genome.fa.s160.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5021213

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2671741--2672005	97	2.7	97	88	1	406	38	10	21	29	1.86
2683635--2683711	31	2.5	31	91	0	127	33	27	10	28	1.90
2684793--2684844	20	2.5	21	81	3	61	30	11	13	44	1.79
2684918--2684954	18	2.0	19	94	5	67	62	0	0	37	0.96
2689313--2689384	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2689373--2689646	52	5.3	52	79	7	288	33	11	25	29	1.91
2689374--2689646	104	2.6	105	90	2	417	34	11	24	29	1.91
2689629--2689731	27	3.8	27	92	3	154	21	20	33	24	1.97
2689715--2689846	51	2.5	51	78	13	133	31	9	26	32	1.89
2692195--2692220	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2692174--2692240	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2692260--2692327	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2692282--2692306	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2692263--2692325	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2692383--2692439	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2693056--2694208	55	20.4	55	84	8	1417	27	20	24	27	1.99
2693361--2693501	27	5.1	27	58	3	66	28	21	23	26	1.99
2693587--2693672	27	3.1	27	60	3	64	29	22	23	25	1.99
2693757--2693842	27	3.1	27	60	3	64	29	22	23	25	1.99
2693055--2694203	170	6.8	171	91	4	1808	26	20	24	27	1.99
2693913--2693996	27	3.1	27	62	3	69	28	23	21	26	1.99
2693055--2694203	339	3.4	341	92	3	1813	26	20	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2693940--2694027	28	3.2	28	60	3	70	20	20	26	32	1.97
2695185--2695237	1	53.0	1	80	0	61	0	3	5	90	0.54
2695169--2695236	15	4.4	15	78	14	75	0	8	4	86	0.69
2707807--2707878	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2707867--2708140	52	5.3	52	79	7	288	33	11	25	29	1.91
2707868--2708140	104	2.6	105	90	2	417	34	11	24	29	1.91
2708123--2708225	27	3.8	27	92	3	154	21	20	33	24	1.97
2708209--2708340	51	2.5	51	78	13	133	31	9	26	32	1.89
2710690--2710715	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2710669--2710735	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2710755--2710822	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2710777--2710801	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2710758--2710820	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2710878--2710934	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2714678--2714721	22	2.0	23	86	4	63	47	2	0	50	1.13
2714696--2714784	32	2.7	33	73	25	89	51	2	0	46	1.13
2714748--2714840	40	2.3	40	83	3	107	52	1	0	46	1.07
2714783--2714828	17	2.7	18	87	12	71	47	0	0	52	1.00
2714800--2714850	22	2.3	22	83	6	68	47	0	0	52	1.00
2716780--2717144	195	1.9	187	87	4	532	41	12	12	32	1.81
2723965--2724003	20	2.0	20	85	10	53	56	0	0	43	0.99
2725280--2725317	19	2.0	20	84	5	51	60	0	2	36	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2727370--2727429	9	6.8	9	80	3	50	78	0	20	1	0.84
2727372--2727428	18	3.4	16	77	17	62	77	0	21	1	0.86
2729447--2729492	20	2.3	20	81	7	58	56	0	0	43	0.99
2729432--2729502	34	2.1	35	89	2	108	53	0	0	46	1.00
2729885--2729918	17	1.9	18	88	5	52	47	8	0	44	1.34
2730778--2730831	26	2.1	26	100	0	108	38	7	38	14	1.75
2730926--2730979	19	2.7	19	82	5	63	40	12	16	29	1.86
2739126--2739650	79	6.7	79	74	11	271	30	23	10	36	1.88
2739154--2739497	158	2.2	157	80	4	372	31	22	9	36	1.86
2739442--2739584	74	1.9	73	81	4	171	32	24	6	36	1.82
2744719--2744791	36	2.0	36	100	0	146	30	10	27	31	1.91
2746103--2746152	19	2.5	20	90	3	75	32	16	14	38	1.88
2746410--2746435	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2746419--2746476	19	3.0	20	75	10	66	36	17	12	34	1.87
2748326--2748557	79	2.9	77	78	8	250	31	13	27	27	1.94
2751029--2751054	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2751098--2751149	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2751106--2751168	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
2751098--2751170	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
2752009--2752362	55	6.3	55	85	7	462	22	20	27	28	1.99
2753331--2753405	15	5.2	13	77	19	60	1	6	9	82	0.89
2753341--2753408	14	5.2	12	77	16	57	1	4	10	83	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2753334--2753406	23	3.3	21	77	11	74	1	5	9	83	0.86
2764941--2765157	79	2.7	78	81	5	231	30	15	28	25	1.96
2765131--2765263	52	2.6	53	85	3	173	31	9	26	32	1.89
2767616--2767641	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2767685--2767756	32	2.3	32	92	2	119	36	18	13	31	1.90
2767813--2767896	21	4.0	21	74	11	73	36	14	11	36	1.83
2772314--2772366	17	3.2	17	73	26	60	43	0	0	56	0.99
2772311--2772375	32	2.0	33	87	3	96	47	0	0	52	1.00
2772316--2772367	15	3.3	15	73	21	52	44	0	0	55	0.99
2784999--2785052	21	2.6	21	76	2	65	40	1	1	55	1.21
2785671--2786250	193	3.0	193	91	1	914	38	9	5	47	1.58
2786233--2786417	89	2.1	89	85	5	250	36	6	4	52	1.47
2786418--2786528	57	2.0	54	86	8	154	33	9	3	53	1.52
2786833--2786959	50	2.4	50	82	13	132	43	7	1	47	1.42
2788282--2788368	22	3.9	22	86	5	104	44	28	4	21	1.72
2788761--2788828	37	1.9	34	91	8	109	30	23	11	33	1.91
2789269--2789311	22	2.0	22	100	0	86	34	13	23	27	1.93
2789368--2789436	22	3.1	22	89	2	102	36	10	20	33	1.86
2789576--2789600	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2790889--2790931	17	2.5	17	81	7	52	53	0	6	39	1.28
2794409--2794542	52	2.6	52	91	0	223	29	17	16	36	1.92
2794551--2794575	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2794647--2794671	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2794709--2794750	21	2.0	21	85	0	57	35	14	16	33	1.89
2795060--2795093	17	1.9	18	88	5	52	11	2	17	67	1.34
2795057--2795112	28	2.0	29	82	10	71	16	3	16	64	1.43
2796669--2796864	78	2.5	78	85	5	252	34	14	23	28	1.94
2796824--2796939	51	2.3	51	84	0	142	31	13	26	28	1.94
2796742--2796978	130	1.8	128	86	5	343	33	14	24	27	1.94
2796734--2797017	130	2.2	126	80	10	331	34	14	23	27	1.93
2796858--2797078	79	2.8	79	83	3	264	33	12	25	28	1.92
2799474--2799498	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
2799487--2799561	20	3.8	20	90	0	114	46	13	12	28	1.78
2816111--2816141	16	1.9	16	93	0	53	83	0	9	6	0.79
2817485--2817545	32	1.9	32	86	6	88	18	24	14	42	1.88
2817505--2817545	16	2.5	17	76	11	50	17	21	14	46	1.84
2817595--2817673	32	2.5	32	83	8	90	22	24	10	43	1.84
2817835--2817919	16	5.3	16	70	5	64	24	23	9	42	1.84
2818406--2818474	34	2.0	34	82	2	84	33	21	7	37	1.81
2818787--2819754	51	18.9	52	78	7	788	33	24	19	22	1.97
2818780--2819754	103	9.5	102	78	5	814	33	24	19	22	1.97
2818788--2819754	154	6.3	152	78	6	832	33	24	19	22	1.97
2822457--2822503	21	2.4	20	86	10	62	53	0	4	42	1.20
2825840--2825883	8	5.6	8	83	5	54	2	2	9	86	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2825843--2825876	11	2.9	12	86	8	52	2	0	11	85	0.71
2825838--2825885	19	2.5	19	83	6	62	4	4	8	83	0.90
2829358--2829420	19	3.7	18	74	24	64	33	11	17	38	1.85
2829377--2829434	13	4.0	13	74	23	53	34	15	15	34	1.89
2829356--2829433	32	2.4	32	93	0	129	34	12	16	35	1.87
2843413--2843528	1	116.0	1	68	0	70	84	8	6	0	0.81
2843413--2843529	9	13.0	9	75	12	80	83	8	6	0	0.84
2843433--2843528	37	2.6	37	85	8	117	85	10	3	1	0.76
2843412--2843528	27	4.4	25	80	13	110	83	9	5	0	0.84
2844953--2845091	28	4.9	28	77	11	138	30	31	17	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30