genome.fa.s166.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold166
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2719372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2405648--2405915	79	3.4	79	77	7	233	36	10	23	29	1.88
2408244--2408380	51	2.7	51	85	1	177	40	11	16	30	1.84
2408416--2408490	21	3.6	21	80	7	82	32	18	12	37	1.88
2413657--2413699	11	4.0	11	81	6	52	86	2	11	0	0.67
2413659--2413696	16	2.2	16	90	9	58	86	2	10	0	0.66
2413657--2413699	21	2.0	21	86	8	61	86	2	11	0	0.67
2414594--2414895	55	5.4	54	84	6	388	27	27	21	23	1.99
2414586--2414894	110	2.7	111	87	4	433	27	27	21	24	1.99
2414916--2415260	46	8.2	42	69	17	195	20	27	13	38	1.90
2422839--2422877	18	2.1	19	86	13	55	87	12	0	0	0.55
2422845--2422877	10	3.4	10	87	4	50	90	9	0	0	0.44
2424218--2424296	31	2.5	31	93	0	131	25	34	18	21	1.96
2424300--2424435	34	4.0	34	85	8	170	20	33	11	34	1.89
2424300--2424455	34	4.5	34	79	13	167	21	35	10	32	1.88
2424476--2425226	49	15.8	49	82	9	889	25	25	18	31	1.97
2424617--2425164	92	5.9	92	91	4	793	24	25	18	30	1.98
2424476--2425221	184	3.9	185	85	7	859	24	25	18	31	1.98
2427114--2427143	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
2427159--2427232	20	3.7	19	83	7	94	29	16	12	41	1.84
2429554--2429697	51	2.8	51	79	0	153	30	23	11	34	1.91
2429684--2429756	28	2.6	28	86	4	103	23	31	19	26	1.98
2429790--2429844	28	2.0	28	89	7	85	20	27	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2429848--2429963	50	2.3	50	82	10	137	35	25	9	30	1.87
2429668--2429912	109	2.3	109	78	4	257	27	24	14	33	1.94
2429905--2430128	79	2.8	78	82	3	277	27	26	12	33	1.92
2432540--2432590	25	2.0	25	100	0	102	43	11	27	17	1.84
2442529--2442558	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
2442575--2442628	20	2.7	19	83	8	72	25	12	14	46	1.81
2445081--2445154	28	2.6	28	86	0	103	24	32	18	24	1.97
2445081--2445278	109	1.8	110	92	1	335	27	25	15	31	1.95
2445192--2445263	28	2.6	27	78	12	85	26	31	16	25	1.96
2445246--2445364	51	2.3	51	85	2	168	32	30	10	26	1.89
2445299--2445515	79	2.7	78	82	4	256	28	23	14	33	1.94
2450860--2451005	76	1.9	76	90	0	229	32	13	26	27	1.93
2451024--2451385	79	4.6	79	84	1	424	36	11	23	28	1.89
2451319--2451423	51	2.1	51	87	3	149	36	8	24	30	1.86
2451186--2451596	213	2.0	208	83	4	520	36	10	23	29	1.88
2451370--2451626	83	3.2	79	83	4	268	34	10	24	29	1.89
2453971--2454108	51	2.7	51	86	0	186	40	13	15	30	1.86
2454144--2454218	21	3.6	21	80	7	82	32	18	12	37	1.88
2456786--2456841	20	2.8	20	86	5	69	33	14	12	39	1.83
2457616--2457969	171	2.1	171	95	0	629	36	13	15	34	1.87
2460451--2460493	21	2.0	21	86	8	61	46	0	0	53	1.00
2464474--2464525	27	2.0	26	85	10	72	25	26	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2478139--2478190	22	2.4	22	86	0	68	36	17	21	25	1.94
2478299--2478323	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2481482--2481536	21	2.6	21	85	0	65	18	21	0	60	1.37
2481497--2481540	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
2484288--2484468	79	2.3	79	83	5	224	34	14	24	26	1.94
2486812--2486866	20	2.8	20	97	0	101	45	12	14	27	1.81
2487516--2488050	62	8.9	62	88	4	599	27	20	27	25	1.99
2487516--2488029	185	2.8	184	83	4	632	27	19	27	25	1.99
2487516--2488054	123	4.5	123	84	5	637	27	19	27	25	1.99
2490347--2490474	28	4.6	29	84	11	153	30	21	28	20	1.98
2490510--2490582	28	2.6	28	89	4	112	26	21	31	20	1.98
2490344--2490582	56	4.3	56	70	15	183	31	18	26	22	1.97
2493003--2493089	20	4.7	20	72	21	73	42	11	16	29	1.83
2493023--2493047	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
2493003--2493072	33	2.1	33	89	0	104	41	10	17	31	1.82
2506268--2506613	65	5.3	64	90	2	433	28	32	17	21	1.96
2506268--2506613	32	10.7	32	81	4	354	28	32	17	21	1.96
2506268--2506571	162	1.9	162	88	1	457	28	33	17	20	1.95
2506268--2506613	162	2.1	162	85	3	455	28	32	17	21	1.96
2506740--2507047	52	5.9	50	75	7	222	25	23	14	36	1.93
2506991--2507187	61	3.2	60	75	9	182	24	25	11	38	1.89
2511706--2511758	27	2.0	27	85	3	72	64	1	1	32	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2514449--2514512	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
2514467--2514492	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2514449--2514512	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
2515568--2515593	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2517808--2517852	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2519656--2519686	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2521700--2521777	20	3.7	20	74	15	75	26	15	15	42	1.87
2521766--2521790	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2524341--2524366	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2530606--2530643	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
2532444--2532469	12	2.2	12	100	0	52	34	0	23	42	1.54
2533213--2533238	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2533195--2533258	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2535982--2536019	18	2.2	17	90	4	58	28	0	18	52	1.45
2536459--2536493	17	2.1	17	100	0	70	28	22	22	25	1.99
2540485--2540620	68	2.0	68	100	0	272	17	16	16	50	1.79
2542233--2542277	2	22.5	2	95	0	81	0	51	0	48	1.00
2543936--2543978	19	2.3	19	88	4	61	44	9	23	23	1.82
2548743--2548788	19	2.5	19	85	3	67	41	15	21	21	1.90
2552123--2552159	18	2.0	19	89	5	58	56	2	0	40	1.13
2552473--2552532	17	3.2	19	74	9	52	56	1	3	38	1.26
2553304--2553341	17	2.2	17	95	0	67	34	15	0	50	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554252--2554352	48	2.1	48	98	1	195	40	3	7	47	1.51
2554330--2554387	14	3.9	15	72	20	50	36	0	3	60	1.14
2554323--2554388	31	2.2	28	82	17	80	39	0	3	57	1.14
2555643--2555689	12	3.9	12	88	0	67	12	0	36	51	1.40
2555695--2555729	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2556302--2556418	20	5.8	20	76	8	96	35	14	12	36	1.85
2556302--2556354	19	2.7	19	88	2	79	39	9	16	33	1.81
2556962--2557034	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2556980--2557055	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2556962--2557055	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2557094--2557119	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2561181--2561211	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2563225--2563303	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2563290--2563328	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2565769--2565841	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2565787--2565862	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2565769--2565862	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2565901--2565926	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2571181--2571229	21	2.3	21	100	0	98	30	18	10	40	1.84
2572490--2572606	52	2.2	52	96	0	216	32	14	14	38	1.87
2572594--2572620	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2572649--2572708	20	3.0	20	78	7	77	33	18	16	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2572649--2572704	19	2.8	20	86	2	78	33	17	17	30	1.94
2572689--2572715	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2573585--2573627	22	2.0	22	100	0	86	37	4	6	51	1.50
2575083--2575123	20	2.0	20	95	0	73	43	9	17	29	1.80
2575089--2575166	20	3.8	19	83	9	84	34	14	14	37	1.86
2577508--2578088	79	7.4	78	78	5	467	25	22	12	38	1.89
2577542--2578076	157	3.4	156	79	6	519	25	23	13	37	1.91
2577541--2578087	236	2.3	237	82	6	653	25	23	12	38	1.91
2580607--2580649	13	3.6	12	84	9	61	0	23	0	76	0.78
2581281--2581999	324	2.2	326	90	4	1101	50	7	11	30	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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