genome.fa.s160.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5021213

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1364339--1364583	79	3.1	78	84	4	305	28	26	13	32	1.94
1367378--1367424	18	2.5	19	83	16	62	2	14	0	82	0.75
1367378--1367427	10	5.0	10	85	0	64	2	14	0	84	0.72
1376377--1376586	78	2.7	79	83	7	250	35	13	23	27	1.93
1376526--1376648	62	2.0	62	87	6	178	39	13	21	26	1.90
1376645--1376762	51	2.3	51	91	0	182	31	12	26	29	1.93
1376696--1376841	79	1.8	79	91	0	238	29	12	27	30	1.93
1376588--1376970	130	2.9	130	88	0	543	33	12	24	30	1.91
1376773--1376892	51	2.4	51	84	4	161	30	10	26	32	1.90
1376825--1377060	79	3.0	79	83	3	298	33	13	23	29	1.93
1382453--1382500	20	2.4	20	89	0	69	39	33	4	22	1.74
1384368--1384406	20	1.9	21	89	5	62	38	17	20	23	1.93
1384415--1384439	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1384396--1384459	32	2.0	33	87	9	96	28	18	17	35	1.93
1388049--1388144	30	3.2	29	69	22	90	6	13	14	65	1.44
1388343--1388391	3	17.0	3	85	8	66	30	2	0	67	1.02
1388957--1389082	42	3.0	42	79	4	155	40	17	25	16	1.90
1389111--1389428	42	7.6	42	72	9	152	40	14	27	17	1.89
1389112--1389485	84	4.5	83	74	7	274	40	14	26	17	1.88
1389199--1389514	166	1.9	166	80	6	363	42	14	25	16	1.87
1389161--1389543	42	9.1	41	73	8	213	41	14	27	16	1.88
1389387--1389729	187	1.8	187	80	5	415	38	14	28	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1389581--1389836	42	6.1	42	76	5	178	38	16	27	17	1.91
1389605--1389836	126	1.8	126	81	9	294	37	16	27	18	1.92
1389688--1389908	42	5.3	42	76	7	173	39	14	26	19	1.90
1389688--1390088	84	4.8	82	72	9	231	38	15	26	19	1.91
1389762--1389961	42	4.8	42	75	7	165	40	15	26	18	1.89
1389914--1390172	42	6.2	42	72	10	129	38	17	26	16	1.91
1389731--1390131	84	4.8	82	71	12	253	38	14	26	19	1.91
1390022--1390295	83	3.3	83	76	5	266	41	16	24	17	1.89
1390022--1390503	42	11.5	42	73	5	282	40	15	24	18	1.90
1390106--1390367	125	2.1	124	83	3	321	40	14	26	18	1.89
1395725--1395925	52	3.9	52	94	1	332	29	17	18	33	1.94
1395914--1395938	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1395979--1396045	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1396001--1396025	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1404988--1405019	15	2.1	15	100	0	64	71	6	12	9	1.29
1408414--1408439	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1408394--1408457	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
1408499--1408551	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
1408539--1408563	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1408573--1408611	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
1411041--1411079	13	3.0	13	96	0	69	33	15	15	35	1.89
1417380--1417418	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1418572--1418799	78	2.9	79	81	4	255	39	10	21	28	1.86
1423048--1423093	23	2.0	23	91	0	74	34	8	13	43	1.74
1423712--1423742	16	1.9	16	93	0	53	38	0	9	51	1.35
1426599--1426705	55	1.9	55	84	3	144	41	20	16	21	1.91
1429017--1429321	81	3.8	79	75	10	257	33	22	9	35	1.86
1432661--1432698	19	2.0	19	89	0	58	28	13	13	44	1.81
1434207--1434245	15	2.5	16	87	4	53	46	0	10	43	1.37
1437687--1437804	52	2.3	52	85	7	161	30	15	13	40	1.86
1438144--1438170	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1438125--1438188	33	2.0	32	90	3	101	28	15	15	40	1.88
1441308--1441528	79	2.8	79	75	12	202	27	20	12	39	1.88
1441464--1441515	27	1.9	27	96	0	95	19	23	21	36	1.95
1441546--1441595	28	1.9	26	84	15	68	30	34	12	24	1.91
1441494--1441642	80	1.9	79	81	12	180	30	25	9	34	1.88
1442137--1442188	20	2.6	20	87	6	70	28	13	11	46	1.78
1444492--1444712	79	2.8	79	86	3	313	28	26	14	31	1.94
1444652--1444766	51	2.3	50	83	1	149	30	27	10	31	1.90
1444571--1444844	129	2.1	130	86	2	390	29	26	12	31	1.93
1444495--1444887	208	1.9	208	81	4	479	27	26	13	32	1.94
1444703--1445064	79	4.5	81	77	10	289	27	26	12	32	1.93
1444737--1445037	165	1.8	165	81	7	378	26	26	14	31	1.95
1444916--1445090	79	2.2	79	89	4	264	29	25	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1448801--1448868	29	2.4	29	87	2	93	29	14	27	27	1.95
1448859--1449201	37	10.3	31	71	17	167	27	17	23	32	1.96
1448946--1449207	37	7.5	37	77	12	227	25	16	24	33	1.96
1449406--1449546	65	2.2	65	85	2	194	39	13	15	31	1.86
1450148--1450201	20	2.7	20	97	0	99	31	14	16	37	1.89
1452818--1452984	31	5.4	31	79	2	156	28	31	25	13	1.94
1452865--1453066	62	3.1	62	71	11	181	29	31	23	15	1.96
1452824--1453045	93	2.3	94	84	7	270	29	31	23	15	1.96
1452845--1453045	99	2.1	93	85	7	260	29	31	23	15	1.95
1453007--1453066	32	1.9	32	89	3	95	31	30	21	16	1.96
1455750--1455781	15	2.1	15	100	0	64	81	6	0	12	0.87
1456703--1456777	20	3.8	20	78	3	71	40	10	13	36	1.79
1456700--1456777	40	2.0	39	84	2	102	39	11	12	35	1.80
1457313--1458002	32	21.6	32	96	0	1175	14	18	35	31	1.91
1457985--1458830	27	31.0	27	90	2	1309	27	14	34	23	1.93
1457985--1458830	82	10.3	81	91	2	1309	27	14	34	23	1.93
1457987--1458830	109	7.7	108	91	2	1314	27	14	34	23	1.94
1466351--1466383	15	2.2	15	100	0	66	81	6	0	12	0.85
1467305--1467379	20	3.8	20	78	3	71	40	10	13	36	1.79
1467302--1467379	40	2.0	39	84	2	102	39	11	12	35	1.80
1473285--1473358	20	3.7	20	98	0	139	35	13	10	40	1.80
1473376--1473430	20	2.8	20	85	0	74	40	16	12	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1473304--1473441	72	1.9	71	86	7	199	39	14	15	30	1.88
1474821--1474871	20	2.6	20	90	3	77	43	17	13	25	1.86
1480577--1480644	33	2.1	33	100	0	136	36	5	36	20	1.77
1481260--1481426	81	2.1	81	90	0	262	38	22	21	17	1.93
1486877--1486950	28	2.6	28	78	14	82	29	17	27	25	1.97
1486923--1487155	79	3.0	77	79	5	261	34	11	25	28	1.91
1486770--1487108	186	1.8	186	81	3	423	33	12	25	28	1.92
1489155--1489184	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
1489923--1491516	61	25.8	61	83	7	1657	29	19	26	24	1.98
1489923--1491516	122	12.9	123	85	5	1956	29	19	26	24	1.98
1489923--1491516	245	6.4	247	85	6	1986	29	19	26	24	1.98
1491173--1491207	17	2.1	17	94	0	61	17	34	25	22	1.96
1491111--1491268	78	2.0	78	87	0	226	29	23	24	22	1.99
1491050--1491329	139	2.0	139	94	0	488	29	22	25	22	1.99
1491189--1491516	178	1.8	183	88	7	447	27	20	27	25	1.99
1492618--1492651	13	2.7	12	86	13	50	0	2	8	88	0.62
1497199--1497247	20	2.5	19	87	9	64	42	12	10	34	1.76
1497211--1497248	19	2.0	20	94	5	69	39	10	7	42	1.69
1499977--1500015	20	2.0	19	95	5	69	35	10	20	33	1.86
1500704--1500733	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
1505064--1505118	20	2.8	20	85	0	74	36	18	9	36	1.82
1509578--1509615	20	1.9	20	88	0	58	23	21	13	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1512509--1512547	18	2.0	20	85	9	55	25	0	23	51	1.49
1515824--1515848	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1515836--1515886	20	2.5	21	87	3	68	39	13	17	29	1.88
1515930--1515954	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1515910--1515974	32	2.0	32	90	0	103	35	18	12	33	1.88
1521524--1521561	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1521692--1521732	22	2.0	20	86	13	57	31	19	4	43	1.72
1521993--1522044	20	2.4	21	87	9	70	19	50	26	3	1.65
1523994--1524018	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1524006--1524058	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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