genome.fa.s160.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5021213

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815--981	88	1.9	88	86	4	239	22	19	10	47	1.80
1997--2322	48	6.8	48	77	2	269	20	21	18	39	1.92
2058--2309	95	2.6	97	82	3	287	19	20	17	41	1.90
1997--2322	96	3.4	94	78	5	332	20	21	18	39	1.92
2340--2453	43	2.6	44	78	8	124	23	25	15	35	1.95
2561--2733	43	4.0	43	80	1	168	20	30	16	31	1.95
2755--2873	42	2.8	43	75	3	125	20	31	16	31	1.95
3150--3336	43	4.4	43	77	1	142	19	31	15	34	1.93
2892--3375	128	3.8	126	75	6	352	19	29	17	33	1.94
3404--3501	42	2.3	42	82	3	108	19	31	18	30	1.96
3480--3578	42	2.4	41	79	1	108	22	29	19	29	1.98
3507--3733	42	5.4	42	75	3	161	18	29	19	33	1.95
4674--5209	167	3.2	162	86	6	677	27	13	9	49	1.72
5850--5884	11	3.1	11	88	8	52	82	0	17	0	0.66
6737--6853	51	2.3	51	88	1	164	29	16	10	43	1.81
7474--7522	18	2.6	19	87	6	73	36	18	16	28	1.92
7603--7632	10	3.0	10	95	0	51	30	16	30	23	1.96
8962--9018	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
9091--9148	13	3.9	13	73	26	53	36	17	13	32	1.89
9104--9168	20	3.6	20	73	26	81	40	18	12	29	1.87
9071--9171	33	3.1	33	94	1	168	36	17	13	31	1.89
17755--17811	20	2.8	20	81	0	60	38	15	14	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18716--18772	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
18844--18925	33	2.5	33	97	0	155	39	17	12	31	1.86
18878--18902	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18858--18922	20	3.6	20	71	26	72	41	18	10	29	1.84
24691--24728	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
26585--26652	26	2.7	26	83	2	93	35	0	25	39	1.56
27207--27231	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
27219--27271	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
27302--27353	20	2.7	20	91	8	81	38	17	15	28	1.90
33546--33595	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
33669--33693	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
33649--33716	33	2.1	33	88	2	102	35	14	16	33	1.89
42310--42360	20	2.6	20	87	3	68	41	17	11	29	1.85
43236--43667	27	15.9	27	84	3	481	24	29	14	32	1.94
43241--43667	82	5.2	81	84	3	516	24	29	13	32	1.94
43237--43667	109	4.0	109	82	5	487	24	29	13	32	1.94
43618--44443	28	29.1	28	79	5	673	28	28	17	25	1.97
43664--44443	112	6.8	113	82	5	754	28	28	17	25	1.98
45477--45577	51	2.0	51	92	3	168	24	17	9	47	1.78
45484--45589	51	2.1	51	89	7	162	25	16	9	48	1.77
52346--52405	20	3.3	20	65	29	62	36	8	16	38	1.79
52338--52406	33	2.1	33	100	0	138	36	8	14	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57830--58608	389	2.0	389	99	0	1549	27	11	16	44	1.82
61087--61113	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
61411--61464	19	2.8	19	97	0	99	35	11	16	37	1.84
68410--68484	13	5.5	13	80	16	73	84	16	0	0	0.63
68408--68484	17	4.4	17	85	11	86	84	15	0	0	0.62
68424--68482	10	6.1	10	79	20	72	86	13	0	0	0.57
68427--68477	9	5.6	9	82	13	68	88	11	0	0	0.52
68428--68484	25	2.2	26	90	9	91	87	12	0	0	0.54
68426--68484	1	59.0	1	75	0	55	88	11	0	0	0.53
68409--68484	28	2.8	26	86	9	100	84	15	0	0	0.63
68733--68789	17	3.4	16	81	11	69	84	5	10	0	0.77
68740--68795	18	3.2	18	85	12	80	82	5	12	0	0.83
69842--70230	27	12.7	27	68	20	121	21	35	12	30	1.90
69747--70056	60	5.0	61	80	9	297	20	35	12	30	1.90
69999--70435	34	13.5	34	73	15	236	20	35	13	31	1.90
69965--70452	101	5.1	100	74	14	434	20	34	13	32	1.91
70024--70339	60	5.1	61	76	11	275	20	34	12	31	1.91
69747--70436	283	2.4	283	95	0	1256	20	35	13	30	1.91
70212--70471	34	7.9	34	75	11	195	20	33	13	32	1.91
70248--70472	100	2.3	100	83	6	278	19	33	13	32	1.91
70277--70470	35	5.8	35	79	14	176	19	33	13	33	1.91
70211--70522	66	4.7	67	75	13	238	21	34	13	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70473--70641	33	5.2	33	88	4	238	28	34	17	19	1.95
70649--71105	43	9.8	43	78	11	356	24	25	18	31	1.97
70736--71222	52	10.0	51	77	12	447	24	24	17	33	1.96
70649--70826	95	1.9	92	91	3	293	24	26	17	31	1.97
70782--71160	92	4.0	94	89	3	559	25	24	17	32	1.97
72024--72091	19	3.9	18	75	23	74	35	10	16	38	1.82
72026--72088	32	2.0	32	93	0	108	34	11	17	36	1.85
72045--72069	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75280--75318	20	2.0	20	94	0	69	28	10	17	43	1.82
75299--75326	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
75280--75347	33	2.1	33	88	5	102	32	11	16	39	1.84
75312--75408	20	4.8	20	68	18	74	36	12	13	38	1.82
79597--79663	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
80122--80147	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
80102--80165	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
80207--80279	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
80186--80279	41	2.3	41	92	0	161	30	17	12	39	1.87
80186--80261	21	3.7	21	75	3	82	30	15	11	42	1.83
81043--81079	18	2.1	18	100	0	74	10	5	27	56	1.55
81426--81450	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
85522--85552	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
87622--87660	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87783--87825	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
91449--91486	20	1.9	19	94	5	67	34	10	15	39	1.82
97647--97680	18	1.9	17	88	5	50	55	11	5	26	1.58
97918--97982	32	2.0	32	88	11	96	29	15	16	38	1.90
97939--97964	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
98024--98076	20	2.6	21	82	8	65	28	15	16	39	1.89
98064--98088	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
98098--98136	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
98644--98711	22	3.1	22	91	4	111	36	30	0	32	1.58
100574--100611	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
106752--106814	34	1.9	32	87	12	92	28	14	17	39	1.89
106773--106798	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
107337--107529	98	2.0	98	80	7	223	28	19	10	40	1.85
110359--110918	157	3.6	155	79	9	521	36	11	23	27	1.90
110359--110915	79	7.1	78	78	7	502	36	11	23	27	1.90
110527--110915	159	2.5	158	83	5	509	36	12	24	26	1.91
110866--110973	56	1.9	57	86	5	157	37	8	24	30	1.85
113280--113333	20	2.6	21	88	2	74	33	16	9	40	1.80
118180--118204	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
118731--118798	33	2.1	32	88	2	100	33	14	16	35	1.89
124957--124981	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
125113--125153	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126777--126859	33	2.6	33	92	3	134	37	4	36	21	1.75
127435--127484	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
127538--127605	33	2.1	33	91	2	111	35	11	14	38	1.83
132621--132646	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
132622--132697	33	2.3	33	86	0	116	38	9	17	35	1.81
132728--132753	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
132984--133094	49	2.2	49	80	1	123	32	18	22	27	1.97
133024--133260	88	2.7	87	80	2	253	30	18	23	27	1.98
133190--133321	47	2.8	45	76	13	124	29	17	27	25	1.97
133101--133353	132	1.9	135	83	2	332	29	16	25	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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