genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143656--143696	18	2.2	20	91	8	68	51	4	0	43	1.23
144187--144370	93	2.0	93	84	0	242	17	23	21	38	1.93
147044--147085	20	2.1	20	90	0	66	52	11	7	28	1.64
147569--147709	52	2.7	52	85	5	178	31	14	10	43	1.79
149886--150071	96	1.9	96	90	0	291	30	24	7	37	1.83
157238--157630	167	2.4	165	83	3	468	49	8	10	31	1.68
158881--159347	81	5.8	81	78	4	433	28	31	10	29	1.91
158842--159340	161	3.1	162	81	2	547	29	30	10	29	1.91
160774--160805	16	2.0	16	93	0	55	46	18	28	6	1.73
170687--170815	62	2.1	62	98	0	249	27	21	14	36	1.93
170643--171004	69	5.4	68	77	10	332	26	24	12	36	1.92
172042--172093	20	2.6	20	93	0	86	42	5	17	34	1.73
174637--175322	81	8.5	80	83	4	661	30	29	10	30	1.90
174667--175377	322	2.2	323	81	5	812	29	28	9	31	1.89
174637--175405	162	4.8	158	78	7	606	29	28	10	31	1.90
174844--175405	81	7.0	81	84	4	296	29	28	10	31	1.90
177852--177876	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
177865--178013	52	2.9	51	84	7	194	34	18	18	28	1.95
191773--191888	33	3.5	30	76	21	81	83	10	4	1	0.85
191774--191888	35	3.4	33	81	14	144	83	10	4	1	0.86
191740--191835	50	1.9	50	87	8	142	81	9	7	2	0.96
191741--191901	83	1.9	83	83	8	211	81	11	6	1	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191740--191888	1	149.0	1	66	0	64	82	10	6	1	0.89
191740--191900	34	4.7	33	76	15	139	81	11	5	1	0.90
193344--193610	28	9.4	28	85	4	329	33	31	17	17	1.94
193334--193610	86	3.2	85	86	4	360	32	31	16	18	1.94
193344--193585	57	4.2	57	88	2	333	33	30	17	18	1.94
193627--194079	49	9.0	49	84	5	573	22	25	18	33	1.96
193627--194088	101	4.6	101	91	0	753	22	25	17	33	1.96
198102--198696	79	7.5	79	83	3	689	34	12	23	29	1.91
201068--201173	50	2.1	50	91	0	167	43	14	18	23	1.87
201735--202657	61	15.2	61	85	3	1128	31	19	24	24	1.98
211877--211931	20	2.7	21	83	11	69	34	14	18	32	1.91
212450--212496	22	2.1	22	100	0	94	23	14	48	12	1.78
220606--220659	20	2.8	20	82	2	65	27	12	18	40	1.87
230478--230533	20	2.8	19	89	5	76	41	16	16	26	1.88
230603--230628	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
230585--230648	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
234695--234725	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
236700--236737	13	2.9	13	92	0	58	34	21	13	31	1.91
236858--236903	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
239288--239313	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
240356--240390	17	2.1	17	100	0	70	31	0	0	68	0.90
248257--248320	20	3.5	20	72	27	79	31	21	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248275--248336	13	5.2	13	70	21	64	29	17	14	38	1.89
248257--248333	33	2.3	33	100	0	154	31	20	12	35	1.91
251042--251166	52	2.4	52	94	0	214	28	20	16	35	1.94
251042--251186	52	2.8	51	88	4	202	29	20	16	33	1.94
251175--251199	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
251242--251293	19	2.7	20	93	3	88	36	19	9	34	1.84
252046--252458	49	9.0	43	80	11	448	30	18	25	25	1.98
252004--252440	43	9.4	46	80	12	484	31	18	24	25	1.98
251989--252458	92	5.1	92	92	1	742	31	18	25	25	1.97
252458--252585	33	3.9	33	92	2	206	23	19	28	28	1.98
252588--252938	33	10.6	33	73	9	160	33	14	33	18	1.91
252623--252744	63	2.0	61	86	3	172	31	13	34	20	1.91
252687--252935	99	2.5	102	80	6	310	34	14	32	17	1.91
252621--253040	66	6.4	67	75	12	290	33	14	32	19	1.92
252788--253133	31	10.9	31	77	10	258	30	16	31	21	1.95
252955--253133	30	5.9	29	83	10	216	30	17	27	24	1.97
254420--254467	23	2.0	24	84	4	62	4	4	14	77	1.08
261335--261458	52	2.4	52	93	0	212	27	19	16	36	1.93
261335--261479	52	2.8	51	85	6	177	28	18	17	34	1.94
261535--261586	19	2.7	19	93	0	95	40	17	11	30	1.85
262657--262700	21	2.1	21	95	0	79	29	4	15	50	1.64
276812--277053	28	8.5	28	80	2	207	29	29	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277424--277493	33	2.1	34	86	7	99	34	12	18	34	1.89
277479--277596	52	2.3	52	100	0	236	33	16	15	33	1.91
285799--286351	49	11.0	49	80	6	439	33	15	25	24	1.95
285801--286331	153	3.5	149	81	6	515	33	16	25	24	1.96
285860--286354	49	9.9	49	82	5	481	32	16	26	24	1.96
286348--286535	34	5.6	33	76	8	166	37	12	30	19	1.89
286413--286537	66	1.9	67	83	1	162	37	13	30	18	1.89
286520--286659	28	5.0	28	85	6	176	20	18	29	32	1.96
288067--288107	11	3.7	11	80	0	55	0	7	7	85	0.75
288863--288905	14	3.1	14	100	0	86	13	23	20	41	1.88
291177--291246	32	2.2	32	94	0	122	37	20	10	32	1.85
305936--305961	8	3.2	8	100	0	52	50	26	11	11	1.73
308572--308614	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
310633--310759	67	1.9	68	83	1	166	39	12	24	23	1.89
310776--311493	49	14.7	49	89	0	1049	30	17	26	25	1.97
310777--311488	147	4.8	147	96	0	1219	30	17	26	25	1.97
311493--311593	33	3.0	33	97	1	184	16	17	38	26	1.92
311593--312161	33	16.9	33	78	14	519	33	13	33	20	1.91
311593--312161	70	8.4	69	81	11	591	33	13	33	20	1.91
311598--312160	141	4.2	135	80	11	635	32	13	33	20	1.91
311887--312133	61	3.9	61	84	7	318	31	13	32	21	1.92
311987--312099	27	4.0	26	72	19	100	27	15	34	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311773--312146	94	3.8	96	75	17	319	33	13	32	20	1.92
311880--312195	94	3.3	93	75	15	299	33	14	31	21	1.93
311954--312195	122	2.0	121	80	9	269	31	15	30	22	1.95
313125--313156	16	2.0	16	93	0	55	0	6	9	84	0.78
313396--313458	6	10.5	6	75	11	58	3	4	11	80	0.97
313398--313460	18	3.6	17	81	8	72	3	4	12	79	1.01
313396--313476	43	1.9	41	82	5	99	4	6	13	75	1.16
316249--316274	8	3.2	8	100	0	52	50	26	11	11	1.73
320246--320272	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
320258--320313	19	2.9	19	87	10	78	32	14	17	35	1.90
320258--320312	20	2.8	20	89	8	78	30	14	18	36	1.91
320341--320410	33	2.1	34	86	7	99	32	11	20	35	1.88
320362--320410	13	4.2	13	73	24	54	32	10	18	38	1.84
321132--321225	29	3.3	28	84	3	125	31	28	14	24	1.95
321203--321427	31	7.3	31	78	3	229	29	28	17	24	1.97
321558--321769	60	3.6	60	70	11	143	25	24	12	36	1.91
321544--321701	58	2.7	58	72	6	149	25	24	14	35	1.94
322587--322626	21	1.9	21	84	0	53	22	30	22	25	1.99
328868--329242	186	2.0	186	91	0	597	36	16	17	29	1.92
330439--330878	163	2.7	166	78	8	423	29	10	8	52	1.64
337610--337674	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
337628--337653	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
337610--337674	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
340187--340343	75	2.1	75	100	0	314	47	12	17	21	1.81
341796--341834	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
345682--345828	73	2.0	73	95	0	267	40	2	22	34	1.68
346533--346558	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
346515--346579	34	2.0	33	90	6	105	44	13	12	29	1.81
348379--348490	28	4.0	28	100	0	224	39	14	21	25	1.91
352560--352833	88	3.1	88	79	6	270	33	13	23	29	1.93
352560--352805	89	2.8	88	80	6	257	34	13	22	29	1.92
358352--358480	52	2.5	52	94	0	222	29	17	18	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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