genome.fa.s166.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold166
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2719372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1332911--1332996	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1332902--1333020	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
1342829--1342919	42	2.2	42	84	4	121	13	35	2	49	1.54
1342850--1342929	42	1.9	42	89	0	124	12	37	1	48	1.49
1348354--1348411	9	6.8	9	73	11	59	13	43	0	43	1.44
1348341--1348411	18	3.6	18	72	20	61	12	43	0	43	1.42
1348325--1348411	42	2.1	42	93	0	147	11	44	1	42	1.48
1348359--1348393	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
1359195--1359270	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1359185--1359303	42	2.8	42	92	0	193	43	1	45	9	1.46
1367008--1367047	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
1367740--1367784	21	2.1	21	88	8	65	44	4	20	31	1.71
1368410--1368463	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
1370314--1370619	154	1.9	153	87	6	416	24	15	14	46	1.83
1371375--1371404	12	2.5	12	94	0	51	33	6	0	60	1.23
1374585--1374655	28	2.5	28	83	2	79	14	19	5	60	1.53
1374602--1374663	28	2.2	28	82	0	70	14	22	6	56	1.61
1380883--1380958	12	6.9	11	77	15	61	39	1	48	10	1.46
1380882--1380974	24	4.2	23	74	18	81	43	1	45	10	1.46
1380903--1380963	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
1380873--1380991	42	2.8	42	89	0	175	43	1	45	9	1.46
1380927--1380974	12	3.9	12	81	13	53	43	0	43	12	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1385859--1385888	15	1.9	16	93	6	53	10	23	6	60	1.52
1386180--1386413	113	2.1	113	98	0	450	35	17	14	32	1.90
1389648--1389723	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1389647--1389732	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1389638--1389756	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
1399652--1399727	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1399651--1399736	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1399642--1399760	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
1408991--1409523	167	3.2	166	86	4	700	29	10	9	50	1.69
1411177--1411413	129	1.9	127	89	2	368	36	9	12	41	1.76
1411279--1411565	149	1.9	149	81	7	341	36	8	11	42	1.72
1418047--1418085	21	1.9	21	94	5	71	46	17	20	15	1.84
1419045--1419101	21	2.8	20	83	2	60	38	14	14	33	1.85
1419804--1420000	96	2.0	97	87	2	281	19	18	26	34	1.96
1420312--1420658	36	9.6	36	88	0	406	21	16	27	35	1.94
1420312--1420642	108	3.0	107	91	3	493	21	16	27	35	1.94
1420603--1420712	55	2.0	54	87	1	157	20	16	27	36	1.93
1420531--1420770	128	1.9	127	88	4	367	21	14	27	36	1.92
1420658--1420920	37	7.2	37	82	6	263	22	14	29	34	1.93
1420658--1420950	74	4.0	75	82	7	336	22	14	29	33	1.94
1420658--1420920	110	2.4	110	83	4	300	22	14	29	34	1.93
1421051--1421096	23	1.9	25	86	8	69	39	6	17	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422509--1422554	17	2.6	18	86	10	60	54	6	0	39	1.26
1427662--1427698	18	2.1	18	100	0	74	48	0	0	51	1.00
1428081--1428154	21	3.4	20	73	23	69	44	14	16	24	1.85
1432904--1432966	28	2.2	28	86	11	83	42	6	7	42	1.59
1433028--1433071	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
1433198--1433230	16	2.1	16	100	0	66	24	12	18	45	1.83
1440635--1441168	166	3.2	163	80	6	583	31	11	8	48	1.70
1441374--1441419	24	1.9	24	81	0	56	30	4	4	60	1.35
1443295--1443962	156	4.3	154	77	9	531	24	16	19	39	1.92
1446238--1446291	19	2.8	19	91	2	81	35	16	14	33	1.90
1446239--1446308	20	3.6	19	88	3	86	37	14	15	32	1.88
1446259--1446308	19	2.6	19	90	3	73	40	12	16	32	1.84
1446885--1446926	22	1.9	22	95	0	75	26	33	2	38	1.69
1454832--1454857	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1454926--1454952	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1457457--1457509	21	2.5	21	93	0	97	28	15	15	41	1.87
1458916--1458941	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1458980--1459096	21	5.7	21	78	4	139	29	17	11	41	1.86
1459001--1459114	20	5.6	20	79	4	138	30	19	13	36	1.90
1458980--1459114	41	3.3	41	98	0	261	29	18	12	39	1.88
1459717--1459762	16	2.8	16	93	6	74	30	39	2	28	1.69
1461568--1461606	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1461592--1461670	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
1463684--1463714	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1467777--1467802	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1467841--1467957	21	5.7	21	78	4	139	29	17	11	41	1.86
1467862--1467975	20	5.6	20	79	4	138	30	19	13	36	1.90
1467841--1467975	41	3.3	41	98	0	261	29	18	12	39	1.88
1469130--1469180	27	2.0	26	84	7	68	29	5	3	60	1.38
1472872--1472958	20	4.7	20	78	18	107	27	14	12	44	1.82
1472889--1472938	13	4.3	13	72	27	58	28	16	14	42	1.86
1472889--1472958	33	2.1	33	94	0	122	28	15	12	42	1.84
1475596--1475712	51	2.3	52	85	2	148	30	27	9	32	1.88
1475252--1475799	131	4.2	131	88	3	736	29	24	11	34	1.91
1476758--1476926	90	1.9	91	93	1	295	42	11	15	29	1.83
1476801--1476926	20	5.8	20	72	17	99	41	12	15	30	1.84
1480493--1480669	73	2.4	73	78	6	180	28	12	27	31	1.93
1488504--1488639	52	2.6	52	78	2	130	34	12	22	30	1.91
1488638--1488737	52	1.9	52	91	0	164	32	17	26	25	1.97
1489380--1489431	27	1.9	27	92	0	86	7	25	38	28	1.83
1489520--1489729	31	6.7	31	73	16	164	26	18	25	29	1.98
1489542--1489724	95	1.9	95	87	2	269	24	20	25	29	1.99
1489543--1489725	64	2.9	62	76	13	178	24	20	25	29	1.99
1489700--1489916	36	5.9	36	80	1	209	19	17	29	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1489700--1489906	110	1.9	109	83	3	272	18	17	29	33	1.95
1489702--1489916	73	2.9	72	75	7	209	20	17	29	33	1.95
1490186--1490242	26	2.1	27	81	9	64	38	10	12	38	1.77
1492133--1492158	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1492854--1492897	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1494693--1494731	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
1496808--1496838	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1498642--1498686	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1500903--1500928	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1503934--1504235	79	3.8	77	80	3	336	37	11	24	27	1.89
1504172--1504289	52	2.3	51	87	7	175	35	11	22	30	1.89
1504010--1504447	210	2.1	209	83	3	540	36	10	22	29	1.88
1504219--1504918	79	8.9	80	81	4	751	34	10	24	31	1.89
1503994--1504530	289	1.9	289	87	1	799	35	11	22	29	1.90
1504854--1504952	51	1.9	51	85	4	137	39	10	23	27	1.86
1504476--1504966	157	3.1	155	83	6	512	37	9	22	30	1.86
1513680--1513733	20	2.7	19	83	11	65	37	16	12	33	1.87
1513762--1513815	19	2.8	19	82	2	63	40	16	12	29	1.86
1514730--1514796	33	2.0	33	85	0	89	28	16	29	25	1.97
1520793--1520825	3	11.0	3	93	0	57	30	33	0	36	1.58
1522516--1522578	32	1.9	33	87	9	94	42	12	15	28	1.84
1527941--1528290	168	2.1	164	79	10	379	30	13	9	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1528784--1528814	10	3.2	10	95	4	55	83	0	16	0	0.64
1528784--1528830	19	2.5	19	82	6	60	82	0	12	4	0.80
1528784--1528830	9	5.0	9	82	10	58	82	0	12	4	0.80
1529669--1529705	17	2.2	17	90	9	58	81	0	0	18	0.70
1534269--1534724	159	2.8	161	86	6	622	50	8	13	28	1.70
1534187--1534737	165	3.4	165	81	7	644	49	10	13	27	1.74
1534618--1534861	124	2.0	124	86	6	343	49	6	14	29	1.70
1536556--1536786	126	1.8	126	81	5	288	38	14	27	19	1.91
1549294--1549529	130	1.8	131	85	6	336	42	14	10	32	1.80
1550397--1550427	11	2.7	12	95	5	55	0	19	0	80	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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