genome.fa.s160.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5021213

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2353228--2353509	28	9.7	29	79	10	242	22	15	31	30	1.95
2353559--2353921	31	12.1	29	75	11	259	33	11	30	24	1.90
2353515--2353893	90	4.2	89	78	7	336	33	10	30	25	1.90
2353559--2354309	32	24.4	31	72	14	348	33	11	29	25	1.91
2353553--2353922	28	12.4	28	75	12	256	33	11	30	24	1.91
2353559--2353933	60	6.2	59	76	11	264	33	11	30	24	1.90
2353496--2354044	241	2.3	239	83	3	643	34	11	29	25	1.90
2353260--2354011	28	25.4	28	72	14	243	30	12	30	26	1.93
2353796--2354123	91	3.5	91	79	10	285	35	11	28	25	1.91
2353606--2354207	60	9.8	62	72	14	253	34	11	28	25	1.90
2354182--2354460	30	9.2	30	82	4	283	29	16	27	27	1.97
2354176--2354460	91	3.1	90	84	3	331	29	15	28	26	1.96
2355776--2355818	10	4.1	10	80	11	50	2	16	0	81	0.79
2355777--2355816	11	3.5	12	83	16	50	2	12	0	85	0.71
2355771--2355816	23	2.0	23	87	8	67	2	15	2	80	0.91
2355775--2355823	22	2.2	22	78	7	55	2	16	4	77	1.01
2360639--2360855	97	2.2	96	78	4	220	41	12	19	26	1.88
2363203--2363341	52	2.7	51	84	5	192	41	12	16	30	1.85
2363203--2363341	51	2.7	52	84	5	194	41	12	16	30	1.85
2363378--2363431	20	2.6	21	85	5	74	33	16	11	38	1.84
2363821--2363855	16	2.2	16	89	0	52	28	8	28	34	1.87
2367808--2367881	16	4.6	16	72	3	51	44	10	20	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2372074--2372197	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
2372074--2372217	52	2.8	52	88	5	195	30	17	18	34	1.94
2372203--2372230	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2372271--2372337	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2372293--2372317	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2374129--2374200	21	3.5	20	78	3	63	43	11	15	30	1.81
2374240--2374293	20	2.7	20	94	0	90	24	11	12	51	1.72
2374322--2374399	40	2.0	40	94	0	138	29	23	7	39	1.82
2376816--2377087	134	2.0	132	85	4	359	27	27	11	33	1.90
2378604--2378662	20	2.9	20	84	2	73	45	16	8	28	1.77
2378727--2378751	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
2381544--2381572	12	2.4	12	100	0	58	58	24	0	17	1.38
2384342--2384367	11	2.4	11	100	0	52	7	11	34	46	1.69
2384011--2384726	370	1.9	370	99	0	1414	30	16	17	35	1.92
2384821--2384885	33	2.0	33	90	6	105	26	10	16	46	1.80
2384937--2384992	20	2.8	20	88	0	76	30	14	16	39	1.88
2386808--2386857	21	2.4	21	86	0	64	14	6	10	70	1.33
2387805--2387835	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2387785--2387851	33	2.0	33	91	5	109	34	17	14	32	1.91
2387880--2387952	20	3.7	19	88	3	92	36	16	16	30	1.91
2388165--2388203	20	2.0	20	85	14	55	30	10	7	51	1.64
2397066--2397127	31	2.0	32	87	3	90	29	14	12	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2397178--2397202	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2400151--2400194	15	3.1	15	74	12	56	25	4	20	50	1.67
2400145--2400192	13	3.5	13	75	10	51	22	6	18	52	1.68
2409390--2409428	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
2416599--2417130	73	7.7	69	74	15	289	25	22	13	37	1.91
2416574--2417462	140	6.4	135	73	14	476	26	22	13	37	1.92
2416709--2416824	60	1.9	63	91	5	193	28	18	15	37	1.91
2416668--2417139	131	3.5	130	76	10	419	25	23	13	36	1.92
2416770--2417462	70	9.8	71	73	13	410	26	23	13	36	1.92
2417960--2418013	20	2.7	20	88	2	72	46	11	11	31	1.74
2420507--2420813	79	3.8	79	79	5	307	27	25	12	34	1.91
2420507--2420813	159	1.9	160	82	7	383	27	25	12	34	1.91
2421654--2421710	13	3.9	13	72	24	51	33	14	17	35	1.90
2421633--2421723	32	2.8	32	94	0	155	31	13	17	37	1.88
2421635--2421723	19	5.4	17	68	29	59	30	13	17	38	1.89
2422675--2422756	28	2.9	28	87	3	112	28	17	30	24	1.97
2422740--2422971	51	4.5	51	83	2	286	31	11	26	31	1.92
2422739--2422972	102	2.3	102	87	1	335	30	11	26	30	1.92
2425390--2425441	21	2.6	21	87	6	72	34	15	13	36	1.87
2426068--2426288	119	1.9	117	81	11	272	39	15	24	19	1.91
2426196--2426330	42	3.1	42	82	7	139	41	14	27	17	1.87
2426313--2426547	61	3.9	61	83	5	298	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426432--2426727	154	1.9	158	87	5	440	26	19	28	25	1.99
2426590--2427450	55	15.3	55	84	6	1081	23	20	27	28	1.99
2428541--2428588	1	48.0	1	80	0	51	0	2	8	89	0.56
2428524--2428588	26	2.4	28	87	7	89	0	4	9	86	0.71
2439615--2439734	52	2.3	52	95	0	213	28	17	19	35	1.94
2439615--2439754	52	2.7	51	88	4	201	30	17	19	33	1.94
2439743--2439767	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2439808--2439874	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2439830--2439854	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2444617--2444698	28	2.9	28	83	0	92	26	18	30	24	1.98
2444756--2444918	51	3.2	51	81	6	204	31	11	26	30	1.91
2447282--2447339	13	4.9	12	71	25	52	36	15	15	32	1.89
2447282--2447362	34	2.4	34	95	0	144	37	16	13	33	1.87
2447394--2447445	21	2.6	21	90	6	81	32	15	13	38	1.86
2447733--2447795	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
2447752--2447776	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2447733--2447802	32	2.2	32	100	0	140	32	12	18	35	1.89
2447847--2447874	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2447827--2447892	33	2.0	32	82	11	80	30	15	12	42	1.83
2460628--2460653	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2460609--2460673	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
2466826--2466864	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2466976--2467021	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2469434--2469459	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2469415--2469479	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
2471810--2471882	10	6.9	10	78	17	51	84	5	6	2	0.84
2471810--2471881	12	5.8	12	75	14	56	84	5	6	2	0.85
2471837--2471881	9	4.9	9	79	15	56	86	8	0	4	0.69
2471838--2471894	8	6.9	8	80	13	53	84	12	0	3	0.75
2471810--2471880	28	2.5	28	84	4	81	84	5	7	2	0.85
2471841--2471893	25	2.2	24	83	10	63	83	13	0	3	0.79
2471837--2471885	19	2.6	18	90	9	80	85	10	0	4	0.71
2473302--2473455	28	5.4	28	80	6	166	33	29	16	20	1.95
2473302--2473414	59	1.9	58	89	1	172	31	28	17	22	1.96
2473482--2473842	49	7.6	49	76	10	338	24	26	17	32	1.97
2473479--2473754	91	3.0	91	92	0	435	25	24	17	32	1.97
2473523--2473696	43	3.9	43	81	10	179	25	25	18	30	1.98
2474491--2474529	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
2474588--2474650	19	3.6	19	74	24	75	34	12	17	34	1.88
2474607--2474664	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
2474586--2474663	32	2.4	32	95	0	138	35	14	16	33	1.89
2474680--2474754	20	3.8	20	84	7	107	33	16	12	38	1.85
2481041--2481089	10	4.8	10	85	12	55	4	18	0	77	0.92
2481055--2481088	12	2.8	13	86	13	54	0	23	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2484265--2484545	40	7.0	40	77	3	224	17	20	11	49	1.78
2484277--2484500	121	1.9	120	82	2	288	16	19	12	50	1.77
2484241--2484701	120	3.8	120	76	3	372	18	20	11	49	1.78
2484241--2484571	80	4.1	81	74	3	267	17	20	11	50	1.77
2484241--2484693	40	11.3	40	75	3	185	18	20	11	49	1.78
2484233--2484693	80	5.8	80	71	8	235	18	20	11	49	1.78
2484782--2484867	40	2.2	40	82	4	102	17	22	13	46	1.83
2484564--2485013	174	2.6	174	84	1	553	18	20	12	48	1.80
2484859--2484889	14	2.2	14	94	0	53	19	6	19	54	1.65
2484938--2485202	40	6.6	40	68	13	125	18	20	11	49	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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