genome.fa.s166.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold166
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2719372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2068244--2068269	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
2070021--2070430	145	2.8	143	82	4	480	25	15	21	37	1.92
2071970--2072025	10	5.5	10	80	4	67	83	1	12	1	0.79
2071978--2072025	10	4.5	11	87	7	73	83	0	14	2	0.74
2071970--2072026	21	2.8	20	86	5	87	82	1	14	1	0.83
2072059--2072109	18	2.8	19	79	8	61	72	0	19	7	1.08
2072646--2072967	109	2.9	111	82	5	359	32	14	14	38	1.86
2078058--2078142	14	6.4	13	77	8	73	75	1	1	22	0.94
2078074--2078126	5	9.8	5	82	8	52	75	1	1	20	0.99
2078059--2078143	34	2.7	31	79	15	102	74	1	1	23	0.96
2078563--2078660	51	1.9	50	81	6	117	57	13	22	7	1.60
2078693--2078759	35	1.9	35	96	0	125	56	5	26	10	1.56
2086580--2086634	20	2.8	20	75	10	58	32	18	10	38	1.85
2086620--2086644	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2086712--2086736	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2089493--2089539	20	2.3	20	100	0	94	34	14	10	40	1.81
2089962--2090061	51	2.0	51	91	0	164	25	7	20	48	1.74
2090468--2090521	17	3.3	17	82	10	76	81	0	16	1	0.78
2090468--2090521	8	6.6	8	81	12	65	81	0	16	1	0.78
2090610--2090684	27	2.7	29	77	6	84	13	17	9	60	1.59
2092466--2092490	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2092517--2092568	16	3.4	16	68	10	54	32	17	21	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2092516--2092578	30	2.1	30	100	0	126	31	15	20	31	1.94
2092521--2092586	30	2.2	30	91	0	105	33	15	19	31	1.93
2092521--2092597	30	2.6	30	87	0	91	32	15	20	31	1.94
2093737--2093848	20	5.7	20	69	14	70	39	14	16	30	1.88
2104794--2104832	20	2.0	20	94	0	69	12	23	20	43	1.86
2110300--2110693	50	7.9	50	72	9	205	24	18	18	38	1.93
2110768--2110898	53	2.5	52	81	7	140	37	19	11	31	1.88
2110800--2110951	53	2.8	52	81	6	153	34	20	13	31	1.92
2120199--2120223	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2120211--2120263	20	2.6	20	81	3	61	39	13	16	30	1.87
2120305--2120352	20	2.5	20	89	3	71	37	20	12	29	1.90
2125778--2125802	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2125790--2125842	20	2.6	20	87	3	70	37	15	16	30	1.90
2125884--2125935	20	2.7	20	90	3	79	38	21	11	28	1.88
2130821--2130870	20	2.5	20	83	3	75	32	18	14	36	1.90
2133145--2133200	28	1.9	28	89	7	85	35	19	23	21	1.96
2133082--2133282	78	2.6	79	82	2	235	29	15	27	26	1.96
2133234--2133310	28	2.8	28	88	4	102	23	18	33	24	1.96
2133330--2133518	52	3.6	52	79	8	161	34	12	23	28	1.92
2133298--2133479	52	3.4	52	76	9	154	35	11	22	30	1.90
2133293--2133681	51	7.4	51	70	14	218	32	12	24	30	1.92
2133501--2133576	27	2.8	28	85	2	100	21	19	34	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136057--2136082	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2136036--2136102	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2136122--2136189	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2136144--2136168	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2136125--2136187	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2137329--2137951	55	11.3	55	91	3	956	20	20	30	28	1.97
2137654--2137739	26	3.2	26	65	20	68	18	18	33	29	1.95
2137815--2137904	26	3.3	26	67	19	76	20	17	33	28	1.95
2138917--2138990	17	4.3	17	75	13	62	0	12	5	82	0.83
2138949--2138990	16	2.6	16	92	3	66	0	9	4	85	0.72
2151381--2151436	28	1.9	28	89	7	85	35	19	23	21	1.96
2151318--2151518	78	2.6	79	81	2	226	30	16	26	26	1.97
2151566--2151754	52	3.6	52	78	8	161	34	12	24	28	1.91
2151529--2151917	51	7.4	51	69	15	202	32	12	24	30	1.92
2151737--2151812	27	2.8	28	85	2	100	21	19	34	25	1.96
2154291--2154316	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2154270--2154336	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2154356--2154423	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2154378--2154402	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2154359--2154421	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2155169--2155206	20	1.9	20	88	0	58	44	2	23	28	1.67
2155906--2155970	20	3.6	20	69	26	72	33	12	21	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155959--2155983	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2155904--2155986	33	2.5	33	94	3	141	34	12	21	31	1.90
2156033--2156074	15	2.8	15	81	0	57	40	11	16	30	1.85
2157634--2157671	20	1.9	20	88	0	58	44	2	23	28	1.67
2158369--2158452	33	2.5	34	92	1	134	34	13	20	32	1.91
2158425--2158449	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2158369--2158469	33	3.0	33	83	1	103	38	12	17	30	1.88
2158499--2158550	20	2.6	20	100	0	104	42	11	15	30	1.82
2160111--2160148	20	1.9	20	88	0	58	44	2	23	28	1.67
2160848--2160912	20	3.6	20	69	26	72	33	12	21	32	1.90
2160901--2160925	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2160846--2160928	33	2.5	33	94	3	141	34	12	21	31	1.90
2169552--2169576	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2169676--2169714	13	3.0	13	96	0	69	38	12	15	33	1.85
2177126--2177184	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2177417--2177442	9	2.9	9	100	0	52	11	30	23	34	1.90
2177452--2177503	19	2.6	20	93	6	88	26	11	15	46	1.80
2179556--2179598	20	2.1	21	86	4	61	9	30	41	18	1.82
2179999--2180046	11	4.1	12	81	13	64	31	14	18	35	1.91
2180001--2180071	24	3.0	23	84	12	83	38	14	15	32	1.87
2184920--2185040	52	2.3	52	94	0	206	28	18	17	35	1.93
2184920--2185060	52	2.7	51	87	4	194	30	17	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185049--2185107	13	4.9	13	73	26	67	35	13	18	32	1.90
2185049--2185128	34	2.4	34	100	0	160	35	12	20	32	1.90
2185148--2185217	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
2185173--2185197	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2185738--2185775	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
2187566--2187610	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2189492--2189550	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2189810--2189861	19	2.6	20	93	6	88	26	11	15	46	1.80
2191714--2191787	20	3.7	20	76	7	60	39	18	13	28	1.89
2191840--2191891	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
2199871--2200032	68	2.4	68	79	6	157	32	14	12	40	1.84
2199946--2200105	69	2.3	68	78	12	157	34	15	15	35	1.89
2199904--2200105	34	5.9	34	79	5	167	33	14	15	36	1.88
2200053--2200120	34	2.0	34	88	0	100	35	11	14	38	1.83
2206043--2206115	9	7.9	9	78	9	76	83	10	1	4	0.84
2206043--2206113	18	3.8	18	84	3	88	83	11	1	4	0.86
2207395--2207465	26	2.7	27	72	10	67	33	15	19	30	1.93
2207727--2207950	32	7.0	32	82	6	217	29	30	18	20	1.97
2207727--2207954	64	3.6	64	80	7	243	29	31	18	21	1.97
2207774--2207950	63	2.8	63	82	3	203	29	30	18	20	1.97
2207737--2207950	95	2.2	96	84	4	272	30	29	19	20	1.97
2207955--2208204	52	4.9	52	77	5	249	26	26	15	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208142--2208274	61	2.2	61	86	4	180	26	25	11	36	1.90
2208880--2208918	13	3.0	13	85	10	53	46	12	15	25	1.81
2217719--2217782	10	6.2	10	76	5	56	79	0	18	1	0.81
2217720--2217780	21	3.0	20	78	2	68	78	0	19	1	0.83
2217947--2217990	22	2.1	21	87	8	63	43	6	11	38	1.67
2218087--2218136	20	2.6	19	80	3	55	28	20	16	36	1.93
2218200--2218250	20	2.5	20	93	0	84	35	11	17	35	1.87
2221574--2221658	20	3.7	20	69	28	62	42	10	16	30	1.82
2222525--2222783	28	9.0	28	87	2	329	22	17	31	28	1.96
2222525--2222783	85	3.0	85	90	4	376	22	17	31	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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