genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1984641--1984711	32	2.2	32	92	0	124	36	16	12	33	1.87
1984649--1984712	19	3.7	19	70	23	68	37	15	12	34	1.85
1985043--1985115	20	3.7	19	83	7	76	38	15	16	30	1.89
1985043--1985096	19	2.8	20	85	2	74	37	14	16	31	1.89
1991801--1991835	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
1993490--1993543	19	2.8	20	91	2	83	37	16	16	29	1.91
1994115--1994166	16	2.8	18	81	18	63	7	13	1	76	1.07
1998361--1998435	20	3.7	20	89	1	105	25	13	12	49	1.76
2000853--2001025	79	2.2	79	79	7	192	30	21	10	36	1.87
2000959--2001071	51	2.2	51	84	3	138	33	20	8	37	1.84
2001010--2001282	79	3.5	78	75	13	213	29	21	11	36	1.89
2001871--2001909	19	2.1	19	100	0	78	43	25	5	25	1.75
2001874--2001919	19	2.5	18	89	10	67	41	21	6	30	1.78
2002357--2002420	32	2.0	33	87	3	94	40	14	14	31	1.85
2002515--2002560	20	2.1	22	88	11	69	39	8	6	45	1.61
2002526--2002569	24	1.9	22	81	9	52	40	11	6	40	1.68
2003446--2003470	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2003518--2003569	19	2.7	20	84	3	70	36	13	17	32	1.89
2003557--2003582	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
2008402--2008457	19	2.8	21	81	10	71	33	16	14	35	1.88
2010907--2010934	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2017155--2017228	20	3.7	20	85	8	80	32	18	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020283--2020313	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
2020356--2020418	32	1.9	33	90	3	101	39	14	15	30	1.87
2020691--2021856	582	2.0	582	93	0	1992	30	18	17	34	1.94
2024113--2024156	23	2.0	22	86	4	61	20	0	9	70	1.14
2025369--2025660	155	1.9	156	80	5	340	38	6	9	45	1.63
2027429--2027454	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2027409--2027472	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2029534--2029576	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
2030007--2030032	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2032113--2032143	15	2.1	15	100	0	62	12	19	16	51	1.76
2036207--2036232	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2036187--2036248	32	1.9	33	90	3	99	27	12	16	43	1.84
2036902--2036927	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2046744--2046772	10	2.7	11	94	5	51	55	0	10	34	1.34
2050007--2050031	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2054199--2054242	19	2.3	19	84	7	54	56	2	0	40	1.11
2054277--2054319	17	2.5	17	96	0	77	30	27	16	25	1.97
2057130--2057192	33	1.9	33	87	6	92	33	17	1	47	1.57
2057428--2057502	32	2.3	33	80	13	84	37	6	4	52	1.47
2057588--2057620	16	2.1	16	94	0	57	42	0	0	57	0.98
2057886--2057918	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
2064308--2064339	9	3.7	9	95	4	57	21	0	0	78	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2065558--2065602	20	2.3	19	80	3	54	42	2	0	55	1.12
2067466--2067491	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
2067504--2067560	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2067616--2067683	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2067637--2067661	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2067618--2067680	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2067723--2067748	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2067703--2067769	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2070103--2070235	51	2.6	51	81	9	162	33	26	8	32	1.86
2070223--2070294	27	2.6	27	86	6	92	22	31	22	23	1.98
2070277--2070709	51	8.3	51	74	10	320	29	25	13	32	1.93
2070430--2070505	27	2.8	27	88	9	102	22	34	22	21	1.97
2070114--2070617	211	2.4	210	93	1	848	28	25	13	32	1.93
2070277--2070819	263	2.1	261	85	4	718	27	25	13	32	1.94
2083161--2083198	14	2.6	14	91	4	58	86	5	7	0	0.69
2083163--2083205	22	1.9	22	90	4	68	86	6	6	0	0.72
2083163--2083214	22	2.3	23	83	9	63	84	7	7	0	0.77
2084204--2084935	55	13.2	55	89	5	1027	28	30	20	20	1.97
2084414--2084503	26	3.3	26	68	14	74	28	33	17	20	1.95
2085476--2085501	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
2085516--2085572	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2085628--2085695	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2085649--2085673	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2085630--2085692	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2085735--2085760	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2085715--2085781	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2088234--2088309	27	2.8	25	84	9	89	22	31	22	23	1.98
2088128--2088671	211	2.6	210	90	3	837	29	25	13	32	1.93
2088125--2088724	51	11.4	51	69	14	292	29	25	12	32	1.93
2088292--2088834	263	2.1	261	84	4	691	27	25	13	32	1.94
2102098--2102223	1	126.0	1	71	0	81	84	13	0	0	0.70
2102100--2102245	22	6.5	22	81	12	131	82	15	0	0	0.74
2102097--2102245	20	7.4	19	76	20	126	82	16	0	0	0.75
2102097--2102245	70	2.1	68	78	16	103	82	16	0	0	0.75
2103677--2103735	27	2.1	28	87	3	84	32	33	15	18	1.92
2103679--2103909	30	7.7	30	76	11	190	29	29	16	25	1.96
2103805--2103933	60	2.2	60	84	8	165	34	31	16	18	1.93
2103953--2104181	48	4.8	48	80	10	256	26	24	17	31	1.97
2104051--2104136	42	2.0	42	93	0	145	27	24	18	29	1.98
2104002--2104181	91	1.9	93	91	3	292	27	23	17	31	1.97
2104069--2104136	21	3.2	21	64	22	52	27	26	17	27	1.98
2105076--2105100	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2105056--2105122	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2105163--2105187	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2105176--2105376	52	3.9	52	92	1	332	32	19	17	29	1.95
2111208--2111702	55	8.8	55	87	6	681	27	28	20	23	1.99
2111208--2111702	171	2.9	171	94	2	860	27	28	20	23	1.99
2112490--2112566	21	3.7	21	82	3	93	33	11	16	37	1.85
2112603--2112666	19	3.7	19	74	23	77	32	12	18	35	1.89
2112605--2112674	32	2.2	32	94	0	122	32	12	20	34	1.90
2112718--2112743	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2113278--2113306	10	3.0	10	95	5	51	79	20	0	0	0.74
2115101--2115496	52	7.6	51	69	11	210	30	26	11	31	1.92
2115217--2115292	28	2.7	28	85	0	89	25	34	17	23	1.96
2115276--2115496	51	4.3	51	76	7	187	30	25	12	31	1.92
2115112--2115606	262	1.9	262	88	2	762	28	27	12	31	1.93
2130724--2130748	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2130704--2130770	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2130811--2130835	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2130844--2130964	52	2.3	52	95	0	215	34	17	18	29	1.94
2136211--2136240	11	2.7	11	100	0	60	93	6	0	0	0.35
2137444--2137669	29	7.9	28	86	2	281	30	28	17	23	1.97
2137444--2137950	56	8.7	57	76	10	354	29	28	17	24	1.97
2137629--2137707	41	1.9	41	89	5	124	29	24	21	25	1.99
2137670--2137950	28	10.0	28	82	8	322	29	28	17	24	1.97
2137601--2137737	69	2.0	69	90	5	215	29	25	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137572--2137765	97	2.0	98	86	5	277	29	25	19	25	1.99
2137667--2137982	84	3.7	83	83	5	357	29	28	17	24	1.97
2138815--2138931	20	5.7	20	77	6	108	35	14	12	37	1.85
2138808--2138931	43	3.0	43	78	5	137	34	15	12	37	1.86
2146944--2146990	22	2.0	24	88	8	71	51	0	6	42	1.27
2148637--2148754	47	2.5	46	81	8	130	40	18	6	33	1.77
2150054--2150257	76	2.6	78	81	5	227	27	16	30	25	1.96
2150122--2150175	28	1.9	28	88	7	83	31	16	27	24	1.96
2150209--2150280	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2150269--2150438	52	3.3	50	79	11	182	32	12	24	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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