genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4011073

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1415715--1416557	43	19.8	42	71	10	208	21	26	18	33	1.96
1415715--1416127	169	2.4	171	80	2	402	21	27	17	33	1.96
1415816--1416558	86	8.7	84	73	10	348	21	27	18	33	1.96
1416523--1416764	43	5.7	43	79	4	211	19	23	18	38	1.93
1416523--1416764	86	2.8	84	79	6	265	19	23	18	38	1.93
1416803--1417113	43	7.3	43	68	12	158	18	29	19	32	1.95
1416951--1417322	85	4.4	84	74	9	276	18	29	19	31	1.96
1416938--1417318	42	9.0	41	74	8	183	18	29	19	32	1.96
1417017--1417318	127	2.4	126	81	6	326	19	29	18	32	1.96
1417348--1417490	43	3.3	43	83	1	171	24	27	13	33	1.94
1417591--1417893	168	1.8	167	87	3	457	18	23	13	44	1.85
1417596--1417965	168	2.2	167	81	4	424	20	23	12	43	1.86
1419257--1419726	166	2.8	167	83	5	594	27	10	8	54	1.63
1420275--1420331	20	2.8	21	79	15	57	68	0	21	10	1.19
1420444--1420474	10	3.1	10	90	0	53	87	0	12	0	0.55
1421982--1422017	18	2.0	18	100	0	72	22	27	27	22	1.99
1422005--1422391	158	2.4	157	81	3	454	24	16	19	38	1.92
1422454--1423157	156	4.5	155	83	2	750	22	17	21	38	1.93
1422468--1423157	312	2.2	311	83	2	848	22	16	21	38	1.93
1429265--1429290	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1431832--1431870	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1431856--1431934	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1435775--1435819	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1436322--1436394	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1436340--1436415	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1436322--1436415	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1436454--1436479	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1436436--1436498	32	2.0	32	87	6	92	41	14	15	28	1.87
1438645--1438684	21	2.0	21	85	5	55	62	0	17	20	1.33
1440220--1440244	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1441189--1441278	38	2.4	38	98	0	171	38	8	25	26	1.85
1441843--1441915	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1441861--1441936	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1441843--1441936	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1441975--1442000	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1441957--1442019	32	2.0	32	87	6	92	41	14	15	28	1.87
1444783--1444808	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1444847--1444922	21	3.7	21	80	3	100	30	18	11	39	1.87
1444867--1444940	20	3.7	20	78	3	94	32	20	13	33	1.91
1444847--1444940	41	2.3	41	98	0	179	30	19	12	37	1.89
1445299--1445739	168	2.6	166	90	3	679	29	11	7	51	1.66
1447229--1447528	154	2.0	150	83	5	379	24	18	18	39	1.92
1452423--1452493	32	2.2	32	87	2	99	43	12	14	29	1.82
1459056--1459422	79	4.7	78	78	9	336	35	12	24	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1459056--1459422	157	2.3	158	79	8	426	35	12	24	27	1.92
1462638--1462754	42	2.7	42	85	5	146	36	13	31	17	1.89
1462638--1462740	42	2.4	43	88	4	147	36	15	28	19	1.92
1462806--1463024	42	5.2	42	79	4	228	43	13	21	21	1.86
1462806--1463007	83	2.4	83	82	7	232	45	12	22	19	1.83
1463010--1464636	61	26.4	61	78	6	1473	32	19	22	25	1.98
1464319--1464538	64	3.5	64	74	12	236	30	18	22	29	1.97
1469706--1470278	79	7.3	79	77	9	424	28	24	12	33	1.92
1469677--1470276	236	2.5	237	82	4	683	28	24	12	34	1.92
1469677--1470222	158	3.5	159	79	7	526	28	24	12	33	1.92
1470493--1470785	150	1.9	154	82	4	371	21	16	20	41	1.90
1470464--1470991	154	3.5	151	79	4	485	21	16	21	40	1.91
1471768--1471907	43	3.0	43	77	16	163	25	22	18	32	1.97
1471768--1471834	22	3.1	22	61	26	52	26	23	17	31	1.97
1472701--1472727	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1472681--1472745	32	2.0	33	93	3	114	32	12	16	38	1.86
1472789--1472813	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1472822--1472950	52	2.5	52	94	0	231	35	17	17	29	1.93
1476811--1476866	24	2.2	25	84	6	69	14	8	3	73	1.21
1476810--1476867	25	2.3	27	79	11	68	13	8	3	74	1.19
1477931--1478341	161	2.5	160	76	10	402	34	12	8	44	1.73
1478681--1478716	14	2.5	15	86	9	56	69	0	30	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1482347--1482474	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
1482483--1482507	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1482568--1482594	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1482550--1482614	33	2.0	33	93	3	114	38	16	12	32	1.86
1483355--1483787	49	8.8	52	81	10	388	31	17	25	25	1.97
1483419--1483787	49	7.7	49	83	8	476	30	18	25	25	1.98
1483410--1483792	92	4.1	92	87	6	543	31	17	26	25	1.97
1483787--1483852	33	2.0	34	96	3	125	16	18	37	27	1.92
1483859--1484458	34	17.9	34	78	16	569	33	12	32	21	1.91
1483857--1484492	62	9.5	67	83	9	593	33	12	32	21	1.91
1483854--1484492	141	4.8	134	80	10	642	34	12	32	20	1.91
1484283--1484399	28	4.0	28	75	13	110	29	13	33	23	1.93
1485516--1485569	17	3.3	16	87	12	83	0	7	9	83	0.82
1485510--1485567	24	2.4	24	82	0	71	0	8	8	82	0.84
1485808--1485858	9	5.7	9	80	15	52	1	0	15	82	0.76
1485806--1485860	11	4.7	11	74	25	51	1	0	14	83	0.73
1485805--1485862	18	3.4	16	80	15	62	1	0	13	84	0.70
1485808--1485848	8	4.9	8	87	6	55	0	0	14	85	0.60
1492715--1492842	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
1492851--1492875	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1492916--1492982	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1492938--1492962	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1494572--1494729	79	2.0	79	83	6	203	30	15	27	26	1.96
1494681--1494756	27	2.8	27	84	6	91	21	21	35	22	1.96
1497167--1497192	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1497224--1497275	19	2.6	21	87	6	72	32	13	13	40	1.83
1498259--1498345	28	3.1	28	62	9	70	25	20	26	27	1.99
1498240--1498598	55	6.4	54	86	5	459	24	21	27	26	1.99
1498171--1498569	110	3.6	110	87	4	525	24	21	28	25	1.99
1498110--1498598	165	2.9	165	83	9	583	25	20	27	25	1.99
1499566--1499643	1	78.0	1	79	0	75	0	2	8	88	0.60
1499568--1499641	9	7.9	9	85	14	96	0	2	9	87	0.63
1499566--1499643	19	4.2	17	84	13	93	0	2	8	88	0.60
1499568--1499642	28	2.6	28	86	14	100	0	2	9	88	0.62
1506135--1506193	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
1508551--1508593	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
1509024--1509061	13	2.9	13	88	0	58	34	13	18	34	1.89
1513117--1513154	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1515635--1515699	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
1515653--1515678	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1515635--1515699	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
1520402--1520427	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1520382--1520445	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1522056--1522234	98	1.8	96	83	7	236	34	10	26	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1523048--1524090	519	2.0	519	100	0	2086	39	12	19	28	1.88
1524914--1524951	20	1.9	20	94	0	67	50	10	13	26	1.73
1525060--1525109	20	2.5	20	80	6	66	30	20	10	40	1.85
1525749--1526591	105	8.1	104	82	3	672	37	14	22	26	1.92
1525684--1526591	52	17.5	52	78	4	681	36	14	22	26	1.93
1526666--1526827	29	5.6	29	73	5	112	32	10	29	27	1.90
1526691--1527384	30	23.5	28	76	6	123	30	13	29	25	1.94
1526880--1527389	30	17.1	30	78	6	394	30	14	30	24	1.95
1526959--1527389	177	2.4	178	80	5	435	31	14	29	25	1.94
1530837--1530903	33	2.0	33	97	0	125	41	20	10	26	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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