genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1699385--1699415	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1701495--1701520	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1703326--1703364	20	2.0	20	100	0	78	33	5	35	25	1.78
1704062--1704087	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1705998--1706040	20	2.2	20	87	8	61	83	4	11	0	0.78
1705998--1706040	10	4.3	10	82	8	52	83	4	11	0	0.78
1706084--1706122	17	2.4	17	87	12	55	76	2	12	7	1.09
1706694--1707406	112	6.4	111	83	4	728	32	13	14	40	1.84
1706694--1707410	224	3.2	222	82	4	822	32	13	14	40	1.84
1707645--1707805	87	1.8	88	82	4	209	21	14	16	47	1.81
1708217--1708485	60	4.5	60	79	9	264	19	14	18	47	1.82
1712049--1712102	20	2.7	20	88	2	81	33	16	9	40	1.80
1712140--1712178	21	1.9	20	89	5	60	41	10	15	33	1.81
1712901--1713008	52	2.1	52	85	0	144	40	13	23	22	1.89
1712901--1713043	52	2.8	52	82	0	142	38	16	21	23	1.93
1713153--1713424	52	5.2	52	76	6	173	38	12	22	26	1.90
1713236--1713424	104	1.8	104	80	4	229	37	13	21	26	1.91
1713119--1713403	156	1.8	155	79	8	335	37	13	22	25	1.91
1713498--1713864	32	11.6	32	83	6	331	23	16	28	31	1.96
1713498--1713864	65	5.8	63	79	9	311	23	16	28	31	1.96
1714007--1714311	33	9.7	33	69	15	137	38	10	28	21	1.87
1714020--1714076	27	2.1	27	86	0	78	35	8	29	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1713954--1714301	60	5.6	60	75	8	252	38	11	27	22	1.88
1714150--1714201	27	1.9	27	88	0	77	34	15	28	21	1.94
1714158--1714300	64	2.3	64	83	6	186	37	11	29	22	1.89
1714204--1714265	29	2.1	29	87	0	88	37	12	27	22	1.91
1714171--1714331	35	4.9	34	74	12	140	37	11	29	21	1.88
1713987--1714301	124	2.5	121	77	7	326	38	11	28	21	1.88
1714333--1714422	32	2.9	32	83	4	96	30	12	33	24	1.92
1714333--1714452	30	3.9	32	75	9	106	29	10	34	25	1.90
1714270--1714385	57	2.0	59	81	3	137	30	12	33	24	1.91
1720950--1721081	65	2.0	65	92	0	219	55	9	13	21	1.67
1723414--1723506	20	4.7	20	90	2	125	38	15	13	32	1.86
1723435--1723488	12	5.2	12	68	32	52	35	18	11	35	1.86
1724831--1724870	20	2.0	21	90	5	64	40	12	15	32	1.84
1726300--1726375	37	2.0	38	94	2	136	53	0	32	13	1.39
1731002--1731319	155	2.1	154	87	3	451	25	12	18	43	1.85
1731684--1731758	20	3.8	20	91	3	116	28	16	13	42	1.85
1734170--1734200	16	1.9	16	100	0	62	41	25	0	32	1.56
1734212--1734273	28	2.2	28	88	5	90	24	32	16	27	1.96
1734367--1734484	51	2.3	51	85	8	168	32	27	10	29	1.90
1734418--1734602	79	2.3	78	84	6	246	27	24	12	34	1.92
1744553--1744580	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
1744534--1744598	32	2.0	33	93	3	114	36	12	12	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1744641--1744665	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1744653--1744705	20	2.7	20	96	0	97	28	18	13	39	1.88
1747964--1747997	17	1.9	17	88	5	50	79	8	8	2	1.03
1747964--1748010	16	2.8	17	84	12	53	80	6	10	2	0.96
1747943--1748010	26	2.7	25	81	6	66	82	7	7	2	0.93
1749087--1749280	61	3.4	56	83	8	248	27	26	21	24	1.99
1749014--1749495	211	2.3	211	87	4	689	25	27	19	27	1.99
1749320--1749536	61	3.5	61	83	6	278	23	25	20	30	1.98
1749320--1749563	61	4.0	63	81	5	277	24	25	20	30	1.98
1749535--1749886	87	4.3	83	76	11	262	21	25	13	39	1.90
1749535--1749770	42	5.5	41	82	7	215	21	25	13	39	1.90
1750526--1750613	20	4.8	20	76	21	93	26	17	14	42	1.87
1750563--1750626	13	5.4	13	73	21	68	28	18	14	39	1.90
1750543--1750645	33	3.1	33	94	0	179	27	18	13	40	1.88
1752988--1753131	51	2.8	51	80	0	171	31	24	10	33	1.89
1753118--1753191	28	2.6	28	89	0	103	24	28	21	25	1.99
1753106--1753315	109	1.9	109	87	3	307	25	23	16	35	1.95
1753228--1753298	28	2.6	28	81	2	90	19	32	22	25	1.98
1753283--1753402	51	2.4	51	86	8	172	30	26	12	30	1.93
1753336--1753553	79	2.7	78	82	5	267	28	24	13	33	1.93
1756517--1756553	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
1756920--1756973	20	2.8	19	81	10	65	24	1	12	61	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1758692--1758743	3	17.3	3	91	0	86	34	1	34	28	1.69
1764662--1764715	19	2.8	18	77	20	63	35	12	16	35	1.87
1764767--1764794	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1766039--1766094	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
1766144--1766196	19	2.6	21	88	8	83	45	15	11	28	1.80
1770628--1770681	20	2.7	20	88	8	74	31	16	16	35	1.92
1781611--1781722	39	2.8	39	83	2	143	18	19	14	47	1.83
1781605--1781743	40	3.5	40	78	5	147	18	20	13	46	1.83
1781764--1781880	40	2.9	40	80	2	110	22	22	7	47	1.76
1781836--1781981	77	1.9	79	83	9	192	22	21	10	45	1.81
1781825--1782002	77	2.3	78	77	10	184	22	21	9	46	1.80
1782419--1782448	13	2.3	13	94	0	51	33	13	13	40	1.83
1782482--1782546	33	2.0	33	90	0	103	29	13	13	43	1.83
1784839--1785001	51	3.2	51	83	3	202	31	26	10	31	1.90
1784863--1785036	51	3.4	51	84	0	213	31	27	10	29	1.91
1797542--1797642	1	101.0	1	72	0	76	86	8	3	0	0.75
1797541--1797641	9	11.0	9	80	12	107	85	9	3	0	0.78
1797541--1797630	19	4.8	19	81	9	105	85	11	2	1	0.74
1797541--1797630	16	5.6	16	75	9	85	85	11	2	1	0.74
1798712--1799114	55	7.2	54	87	3	464	30	25	19	24	1.98
1798596--1798787	94	2.0	97	87	10	277	23	30	18	27	1.98
1798899--1799040	28	5.1	28	61	13	78	30	23	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1798911--1798996	27	3.2	26	67	9	64	30	22	19	27	1.98
1798931--1799322	210	1.9	210	91	1	642	28	27	18	25	1.98
1799163--1799452	122	2.5	116	82	7	336	28	26	18	26	1.98
1799163--1799467	61	5.1	61	78	9	299	27	26	17	28	1.98
1800145--1800174	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
1802447--1802577	51	2.6	51	85	2	156	31	24	9	34	1.88
1802513--1802817	79	3.8	80	76	6	282	29	26	12	32	1.92
1804143--1804168	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1804125--1804188	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1809107--1809132	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1809089--1809152	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1810191--1810320	63	2.0	64	84	7	167	21	22	14	41	1.89
1811449--1811482	15	2.3	15	89	0	50	20	2	5	70	1.21
1812168--1812211	20	2.2	20	88	4	63	22	0	18	59	1.38
1812168--1812218	20	2.6	19	81	6	57	23	1	17	56	1.51
1814378--1814540	82	2.0	83	90	4	258	47	9	11	31	1.73
1820644--1820693	24	2.1	24	85	7	66	30	4	6	60	1.39
1824514--1824729	115	1.9	116	82	0	272	23	18	20	37	1.94
1826388--1827072	155	4.5	154	78	3	594	37	21	16	23	1.93
1829192--1829506	164	1.9	164	82	2	391	54	6	10	27	1.60
1830171--1830263	43	2.2	42	86	1	123	33	21	29	16	1.95
1830188--1830280	43	2.2	43	86	1	125	34	20	32	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1830201--1830288	42	2.1	43	82	2	106	39	20	27	12	1.88
1830337--1830532	42	4.7	42	79	0	167	37	15	28	18	1.91
1830378--1830748	84	4.4	84	77	6	304	36	16	28	19	1.93
1830358--1830790	42	10.3	42	72	10	195	36	17	27	18	1.93
1830634--1830777	43	3.4	44	75	12	140	40	18	25	16	1.91
1830851--1830993	42	3.4	42	79	9	157	34	15	30	18	1.92
1830851--1831011	84	1.9	84	83	2	207	32	16	31	19	1.94
1830851--1831036	84	2.2	84	81	2	203	33	16	30	19	1.94
1830202--1831172	514	1.9	514	78	5	1075	35	16	28	18	1.93
1831219--1831330	42	2.7	42	74	0	107	38	14	27	19	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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