genome.fa.s166.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold166
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2719372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1647--1673	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
5802--5950	52	2.9	51	87	4	217	30	16	18	34	1.93
5939--5963	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
6004--6070	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
6026--6050	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
6916--7019	53	2.0	53	88	3	156	25	11	20	42	1.86
7330--7367	18	2.1	18	100	0	76	50	10	10	28	1.70
10215--10239	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
15509--16059	168	3.3	163	86	6	682	26	12	10	50	1.72
15509--16068	163	3.4	165	85	4	718	26	12	10	50	1.72
15509--16126	168	3.7	162	83	7	628	26	12	11	50	1.73
16692--16731	11	3.7	11	83	6	55	80	0	20	0	0.72
19828--19854	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
19837--19894	19	3.0	19	85	9	82	32	15	15	36	1.89
19926--19990	33	2.0	33	87	6	96	35	13	15	35	1.87
27894--27967	22	3.4	22	75	19	66	43	4	29	22	1.72
28492--28560	20	3.5	19	86	7	77	28	14	17	39	1.89
28609--28638	13	2.3	13	94	0	51	36	20	13	30	1.90
28594--28656	33	1.9	33	87	6	92	33	14	19	33	1.91
29511--29613	32	3.2	32	74	12	93	21	23	14	40	1.90
32921--32972	20	2.6	20	87	0	68	30	15	17	36	1.91
34928--34982	20	2.7	21	88	5	85	25	14	14	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39003--39047	19	2.3	20	88	3	65	35	17	15	31	1.92
47663--47687	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
47643--47707	33	2.0	33	88	11	98	32	18	13	35	1.90
48889--49036	75	1.9	74	86	5	206	30	8	26	34	1.87
54008--54046	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
54162--54213	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
56043--56070	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
56025--56090	33	2.0	33	88	5	98	40	13	15	30	1.85
58150--58204	20	2.8	20	88	0	83	32	12	14	40	1.84
58139--58325	71	2.6	71	93	0	329	28	16	13	41	1.86
58221--58274	20	2.7	20	82	0	63	33	11	14	40	1.82
58244--58377	51	2.6	51	84	2	171	29	16	14	40	1.87
59686--59752	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
60231--60256	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
60368--60398	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
60476--60546	20	3.5	20	75	11	65	28	12	18	40	1.87
60586--60626	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
73292--73389	1	98.0	1	71	0	52	83	12	3	1	0.81
73294--73389	8	11.8	8	75	16	90	83	12	3	1	0.82
73294--73389	32	3.2	30	78	8	106	83	12	3	1	0.82
74636--75286	28	22.8	29	83	5	721	30	29	17	22	1.97
74636--75292	197	3.3	197	87	3	886	29	29	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82845--82885	21	2.0	21	90	0	64	65	9	7	17	1.44
83864--83914	20	2.6	20	87	3	68	41	15	15	27	1.88
84010--84053	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
87094--87136	19	2.3	19	96	4	79	20	27	4	46	1.71
88019--88044	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
90263--90307	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
92111--92141	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
96789--96814	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
98686--98776	32	2.8	30	82	12	92	30	24	14	30	1.94
98686--98783	36	3.0	32	81	12	110	28	25	14	31	1.95
99271--99363	39	2.4	39	83	5	118	37	16	17	29	1.91
99490--99533	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
102738--102775	13	2.9	14	84	11	53	2	23	0	73	0.95
103557--103600	19	2.3	21	74	22	51	54	9	15	20	1.68
103428--103858	165	2.6	163	84	6	521	53	6	11	29	1.61
103838--103862	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
112247--112425	96	1.9	91	81	5	214	38	12	20	28	1.89
112341--112493	70	2.2	69	85	2	198	43	10	15	30	1.80
114825--114993	51	3.3	51	85	0	212	40	14	15	29	1.87
115854--116155	52	5.8	52	80	4	317	34	15	24	25	1.95
115854--116133	103	2.7	103	77	7	318	34	15	24	26	1.94
116214--116551	31	10.7	32	76	8	205	23	17	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116222--116533	64	4.9	64	80	5	312	21	17	27	32	1.96
116224--116533	95	3.3	95	81	5	358	21	17	27	32	1.96
116519--117255	29	25.3	29	75	10	526	32	12	28	26	1.93
117901--117959	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
118240--118265	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
118219--118283	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
118219--118283	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
118334--118390	20	2.8	20	86	7	80	26	15	15	42	1.87
118910--118990	39	2.0	40	85	2	110	32	24	7	35	1.83
119025--119092	29	2.3	29	94	0	118	42	20	2	33	1.67
120387--120429	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
120860--120897	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
124809--124853	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
127074--127099	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
127053--127117	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
127053--127117	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
127168--127223	20	2.8	20	81	13	71	26	14	16	42	1.86
133668--133823	70	2.2	70	91	0	258	37	11	21	29	1.89
136184--136322	51	2.7	52	83	5	174	41	12	15	30	1.84
136378--136430	20	2.6	20	96	3	97	30	18	11	39	1.86
139798--139873	20	3.7	20	81	6	89	39	11	15	32	1.84
139973--140024	21	2.5	21	93	0	86	38	11	15	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142686--143082	87	4.5	86	77	5	352	32	22	11	33	1.90
145790--145816	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
145802--145855	20	2.8	19	82	2	63	35	14	11	38	1.82
145885--145938	20	2.7	20	88	5	74	33	16	16	33	1.92
147530--147566	18	2.1	18	94	0	65	48	0	27	24	1.51
148635--148659	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
148759--148784	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
148741--148804	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
154695--154721	8	3.4	8	100	0	54	14	0	22	62	1.31
155267--155311	20	2.1	22	84	8	58	24	48	22	4	1.68
157303--157327	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
157409--157457	20	2.5	20	86	3	64	38	18	14	28	1.90
160471--160721	126	2.0	126	97	0	475	42	15	19	21	1.89
161472--161611	70	2.0	70	100	0	280	30	17	8	44	1.78
162646--162671	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
162626--162689	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
165083--165124	22	2.0	21	86	13	61	40	0	21	38	1.53
165256--165293	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
165696--165762	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
166220--166245	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
166284--166359	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
166304--166377	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166284--166377	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
169707--169871	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
171385--171451	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
171908--171933	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
171889--171951	32	2.0	32	87	6	92	28	15	15	39	1.89
171972--172047	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
171992--172065	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
171972--172065	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
178848--178887	13	3.1	13	85	0	53	35	17	12	35	1.88
187065--187129	33	2.0	33	87	6	96	36	13	13	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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