genome.fa.s160.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5021213

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133409--133700	33	8.9	33	78	11	271	38	13	30	18	1.89
133475--133652	60	2.9	60	80	11	205	39	14	28	17	1.89
133600--133698	34	2.9	34	80	12	105	41	11	26	21	1.86
133402--133751	95	3.7	93	78	10	307	37	13	29	19	1.90
133736--134043	30	10.0	30	78	8	244	32	16	28	22	1.95
133736--134043	61	5.0	60	76	10	264	32	16	28	22	1.95
133717--134036	156	2.1	154	85	7	423	33	16	27	22	1.95
134141--134186	8	5.6	8	92	5	65	26	6	23	43	1.78
148877--149061	28	6.8	28	73	11	161	32	17	25	23	1.97
148863--149066	107	1.9	107	91	4	340	32	16	25	25	1.96
149375--149441	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
149395--149419	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
149485--149509	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
149518--149638	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
152603--152873	79	3.4	79	87	2	377	31	17	24	26	1.97
152746--153115	107	3.5	107	82	4	471	29	17	27	25	1.97
152825--152900	27	2.8	27	90	6	109	22	21	32	23	1.98
152936--153006	28	2.5	28	95	0	124	29	22	26	21	1.99
153039--153110	27	2.6	28	86	2	92	19	19	34	26	1.96
152746--153163	214	2.0	214	92	0	703	29	16	27	26	1.97
152746--153163	107	3.9	106	80	3	462	29	16	27	26	1.97
155675--155715	21	2.0	21	95	0	73	39	14	9	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156447--156546	42	2.4	42	85	8	125	43	13	26	18	1.86
156683--157333	55	11.4	57	84	7	747	24	21	28	26	1.99
156683--157331	116	5.7	113	85	7	743	24	21	27	26	1.99
156964--157045	27	3.0	27	64	22	62	20	23	30	25	1.99
158390--158433	12	3.6	12	81	6	52	4	2	6	86	0.77
158391--158437	9	5.3	9	79	5	51	4	2	8	85	0.81
170421--170784	79	4.6	79	88	2	498	32	16	25	25	1.96
170660--171027	107	3.4	106	80	5	436	29	17	27	25	1.97
170736--170808	27	2.7	27	85	6	85	23	23	31	21	1.98
170847--170917	28	2.5	28	95	0	124	26	22	29	21	1.99
170660--171075	215	1.9	215	91	3	678	29	16	27	26	1.97
170953--171026	27	2.7	27	83	6	87	22	18	32	25	1.97
170742--171075	107	3.1	106	80	5	413	29	16	27	27	1.97
173581--173606	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
175600--175673	19	3.8	19	92	5	105	35	13	16	35	1.88
176988--177057	30	2.3	30	100	0	140	30	14	14	41	1.85
177641--177665	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
177620--177683	33	2.0	33	90	3	103	29	14	15	40	1.86
177738--177797	20	3.0	20	85	0	75	36	10	18	35	1.84
185314--185368	19	2.8	19	86	5	74	32	9	18	40	1.82
185314--185367	20	2.8	20	88	2	74	31	9	18	40	1.82
185396--185464	33	2.1	33	86	5	95	33	11	18	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186705--186757	19	2.8	19	97	0	97	30	11	20	37	1.88
186798--186926	52	2.5	52	94	0	231	35	17	18	28	1.93
200775--200857	10	8.8	9	77	15	71	85	10	2	1	0.75
200771--200855	28	3.0	28	80	14	95	84	11	2	1	0.77
200772--200857	17	5.2	16	75	13	77	86	10	2	1	0.73
200772--200848	1	77.0	1	77	0	64	87	9	2	1	0.71
200772--200857	40	2.2	39	83	10	104	86	10	2	1	0.73
202295--202588	58	5.1	59	88	4	361	30	31	16	20	1.95
202293--202586	86	3.4	86	91	4	425	30	32	16	20	1.95
202293--202569	144	1.9	144	95	0	500	32	32	16	18	1.93
202560--202704	34	4.2	34	87	4	177	20	32	12	35	1.90
202712--203061	49	7.1	49	78	10	304	25	27	16	31	1.96
202766--203061	98	2.9	99	83	7	339	25	26	16	31	1.96
203832--203897	19	3.8	18	75	24	79	34	12	16	36	1.86
203833--203895	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
203852--203876	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
203938--204067	53	2.5	52	91	2	215	34	16	19	29	1.94
214761--214787	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
214773--214828	19	2.9	19	86	5	76	33	14	16	35	1.88
214777--214827	20	2.6	20	87	3	68	33	15	15	35	1.90
221026--221066	8	5.2	8	85	5	57	82	0	0	17	0.66
221026--221061	7	4.9	7	90	10	54	86	0	0	13	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221025--221066	15	2.7	16	92	7	77	83	0	0	16	0.65
222300--222623	32	10.0	32	82	3	337	31	29	15	23	1.95
222724--222875	58	2.6	58	90	0	223	29	21	13	35	1.92
223107--223261	52	3.0	51	78	9	170	29	23	10	35	1.89
223111--223299	52	3.6	52	78	7	143	28	22	12	36	1.91
223857--223903	20	2.3	21	79	20	55	46	6	14	31	1.70
224911--224949	21	1.9	21	89	5	62	20	20	12	46	1.83
227715--227769	20	2.8	20	82	0	65	38	12	16	32	1.86
227760--227798	12	3.2	12	86	13	53	28	15	17	38	1.91
227757--227797	13	3.2	13	83	16	59	29	17	14	39	1.89
227869--227936	33	2.1	33	83	8	86	38	16	11	33	1.85
231997--232026	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
236512--236568	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
236660--236684	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
236640--236707	32	2.1	33	91	8	113	35	17	13	33	1.89
241374--241415	21	2.0	21	86	9	59	38	9	11	40	1.75
245936--245973	20	2.1	18	85	14	51	23	2	21	52	1.59
246511--246548	20	1.9	20	94	0	67	36	13	18	31	1.89
256657--257078	166	2.5	166	85	6	538	32	10	7	48	1.67
256657--257161	166	3.1	159	80	9	514	32	10	8	48	1.69
256689--257220	166	3.2	167	81	8	432	32	10	9	47	1.70
257709--257742	11	3.1	11	91	0	50	82	0	17	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258673--258978	135	2.2	140	81	8	360	33	10	10	46	1.72
263428--263473	22	2.1	22	87	0	65	45	10	10	32	1.74
264817--264849	17	1.9	18	88	11	52	42	9	12	36	1.74
264924--264962	20	2.0	20	89	0	60	46	7	0	46	1.31
269124--269325	79	2.6	79	81	1	208	30	16	28	24	1.97
269336--269500	52	3.2	51	75	2	168	32	9	27	30	1.88
269502--270317	59	14.0	59	89	3	1031	25	20	28	25	1.99
269543--270322	298	2.7	294	89	4	1145	26	20	28	25	1.99
271286--271378	1	93.0	1	73	0	78	0	1	11	87	0.61
271286--271378	21	4.4	21	82	2	114	0	1	11	87	0.61
271286--271378	12	7.8	12	80	12	102	0	1	11	87	0.61
271292--271375	42	2.0	43	88	9	127	0	0	13	86	0.56
283756--283957	79	2.6	79	80	4	203	30	16	27	25	1.97
283910--283980	28	2.5	28	84	4	81	25	18	33	22	1.96
283968--284137	52	3.3	51	79	2	187	30	11	28	29	1.92
284003--284137	51	2.6	52	82	1	164	31	12	28	27	1.93
284070--284217	79	1.9	80	84	1	199	28	13	29	28	1.94
283937--284322	183	2.1	183	88	0	574	32	11	27	29	1.92
284152--284385	51	4.5	51	83	5	274	35	9	23	31	1.88
286747--286772	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
286726--286792	33	2.0	33	86	11	93	41	14	14	28	1.86
286812--286879	19	3.9	18	76	23	83	36	16	11	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286834--286858	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
286815--286877	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
287896--287941	21	2.2	21	84	3	58	43	8	15	32	1.77
287896--287949	20	2.6	21	82	2	65	42	9	14	33	1.78
287989--288029	20	2.0	20	95	0	73	43	9	17	29	1.80
288017--288071	20	2.7	20	77	2	56	27	12	10	49	1.74
290517--290725	107	2.0	107	89	3	323	28	28	11	32	1.91
290624--290794	79	2.2	79	86	2	227	28	28	14	29	1.95
290517--290929	186	2.2	182	78	9	413	28	27	13	31	1.94
295866--295897	10	3.3	10	91	8	57	43	9	9	37	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30