genome.fa.s160.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5021213

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1228863--1229074	80	2.6	79	77	10	212	34	12	25	27	1.92
1229032--1229098	27	2.4	28	90	2	100	23	16	32	26	1.96
1228950--1229187	108	2.2	108	80	9	247	31	12	27	28	1.93
1229057--1229270	80	2.7	80	82	6	263	32	12	28	27	1.92
1231712--1231786	20	3.7	20	78	3	60	38	16	13	32	1.87
1231827--1231898	20	3.5	20	83	5	83	30	15	11	43	1.81
1237325--1237362	20	1.9	20	100	0	76	31	21	10	36	1.87
1237606--1237660	16	3.1	19	71	15	62	34	34	0	30	1.58
1238004--1238072	28	2.3	30	83	11	81	75	2	15	5	1.12
1238011--1238072	31	2.0	31	83	0	79	77	3	14	4	1.06
1238004--1238073	26	2.6	27	74	17	65	74	2	17	5	1.14
1238652--1238867	112	1.9	113	87	0	317	33	16	12	37	1.86
1239840--1239891	20	2.6	20	81	0	59	40	15	11	32	1.83
1243369--1244170	45	17.8	45	81	2	806	18	22	16	42	1.89
1243404--1244170	270	2.8	270	91	1	1173	18	23	16	41	1.89
1253278--1253302	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1253255--1253322	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
1256503--1256646	52	2.8	52	87	1	191	42	15	13	28	1.85
1260138--1260263	52	2.4	52	94	3	220	30	17	18	34	1.94
1260274--1260298	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1260339--1260405	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1260361--1260385	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1261282--1262150	49	17.9	49	89	3	1326	30	18	27	24	1.98
1262180--1262272	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
1262274--1262843	34	15.9	35	72	15	352	33	12	33	20	1.90
1262277--1262843	71	7.9	71	73	12	403	33	12	33	20	1.90
1262476--1262843	34	10.7	33	80	13	395	31	12	34	21	1.91
1262476--1262845	103	3.6	102	80	13	409	31	12	34	21	1.90
1262812--1262967	62	2.5	63	84	10	198	27	17	31	23	1.97
1262823--1262967	31	4.7	31	83	10	172	24	18	31	25	1.98
1262965--1263004	9	4.0	10	87	9	55	10	2	2	85	0.80
1262966--1263004	19	2.0	19	90	5	60	10	2	2	84	0.81
1271212--1271339	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
1271348--1271372	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1271413--1271479	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1271435--1271459	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1275334--1275366	16	2.0	17	94	5	59	33	0	0	66	0.92
1275422--1276337	162	5.7	162	84	6	1096	39	10	11	38	1.76
1275422--1276337	324	2.9	316	86	5	1211	39	10	11	38	1.76
1279184--1279686	79	6.3	79	80	8	459	28	23	10	36	1.88
1279184--1279689	237	2.1	237	81	5	583	28	23	10	36	1.88
1279184--1279675	158	3.1	156	80	6	546	28	24	10	36	1.89
1283797--1283837	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1283877--1283947	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1283917--1284053	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
1284132--1284226	34	2.8	34	93	1	165	29	21	9	40	1.84
1284239--1284264	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
1284743--1284809	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1286322--1286495	84	2.1	84	80	6	192	54	3	17	24	1.59
1287920--1287944	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1289314--1289354	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1289394--1289464	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
1289434--1289570	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
1289612--1289667	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
1289757--1289782	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
1289759--1289835	33	2.3	33	88	4	111	41	15	14	28	1.86
1290273--1290339	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1298126--1298151	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1298108--1298171	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1298609--1298675	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1299768--1299809	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
1301564--1301588	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1304163--1304200	18	2.1	19	95	5	69	81	2	10	5	0.94
1304945--1305019	12	6.8	11	76	15	59	42	0	44	13	1.43
1304965--1305025	9	7.1	9	76	10	65	45	0	40	13	1.43
1304935--1305053	42	2.8	42	87	0	157	44	0	43	10	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1304986--1305035	24	2.1	24	84	0	64	46	0	42	12	1.41
1304952--1305067	42	2.8	41	84	5	142	43	0	44	11	1.46
1306559--1306603	18	2.5	18	100	0	90	40	0	28	31	1.57
1310049--1310221	61	2.8	61	78	4	188	26	23	18	31	1.97
1310211--1311008	44	18.8	41	69	17	283	19	27	12	40	1.88
1310213--1311040	86	9.7	85	75	11	444	19	27	12	40	1.88
1310217--1311027	130	6.3	129	76	11	686	19	27	12	40	1.88
1310191--1311027	211	4.0	208	80	6	803	19	27	13	39	1.89
1310194--1311040	296	2.9	290	78	11	817	19	27	12	40	1.88
1311102--1311165	34	1.9	32	93	0	92	25	29	14	31	1.94
1314042--1314213	79	2.1	80	84	8	224	29	26	9	34	1.89
1314135--1314250	51	2.3	51	85	5	146	31	30	7	31	1.86
1314184--1314507	79	4.1	79	85	3	411	26	25	15	32	1.95
1314053--1314329	130	2.1	130	88	2	414	29	28	11	30	1.92
1314183--1314545	79	4.6	79	84	3	392	27	24	14	34	1.94
1315346--1315399	13	4.5	13	73	21	55	37	12	14	35	1.85
1315330--1315399	33	2.1	34	86	7	99	34	12	17	35	1.88
1317605--1317652	21	2.3	20	85	7	69	60	4	12	22	1.49
1320751--1320879	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
1320869--1320919	20	2.5	20	100	0	102	39	15	23	21	1.92
1320984--1321008	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1325177--1325205	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1327641--1327667	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1327651--1327707	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
1327752--1327805	13	4.5	13	76	21	64	35	12	16	35	1.87
1327736--1327805	33	2.1	34	89	7	108	32	12	18	35	1.89
1328789--1328836	19	2.5	19	96	0	87	33	12	16	37	1.86
1342816--1342876	18	3.5	17	79	18	63	85	9	1	3	0.78
1342818--1342876	19	3.0	20	79	13	70	86	8	1	3	0.75
1342818--1342866	21	2.3	20	83	10	62	87	8	2	2	0.69
1344308--1344678	29	13.0	29	87	2	527	30	29	17	23	1.97
1344308--1344678	57	6.5	58	88	2	527	30	29	17	23	1.97
1344308--1344678	86	4.3	86	96	0	672	30	29	17	23	1.97
1344800--1345151	87	3.9	87	80	10	393	25	24	20	30	1.99
1344891--1345296	48	8.5	48	74	11	284	23	25	20	31	1.98
1344749--1345014	135	2.0	137	84	3	358	26	24	18	31	1.98
1344754--1345201	184	2.4	183	87	2	610	24	24	19	31	1.98
1346071--1346131	19	3.6	18	75	25	69	34	13	16	36	1.87
1346088--1346112	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1346071--1346139	32	2.2	32	97	0	129	33	13	17	36	1.88
1350627--1350657	9	3.4	9	95	0	53	38	0	35	25	1.56
1353099--1353136	15	2.5	15	91	0	58	44	15	23	15	1.85
1357606--1357630	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1357701--1357772	20	3.7	20	94	1	119	37	22	11	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1357850--1357964	37	3.1	37	100	0	230	42	19	17	20	1.89
1359398--1360398	62	16.3	61	81	3	1039	25	25	18	30	1.98
1359401--1360398	123	8.1	123	83	3	1102	25	25	18	30	1.98
1360385--1361073	44	16.4	41	71	14	360	21	24	13	40	1.89
1360385--1361029	85	7.6	85	73	12	406	20	24	13	40	1.89
1360384--1361003	332	1.9	326	84	6	823	20	25	13	40	1.89
1360741--1361073	130	2.6	129	79	6	354	20	25	12	41	1.87
1360875--1361051	86	2.1	86	85	1	239	19	25	12	42	1.86
1361724--1361856	50	2.7	49	92	2	212	27	17	13	42	1.86
1364200--1364471	138	2.0	138	86	4	379	30	24	13	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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