genome.fa.s166.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold166
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2719372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2309083--2309245	33	4.9	34	77	7	149	22	27	15	34	1.95
2308727--2309597	427	2.1	420	82	5	1040	23	28	12	34	1.92
2309274--2309390	27	4.1	27	77	11	103	23	29	11	35	1.90
2309274--2309453	89	2.0	87	84	8	231	23	30	11	34	1.90
2309392--2309452	27	2.3	27	88	0	95	26	34	9	29	1.88
2309353--2309494	62	2.3	61	83	3	162	25	28	11	34	1.90
2309604--2309777	27	6.0	27	73	13	125	21	29	13	35	1.91
2309686--2309750	34	1.9	34	87	0	94	20	27	10	41	1.85
2309657--2309823	61	2.8	61	82	4	198	21	31	11	35	1.90
2309604--2309777	87	2.0	86	87	3	251	21	29	13	35	1.91
2309777--2309843	27	2.5	26	78	7	71	28	29	11	29	1.92
2309277--2310446	325	3.5	324	80	7	1015	23	30	12	33	1.92
2309932--2310135	34	6.5	33	73	16	166	21	30	13	34	1.92
2309932--2310142	32	6.8	31	73	18	154	20	30	12	35	1.90
2309996--2310110	27	4.0	28	74	14	99	21	29	13	35	1.91
2309958--2310165	61	3.4	60	81	9	253	21	30	12	35	1.91
2310050--2310178	27	4.5	28	72	12	84	23	33	11	31	1.90
2310116--2310178	28	2.3	28	80	2	74	26	33	14	25	1.94
2310217--2310291	34	2.2	35	87	2	107	24	32	13	30	1.93
2310299--2310446	61	2.5	60	82	2	181	25	31	11	31	1.91
2310328--2310534	88	2.4	88	84	1	245	25	28	11	34	1.91
2309993--2310758	424	1.8	419	83	4	1011	23	30	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2310389--2310534	27	5.1	27	74	11	121	23	28	13	34	1.92
2310416--2310588	61	2.9	59	81	6	197	22	29	12	35	1.90
2310443--2310507	34	1.9	34	90	0	103	20	26	10	43	1.84
2310720--2310811	32	2.8	32	83	1	112	19	29	14	36	1.91
2310779--2310886	27	4.0	27	85	0	144	25	32	12	29	1.92
2310519--2311219	383	1.8	376	82	5	879	22	29	12	35	1.91
2311162--2311218	25	2.2	26	78	3	62	22	28	12	36	1.90
2311223--2311347	27	4.5	26	72	19	90	24	28	12	35	1.92
2311103--2311534	32	14.2	32	68	18	149	22	28	12	36	1.90
2311481--2311557	32	2.4	32	91	2	118	20	22	15	41	1.90
2311251--2311768	244	2.1	243	81	3	612	22	27	13	35	1.92
2311677--2311754	32	2.4	32	89	0	111	23	28	10	38	1.87
2311692--2311767	32	2.4	32	88	0	116	19	28	13	38	1.90
2311738--2311894	27	5.6	27	73	7	107	26	31	11	31	1.91
2311704--2311876	86	2.0	85	86	3	240	24	30	11	34	1.91
2312012--2312749	27	23.8	32	69	15	320	21	30	12	35	1.90
2312040--2312163	61	2.0	61	87	4	180	21	28	12	37	1.89
2312099--2312336	34	7.5	33	68	22	136	20	29	11	39	1.87
2312025--2312749	94	7.8	93	71	12	414	21	30	12	35	1.90
2312176--2312317	61	2.3	61	87	0	212	18	29	13	38	1.89
2312040--2312749	154	4.6	155	70	13	415	21	30	12	35	1.90
2312390--2312472	34	2.4	35	82	8	107	25	26	15	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312496--2312724	93	2.5	93	81	7	252	20	32	11	35	1.89
2312599--2312748	59	2.5	61	88	5	225	22	32	12	32	1.91
2312765--2312910	35	4.3	34	78	6	125	21	32	15	30	1.95
2312765--2312914	68	2.2	69	83	4	189	21	32	15	31	1.94
2312395--2313287	438	2.1	421	78	6	875	22	30	13	33	1.93
2312978--2313109	54	2.4	54	88	2	185	25	29	14	30	1.95
2312978--2313102	27	4.6	27	84	4	162	25	29	13	31	1.94
2312978--2313116	27	5.1	27	73	5	84	25	28	13	33	1.94
2313207--2313305	35	2.9	34	75	1	99	22	26	14	37	1.92
2313364--2313752	27	13.5	27	68	12	141	23	30	11	34	1.90
2313356--2313572	88	2.5	89	80	8	248	22	31	10	35	1.88
2313318--2313587	27	8.9	32	68	14	135	22	31	10	35	1.88
2313655--2313717	32	1.9	33	83	3	83	20	22	12	44	1.85
2313543--2313752	113	1.9	112	85	1	294	24	29	11	34	1.91
2313745--2313906	33	5.3	30	74	12	107	22	32	12	32	1.92
2313740--2313868	33	3.9	33	83	6	156	20	31	13	33	1.92
2314032--2314092	27	2.3	27	85	0	86	29	34	8	27	1.86
2314138--2314200	30	2.2	30	83	8	78	19	28	20	31	1.97
2314307--2314437	27	4.6	27	74	17	122	26	30	8	34	1.86
2314292--2314424	60	2.2	58	84	9	176	22	30	9	37	1.85
2314367--2314575	27	7.4	27	74	7	105	25	29	11	33	1.92
2313564--2315117	814	1.9	798	90	3	2489	22	29	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2314533--2314691	33	4.8	33	83	5	153	22	30	15	31	1.95
2314703--2314918	27	7.1	32	70	21	121	22	31	12	33	1.91
2314727--2314906	62	3.1	54	75	18	146	22	31	12	34	1.91
2314787--2314908	62	2.0	62	86	3	174	22	31	10	35	1.89
2314728--2314907	89	2.1	86	83	5	218	22	30	12	35	1.91
2314964--2315054	33	2.9	31	77	9	85	23	27	13	36	1.92
2314785--2315253	59	7.8	59	73	9	276	23	28	11	36	1.90
2315079--2315252	61	2.9	60	86	2	233	22	29	10	36	1.89
2315148--2315247	27	3.5	27	79	12	110	24	27	12	37	1.90
2315295--2315388	34	2.8	32	79	9	98	26	24	11	37	1.90
2315485--2315540	26	2.1	26	86	3	76	21	25	14	39	1.91
2315454--2315894	61	7.4	61	73	15	232	22	30	12	34	1.91
2315411--2316143	27	24.3	31	67	14	157	21	30	12	35	1.91
2315514--2315835	177	1.8	177	80	6	391	22	31	12	33	1.91
2315900--2315999	30	3.2	30	75	8	110	23	26	16	35	1.95
2315478--2315944	239	2.0	237	84	3	607	22	29	12	35	1.91
2315900--2316012	30	3.7	30	75	11	102	23	26	16	33	1.96
2315992--2316609	32	20.0	32	70	16	187	23	30	11	34	1.90
2316019--2316225	61	3.4	60	83	4	265	23	30	11	34	1.90
2316172--2316272	27	3.7	27	76	4	96	26	33	10	28	1.90
2316255--2316400	30	4.5	32	79	10	138	26	31	10	31	1.90
2316255--2316386	34	4.0	34	79	7	112	25	31	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2316255--2316381	65	1.9	64	82	7	155	25	31	11	30	1.92
2316508--2316662	34	4.9	34	73	13	150	21	29	11	38	1.88
2316670--2316803	35	3.9	35	75	7	130	24	29	13	32	1.93
2316834--2316944	32	3.6	31	77	12	97	19	31	15	33	1.93
2315992--2316966	443	2.3	427	81	6	1081	23	30	12	33	1.91
2316890--2317048	27	5.7	27	76	10	126	23	28	13	34	1.92
2317092--2317162	35	2.0	35	91	0	115	28	28	11	32	1.91
2317092--2317182	35	2.6	35	81	5	105	28	26	14	30	1.95
2317190--2317536	27	11.9	31	71	16	153	24	29	11	34	1.90
2317219--2317552	88	3.9	85	74	12	240	25	29	10	34	1.90
2317209--2317569	115	3.1	116	78	9	324	24	29	10	35	1.88
2317452--2317564	54	2.1	55	84	1	147	27	28	8	35	1.87
2317452--2317564	27	4.1	27	81	2	127	27	28	8	35	1.87
2317768--2317866	27	3.3	30	78	13	96	19	33	13	34	1.90
2317812--2317896	27	3.1	27	86	0	107	22	29	10	37	1.88
2317945--2318010	30	2.2	30	91	0	105	22	25	18	33	1.97
2318019--2318115	27	3.6	27	82	0	86	27	28	10	32	1.90
2318019--2318156	54	2.6	54	80	2	143	24	29	12	33	1.92
2318036--2318156	27	4.5	27	84	2	127	23	31	13	31	1.93
2318212--2318370	33	4.8	33	84	5	171	23	30	14	31	1.94
2318382--2318464	32	2.6	32	82	3	96	21	32	14	31	1.93
2318528--2318642	27	4.1	27	74	10	95	24	31	11	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318467--2318639	62	2.9	61	80	6	183	23	31	11	34	1.90
2318673--2318823	33	4.7	33	72	12	98	23	27	13	36	1.92
2318799--2319011	27	7.4	28	68	15	123	23	30	12	33	1.91
2318854--2318918	34	1.9	34	87	0	94	23	27	7	41	1.81
2318315--2319173	360	2.4	359	80	5	939	23	30	13	33	1.92
2318824--2319003	61	3.0	59	80	8	184	22	31	11	35	1.90
2319097--2319369	32	8.8	32	74	14	193	21	28	13	37	1.91
2319097--2319354	27	8.4	33	74	15	134	21	27	13	37	1.91
2318737--2319462	392	1.8	393	84	3	996	22	29	13	34	1.92
2319280--2319392	27	4.0	27	78	15	102	20	31	14	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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