genome.fa.s160.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5021213

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829670--829780	42	2.6	42	94	0	195	43	0	44	11	1.47
829673--829760	12	7.9	12	75	17	59	44	0	42	13	1.44
831761--831836	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
831760--831845	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
831751--831869	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
841274--841415	32	4.4	32	77	1	131	35	24	14	24	1.93
841272--841395	65	1.9	64	81	1	149	35	22	14	27	1.93
841391--841479	32	2.8	32	78	0	97	40	26	10	22	1.86
849611--849686	12	6.9	11	81	15	79	39	0	47	13	1.42
849631--849691	9	7.1	9	74	10	65	42	0	44	13	1.43
849601--849720	42	2.9	42	94	0	204	43	0	45	11	1.40
849613--849700	12	7.9	12	77	15	59	42	0	44	13	1.44
859384--859502	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
859417--859492	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
859408--859493	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
859399--859469	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
862966--863075	42	2.6	42	88	0	148	10	44	2	42	1.52
862999--863075	24	3.5	24	67	20	76	10	44	2	42	1.52
868176--868298	42	2.9	42	89	2	185	43	2	45	8	1.48
868176--868261	24	3.8	24	69	17	76	43	2	44	10	1.51
871029--871873	157	5.4	155	80	7	749	37	20	18	23	1.94
871193--871778	315	1.9	316	82	3	759	37	21	18	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872163--872211	22	2.3	21	79	10	55	57	16	4	22	1.56
876224--876340	53	2.2	53	89	3	173	26	9	35	29	1.88
876612--876687	20	3.8	20	79	10	73	34	14	17	34	1.90
877512--877788	80	3.5	79	73	10	231	28	17	26	27	1.98
877751--877952	78	2.6	77	78	3	215	33	16	26	23	1.95
878105--878416	167	1.9	167	85	2	430	25	20	24	29	1.99
878402--878461	31	1.9	31	89	0	93	15	25	28	31	1.95
878600--878658	31	1.9	31	82	6	75	18	18	25	37	1.94
878803--878828	13	2.0	13	100	0	52	23	30	7	38	1.83
883908--883980	20	3.6	20	80	7	67	35	15	15	34	1.88
887002--887118	58	2.0	58	94	0	207	30	19	21	28	1.98
887008--887103	29	3.3	29	69	11	88	33	21	19	25	1.97
890821--890896	12	6.9	11	77	15	61	39	2	47	10	1.52
890841--890913	9	8.6	9	72	10	55	42	2	45	9	1.51
890811--890928	42	2.8	42	94	1	202	42	2	45	9	1.49
898262--898314	26	2.0	26	100	0	106	39	18	15	26	1.90
898600--898716	58	2.0	58	84	0	153	29	18	21	29	1.97
905792--905867	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
905791--905876	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
905782--905900	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
909278--911197	640	3.0	640	99	0	3822	34	23	15	26	1.94
915511--915620	42	2.6	42	94	0	193	9	47	2	40	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915544--915619	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
915535--915620	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
915526--915596	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
919992--920033	20	2.1	20	86	8	59	23	23	11	40	1.88
920217--920291	35	2.1	35	90	0	114	24	22	13	40	1.90
920342--920489	32	4.6	32	84	0	161	32	25	16	25	1.96
920342--920550	32	6.5	32	81	2	123	34	24	15	24	1.95
920315--920489	64	2.7	64	76	0	188	33	24	16	25	1.96
920801--920834	16	2.1	16	88	0	50	44	26	14	14	1.84
923842--923885	12	3.7	12	90	6	63	13	47	0	38	1.43
925002--925042	17	2.5	16	88	4	55	82	4	4	7	0.93
927098--927222	42	3.0	42	87	1	169	45	0	44	10	1.38
927107--927183	12	6.9	12	71	24	62	41	0	46	11	1.40
927128--927188	9	7.1	9	72	10	56	42	0	45	11	1.40
927270--929211	984	2.0	982	97	1	3647	28	14	20	36	1.92
929891--929970	30	2.7	30	92	3	126	42	3	45	8	1.53
929906--929945	21	1.9	21	89	0	62	45	2	42	10	1.51
935596--935671	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
935595--935680	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
935586--935704	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
948655--948773	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
948688--948763	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
948679--948764	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
948670--948740	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
951374--951416	20	2.2	20	100	0	86	37	13	32	16	1.88
952581--952656	12	6.9	11	80	15	70	40	0	46	13	1.43
952601--952632	9	3.6	9	91	0	55	43	0	43	12	1.42
952571--952679	42	2.6	42	89	2	166	44	0	44	11	1.45
959101--959139	15	2.6	14	80	11	51	82	2	12	2	0.89
959886--959961	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
959876--959994	42	2.8	42	93	0	202	42	1	46	9	1.46
959951--960000	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
965215--965333	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
965248--965323	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
965239--965324	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
965230--965300	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
967207--967286	30	2.7	30	92	3	126	8	45	3	42	1.53
967232--967271	21	1.9	21	89	0	62	10	42	2	45	1.51
970962--971037	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
970961--971046	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
970952--971070	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
980343--980418	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
980342--980427	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
980333--980451	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
983391--983466	12	6.9	11	75	15	52	39	1	50	9	1.43
983390--983505	18	5.3	24	68	24	94	41	1	48	8	1.44
983381--983499	42	2.8	42	90	0	184	42	1	47	8	1.43
994136--994179	17	2.7	15	80	19	52	61	2	0	36	1.09
997711--997992	52	5.2	52	72	16	218	37	14	15	31	1.88
997855--997909	19	2.8	20	83	5	76	40	14	14	30	1.86
997859--997953	20	5.2	19	70	24	71	41	14	14	29	1.86
997617--997940	165	2.0	167	94	1	571	34	16	15	33	1.91
997907--997992	20	4.7	20	70	21	80	44	12	13	29	1.81
997630--997993	165	2.2	164	88	6	513	35	15	15	32	1.89
1005069--1005099	12	2.6	12	94	0	53	29	25	0	45	1.54
1006936--1007000	20	3.3	20	75	12	71	16	12	15	55	1.69
1006922--1007001	39	2.1	39	97	0	151	21	11	15	52	1.73
1006922--1006980	19	3.1	19	73	11	66	22	10	16	50	1.75
1022618--1022678	9	7.1	9	71	17	58	11	45	0	42	1.40
1022590--1022693	42	2.5	42	90	0	154	11	47	1	39	1.51
1022613--1022699	24	3.9	24	76	17	96	12	43	1	42	1.50
1022590--1022708	42	2.8	42	83	2	150	10	44	1	42	1.49
1023496--1023587	38	2.4	38	98	0	175	50	20	14	15	1.78
1031851--1031933	33	2.5	33	78	7	105	10	38	1	49	1.46
1034572--1034610	10	3.9	10	86	6	53	10	10	17	61	1.55
1034572--1034610	20	2.0	20	90	10	62	10	10	17	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1034897--1034960	33	2.0	33	84	3	85	39	15	12	32	1.85
1042722--1042812	45	2.0	45	100	0	182	29	19	19	30	1.97
1048507--1048531	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1050482--1050506	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1061244--1061352	41	2.6	41	85	4	139	21	22	15	40	1.91
1061248--1061359	42	2.7	42	82	6	113	21	24	14	40	1.90
1061457--1061589	43	3.3	43	70	16	120	18	27	13	41	1.87
1061460--1061715	78	3.4	77	77	9	267	17	24	14	42	1.87
1061620--1061699	34	2.3	34	81	12	92	16	20	16	47	1.83
1061468--1061705	35	6.5	35	69	15	135	18	23	15	42	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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