2.3	34	86	2	109	27	27	17	27	1.97
944163--944281	32	3.7	32	76	3	114	31	29	18	20	1.96
944429--944988	52	10.8	52	74	8	376	24	23	15	36	1.94
944479--944935	103	4.4	102	75	7	348	24	23	15	36	1.94
944429--944961	155	3.4	155	85	1	701	25	23	15	36	1.94
945595--945632	20	1.9	20	88	0	58	81	0	5	13	0.85
949157--949212	20	2.8	20	81	7	69	41	12	14	32	1.83
950262--950320	27	2.1	27	82	14	68	27	6	5	61	1.43
955117--955158	22	1.9	22	85	9	59	42	14	26	16	1.86
959559--959658	19	5.9	19	72	25	98	36	12	14	38	1.83
959563--959655	32	2.9	32	96	0	168	36	12	13	36	1.84
959612--959636	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
959698--959723	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
959678--959744	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
962180--962248	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
962125--962517	107	3.7	105	72	10	323	27	27	14	30	1.95
962235--962403	52	3.3	51	76	12	166	29	25	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973912--974092	91	2.0	90	91	1	290	30	17	16	35	1.91
974128--974191	33	2.0	33	87	3	94	40	14	14	31	1.85
974270--974311	22	2.0	21	86	13	59	40	7	7	45	1.59
975488--975542	14	3.4	16	73	17	51	54	0	7	38	1.28
976207--976254	14	3.4	14	97	2	87	43	0	0	56	0.99
982647--982677	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
982722--982774	16	3.3	16	89	0	79	54	3	5	35	1.42
982712--982774	32	2.0	32	87	0	90	55	4	4	34	1.42
982716--982779	16	4.0	16	84	8	67	54	6	4	34	1.46
983246--983304	25	2.4	24	80	8	64	57	6	1	33	1.35
985466--985917	150	3.0	150	99	0	895	38	19	17	24	1.93
988166--988216	20	2.5	20	83	3	57	31	21	5	41	1.77
988809--988857	21	2.3	21	86	6	64	81	14	0	4	0.83
988811--988854	15	2.9	14	83	10	52	81	15	0	2	0.78
989492--989546	26	2.1	26	83	6	67	58	1	10	29	1.43
994184--994275	39	2.3	40	78	14	100	34	23	5	35	1.78
995951--995991	21	1.9	22	90	5	66	51	4	17	26	1.65
998212--998242	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1002290--1002333	19	2.2	20	88	4	63	25	11	15	47	1.79
1003237--1003323	28	3.0	28	85	8	104	32	16	25	26	1.96
1003255--1003329	28	2.7	28	87	0	105	33	18	24	24	1.97
1003280--1003475	79	2.6	75	81	4	223	32	15	25	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1003434--1003502	28	2.5	28	87	0	93	28	15	27	27	1.96
1003347--1003580	107	2.2	108	84	3	294	32	12	25	29	1.92
1003461--1003975	79	6.5	78	77	7	454	36	11	22	29	1.90
1003467--1003974	158	3.2	157	85	3	639	36	11	22	29	1.90
1003856--1004190	107	3.1	105	81	6	379	34	13	24	28	1.93
1003940--1004003	28	2.3	28	86	5	85	31	17	25	26	1.97
1003988--1004163	51	3.4	51	68	18	153	31	12	26	28	1.93
1004088--1004502	78	5.3	79	84	5	506	33	12	25	28	1.92
1004088--1004504	157	2.7	156	83	5	547	33	12	25	28	1.92
1004459--1004530	28	2.6	28	91	4	110	27	20	29	22	1.99
1004383--1004607	107	2.1	107	83	4	276	33	14	24	28	1.94
1004489--1004643	79	2.0	79	83	5	197	36	13	21	27	1.91
1007019--1007093	30	2.5	30	84	0	105	41	18	14	25	1.89
1009300--1009374	30	2.5	30	84	0	105	41	18	14	25	1.89
1011581--1011655	30	2.5	30	84	0	105	41	18	14	25	1.89
1011917--1012030	53	2.2	53	100	0	228	41	17	7	34	1.77
1013915--1013989	30	2.5	30	84	0	105	41	18	14	25	1.89
1017170--1017390	79	2.8	78	76	11	211	30	20	10	38	1.86
1017641--1017707	36	1.9	35	85	11	93	31	25	10	32	1.89
1018177--1018215	13	3.0	13	88	0	60	35	17	17	28	1.94
1018225--1018304	21	3.6	22	89	6	117	37	11	22	28	1.89
1018292--1018322	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1018346--1018482	53	2.6	53	94	1	238	26	17	18	37	1.93
1018452--1018522	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
1018562--1018602	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1018805--1019568	79	9.7	79	79	4	688	28	23	13	35	1.92
1021595--1021633	4	9.8	4	94	0	69	23	2	0	74	0.94
1028315--1028374	31	2.0	30	86	3	84	1	21	0	76	0.87
1028325--1028383	31	1.9	31	82	6	75	1	23	0	74	0.91
1030409--1031466	47	22.7	47	77	7	795	41	16	21	20	1.90
1030395--1031470	233	4.6	232	78	8	999	41	16	21	20	1.90
1030413--1031423	186	5.4	182	76	10	641	41	16	21	20	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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