genome.fa.s160.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5021213

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1971424--1971469	20	2.4	19	82	7	56	39	13	10	36	1.79
1976855--1976894	20	2.0	20	90	0	62	55	15	25	5	1.60
1978074--1978131	29	2.0	29	89	0	89	34	27	8	29	1.87
1981924--1981976	19	2.7	20	85	2	72	32	18	11	37	1.87
1982021--1982050	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
1982005--1982071	33	2.0	33	82	5	82	34	14	14	35	1.88
1984773--1984813	21	2.0	21	90	0	64	65	9	7	17	1.44
1991871--1991921	25	2.0	25	85	7	68	56	1	15	25	1.50
1998292--1998322	15	2.1	15	100	0	62	12	19	16	51	1.76
2002369--2002433	19	3.6	19	69	26	61	27	13	15	43	1.85
2005515--2005704	29	6.6	28	80	8	157	25	27	14	32	1.94
2005516--2005676	57	2.8	58	81	6	157	26	27	13	33	1.93
2005653--2005988	32	10.7	31	83	3	354	30	30	17	22	1.96
2005659--2006090	64	6.9	63	79	5	369	31	29	16	22	1.96
2005659--2005988	96	3.5	95	81	5	391	30	30	16	22	1.96
2005672--2006087	32	13.2	32	79	6	239	31	28	16	22	1.96
2006098--2006307	58	3.7	58	83	6	266	26	24	14	35	1.93
2007063--2007115	20	2.6	21	87	3	72	37	11	18	32	1.87
2007726--2007945	108	2.0	108	87	3	318	34	33	5	26	1.80
2015520--2016095	167	3.5	163	77	11	518	32	11	8	47	1.69
2015520--2016093	165	3.5	164	77	12	473	32	11	8	47	1.70
2016936--2016969	15	2.2	16	89	5	52	17	2	8	70	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2018093--2018669	154	3.7	155	78	6	526	37	20	17	24	1.94
2020057--2020089	17	2.0	17	88	5	50	0	18	0	81	0.68
2025120--2025145	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2025100--2025164	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
2027227--2027269	20	2.1	20	82	4	50	11	25	44	18	1.84
2027702--2027739	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2029822--2029852	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2033911--2033936	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2034372--2034420	12	3.8	12	80	15	53	79	0	16	4	0.88
2040383--2040421	19	2.2	18	86	9	53	38	12	15	33	1.85
2040474--2040498	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2041167--2041500	27	12.2	27	84	2	364	24	29	14	31	1.95
2042224--2042266	13	3.7	13	71	28	51	34	18	11	34	1.87
2042322--2042375	19	2.8	19	86	10	74	35	16	16	31	1.92
2042343--2042394	19	2.7	19	84	3	59	40	13	19	26	1.88
2045336--2045411	32	2.4	32	90	0	125	23	25	11	39	1.89
2051885--2051954	33	2.1	33	86	7	97	35	20	12	31	1.90
2051885--2051933	13	4.2	13	70	24	54	38	18	12	30	1.87
2051983--2052056	19	3.8	19	91	7	114	37	16	14	31	1.89
2051983--2052056	39	1.9	38	89	8	114	37	16	14	31	1.89
2052042--2052068	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2052354--2053560	27	44.1	27	80	4	1060	24	31	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2052354--2053482	55	20.7	54	83	3	1224	23	31	14	30	1.94
2053444--2054364	28	32.4	28	81	7	846	30	28	16	24	1.97
2052354--2053522	164	7.1	162	80	3	1187	24	31	14	30	1.94
2054434--2054556	49	2.6	45	76	7	120	21	26	20	32	1.97
2061516--2061557	20	2.1	20	95	0	75	30	14	33	21	1.93
2061636--2061973	156	2.2	155	80	5	371	28	14	17	39	1.89
2062093--2062360	148	1.8	148	86	4	389	27	20	17	34	1.95
2062093--2062444	148	2.4	149	81	5	376	26	18	18	35	1.94
2067291--2067347	20	2.8	20	81	2	69	33	15	10	40	1.82
2068903--2068928	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2070289--2070314	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2072319--2072368	21	2.3	21	80	10	57	58	4	18	20	1.55
2076050--2076081	8	4.0	8	100	0	64	12	0	25	62	1.30
2076284--2076309	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2078843--2078868	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2086103--2086147	20	2.2	21	92	4	74	42	15	15	26	1.87
2086209--2086346	52	2.7	52	85	2	163	31	15	11	40	1.84
2089211--2089249	20	1.9	21	89	5	62	46	10	0	43	1.37
2089953--2089982	14	2.2	14	94	5	53	53	13	16	16	1.73
2092516--2092580	33	2.0	32	85	11	87	33	16	13	35	1.89
2092611--2092714	19	5.7	19	70	16	58	36	14	15	33	1.88
2092633--2092696	32	2.0	33	87	3	94	42	14	10	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101469--2101521	19	2.7	20	88	2	72	37	18	13	30	1.89
2103157--2103211	28	2.0	28	92	0	92	30	14	9	45	1.76
2103730--2103785	28	2.0	28	100	0	112	32	21	7	39	1.80
2104317--2104515	99	2.0	99	93	0	335	35	21	16	27	1.94
2109332--2109356	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2109419--2109443	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2110108--2110658	49	11.8	49	81	11	654	31	17	25	25	1.97
2110108--2110658	92	5.9	92	94	1	913	31	17	25	25	1.97
2110666--2110729	33	2.0	32	90	3	101	20	18	32	28	1.96
2110746--2111389	100	6.7	98	77	13	495	33	13	33	20	1.91
2110733--2111506	34	24.0	33	76	13	400	34	13	31	20	1.92
2110934--2111021	27	3.3	27	88	0	131	35	13	30	20	1.91
2110733--2111389	66	10.2	64	72	14	428	34	13	32	19	1.91
2110733--2111407	323	2.1	318	81	9	782	33	13	32	20	1.91
2111318--2111559	31	7.7	30	85	4	241	31	16	28	23	1.96
2111352--2111562	93	2.3	94	87	4	293	31	17	26	24	1.97
2111664--2111701	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
2113837--2113875	17	2.2	18	90	4	62	17	0	0	82	0.68
2113836--2113875	8	4.8	8	84	9	53	20	0	0	80	0.72
2114680--2114727	22	2.3	20	82	10	60	0	22	4	72	1.01
2115233--2116080	162	5.1	162	79	9	783	50	7	11	30	1.67
2117850--2117875	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2120092--2120136	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2121939--2121969	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2122832--2123435	308	2.0	308	98	0	1181	36	18	18	27	1.94
2126161--2126198	19	2.0	19	100	0	76	31	5	10	52	1.58
2126941--2126966	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2126923--2126986	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2130640--2130693	20	2.7	20	94	0	90	29	14	11	44	1.80
2130675--2130707	13	2.5	13	95	0	57	33	15	12	39	1.84
2133088--2133236	79	1.9	79	84	0	199	29	22	12	36	1.90
2133200--2133269	28	2.5	28	92	0	113	24	30	20	25	1.99
2140284--2140341	23	2.5	24	94	2	100	65	8	10	15	1.46
2141258--2141328	20	3.5	20	78	0	70	39	12	12	35	1.82
2144829--2144886	23	2.5	24	97	2	109	63	8	10	17	1.49
2145793--2145867	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2145790--2145867	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2149435--2149470	6	6.2	6	87	6	56	27	2	0	69	1.02
2149663--2149694	8	3.9	8	92	8	55	87	0	12	0	0.54
2149666--2149694	9	3.3	9	90	9	51	89	0	10	0	0.48
2149734--2149763	8	3.6	8	91	8	51	83	0	16	0	0.65
2149654--2149795	71	2.0	71	95	0	257	52	12	19	16	1.75
2151567--2151606	18	2.3	18	91	4	64	55	0	0	45	0.99
2152811--2153222	169	2.4	169	78	2	425	39	21	8	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2159749--2159805	20	2.8	20	89	2	87	35	15	21	28	1.94
2160362--2160426	34	1.9	34	90	3	105	32	12	18	36	1.88
2169853--2169981	52	2.5	52	88	2	197	37	17	17	28	1.92
2176015--2176046	12	2.7	12	90	0	55	75	6	0	18	1.01
2180436--2180622	51	3.6	51	86	1	284	29	26	11	33	1.91
2180602--2180676	27	2.7	27	83	6	89	26	33	16	24	1.95
2180629--2180846	79	2.7	79	85	2	258	26	25	14	33	1.95
2186095--2186169	27	2.7	27	83	6	89	25	36	17	21	1.95
2185928--2186271	51	6.6	51	73	9	255	29	26	11	32	1.91
2186204--2186351	79	1.9	79	80	5	174	27	25	13	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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