genome.fa.s160.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5021213

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186127--2186430	130	2.3	131	78	6	330	25	26	13	33	1.93
2198849--2198906	11	5.5	10	84	15	57	84	12	3	0	0.74
2198849--2198910	12	5.4	11	78	16	63	83	12	3	0	0.75
2198850--2198910	16	3.9	15	85	6	77	85	11	3	0	0.72
2198849--2198895	23	2.0	24	88	12	71	85	12	2	0	0.70
2198850--2198906	19	3.1	19	83	16	75	85	10	3	0	0.70
2200192--2200273	27	3.0	27	64	3	74	28	24	21	25	1.99
2200021--2200479	55	8.0	56	83	8	543	27	26	20	25	1.99
2200518--2200749	61	3.9	59	78	11	231	25	25	20	27	1.99
2200732--2200866	42	3.1	42	81	9	139	16	28	14	40	1.88
2201483--2201534	19	2.6	21	93	6	90	40	11	15	32	1.83
2203919--2204105	51	3.6	51	82	5	232	30	27	9	32	1.89
2203919--2204105	52	3.6	51	83	3	232	30	27	9	32	1.89
2203919--2204211	52	5.6	51	71	12	218	30	26	10	33	1.89
2204113--2204310	79	2.5	80	84	3	249	27	23	14	34	1.94
2204118--2204368	79	3.2	79	80	3	229	27	23	13	35	1.92
2205504--2205758	129	2.0	130	84	3	336	34	10	24	30	1.90
2205634--2205779	79	1.8	79	83	0	193	32	14	24	28	1.94
2205530--2205830	130	2.3	129	81	5	340	34	12	23	29	1.91
2205715--2205880	51	3.3	51	85	1	217	33	11	23	31	1.90
2205583--2205958	181	2.1	181	81	3	463	31	11	26	29	1.92
2211370--2211547	52	3.4	52	83	3	153	38	15	23	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2211396--2211702	52	5.9	52	74	7	205	37	14	22	25	1.93
2211583--2211703	53	2.3	52	79	1	143	37	15	22	24	1.93
2211658--2211784	42	3.0	42	82	0	155	32	18	22	27	1.97
2211784--2212352	33	17.8	33	72	12	129	25	15	28	31	1.96
2211777--2212353	64	9.1	64	74	12	366	24	15	28	31	1.96
2212027--2212292	31	8.5	30	75	11	223	23	15	28	33	1.95
2211866--2212270	158	2.6	157	79	7	405	24	14	27	33	1.94
2212027--2212353	158	2.1	158	82	5	383	24	15	28	31	1.95
2212372--2212473	28	3.6	28	75	7	107	36	12	26	24	1.91
2212383--2212491	57	1.9	57	88	3	166	37	13	24	23	1.92
2212371--2212497	28	4.5	28	72	5	94	36	13	25	24	1.92
2212523--2212655	30	4.4	30	85	1	151	28	12	30	28	1.92
2212523--2212657	60	2.2	60	82	0	171	28	11	31	28	1.92
2219068--2219093	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2223156--2223194	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
2225206--2225283	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
2225270--2225308	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2227114--2227160	16	2.8	17	90	9	78	29	2	38	29	1.69
2227859--2227884	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2232049--2232073	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2232028--2232092	33	2.0	32	90	3	103	30	18	15	35	1.92
2232058--2232112	19	2.8	20	83	8	78	34	18	16	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232164--2232212	13	4.2	13	73	24	54	34	12	16	36	1.86
2232146--2232212	34	2.0	33	85	8	91	35	13	17	32	1.89
2233922--2233953	12	2.7	12	95	0	55	31	0	0	68	0.90
2233955--2234241	149	1.9	150	89	2	443	36	11	13	37	1.82
2236537--2236561	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2240893--2240944	21	2.5	22	81	9	63	34	5	26	32	1.80
2240914--2240962	21	2.3	21	82	0	53	30	6	30	32	1.82
2241429--2241470	21	2.0	21	95	0	75	40	9	11	38	1.75
2245880--2245916	18	2.1	18	100	0	74	32	5	5	56	1.45
2248626--2248676	14	3.4	15	81	8	59	78	0	17	3	0.90
2248739--2248772	16	2.1	17	88	5	52	76	0	23	0	0.79
2248738--2248770	10	3.3	10	91	8	50	78	0	21	0	0.75
2249529--2249566	17	2.4	17	86	8	53	47	0	0	52	1.00
2249528--2249596	16	4.3	15	73	12	66	44	1	1	52	1.19
2250159--2250188	14	2.2	14	94	5	53	66	0	0	33	0.92
2254086--2254157	27	2.6	27	95	2	126	45	6	8	38	1.61
2259398--2259514	52	2.2	52	86	3	155	30	16	19	33	1.94
2259503--2259527	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2259596--2259620	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2262546--2262604	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2262885--2262910	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2262865--2262928	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265479--2265514	13	2.8	13	95	0	63	30	13	19	36	1.91
2267599--2267629	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2271341--2271399	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2271680--2271705	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2271660--2271723	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2273796--2273823	13	2.2	13	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2275606--2275647	14	2.9	14	86	10	50	78	0	4	16	0.91
2276174--2276205	10	3.2	10	95	0	55	43	0	6	50	1.27
2279377--2279438	32	1.9	33	90	3	99	41	12	14	30	1.83
2281252--2281304	19	2.8	19	94	0	88	28	16	15	39	1.89
2289447--2289499	22	2.4	22	93	0	88	33	1	37	26	1.68
2290015--2290087	20	3.7	19	81	7	67	30	13	17	38	1.89
2295359--2295403	12	3.8	12	91	5	65	42	0	0	57	0.98
2297047--2297079	13	2.5	13	90	9	50	45	0	0	54	0.99
2297707--2297746	14	2.9	14	85	3	55	35	7	2	55	1.42
2298543--2298746	102	2.0	102	92	1	338	49	7	5	37	1.56
2300637--2300661	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2300966--2301021	19	2.9	19	75	2	58	58	0	0	41	0.98
2303283--2303334	20	2.5	20	87	3	68	36	11	15	36	1.84
2303324--2303374	20	2.5	21	90	3	77	37	19	9	33	1.85
2303495--2303756	138	1.9	138	96	0	488	33	17	15	33	1.92
2308004--2308061	19	3.1	18	76	14	55	79	1	13	5	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308620--2308653	17	1.9	18	94	5	61	29	17	5	47	1.71
2309821--2309850	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
2312223--2312279	19	2.9	20	86	5	89	35	15	12	36	1.85
2312265--2312304	13	3.1	13	92	0	71	40	12	15	32	1.84
2319435--2319470	3	12.0	3	87	0	54	30	30	0	38	1.58
2321077--2321107	13	2.4	13	100	0	62	38	6	16	38	1.74
2321055--2321123	33	2.1	33	86	5	95	37	15	13	33	1.86
2323860--2323907	24	2.0	23	84	4	60	79	0	12	8	0.94
2323861--2323918	18	3.2	17	78	11	62	75	0	13	10	1.04
2332402--2332487	37	2.3	37	91	0	136	36	13	10	39	1.80
2332473--2332543	36	2.0	36	81	10	83	40	7	15	36	1.74
2337907--2337950	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2339757--2339828	13	6.0	13	78	18	93	43	13	15	27	1.85
2339768--2339879	33	3.4	33	79	6	138	43	15	15	25	1.85
2341896--2341926	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2343730--2343774	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2345987--2346012	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2346394--2346513	51	2.4	51	85	2	161	41	13	15	29	1.85
2346568--2346621	20	2.7	20	88	8	74	31	14	12	40	1.84
2347306--2347361	3	20.0	3	82	10	66	66	1	0	32	1.03
2348370--2348430	27	2.3	27	91	0	95	63	18	13	4	1.46
2348388--2348440	27	2.0	27	88	0	79	66	18	9	5	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2348436--2348494	23	2.6	22	89	2	82	59	23	11	5	1.52
2348456--2348494	11	3.5	11	83	13	53	61	23	10	5	1.48
2348605--2348646	22	1.9	22	90	0	66	57	19	19	4	1.58
2350895--2351266	154	2.4	154	80	7	403	24	15	21	39	1.91
2352720--2353011	104	2.8	104	78	3	284	34	13	25	27	1.92
2352716--2353017	52	5.8	52	73	6	236	35	12	24	27	1.92
2353090--2353291	33	6.3	32	75	8	117	21	16	28	33	1.95
2353090--2353248	63	2.5	65	81	8	200	21	16	29	32	1.95
2353228--2353507	29	9.6	29	75	14	204	22	15	31	31	1.95
2353286--2353509	57	3.9	55	81	8	243	22	16	31	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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