genome.fa.s166.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold166
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2719372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2581281--2582037	166	4.6	168	87	6	1068	50	8	10	30	1.66
2583451--2583834	85	4.5	84	72	9	258	35	14	29	20	1.91
2584895--2584928	14	2.4	14	95	0	59	47	11	20	20	1.81
2588964--2589026	20	3.2	20	93	0	108	33	17	7	41	1.79
2589208--2589611	152	2.7	148	80	5	411	25	15	12	46	1.81
2589211--2589576	76	4.9	72	76	8	252	27	15	12	45	1.81
2589957--2590076	51	2.3	52	89	1	179	29	17	14	39	1.89
2592067--2592403	154	2.2	154	84	2	435	37	20	18	22	1.94
2592694--2592738	22	2.1	22	87	4	65	62	11	4	22	1.46
2594116--2594141	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2594095--2594161	33	2.0	33	88	5	100	34	19	11	34	1.88
2597313--2597433	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2597313--2597453	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2597442--2597466	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2597532--2597556	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2597510--2597576	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2601983--2602008	9	2.9	9	100	0	52	23	0	7	69	1.14
2602278--2602334	29	2.0	29	89	0	87	7	28	14	50	1.68
2603353--2603396	22	2.0	23	86	4	63	25	0	11	63	1.27
2603376--2603449	36	2.0	37	82	12	91	20	0	8	71	1.11
2603430--2603466	3	12.7	3	94	5	67	32	0	0	67	0.91
2605212--2605288	37	2.1	37	100	0	154	51	10	19	18	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2606256--2606409	78	2.0	78	79	5	168	37	19	14	29	1.91
2606428--2606670	79	3.1	78	75	4	227	34	18	16	30	1.93
2606657--2606999	58	5.9	57	74	8	221	45	14	11	28	1.80
2609203--2609227	11	2.3	11	100	0	50	24	28	12	36	1.91
2609516--2609602	22	4.2	21	79	15	92	55	0	1	43	1.07
2609494--2609545	25	2.1	26	82	7	63	57	0	0	42	0.98
2609532--2609601	19	3.5	19	78	16	79	55	0	1	42	1.08
2610855--2610926	20	3.7	18	82	12	81	40	13	16	29	1.87
2610854--2610906	19	2.7	19	88	8	72	41	16	15	26	1.88
2611662--2611698	18	1.9	19	89	10	58	45	0	13	40	1.43
2611890--2611946	26	2.1	27	81	15	66	50	0	1	47	1.11
2612000--2612063	23	2.9	22	86	9	87	50	6	0	43	1.27
2612104--2612174	29	2.6	27	80	6	72	49	5	0	45	1.26
2612156--2612189	14	2.3	15	90	5	52	47	2	0	50	1.16
2612259--2612305	19	2.3	21	85	10	71	46	0	0	53	1.00
2614969--2615013	21	2.1	21	84	8	56	48	2	40	8	1.47
2620537--2620614	34	2.3	34	88	2	111	24	3	12	58	1.51
2621784--2622310	155	3.4	153	79	4	449	39	18	16	24	1.91
2622408--2622676	143	1.9	143	85	6	375	43	8	11	36	1.72
2622689--2622730	16	2.7	15	86	13	59	21	0	0	78	0.75
2623584--2623630	11	4.2	11	82	15	60	2	19	0	78	0.85
2624299--2624607	167	1.9	167	81	6	385	48	9	10	31	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2630776--2631216	165	2.7	166	82	6	520	31	12	8	47	1.71
2631353--2631393	16	2.6	16	88	0	55	29	7	0	63	1.21
2631695--2631760	10	5.9	12	78	18	72	80	0	19	0	0.72
2631695--2631741	12	3.7	14	84	15	59	76	0	23	0	0.78
2631731--2631778	1	48.0	1	78	0	51	89	0	10	0	0.48
2631723--2631778	7	7.7	7	83	16	62	87	0	12	0	0.54
2631694--2631778	23	3.7	23	82	14	88	82	0	17	0	0.67
2631694--2631765	9	8.0	9	78	9	67	81	0	18	0	0.68
2631870--2631917	20	2.2	21	82	14	62	27	2	20	50	1.60
2632666--2632932	140	1.9	142	85	4	371	36	9	10	44	1.71
2634601--2634653	19	2.7	20	85	2	72	37	15	15	32	1.88
2634642--2634666	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2634623--2634687	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
2635288--2635333	20	2.2	20	84	3	56	47	23	0	28	1.52
2635642--2635673	15	2.1	15	94	0	55	28	28	15	28	1.96
2642165--2642192	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
2642149--2642217	33	2.1	33	89	5	104	30	11	18	39	1.87
2645177--2645266	13	5.9	13	71	28	63	35	13	17	33	1.89
2645159--2645290	32	4.1	33	98	1	241	35	12	17	34	1.87
2645180--2645318	65	2.1	65	83	7	167	38	14	15	30	1.88
2645328--2645385	13	4.9	13	70	23	56	29	15	15	39	1.88
2645340--2645403	20	3.5	20	68	27	70	26	15	15	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2645328--2645403	33	2.3	33	97	0	143	27	15	15	40	1.88
2645394--2645522	52	2.5	52	90	0	213	36	17	17	29	1.92
2652310--2652512	80	2.6	79	81	2	210	31	16	27	25	1.96
2652464--2652536	27	2.7	27	85	12	96	20	19	34	26	1.96
2652523--2652702	54	3.4	52	80	13	215	30	10	26	33	1.90
2655054--2655079	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2655034--2655099	33	2.0	32	88	2	96	42	16	15	25	1.87
2655120--2655186	19	3.9	18	76	23	81	38	14	11	34	1.84
2655141--2655165	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2655122--2655184	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2655222--2655383	21	7.7	21	92	1	245	36	17	11	35	1.85
2655222--2655383	63	2.6	63	94	3	274	36	17	11	35	1.85
2663576--2663618	5	8.8	5	89	2	61	86	11	0	2	0.67
2663573--2663628	10	5.8	9	85	6	58	85	10	0	3	0.71
2665117--2665276	34	4.7	33	82	8	187	18	32	11	36	1.88
2665113--2665276	68	2.4	69	87	5	242	19	31	12	36	1.89
2665244--2665325	27	2.9	28	87	7	96	24	30	18	26	1.98
2665264--2665371	28	3.8	28	84	7	121	31	29	16	22	1.96
2665265--2665383	28	4.1	29	81	9	102	31	28	17	22	1.97
2665437--2665802	43	8.1	43	80	9	408	25	24	19	31	1.98
2665393--2665912	91	5.5	92	87	4	702	24	24	18	31	1.97
2665393--2665912	183	2.8	183	89	4	734	24	24	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2665756--2665906	52	2.9	52	87	1	221	23	25	17	33	1.96
2666800--2666824	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2666782--2666848	32	2.1	33	94	2	118	37	11	16	34	1.85
2666886--2666910	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
2666919--2667047	52	2.5	52	94	0	231	35	17	17	28	1.93
2675762--2675818	19	2.9	19	84	5	78	31	14	19	35	1.91
2675763--2675817	20	2.8	20	86	2	76	30	12	20	36	1.90
2675862--2675892	13	2.4	13	100	0	62	32	16	12	38	1.86
2675846--2675914	33	2.1	33	89	5	104	30	11	18	39	1.87
2678252--2678318	33	2.0	33	85	0	89	28	17	13	40	1.88
2678345--2678398	19	2.8	20	85	2	74	38	14	12	33	1.85
2681277--2681351	30	2.5	30	81	16	84	68	1	2	28	1.12
2681273--2681336	11	5.2	12	75	16	60	65	1	1	31	1.11
2681281--2681327	17	2.6	18	80	12	53	68	2	2	27	1.13
2681273--2681336	6	10.5	6	77	14	60	65	1	1	31	1.11
2681587--2681627	20	2.0	21	85	4	57	56	7	7	29	1.54
2682732--2682937	65	3.2	62	76	8	182	45	13	21	18	1.84
2683975--2684276	74	4.1	74	83	4	358	45	11	19	23	1.83
2683975--2684276	148	2.0	149	85	3	403	45	11	19	23	1.83
2684246--2684339	47	2.0	47	85	0	125	42	6	25	25	1.78
2684459--2685361	59	15.2	59	75	9	492	46	18	16	18	1.84
2684684--2684769	30	2.9	29	66	10	75	45	24	13	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2685074--2685169	30	3.2	28	71	14	77	51	18	13	16	1.77
2685102--2685193	29	3.1	29	73	11	98	51	17	14	17	1.77
2684926--2685361	117	3.7	117	77	10	426	48	18	14	18	1.81
2685768--2686148	88	4.3	88	83	1	379	43	16	17	22	1.88
2685801--2686030	44	5.2	44	69	7	144	45	15	17	21	1.85
2685801--2686171	175	2.1	176	84	1	485	43	15	18	22	1.87
2685852--2686147	44	6.8	44	66	18	141	43	17	17	21	1.88
2687506--2687551	18	2.6	17	86	10	65	63	4	21	10	1.44
2689468--2689506	21	1.9	21	84	5	53	7	17	2	71	1.21
2690059--2690098	17	2.4	17	91	4	64	25	2	0	72	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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