genome.fa.s166.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold166
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2719372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2225882--2226009	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
2226018--2226042	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2226083--2226149	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2226105--2226129	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2226454--2226665	28	7.4	28	88	4	298	23	17	30	28	1.97
2231026--2231103	32	2.3	36	84	8	101	32	15	23	29	1.95
2234264--2234288	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2234351--2234375	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2235455--2235486	16	2.0	16	100	0	64	25	18	18	37	1.94
2235553--2235598	20	2.2	21	84	7	58	58	0	0	41	0.98
2236369--2236399	14	2.2	14	94	0	53	35	0	9	54	1.33
2238156--2238181	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2239150--2239222	20	3.5	20	76	7	74	52	8	4	35	1.51
2239212--2239439	105	2.2	105	82	4	282	41	6	12	39	1.69
2239610--2239664	22	2.5	22	85	5	67	49	3	5	41	1.43
2239765--2239810	22	2.1	22	88	8	67	52	13	2	32	1.52
2240194--2240232	20	2.0	20	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2240213--2240353	54	2.6	50	80	13	140	39	2	3	54	1.32
2240362--2240399	2	19.5	2	89	5	60	47	0	2	50	1.15
2243061--2243191	70	1.9	70	86	0	190	26	26	19	26	1.99
2244985--2245033	20	2.4	21	80	13	57	36	12	2	48	1.52
2245982--2246054	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246000--2246075	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2245982--2246075	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2246114--2246139	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2250198--2250228	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2252242--2252320	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2252307--2252345	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2254272--2254301	8	3.6	8	91	8	51	13	0	0	86	0.57
2254268--2254299	14	2.2	15	94	5	57	15	0	0	84	0.63
2254838--2254910	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2254856--2254931	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2254838--2254931	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2254970--2254995	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2257137--2257162	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2257062--2257235	86	2.0	86	100	0	348	36	16	18	28	1.93
2259450--2259494	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2261298--2261328	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2264652--2264705	19	2.8	20	82	2	65	33	16	18	31	1.93
2268785--2268838	20	2.7	20	94	0	90	37	16	12	33	1.87
2268867--2268926	20	3.0	20	80	7	77	36	18	11	33	1.87
2269546--2269645	48	2.2	47	85	7	134	31	20	5	44	1.73
2269576--2269651	25	3.2	25	71	16	79	26	21	5	47	1.71
2269576--2269650	23	3.2	23	71	3	69	26	21	5	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2273136--2273176	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2273216--2273286	20	3.6	19	73	7	61	39	16	14	29	1.88
2273363--2273393	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
2273381--2273436	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
2273512--2273537	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
2274016--2274082	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2279746--2279782	15	2.5	15	95	0	65	29	29	0	40	1.57
2281386--2281415	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
2282893--2282947	20	2.7	21	85	2	76	43	10	16	29	1.82
2282970--2283067	20	4.8	20	76	14	83	34	14	12	38	1.83
2284044--2284075	14	2.3	15	89	10	50	31	6	15	46	1.71
2291615--2291841	79	2.9	79	84	6	273	25	23	14	35	1.94
2292550--2292584	15	2.3	15	90	0	52	68	5	0	25	1.11
2295028--2295112	20	3.7	20	68	28	62	43	9	16	30	1.79
2295028--2295142	51	2.3	50	90	4	178	46	10	15	27	1.79
2295826--2296515	79	8.8	78	82	5	664	27	26	12	33	1.93
2295826--2296473	157	4.1	158	81	5	633	27	26	12	33	1.92
2296448--2296615	51	3.3	52	82	5	218	30	25	10	33	1.89
2298680--2299156	79	6.1	78	79	3	415	34	14	23	28	1.93
2298670--2299156	237	2.1	237	81	2	575	34	13	22	28	1.93
2301504--2301559	20	2.8	19	89	5	76	48	8	16	26	1.75
2304768--2304825	27	2.1	27	90	0	89	24	29	8	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304829--2304952	60	2.1	60	83	3	151	22	27	11	38	1.88
2304862--2305013	27	5.1	27	78	10	97	22	30	12	34	1.91
2304760--2305038	94	3.0	95	89	1	436	22	30	10	36	1.88
2305199--2305479	32	8.8	32	74	14	233	20	31	13	34	1.91
2305159--2305481	159	2.0	157	85	5	438	20	31	13	34	1.91
2305387--2305579	27	6.7	26	74	20	131	24	31	13	31	1.93
2304756--2305998	61	20.1	60	69	16	457	22	30	12	34	1.91
2305226--2305481	95	2.7	93	75	16	267	19	32	13	33	1.91
2304796--2305973	34	37.9	30	70	17	330	22	30	12	34	1.92
2304925--2306125	433	2.8	425	80	8	1226	22	30	13	33	1.93
2305755--2305810	27	2.1	27	89	0	85	21	32	12	33	1.91
2305696--2305998	59	4.9	63	74	13	216	21	30	12	35	1.91
2305696--2305972	129	2.2	124	83	4	340	20	30	12	35	1.91
2305884--2305994	27	3.9	28	74	12	91	23	27	14	35	1.93
2306031--2306158	68	1.9	69	90	1	204	23	31	15	29	1.95
2305999--2306158	35	4.7	35	79	4	157	25	30	15	28	1.95
2306228--2306392	27	6.0	26	74	12	107	24	28	12	34	1.91
2306430--2306517	35	2.6	34	88	1	140	23	28	14	32	1.94
2306430--2306615	63	2.9	62	80	11	153	22	31	13	33	1.92
2306514--2306829	61	5.3	63	72	17	186	24	30	11	34	1.90
2306525--2306899	27	13.0	27	72	14	236	23	29	12	35	1.91
2306584--2306757	88	2.0	88	82	4	217	22	29	11	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306532--2306950	115	3.6	115	82	4	454	22	30	12	34	1.91
2306701--2306872	88	2.0	88	83	2	220	25	29	11	34	1.91
2306838--2306910	27	2.8	28	84	12	93	19	28	10	41	1.85
2307147--2307475	27	11.5	27	69	16	137	23	28	11	36	1.90
2307175--2307427	61	4.3	61	73	9	177	23	28	11	37	1.89
2307117--2307300	88	2.1	86	83	4	226	22	27	13	36	1.91
2307148--2307321	88	2.0	88	82	4	217	22	27	11	38	1.89
2307318--2307382	34	1.9	33	90	3	103	20	26	12	41	1.87
2307110--2307409	115	2.6	114	79	8	320	22	28	11	38	1.89
2307410--2307475	26	2.5	26	82	2	78	24	33	12	30	1.91
2307568--2307649	32	2.6	32	80	9	105	20	26	15	36	1.93
2307625--2307772	27	5.2	28	75	16	126	20	31	11	36	1.89
2307681--2307745	34	1.9	34	87	6	96	18	29	9	43	1.81
2307652--2307830	61	3.0	60	85	3	209	20	27	12	39	1.88
2307877--2307953	33	2.3	33	84	4	93	16	27	14	41	1.87
2307957--2308316	27	11.7	32	72	14	226	21	28	12	37	1.90
2307957--2308287	32	10.6	33	73	13	224	22	28	11	37	1.89
2307972--2308235	61	4.2	64	80	6	240	20	29	10	39	1.86
2307942--2308235	61	4.7	61	77	10	215	21	28	11	38	1.88
2308234--2308312	32	2.6	31	80	9	94	21	22	17	37	1.94
2308117--2308316	88	2.3	88	82	1	242	21	27	13	37	1.91
2308151--2308328	86	2.0	88	82	2	216	20	29	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308320--2308503	33	5.4	33	78	7	122	22	28	15	33	1.95
2308357--2308433	33	2.3	33	93	0	127	22	29	16	31	1.96
2308520--2308672	32	4.8	32	78	11	154	22	30	11	36	1.89
2308581--2308684	27	3.7	26	72	17	75	25	27	10	36	1.89
2308546--2308684	59	2.3	60	84	9	194	23	29	10	36	1.88
2308641--2308704	27	2.4	27	84	5	67	28	29	9	32	1.88
2308698--2308820	35	3.7	34	79	7	119	23	32	15	28	1.95
2308734--2308821	34	2.5	35	83	1	106	22	31	14	30	1.94
2308828--2308903	32	2.4	31	86	2	107	23	28	10	36	1.88
2308855--2309024	27	6.2	26	81	9	151	22	30	11	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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