genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2294997--2295059	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2295102--2295127	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2295082--2295148	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2297488--2297622	52	2.6	51	74	9	137	29	27	11	31	1.91
2297610--2297681	28	2.6	28	86	0	99	22	33	19	25	1.97
2297635--2297836	78	2.6	77	81	4	217	24	29	16	29	1.96
2310254--2310332	14	5.6	14	82	11	74	83	6	10	0	0.80
2311221--2311914	59	12.0	59	89	5	915	25	28	20	25	1.99
2312662--2312729	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2312683--2312707	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2312664--2312726	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2312769--2312794	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2312749--2312815	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2315277--2315348	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
2315302--2315506	79	2.6	79	81	1	223	23	29	17	29	1.97
2319396--2319428	11	3.0	11	90	0	57	87	0	12	0	0.53
2323334--2323385	26	2.0	26	81	7	61	57	1	23	17	1.49
2329301--2329381	33	2.4	34	91	4	137	20	28	13	37	1.91
2329316--2329707	27	14.1	28	78	6	257	24	29	15	30	1.95
2329316--2329635	27	11.6	27	80	8	292	23	30	14	31	1.94
2329318--2330111	84	9.5	82	83	5	395	27	29	16	26	1.97
2329630--2330428	28	28.2	28	85	5	962	30	30	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330295--2330485	32	6.2	32	75	9	157	28	29	17	24	1.97
2330510--2330638	49	2.8	45	81	9	143	23	28	17	30	1.97
2336738--2336786	13	4.2	13	75	24	63	36	18	12	32	1.88
2336738--2336807	33	2.1	33	86	7	97	34	18	12	34	1.89
2336835--2336890	19	2.8	20	86	5	78	33	16	17	32	1.92
2336876--2336901	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2337430--2337497	21	3.2	21	75	4	73	29	33	4	32	1.77
2337444--2337507	22	2.9	23	75	11	71	28	32	4	34	1.78
2343950--2343974	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
2345563--2345609	21	2.3	21	89	10	71	29	17	12	40	1.86
2345645--2345700	19	2.8	20	89	5	87	33	16	16	33	1.91
2345686--2345712	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2347483--2347520	19	2.0	19	89	0	58	28	13	15	42	1.85
2347566--2347617	13	4.5	13	73	26	62	32	13	17	36	1.89
2347549--2347617	33	2.1	32	86	10	95	28	14	20	36	1.92
2353907--2353956	21	2.4	22	84	15	63	36	20	0	44	1.52
2353912--2353957	20	2.3	19	82	17	58	36	19	0	43	1.51
2355653--2355696	23	1.9	23	81	9	54	38	4	20	36	1.73
2355660--2355705	21	2.1	21	88	11	67	32	4	17	45	1.68
2356288--2356346	20	3.0	20	85	7	86	37	15	15	32	1.88
2357414--2357538	66	1.9	66	83	3	162	19	22	14	44	1.86
2360144--2360641	164	3.0	166	79	7	555	32	12	13	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2360739--2361546	155	5.2	154	76	7	665	27	13	18	40	1.89
2360771--2361546	310	2.5	309	81	5	829	27	14	18	40	1.89
2364307--2364637	79	4.2	79	80	3	353	31	14	26	27	1.95
2364187--2364451	130	2.1	128	85	1	350	32	13	25	29	1.93
2364327--2364616	158	1.8	158	86	0	418	33	13	25	28	1.93
2364599--2364663	28	2.3	28	79	10	78	30	20	29	20	1.97
2364520--2364743	107	2.1	106	85	4	297	31	16	27	24	1.97
2364621--2364776	79	2.0	79	83	2	197	32	15	26	25	1.95
2367111--2367177	33	2.0	33	88	0	98	41	11	14	31	1.83
2367131--2367160	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
2367142--2367228	20	3.8	20	71	25	75	43	17	14	24	1.86
2367816--2367993	75	2.4	77	84	2	227	37	16	25	20	1.93
2367926--2368028	44	2.4	44	85	3	138	34	14	25	25	1.94
2368011--2368420	59	6.9	59	86	3	563	25	19	27	26	1.99
2368011--2368420	179	2.3	177	86	5	585	25	19	27	26	1.99
2368698--2369319	61	10.3	60	84	6	708	27	18	27	26	1.98
2368715--2369322	120	5.0	119	85	5	758	27	18	27	25	1.98
2368695--2369321	241	2.6	242	88	4	908	27	18	27	26	1.99
2370287--2370333	5	10.4	5	80	19	50	2	10	0	87	0.63
2370287--2370333	9	5.2	9	89	7	69	2	10	0	87	0.63
2370295--2370332	17	2.2	17	95	0	67	2	7	0	89	0.57
2382641--2382809	79	2.1	79	82	2	205	33	15	23	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2382688--2383070	130	2.9	130	83	5	490	35	13	22	27	1.92
2382928--2383256	79	4.2	78	86	2	394	31	15	25	27	1.96
2382961--2383256	79	3.8	79	86	4	402	32	16	24	26	1.96
2383136--2383363	105	2.2	105	88	6	336	29	18	27	24	1.98
2383213--2383284	27	2.6	28	84	8	103	26	23	29	20	1.99
2383242--2383395	79	1.9	79	90	2	247	31	15	27	25	1.96
2385438--2385495	20	2.9	20	92	0	89	48	12	10	29	1.73
2393077--2393160	44	1.9	44	92	0	141	48	14	16	20	1.80
2395966--2396012	24	2.0	24	83	8	60	19	6	12	61	1.52
2396725--2396763	20	1.9	21	85	15	55	33	10	2	53	1.48
2399046--2399080	18	1.9	18	88	11	54	37	22	8	31	1.85
2400306--2400340	18	1.9	18	88	11	54	37	22	8	31	1.85
2407582--2407649	36	1.9	35	85	8	93	1	11	32	54	1.46
2407616--2407651	19	1.9	18	88	5	54	5	11	36	47	1.63
2408431--2408507	38	2.0	38	87	0	109	16	20	15	46	1.84
2408653--2408766	57	2.0	57	91	3	185	42	18	19	19	1.89
2409401--2409818	42	10.0	41	69	11	154	36	16	27	19	1.93
2409366--2409816	84	5.4	84	75	4	365	37	16	27	19	1.92
2409365--2409820	168	2.7	168	78	3	436	37	16	27	18	1.92
2409763--2409891	68	1.9	68	88	0	195	36	20	27	14	1.92
2409827--2412952	42	74.3	42	69	8	927	36	17	27	18	1.94
2409688--2409972	152	1.9	152	83	4	378	36	18	28	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2409605--2410059	236	1.9	236	83	0	579	36	18	28	16	1.93
2410291--2410392	50	2.1	49	83	9	127	38	15	29	16	1.90
2410081--2410476	134	3.0	134	78	7	325	37	16	27	18	1.93
2411222--2412981	168	10.5	168	77	4	1068	36	17	27	19	1.94
2413149--2413255	44	2.6	39	75	14	108	38	15	24	21	1.92
2426918--2426960	20	2.2	20	87	4	61	4	18	20	55	1.60
2427211--2427295	38	2.3	38	89	6	129	18	18	16	45	1.85
2427437--2427555	62	1.9	62	98	0	229	42	19	18	19	1.89
2427626--2427666	18	2.3	19	87	8	59	21	2	0	75	0.92
2427624--2427674	23	2.3	22	82	3	57	23	1	0	74	0.92
2428032--2428109	20	3.8	20	81	6	86	34	15	14	35	1.87
2428074--2428127	20	2.7	20	88	2	72	35	14	9	40	1.78
2431308--2431367	13	5.1	13	67	22	51	30	16	11	41	1.84
2431289--2431367	33	2.4	33	93	0	131	31	16	11	40	1.84
2437625--2437661	13	2.8	13	87	0	56	35	13	10	40	1.80
2440089--2440144	19	2.9	19	83	2	67	33	17	16	32	1.92
2440175--2440239	33	2.0	32	85	11	87	35	12	18	33	1.88
2442302--2442331	7	4.4	7	95	4	53	13	0	0	86	0.57
2442934--2442973	4	9.5	4	84	10	53	47	0	2	50	1.14
2442925--2442973	17	3.1	17	72	22	61	44	0	4	51	1.20
2442917--2442973	30	1.9	30	92	0	96	43	3	3	49	1.36
2442936--2442973	13	2.9	13	88	11	60	44	0	2	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443553--2443608	23	2.3	24	87	6	78	32	0	5	62	1.18
2443681--2443726	15	3.2	15	81	12	60	56	0	2	41	1.11
2444082--2444136	25	2.2	25	77	6	58	49	9	1	40	1.45
2444929--2444976	19	2.5	19	100	0	96	29	0	4	66	1.10
2446622--2446662	21	2.0	21	85	0	55	21	0	0	78	0.76
2446620--2446662	16	2.6	18	82	17	58	23	0	0	76	0.78
2446797--2446852	12	4.5	13	76	17	57	23	0	3	73	0.99
2446816--2446846	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
2446734--2446852	23	4.9	23	68	22	82	23	2	6	67	1.27
2447012--2447058	13	3.6	13	77	11	51	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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