genome.fa.s160.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5021213

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

This is table  5  of  30  ( 3592 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
614089--614114	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
614071--614134	32	2.0	33	90	3	103	39	17	14	29	1.88
622543--622732	97	2.0	96	90	3	301	41	13	17	27	1.87
622684--622738	26	2.1	26	86	3	74	40	12	21	25	1.89
625323--625379	20	2.8	20	94	0	105	24	15	15	43	1.86
625361--625388	13	2.2	13	100	0	56	32	17	14	35	1.90
625423--625460	20	1.9	20	88	0	58	28	15	13	42	1.85
625443--625472	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
627815--628003	51	3.7	51	77	5	166	31	22	11	34	1.90
627791--628034	102	2.4	102	84	4	296	31	22	10	35	1.88
627923--628057	51	2.6	51	81	6	141	31	24	12	31	1.92
640416--640455	17	2.4	16	84	8	53	85	5	0	10	0.75
641436--641816	116	3.2	115	88	4	521	27	25	19	28	1.98
641433--641816	61	6.5	60	79	9	439	27	25	19	28	1.98
641860--642028	62	2.7	63	86	7	215	27	26	20	26	1.99
641620--642029	216	1.9	214	83	6	533	26	26	18	28	1.98
642042--642118	42	1.9	39	82	17	97	16	27	16	38	1.91
642053--642161	42	2.6	43	81	12	127	18	25	18	37	1.93
642055--642165	43	2.6	41	80	11	125	18	25	18	37	1.93
645252--645520	51	5.3	51	76	1	254	28	23	13	34	1.92
645252--645520	102	2.6	102	84	2	353	28	23	13	34	1.92
646556--646614	19	3.1	19	75	4	64	32	5	18	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
655183--655257	20	3.6	21	80	20	70	76	8	2	13	1.12
655183--655247	20	3.2	19	82	18	78	75	6	3	15	1.12
655172--655246	34	2.2	34	81	9	82	76	6	2	14	1.11
656501--657322	52	15.8	52	76	3	488	25	25	17	31	1.97
659971--660615	79	8.2	79	84	4	712	35	12	22	29	1.91
664894--664947	26	2.1	26	96	0	99	33	25	9	31	1.88
666567--666591	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
666625--666655	16	1.9	16	93	0	53	35	9	12	41	1.76
669871--669896	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
669848--669914	32	2.0	34	88	5	102	28	13	17	40	1.88
672283--672329	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
672449--672473	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
678287--678345	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
680788--680840	20	2.7	20	93	0	88	37	15	11	35	1.83
680811--680872	32	1.9	32	90	9	99	35	19	11	33	1.87
683398--683427	15	2.0	15	100	0	60	26	6	33	33	1.83
690720--690795	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
690719--690804	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
690710--690828	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
695551--695575	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
695533--695596	33	1.9	33	90	0	101	35	18	14	31	1.91
698266--698332	20	3.3	21	74	12	61	34	20	11	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698425--698449	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
700148--700233	33	2.6	33	90	3	129	43	1	40	15	1.54
700149--700211	12	5.5	11	72	25	51	44	0	39	15	1.47
705318--705358	19	2.2	19	100	0	82	46	9	9	34	1.70
710157--710228	12	6.5	11	75	16	53	40	1	47	11	1.48
710147--710226	42	1.9	42	92	0	133	43	1	46	8	1.42
710186--710256	33	2.2	33	92	0	115	40	1	46	11	1.48
710147--710235	42	2.1	42	87	0	124	44	1	43	10	1.45
718350--719655	654	2.0	653	94	1	2287	35	23	15	26	1.94
725983--727288	654	2.0	653	94	1	2287	35	23	15	26	1.94
734080--734124	21	2.1	21	87	0	63	37	35	8	17	1.81
733645--734950	654	2.0	653	94	1	2269	35	23	15	26	1.94
739272--739390	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
739305--739380	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
739296--739381	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
739287--739357	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
740966--741047	43	1.9	43	94	0	146	17	21	17	43	1.87
741854--741878	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
741835--741899	33	2.0	33	87	0	94	40	16	13	29	1.88
743892--743916	9	2.8	9	100	0	50	16	12	48	24	1.79
744498--744532	11	3.2	11	91	0	61	48	17	0	34	1.47
744498--744539	22	1.9	22	95	0	75	47	16	0	35	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744498--744539	11	3.8	11	87	0	57	47	16	0	35	1.47
744862--744891	14	2.1	14	93	0	51	36	3	26	33	1.73
751180--751430	100	2.5	101	86	3	353	29	25	13	31	1.94
757724--757940	29	7.4	29	86	5	258	18	10	10	60	1.56
757724--757936	59	3.6	58	84	6	252	18	9	10	61	1.56
757743--757940	88	2.3	88	86	5	278	19	10	10	60	1.58
760347--761252	79	11.4	79	91	1	1404	32	14	26	27	1.95
760347--761252	394	2.3	395	92	2	1469	32	14	26	27	1.95
762658--762824	35	4.8	35	98	0	325	19	32	5	42	1.74
762699--762799	21	5.5	21	62	29	68	19	31	5	42	1.75
762837--762865	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
763292--763515	120	1.9	117	80	10	260	43	12	24	19	1.86
763531--763735	61	3.4	61	80	10	258	28	20	26	24	1.99
763752--763977	55	4.0	55	84	8	294	25	20	26	26	1.99
763753--763976	116	2.0	110	86	6	315	25	20	26	27	1.99
763753--764005	55	4.4	55	83	9	283	25	20	26	27	1.99
763531--765149	270	6.0	270	76	15	1277	25	20	28	25	1.99
764022--764381	55	6.5	55	85	7	442	22	20	28	28	1.98
764016--765079	171	6.5	165	73	17	631	24	20	29	26	1.99
764586--764669	27	3.1	27	64	16	64	23	22	29	23	1.99
764395--764705	55	5.5	55	84	5	281	23	21	28	26	1.99
763531--764994	324	4.5	320	78	12	1314	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764561--764645	28	3.1	28	66	16	77	22	23	25	28	1.99
764722--764873	60	2.5	59	82	4	169	23	21	28	26	1.99
764835--764915	42	1.9	42	84	0	108	23	23	27	25	2.00
764873--765079	55	3.7	55	85	9	290	24	21	28	26	1.99
771397--772295	79	11.4	79	90	3	1332	33	14	25	27	1.94
773697--773901	35	5.9	35	97	0	383	19	31	6	42	1.76
773741--773876	21	7.5	21	60	30	62	19	31	6	42	1.77
773914--773942	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
774533--774807	145	1.9	145	80	4	322	32	20	11	35	1.89
774825--775246	157	2.7	150	81	8	442	29	18	13	39	1.89
774959--775280	157	2.1	157	85	3	425	28	19	12	39	1.88
776923--777196	103	2.7	103	82	3	315	33	12	24	29	1.92
781540--781574	19	1.9	17	88	11	52	8	2	8	80	1.01
781564--781588	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
792091--792164	24	3.1	24	98	0	139	24	28	18	28	1.98
795921--796204	157	1.8	158	81	2	356	28	20	13	37	1.90
798353--799186	421	2.0	424	88	1	1235	28	12	19	39	1.88
806189--806307	42	2.8	42	90	0	184	9	46	1	42	1.46
806222--806297	12	6.9	11	78	15	61	10	48	1	39	1.46
806217--806277	9	7.1	9	72	10	56	11	44	1	42	1.50
807921--808007	44	2.0	44	97	0	165	32	10	22	34	1.88
808532--808575	9	4.9	9	80	0	52	84	2	11	2	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818606--818644	18	2.2	18	85	0	51	12	41	0	46	1.42
818629--818689	9	7.1	9	78	10	65	13	40	0	45	1.43
818601--818719	42	2.8	42	89	0	175	10	42	0	45	1.45
821803--822835	155	6.7	154	72	11	597	37	11	19	30	1.88
823202--823626	159	2.7	158	74	3	379	37	13	18	30	1.89
823164--824766	160	10.2	156	72	10	563	37	13	19	29	1.90
824125--824754	160	4.0	156	86	5	637	37	14	19	29	1.91
824117--824766	320	2.0	316	81	6	762	37	13	20	28	1.91
826846--826883	18	2.0	21	85	15	55	44	13	23	18	1.85
827894--827970	28	2.7	29	73	16	72	12	23	5	58	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30