genome.fa.s160.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5021213

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1675417--1675464	13	4.2	13	70	29	54	37	18	12	31	1.88
1675514--1675569	19	2.9	19	83	2	67	35	12	16	35	1.86
1676445--1676476	15	2.1	15	94	0	55	28	6	3	62	1.34
1678845--1678898	20	2.7	20	80	5	65	35	16	14	33	1.90
1681447--1681473	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1686031--1686064	9	3.8	9	88	11	52	29	26	0	44	1.55
1687438--1687462	13	1.9	13	100	0	50	8	8	24	60	1.52
1687725--1687782	19	3.1	18	80	11	71	32	15	13	37	1.87
1687747--1687811	32	2.0	32	84	3	85	40	13	13	32	1.85
1689472--1690134	157	4.2	155	75	8	501	39	18	15	26	1.90
1691591--1691617	14	1.9	14	100	0	54	66	7	0	25	1.17
1691810--1692180	165	2.2	164	80	6	419	49	8	9	31	1.66
1693248--1693489	85	2.9	85	83	1	308	49	14	19	16	1.80
1693265--1693490	42	5.4	42	66	8	127	49	13	20	17	1.80
1693605--1693934	35	9.4	35	80	3	304	42	11	22	23	1.86
1693602--1693934	105	3.2	105	82	1	353	42	11	23	23	1.86
1693663--1693934	35	7.8	35	84	0	310	41	12	23	21	1.88
1693909--1693959	25	2.0	25	84	0	66	43	13	25	17	1.86
1693973--1694418	35	13.4	35	74	10	297	42	11	23	22	1.86
1694075--1694195	60	2.0	60	88	3	181	41	13	24	20	1.88
1694005--1694241	130	1.8	130	83	5	318	42	11	24	21	1.86
1694152--1694412	64	4.0	64	81	3	270	41	9	24	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1694318--1694374	29	2.0	29	89	0	87	42	10	22	24	1.85
1694152--1694415	99	2.7	100	74	13	274	41	9	24	23	1.85
1694434--1694504	30	2.4	30	80	4	90	36	8	25	29	1.85
1694676--1694778	50	2.1	50	85	7	138	31	14	26	28	1.95
1706507--1706581	20	3.8	20	85	3	98	41	13	13	32	1.83
1708302--1708604	110	2.7	110	77	2	257	37	12	14	35	1.85
1709185--1709259	24	3.2	24	83	7	75	4	13	6	76	1.13
1709203--1709259	22	2.5	23	85	5	71	1	14	7	77	1.06
1709593--1709652	17	3.5	16	78	14	66	5	11	1	81	0.91
1712963--1713457	157	3.1	156	79	6	493	39	20	14	25	1.90
1724692--1724764	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1724692--1724786	41	2.3	42	94	1	165	38	12	17	30	1.87
1724825--1724850	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1726777--1726830	20	2.7	20	88	0	72	38	12	16	31	1.87
1726857--1726882	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1727685--1728601	49	18.8	49	80	5	977	33	18	24	23	1.97
1727679--1728601	97	9.5	98	89	2	1333	33	18	24	23	1.97
1728741--1728828	33	2.8	33	81	11	96	38	12	27	21	1.89
1728776--1729443	95	7.1	93	82	6	594	34	14	28	22	1.93
1728804--1729432	127	5.0	127	83	6	673	34	14	28	22	1.93
1730366--1730399	18	2.0	16	88	11	50	0	0	17	82	0.67
1730651--1730682	16	1.9	17	93	6	57	0	0	12	87	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1730648--1730689	18	2.3	18	79	0	57	4	4	9	80	0.99
1734632--1734700	27	2.6	27	92	0	111	21	18	37	21	1.94
1736636--1736689	20	2.7	20	88	0	72	38	12	18	29	1.88
1736716--1736741	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1737138--1737191	20	2.7	20	91	8	83	33	16	11	38	1.84
1737745--1737885	37	4.0	37	76	10	105	16	21	29	32	1.95
1737773--1737972	68	2.9	67	89	2	276	16	23	28	32	1.95
1737826--1737940	37	3.3	36	75	14	132	15	23	28	32	1.95
1737850--1738101	99	2.5	99	83	2	292	17	23	28	29	1.97
1737760--1737983	68	3.3	67	85	5	263	15	22	29	32	1.95
1737782--1738112	31	10.1	31	68	15	157	16	22	29	30	1.96
1737912--1738108	99	2.0	99	88	0	295	18	22	28	29	1.98
1738018--1738396	149	2.5	149	87	1	546	21	24	24	30	1.99
1738450--1738530	35	2.3	35	83	6	103	40	13	25	19	1.89
1738491--1738577	43	2.0	43	86	0	120	44	10	26	18	1.81
1738899--1738924	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1747231--1747517	32	9.0	32	74	15	179	23	29	11	35	1.90
1747370--1747875	60	8.1	61	72	12	293	21	31	12	34	1.90
1747306--1747868	33	17.8	33	73	13	382	21	31	12	35	1.90
1747500--1747551	27	1.9	27	88	0	77	17	32	17	32	1.93
1747370--1747803	61	7.0	60	75	14	355	20	30	12	35	1.90
1747865--1751055	48	68.8	48	73	12	2452	25	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1747868--1748405	87	6.0	87	79	6	529	27	25	18	29	1.98
1748323--1751055	49	58.6	49	73	13	1505	25	25	18	30	1.98
1748607--1748858	39	6.0	39	72	17	209	26	26	20	26	1.99
1748475--1748901	87	4.9	87	91	3	660	25	25	19	29	1.99
1747868--1751053	198	17.2	195	80	9	2279	25	25	18	30	1.98
1749215--1749292	39	2.0	39	89	0	120	28	23	21	26	1.99
1747867--1751055	285	11.5	278	80	11	2179	25	25	18	30	1.98
1749167--1751053	87	20.4	88	79	11	1371	25	25	18	30	1.98
1749550--1749801	39	6.0	39	75	17	227	26	26	20	26	1.99
1748732--1751055	745	3.1	744	84	7	2821	25	25	18	30	1.98
1749960--1750037	39	2.0	39	92	0	129	28	24	21	25	1.99
1750245--1750322	39	2.0	39	92	0	129	28	24	21	25	1.99
1750626--1750965	39	7.9	39	71	16	194	26	26	18	27	1.98
1751087--1751125	21	1.9	20	89	5	60	35	15	10	38	1.81
1755527--1755599	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
1755527--1755621	41	2.3	42	94	1	165	38	12	17	30	1.87
1755660--1755685	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1757891--1757935	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1761783--1761860	20	3.6	21	73	15	70	28	14	14	43	1.83
1761849--1761886	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1764343--1764415	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
1764343--1764437	41	2.3	42	94	1	165	38	12	17	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1764476--1764501	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1765682--1765718	6	6.5	6	90	9	60	0	0	10	89	0.49
1765682--1765718	17	2.2	16	90	4	56	0	0	10	89	0.49
1770379--1770433	21	2.6	21	85	0	65	18	21	0	60	1.37
1770394--1770437	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
1775071--1775106	9	4.0	9	96	0	63	13	33	33	19	1.91
1775282--1775349	20	3.8	20	72	25	78	36	13	14	35	1.85
1775301--1775327	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1775282--1775347	33	2.0	33	96	0	123	37	13	15	33	1.86
1775375--1775400	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1781082--1781127	23	1.9	25	82	8	60	41	23	2	32	1.67
1781606--1781658	19	2.7	19	77	8	54	41	16	15	26	1.88
1787919--1787958	19	2.0	21	85	9	57	57	2	22	17	1.52
1792990--1793117	51	2.5	52	92	2	213	29	17	17	34	1.94
1792990--1793137	51	2.9	51	87	4	181	31	16	18	33	1.93
1793195--1793257	19	3.7	18	76	24	73	36	20	14	28	1.92
1793194--1793256	32	2.0	32	96	0	117	34	20	14	30	1.92
1794039--1794393	98	3.6	97	83	7	303	32	17	26	23	1.97
1794103--1794393	49	6.0	48	82	8	324	30	18	26	23	1.98
1794401--1794579	34	5.2	34	88	2	243	35	12	32	18	1.89
1794585--1794693	28	3.8	28	75	8	112	19	12	32	35	1.89
1794560--1794708	59	2.6	59	89	4	223	22	13	31	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1796145--1796282	1	138.0	1	72	0	60	0	6	10	82	0.87
1796136--1796279	8	16.9	8	72	18	89	0	6	11	81	0.89
1796136--1796283	19	8.6	16	73	14	109	0	6	11	81	0.89
1796136--1796230	29	3.2	28	78	16	93	1	4	11	83	0.84
1796162--1796281	45	2.6	46	78	12	131	0	7	10	81	0.87
1796146--1796262	61	1.9	61	85	3	164	0	5	10	82	0.86
1796146--1796264	62	1.9	61	83	8	152	0	5	10	82	0.88
1801351--1801471	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
1801351--1801491	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1801480--1801504	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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