genome.fa.s166.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold166
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2719372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
659865--660257	198	2.0	199	83	3	506	19	25	15	39	1.91
659804--660412	40	15.1	40	69	6	237	18	24	16	40	1.90
660071--660412	81	4.2	81	87	1	445	18	24	15	40	1.90
660442--660525	43	2.0	43	82	0	105	20	21	13	45	1.84
660558--660890	43	7.8	43	69	12	150	19	20	12	48	1.81
660550--660928	85	4.5	84	79	4	386	19	21	11	47	1.81
660550--660957	170	2.4	170	81	4	477	20	21	11	46	1.82
661492--661530	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
661519--661582	33	2.0	32	87	3	92	31	14	15	39	1.87
661651--661675	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
661633--661702	33	2.1	33	86	5	97	30	12	21	35	1.91
662892--662930	9	4.3	9	90	0	51	43	0	33	23	1.54
662894--662925	3	10.7	3	93	0	55	37	0	34	28	1.57
665879--665910	13	2.5	13	94	0	55	34	12	15	37	1.85
665955--666010	19	2.9	19	83	2	76	37	14	16	32	1.88
665995--666021	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
668643--668681	20	1.9	21	94	5	71	33	17	12	35	1.88
681890--682284	156	2.4	164	81	9	449	31	11	7	49	1.67
682044--682461	166	2.5	163	83	5	486	30	10	7	51	1.64
683867--683932	20	3.3	20	78	0	87	28	22	10	37	1.88
687703--687819	58	2.0	58	94	0	207	43	19	10	26	1.83
691306--691342	3	12.3	3	100	0	74	32	32	0	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
693808--693872	19	3.7	19	73	23	79	33	12	15	38	1.85
693810--693879	32	2.2	32	97	0	131	34	12	15	37	1.86
693925--693949	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
693938--694086	52	2.9	53	90	2	214	33	18	16	30	1.94
707903--708005	30	3.4	28	78	11	98	85	11	2	0	0.70
707901--708014	11	10.6	11	75	9	67	84	12	2	0	0.78
707903--708002	33	3.1	32	85	9	132	86	11	3	0	0.69
707903--708015	41	2.7	40	90	5	163	84	11	3	0	0.80
707903--708002	1	100.0	1	71	0	74	86	11	3	0	0.69
709435--709631	30	6.9	30	75	13	193	33	32	13	20	1.92
709435--709673	57	4.2	58	87	4	319	32	31	13	22	1.93
709435--709674	115	2.1	115	86	3	333	32	32	13	22	1.93
709650--709735	32	2.7	32	80	8	102	17	30	15	37	1.90
709783--709847	34	1.9	34	84	6	87	20	29	13	36	1.91
709907--710255	49	7.0	49	86	2	482	24	25	16	32	1.96
711120--711182	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
711106--711190	32	2.7	32	96	0	152	31	14	17	36	1.90
711139--711163	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
711235--711275	13	3.2	13	92	0	64	26	19	19	34	1.96
711281--711409	52	2.5	52	93	0	213	34	18	17	29	1.94
725225--725319	4	25.2	4	84	10	78	84	12	3	0	0.74
725230--725323	26	3.5	28	80	10	81	85	11	3	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725225--725324	10	10.0	10	78	12	107	85	12	3	0	0.72
725225--725337	39	2.8	39	90	5	163	83	12	3	0	0.83
725227--725324	1	98.0	1	71	0	70	85	11	3	0	0.70
726757--726953	30	6.9	30	75	13	193	33	32	13	20	1.92
726757--726995	57	4.2	58	87	4	319	32	31	13	22	1.93
726757--726996	115	2.1	115	86	3	333	32	32	13	22	1.93
726972--727057	32	2.7	32	80	8	102	17	30	15	37	1.90
727105--727169	34	1.9	34	84	6	87	20	27	13	38	1.90
727229--727577	49	7.0	49	86	2	482	24	25	16	32	1.96
728442--728504	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
728428--728512	32	2.7	32	96	0	152	31	14	17	36	1.90
728461--728485	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
728557--728597	13	3.2	13	92	0	64	26	19	19	34	1.96
728603--728731	52	2.5	52	93	0	213	34	18	17	29	1.94
731865--731920	19	2.9	19	78	2	58	39	10	16	33	1.83
739618--739656	21	1.9	20	89	5	60	35	17	12	33	1.88
753815--753871	17	3.4	16	85	11	62	82	10	7	0	0.84
753818--753871	24	2.2	25	87	9	76	83	9	7	0	0.82
753827--753872	16	2.8	17	87	9	60	82	10	6	0	0.83
754895--754979	37	2.3	37	93	0	143	27	15	14	43	1.85
755405--755946	52	10.9	49	80	6	495	24	24	16	34	1.95
755442--755834	101	3.9	98	86	3	480	23	25	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755405--755835	153	2.9	150	88	4	613	23	24	17	34	1.96
757443--757488	21	2.2	20	82	14	58	26	17	15	41	1.88
760967--761022	19	2.9	19	86	2	76	37	14	16	32	1.88
761575--761604	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
761647--761699	19	2.7	19	76	2	61	43	15	11	30	1.81
763253--763549	159	1.9	159	83	5	395	26	16	18	38	1.92
765568--765619	19	2.7	19	85	8	70	36	15	13	34	1.87
765717--765833	49	2.4	49	88	2	173	35	9	17	36	1.83
772093--772142	20	2.5	20	80	6	57	4	30	2	64	1.23
772618--772668	15	3.6	14	75	12	50	49	0	0	50	1.00
783025--783085	28	2.1	31	84	9	83	36	4	3	55	1.38
783471--783504	18	1.9	17	94	5	59	50	5	2	41	1.42
784461--784590	19	7.8	18	67	29	92	35	12	15	36	1.85
784463--784595	32	4.1	32	93	0	212	36	12	15	36	1.85
784515--784571	13	3.9	13	72	24	51	36	14	14	35	1.86
784628--784780	52	2.9	52	86	1	182	36	19	16	27	1.93
784654--784782	52	2.5	52	89	0	195	37	17	17	27	1.92
792949--792985	19	1.9	19	88	0	56	40	16	8	35	1.78
795322--795381	19	3.0	20	76	9	61	43	13	13	30	1.82
805097--805134	20	1.9	20	94	0	67	36	10	10	42	1.74
805101--805164	33	1.9	33	84	6	85	32	14	10	42	1.80
808857--808913	20	2.8	20	86	2	78	33	8	14	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814583--814637	19	2.8	19	83	2	65	41	12	9	36	1.75
816447--816576	62	2.1	64	89	2	201	47	3	27	20	1.67
820448--820578	62	2.1	64	89	2	203	48	3	26	21	1.67
825916--826234	165	1.9	165	95	0	575	33	20	10	34	1.88
826938--827110	61	2.8	61	81	6	204	20	27	12	39	1.88
827024--827084	28	2.2	28	85	2	79	18	27	13	40	1.87
827052--827155	35	3.0	35	80	9	124	16	25	12	45	1.83
827121--827182	32	2.0	30	87	6	88	20	22	16	40	1.91
827157--827214	29	2.0	30	82	3	73	22	31	15	31	1.95
827285--827431	78	1.9	78	82	10	185	21	23	13	40	1.89
827440--827498	31	1.9	31	82	0	73	25	23	20	30	1.98
827554--827931	31	11.9	31	74	10	165	26	26	25	21	1.99
827573--827925	62	5.5	62	75	11	194	26	26	24	21	1.99
827547--827951	93	4.3	92	74	9	294	26	27	24	20	1.99
827731--827951	31	7.1	31	85	0	271	27	29	24	18	1.98
828517--828572	20	2.8	20	86	0	67	41	10	14	33	1.80
838764--838793	15	1.9	16	93	6	53	30	3	13	53	1.56
841542--841588	20	2.3	20	100	0	94	21	21	21	36	1.96
852913--852987	12	6.8	11	71	21	59	41	0	46	12	1.41
852912--853027	42	2.7	42	89	1	178	43	0	44	11	1.39
860013--860112	43	2.4	42	85	6	139	11	45	2	42	1.51
862042--862067	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866908--867017	42	2.6	42	94	0	184	10	46	1	40	1.50
868638--870322	656	2.6	657	91	3	2681	22	21	18	37	1.94
871530--871564	18	1.9	18	88	11	54	11	45	0	42	1.40
871533--871641	41	2.6	42	86	1	157	12	43	0	43	1.49
871589--871620	9	3.6	9	91	0	55	12	43	0	43	1.42
878460--878557	24	4.3	24	72	16	91	12	40	0	46	1.41
878441--878563	42	2.9	42	83	6	149	10	41	0	47	1.44
881972--882006	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
881972--882026	24	2.5	22	85	8	67	45	0	43	10	1.39
881975--882022	12	3.9	12	81	13	53	43	0	43	12	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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