genome.fa.s166.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold166
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2719372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
594083--594876	32	24.8	32	77	6	579	23	16	30	29	1.96
594170--594264	35	2.8	34	83	4	129	36	17	18	26	1.94
594082--594675	160	3.7	159	83	4	669	23	17	29	29	1.97
594078--595026	129	7.4	129	78	6	735	24	16	29	29	1.97
594270--594874	254	2.4	257	82	4	724	22	17	30	29	1.96
594238--594982	383	1.9	383	83	5	950	23	16	30	29	1.96
594955--595248	28	10.4	28	77	9	186	23	18	28	28	1.98
594957--595208	56	4.5	56	81	4	256	24	18	28	28	1.98
594986--595248	84	3.1	83	82	4	305	23	18	28	28	1.98
596462--596531	24	2.9	24	82	2	77	5	7	8	78	1.09
596478--596524	16	2.9	16	75	6	51	4	4	8	82	0.91
596859--596914	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
596966--597030	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
596984--597009	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
596966--597030	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
604487--604539	21	2.7	20	77	8	63	35	15	9	39	1.79
605299--605886	49	12.8	48	73	14	327	30	17	25	26	1.97
605544--605837	39	7.0	39	72	15	203	28	18	24	28	1.98
605495--605744	127	2.0	127	87	3	360	29	18	24	27	1.98
605584--605885	88	3.4	88	91	0	487	28	18	25	27	1.98
605903--606030	30	4.3	30	79	12	131	17	17	32	32	1.94
605916--606030	59	2.0	56	84	5	149	18	17	32	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
606054--606214	27	5.4	27	73	18	142	30	13	34	22	1.92
606066--606711	34	20.0	33	73	14	519	34	12	31	21	1.91
606010--606717	61	11.1	60	74	14	364	33	12	31	22	1.92
606395--606452	27	2.2	27	84	3	73	32	12	31	24	1.91
606066--606709	96	6.7	95	83	8	664	34	12	30	21	1.91
606680--606730	27	1.9	26	84	4	66	29	15	35	19	1.93
606763--606845	32	2.6	31	81	10	89	44	15	20	19	1.86
606760--607112	30	11.3	32	81	8	277	33	14	27	24	1.94
606830--607107	30	9.0	31	82	6	289	30	14	29	25	1.95
606760--607107	62	5.6	62	77	10	327	33	14	27	24	1.95
608384--608438	13	4.3	13	78	17	62	0	0	14	85	0.60
608396--608436	8	5.1	8	85	8	57	0	0	14	85	0.60
608380--608471	35	2.6	35	77	11	100	0	7	10	81	0.87
608386--608437	26	2.0	27	88	3	79	0	0	15	84	0.62
608386--608447	27	2.3	27	83	8	72	0	3	12	83	0.75
608409--608447	20	2.0	20	85	10	53	0	5	10	84	0.76
608386--608471	12	7.5	11	75	18	59	0	5	11	82	0.83
615441--615490	19	2.5	21	83	6	59	32	16	12	40	1.84
616297--616975	49	14.8	49	75	14	501	29	18	25	26	1.98
616201--616960	49	16.4	49	74	14	415	30	18	25	25	1.98
616446--616523	39	2.0	39	92	0	129	26	20	24	28	1.99
616397--616572	88	2.0	88	92	2	291	28	19	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
616296--616789	189	2.7	189	90	4	755	29	18	25	26	1.98
616488--616673	101	1.8	101	89	0	291	30	17	26	25	1.98
616635--616921	39	6.9	39	72	15	198	27	19	25	27	1.99
616761--616921	38	3.9	38	71	17	133	28	20	24	26	1.99
616674--616974	88	3.4	88	92	0	496	28	19	25	27	1.99
617005--617119	59	2.0	58	89	5	180	18	18	32	31	1.95
616986--617119	30	4.5	30	81	9	150	18	20	30	30	1.96
617007--617127	57	2.1	56	86	7	165	19	18	33	28	1.96
617099--617794	114	5.7	113	73	14	349	33	13	31	20	1.92
617155--617772	27	20.0	32	73	14	359	34	13	31	20	1.91
617209--617772	34	17.9	34	69	21	215	35	13	30	20	1.91
617209--617341	67	2.0	67	86	2	187	38	12	31	17	1.87
617276--617794	61	8.4	60	72	15	307	34	13	30	21	1.92
617394--617468	26	2.8	27	83	4	98	29	17	32	21	1.96
617112--617455	181	1.9	178	81	9	410	34	13	31	20	1.92
617142--617646	243	2.1	243	84	5	637	34	13	31	20	1.91
617492--617794	94	3.2	95	83	6	377	33	13	30	22	1.92
617449--617772	128	2.5	128	79	9	326	35	12	29	21	1.90
617748--618177	31	13.9	30	77	9	314	30	15	30	24	1.95
617812--617874	33	1.9	33	84	9	85	30	15	30	23	1.96
617847--617906	32	1.9	30	83	6	75	33	20	30	16	1.94
617741--618170	61	7.0	60	74	12	313	29	15	30	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
617770--618170	218	1.8	219	85	1	563	29	15	30	24	1.95
617775--618175	126	3.2	125	81	7	370	29	15	30	24	1.95
618063--618146	30	2.8	27	90	3	78	27	9	34	28	1.88
619428--619473	14	3.2	14	82	14	58	0	2	15	82	0.76
619428--619506	10	7.6	10	76	12	61	0	6	11	82	0.84
619430--619505	16	4.3	17	76	17	57	0	6	11	81	0.86
619428--619488	28	2.1	27	80	14	61	0	6	11	81	0.85
621572--621613	21	2.0	21	95	0	75	26	19	16	38	1.92
625132--625339	60	3.5	60	88	0	310	19	16	18	45	1.86
625251--625339	30	3.0	30	66	26	80	19	15	19	46	1.85
626136--626189	20	2.7	20	85	5	65	42	12	12	31	1.81
626249--626359	32	3.5	32	95	1	197	26	17	17	39	1.91
626249--626372	64	1.9	63	85	4	167	26	16	16	39	1.91
628667--628825	80	2.0	80	81	6	189	30	26	11	31	1.91
628688--628942	80	3.2	78	78	6	219	31	24	10	33	1.89
628884--629091	51	4.1	51	86	3	267	32	21	7	38	1.82
628891--629091	102	2.0	102	88	3	298	32	19	7	39	1.81
629026--629193	79	2.1	78	82	4	203	29	22	13	35	1.92
631042--631288	41	6.2	41	68	17	126	15	21	17	45	1.85
631026--631188	41	4.1	41	73	16	128	13	25	18	42	1.87
631026--631175	77	1.9	77	81	11	182	12	24	19	44	1.85
631034--631246	118	1.8	118	83	4	286	15	21	18	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
631419--632109	43	16.4	43	74	7	495	21	27	14	36	1.93
631752--632153	129	3.1	129	80	3	432	21	27	14	37	1.92
631898--632175	43	6.4	43	79	5	159	20	25	16	37	1.93
631752--632153	86	4.7	85	78	6	342	21	27	14	37	1.92
632354--632400	19	2.5	18	83	10	58	8	6	17	68	1.37
633265--633733	154	3.1	150	76	8	444	33	9	7	49	1.63
633355--633724	153	2.4	153	79	4	422	35	8	8	48	1.63
634053--634085	14	2.5	13	90	9	57	78	0	0	21	0.75
641218--641274	27	2.1	27	84	15	75	33	26	19	21	1.97
641553--641652	12	7.7	13	69	17	57	35	13	19	33	1.90
642070--642182	32	3.3	32	72	12	100	26	24	21	27	1.99
642256--642311	27	2.0	28	86	3	78	35	21	21	21	1.96
642809--643000	80	2.4	80	78	7	210	25	28	17	29	1.97
643836--644133	165	1.8	164	82	2	382	31	13	7	47	1.71
644063--644476	160	2.5	164	81	5	441	32	10	8	48	1.68
646358--646807	155	2.9	152	81	10	439	24	16	20	38	1.92
646506--646807	158	1.9	155	86	7	423	24	16	20	38	1.93
647395--647688	147	2.0	147	97	0	561	20	11	22	45	1.83
652340--652427	20	4.8	20	72	21	84	38	14	14	31	1.87
652341--652404	33	1.9	33	96	0	119	34	12	17	35	1.87
652340--652439	52	1.9	53	89	2	157	39	15	15	31	1.87
652344--652458	52	2.2	53	81	7	128	40	14	13	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
656348--656382	10	3.6	10	88	3	54	88	0	11	0	0.51
656716--656757	18	2.5	17	84	7	50	80	0	14	4	0.86
656712--656772	26	2.4	24	81	10	68	77	1	13	8	1.07
656789--656829	11	3.9	11	78	12	50	80	2	9	7	0.99
656792--656832	20	2.0	20	90	0	64	80	2	9	7	0.99
657342--657671	113	2.9	113	81	6	359	32	15	13	37	1.87
658624--658793	75	2.3	75	81	7	188	32	15	10	42	1.80
659584--659711	44	2.9	44	85	3	159	17	25	15	41	1.89
659804--660059	81	3.2	81	82	3	300	19	24	15	40	1.90
659946--660173	117	1.9	118	85	2	316	21	25	15	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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